5i3u

STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE N-SITE COMPLEX; CATALYTIC INCORPORATION OF AZTMP to A DNA aptamer in CRYSTAL

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P66 SUBUNIT

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 1 其他聚合物 1	DNA (39-MER) × 1 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose × 1 MAGNESIUM ION × 1 GLYCEROL × 2	待复核
2	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 1 其他聚合物 1	DNA (39-MER) × 1 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose × 1 MAGNESIUM ION × 1	待复核

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POL_HV1B1
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–555； UniProt 600–1154 作者链 C； PDB构建体 1–555； UniProt 600–1154 作者链 B； PDB构建体 17–444； UniProt 600–1027 作者链 D； PDB构建体 17–444； UniProt 600–1027

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5i3u
沉积日期 deposition_date	2016-02-11
结构标题 title	STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE N-SITE COMPLEX; CATALYTIC INCORPORATION OF AZTMP to A DNA aptamer in CRYSTAL
关键词 keywords	;RT, DNA APTAMER, Foscavir, N site complex, pyrophosphate, pyrophosphorolysis, phosphonoformic acid, PFA, 2-O-METHYLCYTIDINE, P51, P66, TRANSFERASE, TRANSFERASE-DNA complex ;; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5i3u__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5i3u__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5i3u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.14 Å
Rg（电子密度）	32.96 Å
总 Rg	33.55 Å
原子数	8685
残基数	999
排除体积	153840 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5i3u__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5i3u__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P66 SUBUNIT
分子量 formula_weight	63875.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.49
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	17337

PISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFKKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLSKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNKGRQKVVPLTNTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAG

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10)
通用名 common_name	HIV-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11678
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P51 SUBUNIT
分子量 formula_weight	51928.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.49
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MAHHHHHHALEVLFQGPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFKKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLSKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQ

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10)
通用名 common_name	HIV-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11678
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA (39-MER)
分子量 formula_weight	12077.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,F

TAATACCCCCCCTTCGGTGCTTTGCACCGAAGGGGGGGT

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	5i3uA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1

结构域编号 domain_id	5i3uA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	5i3uA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	5i3uA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	5i3uA05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	5i3uB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1

结构域编号 domain_id	5i3uB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	5i3uB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	5i3uB04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	5i3uC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1

结构域编号 domain_id	5i3uC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	5i3uC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	5i3uC04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	5i3uC05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	5i3uD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1

结构域编号 domain_id	5i3uD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	5i3uD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	5i3uD04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

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晶胞边长 a length_a	90.240 Å
晶胞边长 b length_b	128.710 Å
晶胞边长 c length_c	131.660 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.84 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	48.100 Å
R 因子 r_factor	0.2244
R_work r_work	0.2231
R_free r_free	0.2540

STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE N-SITE COMPLEX; CATALYTIC INCORPORATION OF AZTMP to A DNA aptamer in CRYSTAL

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P66 SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5i3u__assembly_1__model_1

5i3u__assembly_1__model_1 | I(q)

5i3u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (5)

STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE N-SITE COMPLEX; CATALYTIC INCORPORATION OF AZTMP to A DNA aptamer in CRYSTAL

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P66 SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5i3u__assembly_1__model_1

5i3u__assembly_1__model_1 | I(q)

5i3u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (5)