SAXSdb — 5hzg

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Strigolactone esterase D14

Arabidopsis thaliana

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	F-box/LRR-repeat MAX2 homolog × 1 （Q5VMP0） SKP1-like protein 1A × 1 （Q39255） (2Z)-2-methylbut-2-ene-1,4-diol × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	F-box/LRR-repeat MAX2 homolog × 1 （Q5VMP0） SKP1-like protein 1A × 1 （Q39255） (2Z)-2-methylbut-2-ene-1,4-diol × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D14_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–267； UniProt 1–267 作者链 E； PDB构建体 1–267； UniProt 1–267

F-box/LRR-repeat MAX2 homolog

Oryza sativa subsp. japonica

UniProt Q5VMP0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Strigolactone esterase D14 × 1 （Q9SQR3） SKP1-like protein 1A × 1 （Q39255） (2Z)-2-methylbut-2-ene-1,4-diol × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Strigolactone esterase D14 × 1 （Q9SQR3） SKP1-like protein 1A × 1 （Q39255） (2Z)-2-methylbut-2-ene-1,4-diol × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MAX2_ORYSJ
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 21–740； UniProt 1–720 作者链 F； PDB构建体 21–740； UniProt 1–720

SKP1-like protein 1A

Arabidopsis thaliana

UniProt Q39255

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Strigolactone esterase D14 × 1 （Q9SQR3） F-box/LRR-repeat MAX2 homolog × 1 （Q5VMP0） (2Z)-2-methylbut-2-ene-1,4-diol × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Strigolactone esterase D14 × 1 （Q9SQR3） F-box/LRR-repeat MAX2 homolog × 1 （Q5VMP0） (2Z)-2-methylbut-2-ene-1,4-diol × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SKP1A_ARATH
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 10–169； UniProt 1–160 作者链 G； PDB构建体 10–169； UniProt 1–160

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5hzg
沉积日期 deposition_date	2016-02-02
结构标题 title	The crystal structure of the strigolactone-induced AtD14-D3-ASK1 complex
关键词 keywords	F-box protein, receptor, HYDROLASE-SIGNALING PROTEIN-PROTEIN BINDING complex; HYDROLASE/SIGNALING PROTEIN/PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5hzg__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5hzg__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5hzg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.11 Å
Rg（电子密度）	32.51 Å
总 Rg	33.18 Å
原子数	7823
残基数	1002
排除体积	139810 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5hzg__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5hzg__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Strigolactone esterase D14
分子量 formula_weight	29653.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	15676

MSQHNILEALNVRVVGTGDRILFLAHGFGTDQSAWHLILPYFTQNYRVVLYDLVCAGSVNPDYFDFNRYTTLDPYVDDLLNIVDSLGIQNCAYVGHSVSAMIGIIASIRRPELFSKLILIGFSPRFLNDEDYHGGFEEGEIEKVFSAMEANYEAWVHGFAPLAVGADVPAAVREFSRTLFNMRPDISLFVSRTVFNSDLRGVLGLVRVPTCVIQTAKDVSVPASVAEYLRSHLGGDTTVETLKTEGHLPQLSAPAQLAQFLRRALPR

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	Mouse-ear cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	F-box/LRR-repeat MAX2 homolog
分子量 formula_weight	81153.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

GAMGSGIQRPTSTSSLVAAAMAEEEEVEEGRSSSSAILDLPEPLLLHILSFLTDVRSRHRAALACGRMRAAERATRSELSLRGDPRSPGFLFLSHAFRFPALEHLDLSLVSPWGHPLLSSVPPCGGGGGGAPSASSSSGMNVYHPEAISEQNAFIAARLAGCFPAVTSLAVYCRDPTTLANLTPHWQASLRRVKLVRWHQRPPTLPDGADLEPLLETCAALRELDLSEFYCWTEDVVRALTTHPSATAALTHLDLGLAAATDGFKSSELGPIAASCPNLRKLVAPCLFNPRFSDCVGDDALLSLATSCPRLTVLRLSEPFEAAANIQREEAAITVAGLVAFFAALPALEDFTMDLQHNVLEAAPAMEALARRCPRIKFLTLGSFQGLCKASWLHLDGVAVCGGLESLYMKNCQDLTDASLAAIGRGCRRLAKFGIHGCDLVTSAGIRRLAFTLRPTLKEVTVLHCRLLHTAECLTALSPIRDRIESLEINCVWNTTEQPCSVANGTTTECDPEDDELGEVYESAAKKCRYMEFDDLGSWEMLRSLSLWFSAGQLLSPLISAGLDSCPVLEEISIKVEGDCRTCPRPAPRTIFGLSDLAGFPVLAKMKLDLSEAVGYALTAPTGQMDLSLWERFYLHGIESLQTLYELDYWPPQDKDVHHRSLTLPAVGLIQRCVGLRKLFIHGTTHEHFMTFFLSIPNLRDMQLREDYYPAPENDLMFTEMRAESWLRFEVQLNSRQIDD

来源 Source

来源生物 organism	Oryza sativa subsp. japonica
通用名 common_name	Rice
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	39947
宿主生物 host_organism	Insect cell expression vector pTIE1

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	SKP1-like protein 1A
分子量 formula_weight	19004.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MDYKDDDDKMSAKKIVLKSSDGESFEVEEAVALESQTIAHMVEDDCVDNGVPLPNVTSKILAKVIEYCKRHVEAAASKAEAVEGAATSDDDLKAWDADFMKIDQATLFELILAANYLNIKNLLDLTCQTVADMIKGKTPEEIRTTFNIKNDFTPEEEEEVRRENQWAFE

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	Mouse-ear cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Insect cell expression vector pTIE1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	(2Z)-2-methylbut-2-ene-1,4-diol
分子量 formula_weight	102.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	24

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5hzgA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	5hzgC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

结构域编号 domain_id	5hzgE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	5hzgG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

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晶胞边长 a length_a	106.397 Å
晶胞边长 b length_b	172.979 Å
晶胞边长 c length_c	186.845 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	49.070 Å
R 因子 r_factor	0.2497
R_work r_work	0.2462
R_free r_free	0.3159

The crystal structure of the strigolactone-induced AtD14-D3-ASK1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Strigolactone esterase D14

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

F-box/LRR-repeat MAX2 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SKP1-like protein 1A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5hzg__assembly_1__model_1

5hzg__assembly_1__model_1 | I(q)

5hzg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

The crystal structure of the strigolactone-induced AtD14-D3-ASK1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Strigolactone esterase D14

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

F-box/LRR-repeat MAX2 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

SKP1-like protein 1A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5hzg__assembly_1__model_1

5hzg__assembly_1__model_1 | I(q)

5hzg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)