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5i0h

Crystal structure of myosin X motor domain in pre-powerstroke state

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 127.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Unconventional myosin-X

Homo sapiens

UniProt Q9HD67

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–741 未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；10% PEG 8000, 50mM Tris pH 7.5, 1mM TCEP and 125mM Lithium sulfate 分辨率 1.80 Å R-free 0.190
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–741 未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；10% PEG 8000, 50mM Tris pH 7.5, 1mM TCEP and 125mM Lithium sulfate 分辨率 1.80 Å R-free 0.190

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5I0H Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2LW9 NMR solution structure of Myo10 anti-CC 提交 2012-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 883–933（51 aa）
链 B 883–933（51 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）100
NMR样品组成 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity-1, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
3AU4 Structure of the human myosin-X MyTH4-FERM cassette bound to its specific cargo, DCC 提交 2011-01-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1486–2058（573 aa） 片段：MyTH4-FERM cassette, UNP residues 1486-2058
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100mM maric acid-MES-Tris (MMT) buffer, 2% PEG 1500, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.233
3AU5 Structure of the human myosin-X MyTH4-FERM cassette 提交 2011-01-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1486–2058（573 aa） 片段：MyTH4-FERM cassette, UNP residues 1486-2058
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；10% PEG 8000, 5% MPD, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.55 Å R-free 0.281
3AU5 Structure of the human myosin-X MyTH4-FERM cassette 提交 2011-01-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1486–2058（573 aa） 片段：MyTH4-FERM cassette, UNP residues 1486-2058
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；10% PEG 8000, 5% MPD, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.55 Å R-free 0.281
3PZD Structure of the myosin X MyTH4-FERM/DCC complex 提交 2010-12-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1503–2047（545 aa） 片段：MyTH4-FERM tandem
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；8% PEG 8000, 10% glycerol, HEPES buffer, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K
分辨率 2.50 Å R-free 0.259
5I0I Crystal structure of myosin X motor domain with 2IQ motifs in pre-powerstroke state 提交 2016-02-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 3–793（791 aa）
未记录 MPO 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 VO4 VANADATE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；7.5% PEG 10000, 100mM MOPS pH 7.0, 1mM TCEP and 50mM Magnesium acetate
分辨率 3.15 Å R-free 0.218
5I0I Crystal structure of myosin X motor domain with 2IQ motifs in pre-powerstroke state 提交 2016-02-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 3–793（791 aa）
未记录 MPO 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 VO4 VANADATE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；7.5% PEG 10000, 100mM MOPS pH 7.0, 1mM TCEP and 50mM Magnesium acetate
分辨率 3.15 Å R-free 0.218
5KG8 Rigor myosin X co-complexed with an actin filament 提交 2016-06-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 3–741（739 aa） 片段：motor domain (UNP residues 3-741)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.10 Å

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MYO10_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–741； UniProt 1–741 作者链 B； PDB构建体 1–741； UniProt 1–741

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5i0h

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5i0h
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5i0h
沉积日期 deposition_date2016-02-04
结构标题 titleCrystal structure of myosin X motor domain in pre-powerstroke state
关键词 keywordsmyosin, motor domain, molecular motor, pre-powerstroke state, motility, motor protein; MOTOR PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.71 Å
零角强度 I(0) i0439700000.00
分子量 molecular_weight167030.0 kDa
排除体积 excluded_volume207750 ų
包络体积 envelope_volume268820 ų
水化壳体积 shell_volume60815 ų
包络直径 envelope_diameter138.5 Å
壳层 Rg shell_rg43.57 Å
包络 Rg envelope_rg35.47 Å
形状 Rg shape_rg35.71 Å
总 Rg total_rg36.21 Å
总原子数 total_atoms11750
残基数 n_residues1454
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax127.2 Å
Rg (实空间) rg_real36.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.07 Å
I(0) (实空间) i0_real4.3970e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.3630e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal439700000.0000
解质量估计 total_estimate0.7867
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary47.3 Å
偏度 Skewness skewness0.240
峰度 Kurtosis kurtosis-0.256
角度范围 angular_range— – 0.2150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha72300000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.742; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5i0hA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily530 —
结构域编号 domain_id5i0hA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily4820 —
结构域编号 domain_id5i0hB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily530 —
结构域编号 domain_id5i0hB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily4820 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)