← 返回搜索
5i7x

BRD9 in complex with Cpd2 (N,N-dimethyl-3-(6-methyl-7-oxo-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-4-yl)benzamide)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 51.4 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bromodomain-containing protein 9

Homo sapiens

UniProt Q9H8M2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 138–238 未记录 67B N,N-dimethyl-3-(6-methyl-7-oxo-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-4-yl)benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris, pH 6.5, 20% PEG 2000 monomethylether 分辨率 1.18 Å R-free 0.168

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5I7X Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
21GE Solution structures of BRD9 bromodomain in complex with histone H3 acetyl-lysine 18 (H3K18ac) peptide 提交 2025-12-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 134–250（117 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）Null；压力 1
NMR样品组成 500 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 10 mM sodium phosphate, 1.8 mM potassium phosphate, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 500 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 10 mM sodium phosphate, 1.8 mM potassium phosphate, 2 mM DTT, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
21HJ Solution structures of BRD9 bromodomain in complex with histone H3 lactyl-lysine 18 (H3K18la) peptide 提交 2025-12-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 134–250（117 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）null；压力 1
NMR样品组成 500 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 10 mM sodium phosphate, 1.8 mM potassium phosphate, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 500 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 10 mM sodium phosphate, 1.8 mM potassium phosphate, 2 mM DTT, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
3HME Crystal structure of human bromodomain containing 9 isoform 1 (BRD9) 提交 2009-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 14–134（121 aa） 片段：Bromodomain, UNP RESIDUES 14-134
链 B 14–134（121 aa） 片段：Bromodomain, UNP RESIDUES 14-134
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25.5% PEG 3350, 0.17M (NH4)2SO4, 15% glyc, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.23 Å R-free 0.263
4UIV BROMODOMAIN OF HUMAN BRD9 WITH N-(1,1-dioxo-1-thian-4-yl)-5-methyl-4- oxo-7-3-(trifluoromethyl)phenyl-4H,5H-thieno-3,2-c-pyridine-2- carboximidamide 提交 2015-04-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 134–238（105 aa） 片段：BROMODOMAIN OF BRD9, UNP RESIDUES 134-238
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 XZB N-(1,1-dioxo-1-thian-4-yl)-5-methyl-4-oxo-7-3-(trifluoromethyl)phenyl-4H,5H-thieno-3,2-c-pyridine-2-carboximidamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；277 K；0.1M MORPHEUS BUFFER PH 6.5, 30% MORPHEUS_EDO_P8K,0.1M MORPHEUS AMINO ACIDS 4C
分辨率 1.72 Å R-free 0.173
4XY8 Crystal Structure of the bromodomain of BRD9 in complex with a 2-amine-9H-purine ligand 提交 2015-02-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa） 片段：UNP residues 14-134
未记录 43U 6-(5-bromo-2-methoxyphenyl)-9H-purin-2-amine × 1 BR BROMIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.20M NaBr, 0.1M BTProp pH 7.5, 20.0% PEG 3350, 10.0% EtGly,
分辨率 1.70 Å R-free 0.186
4YY4 Crystal structure of BRD9 Bromodomain bound to DMSO 提交 2015-03-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
未记录 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% w/v PEG3350
分辨率 1.47 Å R-free 0.234
4YY6 Crystal structure of BRD9 Bromodomain bound to a butyryllysine peptide 提交 2015-03-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；277 K；0.2 M sodium malonate, pH 4.0, 20% w/v PEG3350
分辨率 1.45 Å R-free 0.208
4YYD Crystal structure of BRD9 Bromodomain bound to a crotonyllysine peptide 提交 2015-03-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2 M sodium malonate, pH 7.0, 20% w/v PEG3350
分辨率 1.52 Å R-free 0.226
4YYG Crystal structure of BRD9 Bromodomain bound to a butyryllysine peptide 提交 2015-03-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.05 M calcium chloride dihydrate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 30% v/v PEG550 MME
分辨率 2.10 Å R-free 0.311
4YYH Crystal structure of BRD9 Bromodomain bound to a crotonyllysine peptide 提交 2015-03-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 0.2 M sodium chloride, 20% w/v PEG3350
分辨率 1.74 Å R-free 0.260
4YYH Crystal structure of BRD9 Bromodomain bound to a crotonyllysine peptide 提交 2015-03-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 0.2 M sodium chloride, 20% w/v PEG3350
分辨率 1.74 Å R-free 0.260
4YYI Crystal structure of BRD9 Bromodomain bound to an acetylated peptide 提交 2015-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
链 B 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 25% w/v PEG3350
分辨率 1.50 Å R-free 0.242
4YYI Crystal structure of BRD9 Bromodomain bound to an acetylated peptide 提交 2015-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
链 E 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 25% w/v PEG3350
分辨率 1.50 Å R-free 0.242
4YYJ Crystal structure of BRD9 Bromodomain bound to a butyryllysine peptide 提交 2015-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
链 B 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M ammonium chloride, 20% w/v PEG3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.244
4YYJ Crystal structure of BRD9 Bromodomain bound to a butyryllysine peptide 提交 2015-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
链 E 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M ammonium chloride, 20% w/v PEG3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.244
4YYK Crystal structure of BRD9 Bromodomain bound to a crotonyllysine peptide 提交 2015-03-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
链 B 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M MES, pH 6.5, 15% w/v PEG550 MME
分辨率 1.79 Å R-free 0.261
4YYK Crystal structure of BRD9 Bromodomain bound to a crotonyllysine peptide 提交 2015-03-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
链 E 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M MES, pH 6.5, 15% w/v PEG550 MME
分辨率 1.79 Å R-free 0.261
4Z6H Crystal structure of BRD9 bromodomain in complex with a valerolactam quinolone ligand 提交 2015-04-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa） 片段：unp residues 14-134
未记录 4L2 1,4-dimethyl-7-(2-oxopiperidin-1-yl)quinolin-2(1H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277.15 K；0.1 M PCB pH 8, 30% PEG1K
分辨率 1.80 Å R-free 0.271
4Z6H Crystal structure of BRD9 bromodomain in complex with a valerolactam quinolone ligand 提交 2015-04-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 14–134（121 aa） 片段：unp residues 14-134
未记录 4L2 1,4-dimethyl-7-(2-oxopiperidin-1-yl)quinolin-2(1H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277.15 K；0.1 M PCB pH 8, 30% PEG1K
分辨率 1.80 Å R-free 0.271
4Z6I Crystal structure of BRD9 bromodomain in complex with a substituted valerolactam quinolone ligand 提交 2015-04-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa） 片段：unp residues 14-134
未记录 4L3 tert-butyl [(2R,3S)-1-(1,4-dimethyl-2-oxo-1,2-dihydroquinolin-7-yl)-6-oxo-2-phenylpiperidin-3-yl]carbamate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277.15 K；0.1M MMT pH6, 30% PEG 1k
分辨率 1.95 Å R-free 0.230
4Z6I Crystal structure of BRD9 bromodomain in complex with a substituted valerolactam quinolone ligand 提交 2015-04-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 14–134（121 aa） 片段：unp residues 14-134
未记录 4L3 tert-butyl [(2R,3S)-1-(1,4-dimethyl-2-oxo-1,2-dihydroquinolin-7-yl)-6-oxo-2-phenylpiperidin-3-yl]carbamate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277.15 K；0.1M MMT pH6, 30% PEG 1k
分辨率 1.95 Å R-free 0.230
5E9V Crystal structure of BRD9 bromodomain in complex with an indolizine ligand 提交 2015-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 14–134（121 aa） 片段：UNP residues 14-134
链 B 14–134（121 aa） 片段：UNP residues 14-134
未记录 5L0 1-[1-(imidazo[1,2-a]pyridin-5-yl)-7-(morpholin-4-yl)indolizin-3-yl]ethanone × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.2 M NaNO3, 0.1 M BTProp pH 6.5, 20% PEG 3350, 10% EtGly
分辨率 1.80 Å R-free 0.231
5EU1 CRYSTAL STRUCTURE OF BRD9 IN COMPLEX WITH BI-7273 提交 2015-11-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa） 片段：UNP residues 14-134
未记录 5SW 4-[4-[(dimethylamino)methyl]-3,5-dimethoxy-phenyl]-2-methyl-2,7-naphthyridin-1-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；30 % glycerol ethoxylate, 0.1 M Tris
分辨率 1.60 Å R-free 0.192
5EU1 CRYSTAL STRUCTURE OF BRD9 IN COMPLEX WITH BI-7273 提交 2015-11-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 14–134（121 aa） 片段：UNP residues 14-134
未记录 5SW 4-[4-[(dimethylamino)methyl]-3,5-dimethoxy-phenyl]-2-methyl-2,7-naphthyridin-1-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；30 % glycerol ethoxylate, 0.1 M Tris
分辨率 1.60 Å R-free 0.192
5F1H Crystal structure of the BRD9 bromodamian in complex with BI-9564. 提交 2015-11-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa） 片段：Bromodomain, UNP residues 14-134
未记录 5U6 4-[4-[(dimethylamino)methyl]-2,5-dimethoxy-phenyl]-2-methyl-2,7-naphthyridin-1-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；glycerol ethoxylate, Tris
分辨率 1.82 Å R-free 0.202
5F1H Crystal structure of the BRD9 bromodamian in complex with BI-9564. 提交 2015-11-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 14–134（121 aa） 片段：Bromodomain, UNP residues 14-134
未记录 5U6 4-[4-[(dimethylamino)methyl]-2,5-dimethoxy-phenyl]-2-methyl-2,7-naphthyridin-1-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；glycerol ethoxylate, Tris
分辨率 1.82 Å R-free 0.202
5F1L Crystal structure of the bromodomain of BRD9 in complex with compound 9. 提交 2015-11-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa） 片段：Bromodomain, UNP residues 14-134
未记录 5U2 5-[3,5-dimethoxy-4-[(3-oxidanylazetidin-1-yl)methyl]phenyl]-1,3-dimethyl-pyridin-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；glycerol ethoxylate, Tris
分辨率 2.30 Å R-free 0.209
5F1L Crystal structure of the bromodomain of BRD9 in complex with compound 9. 提交 2015-11-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 14–134（121 aa） 片段：Bromodomain, UNP residues 14-134
未记录 5U2 5-[3,5-dimethoxy-4-[(3-oxidanylazetidin-1-yl)methyl]phenyl]-1,3-dimethyl-pyridin-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；glycerol ethoxylate, Tris
分辨率 2.30 Å R-free 0.209
5F25 Crystal structure of the BRD9 bromodomain in complex with compound 4. 提交 2015-12-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa） 片段：bromodomain
未记录 5TU 4-(1,5-dimethyl-6-oxidanylidene-pyridin-3-yl)benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；glycerol ethoxylate, Tris
分辨率 1.68 Å R-free 0.205
5F25 Crystal structure of the BRD9 bromodomain in complex with compound 4. 提交 2015-12-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 14–134（121 aa） 片段：bromodomain
未记录 5TU 4-(1,5-dimethyl-6-oxidanylidene-pyridin-3-yl)benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；glycerol ethoxylate, Tris
分辨率 1.68 Å R-free 0.205
5F2P Crystal structure of the BRD9 bromodomain in complex with compound 3. 提交 2015-12-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa） 片段：bromodomain
未记录 5TY 2-(dimethylamino)-6-methyl-pyrido[4,3-d]pyrimidin-5-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；glycerol ethoxylate, Tris
分辨率 1.80 Å R-free 0.220
5F2P Crystal structure of the BRD9 bromodomain in complex with compound 3. 提交 2015-12-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 14–134（121 aa） 片段：bromodomain
未记录 5TY 2-(dimethylamino)-6-methyl-pyrido[4,3-d]pyrimidin-5-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；glycerol ethoxylate, Tris
分辨率 1.80 Å R-free 0.220
5I40 BRD9 in complex with Cpd1 (6-methyl-1,6-dihydro-7H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-7-one) 提交 2016-02-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 138–239（102 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 67N 6-methyl-1,6-dihydro-7H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-7-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277.1 K；0.2 M sodium formate 10-15% PEG3350
分辨率 1.04 Å R-free 0.160
5I7Y BRD9 in complex with Cpd4 ((E)-3-(6-(but-2-en-1-yl)-7-oxo-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-4-yl)-N,N-dimethylbenzamide) 提交 2016-02-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 138–238（101 aa）
未记录 69G 3-{6-[(2E)-but-2-en-1-yl]-7-oxo-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-4-yl}-N,N-dimethylbenzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris, pH 6.5, 20% PEG 2000 monomethylether
分辨率 1.45 Å R-free 0.187
5IGM Crystal structure of the bromodomain of human BRD9 in complex with bromosporine (BSP) 提交 2016-02-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 14–134（121 aa） 片段：UNP Residues 14-134
链 B 14–134（121 aa） 片段：UNP Residues 14-134
未记录 BMF Bromosporine × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M bis tris pH 5.5, 0.2 M sodium chloride, 25% PEG3350
分辨率 1.60 Å R-free 0.266
5IGN Crystal structure of human BRD9 bromodomain in complex with LP99 chemical probe 提交 2016-02-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 14–134（121 aa） 片段：UNP residues 14-134
链 B 14–134（121 aa） 片段：UNP residues 14-134
未记录 6B2 N-[(2R,3S)-2-(4-chlorophenyl)-1-(1,4-dimethyl-2-oxo-1,2-dihydroquinolin-7-yl)-6-oxopiperidin-3-yl]-2-methylpropane-1-sulfonamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M sodium nitrate, 0.1 M bis tris propane pH 8.5, 20% PEG 3350, 10% ethylene glycol
分辨率 1.70 Å R-free 0.243
5JI8 Crystal structure of the BRD9 bromodomain and hit 1 提交 2016-04-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 137–239（103 aa） 片段：UNP residues 137-239
未记录 6KT 2-amino-1,3-benzothiazole-6-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；0.1M Bis-Tris PH6.4, 27% PEG 3350
分辨率 1.42 Å R-free 0.170
5MKY BROMODOMAIN OF HUMAN BRD9 WITH 4-chloro-2-methyl-5-((2-methyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-5-yl)amino)pyridazin-3(2H)-one 提交 2016-12-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 134–238（105 aa）
未记录 I0D 4-chloranyl-2-methyl-5-[(2-methyl-3,4-dihydro-1~{H}-isoquinolin-5-yl)amino]pyridazin-3-one × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus condition 54 - 0.1M morpheus buffer 2 pH 7.5, 30% morpheus_EDO_P8K, 0.1M Morpheus ethylene glycols
分辨率 1.67 Å R-free 0.220
5TWX Crystal Structure of BRD9 bromodomain 提交 2016-11-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 134–250（117 aa） 片段：UNP residues 134-250
未记录 7P7 N-[6-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1,3-dioxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-4-yl}oxy)hexyl]-2-(4-{2-[N-(1,1-dioxo-1lambda~6~-thian-4-yl)carbamimidoyl]-5-methyl-4-oxo-4,5-dihydrothieno[3,2-c]pyridin-7-yl}-2-methoxyphenoxy)acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 4000
分辨率 2.55 Å R-free 0.280
5TWX Crystal Structure of BRD9 bromodomain 提交 2016-11-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 134–250（117 aa） 片段：UNP residues 134-250
未记录 7P7 N-[6-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1,3-dioxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-4-yl}oxy)hexyl]-2-(4-{2-[N-(1,1-dioxo-1lambda~6~-thian-4-yl)carbamimidoyl]-5-methyl-4-oxo-4,5-dihydrothieno[3,2-c]pyridin-7-yl}-2-methoxyphenoxy)acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 4000
分辨率 2.55 Å R-free 0.280
5TWX Crystal Structure of BRD9 bromodomain 提交 2016-11-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 134–250（117 aa） 片段：UNP residues 134-250
未记录 7P7 N-[6-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1,3-dioxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-4-yl}oxy)hexyl]-2-(4-{2-[N-(1,1-dioxo-1lambda~6~-thian-4-yl)carbamimidoyl]-5-methyl-4-oxo-4,5-dihydrothieno[3,2-c]pyridin-7-yl}-2-methoxyphenoxy)acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 4000
分辨率 2.55 Å R-free 0.280
5TWX Crystal Structure of BRD9 bromodomain 提交 2016-11-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 134–250（117 aa） 片段：UNP residues 134-250
未记录 7P7 N-[6-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1,3-dioxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-4-yl}oxy)hexyl]-2-(4-{2-[N-(1,1-dioxo-1lambda~6~-thian-4-yl)carbamimidoyl]-5-methyl-4-oxo-4,5-dihydrothieno[3,2-c]pyridin-7-yl}-2-methoxyphenoxy)acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 4000
分辨率 2.55 Å R-free 0.280
5TWX Crystal Structure of BRD9 bromodomain 提交 2016-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 134–250（117 aa） 片段：UNP residues 134-250
链 B 134–250（117 aa） 片段：UNP residues 134-250
链 C 134–250（117 aa） 片段：UNP residues 134-250
链 D 134–250（117 aa） 片段：UNP residues 134-250
未记录 7P7 N-[6-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1,3-dioxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-4-yl}oxy)hexyl]-2-(4-{2-[N-(1,1-dioxo-1lambda~6~-thian-4-yl)carbamimidoyl]-5-methyl-4-oxo-4,5-dihydrothieno[3,2-c]pyridin-7-yl}-2-methoxyphenoxy)acetamide × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 4000
分辨率 2.55 Å R-free 0.280
6BQA BRD9 bromodomain in complex with 3-(6-(but-3-en-1-yl)-7-oxo-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-4-yl)-N,N-dimethylbenzamide 提交 2017-11-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 138–239（102 aa） 片段：BRD9 bromodomain
未记录 67C 3-[6-(but-3-en-1-yl)-7-oxo-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-4-yl]-N,N-dimethylbenzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris, pH 6.5, 20% PEG 2000 monomethylether
分辨率 1.03 Å R-free 0.171
6HM0 Crystal structure of human BRD9 bromodomain in complex with a PROTAC 提交 2018-09-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa）
未记录 GBW (2~{S},4~{S})-1-[(2~{S})-2-[2-[2-[2-[4-[[2,6-dimethoxy-4-(2-methyl-1-oxidanylidene-2,7-naphthyridin-4-yl)phenyl]methyl]piperazin-1-yl]ethoxy]ethoxy]ethanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；24% PEG 3350 0.2 M NH4F
分辨率 2.40 Å R-free 0.251
6HM0 Crystal structure of human BRD9 bromodomain in complex with a PROTAC 提交 2018-09-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 14–134（121 aa）
未记录 GBW (2~{S},4~{S})-1-[(2~{S})-2-[2-[2-[2-[4-[[2,6-dimethoxy-4-(2-methyl-1-oxidanylidene-2,7-naphthyridin-4-yl)phenyl]methyl]piperazin-1-yl]ethoxy]ethoxy]ethanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；24% PEG 3350 0.2 M NH4F
分辨率 2.40 Å R-free 0.251
6UZF Crystal structure of the unliganded bromodomain of human BRD9 提交 2019-11-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；291 K；0.05 M (NH4)2SO4, 0.05 M Bis-Tris (pH 6.5), 30% Pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH)
分辨率 1.75 Å R-free 0.219
6V0S Crystal structure of the bromodomain of human BRD9 bound to TG003 提交 2019-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 14–134（121 aa）
链 B 14–134（121 aa）
未记录 EAE (1~{Z})-1-(3-ethyl-5-methoxy-1,3-benzothiazol-2-ylidene)propan-2-one × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；291 K；0.2 M Li2SO4, 0.1 M HEPES (pH 7.5), 25% w/v PEG 3,350
分辨率 2.40 Å R-free 0.230
6V0X Crystal structure of the bromodomain of human BRD9 bound to sunitinib 提交 2019-11-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa）
未记录 B49 N-[2-(diethylamino)ethyl]-5-[(Z)-(5-fluoro-2-oxo-1,2-dihydro-3H-indol-3-ylidene)methyl]-2,4-dimethyl-1H-pyrrole-3-carbo xamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), and 25% PEG 3350
分辨率 1.50 Å R-free 0.223
6V14 Crystal structure of the bromodomain of human BRD9 bound to TP472 提交 2019-11-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa）
未记录 QMG 3-(6-acetylpyrrolo[1,2-a]pyrimidin-8-yl)-N-cyclopropyl-4-methylbenzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), and 25% PEG 3350
分辨率 1.70 Å R-free 0.171
6V1B Crystal structure of the bromodomain of human BRD9 bound to I-BRD9 提交 2019-11-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 H1B N'-[1,1-bis(oxidanylidene)thian-4-yl]-5-ethyl-4-oxidanylidene-7-[3-(trifluoromethyl)phenyl]thieno[3,2-c]pyridine-2-carboximidamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M KSCN, 30% w/v PEG MME 2,000
分辨率 1.35 Å R-free 0.203
6V1B Crystal structure of the bromodomain of human BRD9 bound to I-BRD9 提交 2019-11-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 14–134（121 aa）
未记录 H1B N'-[1,1-bis(oxidanylidene)thian-4-yl]-5-ethyl-4-oxidanylidene-7-[3-(trifluoromethyl)phenyl]thieno[3,2-c]pyridine-2-carboximidamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M KSCN, 30% w/v PEG MME 2,000
分辨率 1.35 Å R-free 0.203
6V1B Crystal structure of the bromodomain of human BRD9 bound to I-BRD9 提交 2019-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 14–134（121 aa）
链 B 14–134（121 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 H1B N'-[1,1-bis(oxidanylidene)thian-4-yl]-5-ethyl-4-oxidanylidene-7-[3-(trifluoromethyl)phenyl]thieno[3,2-c]pyridine-2-carboximidamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M KSCN, 30% w/v PEG MME 2,000
分辨率 1.35 Å R-free 0.203
6Y7H Structure of the BRD9 bromodomain and compound 11 提交 2020-03-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa）
未记录 OFK 1-(8-phenylpyrrolo[1,2-a]pyrimidin-6-yl)ethanone × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.05M ammonium sulfate, 30% pentaerythritol ethoxylate 15/4, 0.1M bis-tris pH 6.5
分辨率 1.80 Å R-free 0.226
6Y7H Structure of the BRD9 bromodomain and compound 11 提交 2020-03-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 14–134（121 aa）
未记录 OFK 1-(8-phenylpyrrolo[1,2-a]pyrimidin-6-yl)ethanone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.05M ammonium sulfate, 30% pentaerythritol ethoxylate 15/4, 0.1M bis-tris pH 6.5
分辨率 1.80 Å R-free 0.226
6Y7I Structure of the BRD9 bromodomain and compound 2 提交 2020-03-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa）
未记录 OF8 1-(8-pyridin-2-ylpyrrolo[1,2-a]pyrimidin-6-yl)ethanone × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；277 K；20% PEG3350, 10% ethylene glycol, 0.1M bis-tris-propane pH 6.5, 0.02M sodium/potassium phosphate
分辨率 1.60 Å R-free 0.215
6Y7I Structure of the BRD9 bromodomain and compound 2 提交 2020-03-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 14–134（121 aa）
未记录 OF8 1-(8-pyridin-2-ylpyrrolo[1,2-a]pyrimidin-6-yl)ethanone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；277 K；20% PEG3350, 10% ethylene glycol, 0.1M bis-tris-propane pH 6.5, 0.02M sodium/potassium phosphate
分辨率 1.60 Å R-free 0.215
6Y7J Structure of the BRD9 bromodomain and compound 15 提交 2020-03-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa）
未记录 OF5 1-[8-(2,5-dimethoxyphenyl)pyrrolo[1,2-a]pyrimidin-6-yl]ethanone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2M ammonium acetate, 25% PEG3350, 0.1M HEPES pH 7.5
分辨率 1.60 Å R-free 0.244
6Y7J Structure of the BRD9 bromodomain and compound 15 提交 2020-03-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 14–134（121 aa）
未记录 OF5 1-[8-(2,5-dimethoxyphenyl)pyrrolo[1,2-a]pyrimidin-6-yl]ethanone × 1 ACT ACETATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2M ammonium acetate, 25% PEG3350, 0.1M HEPES pH 7.5
分辨率 1.60 Å R-free 0.244
6Y7K Structure of the BRD9 bromodomain and compound 27 提交 2020-03-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa）
未记录 OEZ ~{N}-cyclobutyl-3-(6-ethanoylpyrrolo[1,2-a]pyrimidin-8-yl)-4-methoxy-benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20% PEG3350,10% ethylene glycol, 0.1M bis-tris-propane pH 7.5, 0.2M potassium thiocyanate
分辨率 1.20 Å R-free 0.158
6Y7L Structure of the BRD9 bromodomain and TP-472 提交 2020-03-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa）
未记录 QMG 3-(6-acetylpyrrolo[1,2-a]pyrimidin-8-yl)-N-cyclopropyl-4-methylbenzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.2M sodium chloride, 25% PEG3350, 0.1M tris pH 8.5
分辨率 1.80 Å R-free 0.190
6YQR BRD9 with Biphenyl-methylamino-dimethylpyridazinone 提交 2020-04-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 AAA 134–238（105 aa）
未记录 P8W 2,4-dimethyl-5-[(2-phenylphenyl)methylamino]pyridazin-3-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.10M morpheus buffer 1 (1M pH 6.5), 30.00% morpheus EDO_P8K (60%) 0.10M Morpheus Amino Acids (1M)
分辨率 1.68 Å R-free 0.185
6YQS BRD9 with methylpiperazinyl-benzyl-amino-dimethylpyridazinone 提交 2020-04-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 AAA 134–238（105 aa）
未记录 P8Z 2,4-dimethyl-5-[[2-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]methylamino]pyridazin-3-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.03M NaF, 0.03M NaI, 0.03M NaBr, 0.10M morpheus buffer 3 (1M pH 8.5), 37.5% morpheus MPD_P1K_3350
分辨率 1.68 Å R-free 0.201
6YQW BRD9 with 4-chloro-2-methyl-methylamino-pyridazinone 提交 2020-04-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 134–238（105 aa）
未记录 82I 4-chloranyl-2-methyl-5-(methylamino)pyridazin-3-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1M morpheus buffer 3, pH 8.5, 30% morpheus_EDO_p8K, 0.1M morpheus alcohol
分辨率 1.50 Å R-free 0.276
8A7I Crystal structure of BRD9 bromodomain in complex with compound EA-89 提交 2022-06-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 130–240（111 aa）
未记录 L8L ~{N}-[1,1-bis(oxidanylidene)thian-4-yl]-7-[3-methyl-1-(piperidin-4-ylmethyl)indol-5-yl]-4-oxidanylidene-5-propyl-thieno[3,2-c]pyridine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；15% PEG 3350, 0.1M Succinic Acid
分辨率 1.76 Å R-free 0.237
8A7I Crystal structure of BRD9 bromodomain in complex with compound EA-89 提交 2022-06-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 130–240（111 aa）
未记录 L8L ~{N}-[1,1-bis(oxidanylidene)thian-4-yl]-7-[3-methyl-1-(piperidin-4-ylmethyl)indol-5-yl]-4-oxidanylidene-5-propyl-thieno[3,2-c]pyridine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；15% PEG 3350, 0.1M Succinic Acid
分辨率 1.76 Å R-free 0.237
8AHC Crystal structure of the BRD9 bromodomain with BI-7189 提交 2022-07-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa）
未记录 M2O [2,6-dimethoxy-4-(1,2,5-trimethyl-6-oxidanylidene-pyridin-3-yl)phenyl]methyl-dimethyl-azanium × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.44；277 K；100 mM Tris 28% glycerol ethoxylate
分辨率 1.50 Å R-free 0.230
8AHC Crystal structure of the BRD9 bromodomain with BI-7189 提交 2022-07-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 14–134（121 aa）
未记录 M2O [2,6-dimethoxy-4-(1,2,5-trimethyl-6-oxidanylidene-pyridin-3-yl)phenyl]methyl-dimethyl-azanium × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.44；277 K；100 mM Tris 28% glycerol ethoxylate
分辨率 1.50 Å R-free 0.230
9DU1 Co-crystal structure of the ternary complex of human FKBP12, BRD9 bromo domain and Compound 1 提交 2024-10-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 E 130–240（111 aa）
链 F 130–240（111 aa）
链 G 130–240（111 aa）
链 H 130–240（111 aa）
未记录 A1BB8 4-[4-{cyclopropyl[(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)methyl]amino}-6-({1-[(2R)-2-{[(2S)-1-(3,3-dimethyl-2-oxopentanoyl)piperidine-2-carbonyl]amino}-4-(4-methoxyphenyl)butanoyl]piperidin-4-yl}amino)-1,3,5-triazin-2-yl]-N-ethylpiperazine-1-carboxamide × 4 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES PH 7.5, 20% PEG 8000 (MCSG SCREEN 1, CONDITION A1); 1:1:1 FKBP12:BRD9:MOTHER LIQUOR PLUS EQUIMOLAR COMPOUND IN 200-NL DROP. COMPLEX CONCENTRATED TO 10 MG/ML
分辨率 2.01 Å R-free 0.259
9KLA Crystal Structure of the bromodomain of human BRD9 in complex with the inhibitor Y22024 提交 2024-11-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 134–239（106 aa）
未记录 A1EF0 1-[1-(3,5-dimethoxyphenyl)indolizin-3-yl]ethanone × 4 GOL GLYCEROL × 2 MLT D-MALATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2 M DL-Malic acid pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 1.78 Å R-free 0.232
9KLY Crystal Structure of the bromodomain of human BRD9 in complex with the inhibitor Y22032 提交 2024-11-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 134–239（106 aa）
未记录 A1EHA 1-[1-[2,5-dimethoxy-4-[(1~{S})-1-oxidanylethyl]phenyl]indolizin-3-yl]ethanone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Sodium malonate pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.15 Å R-free 0.227
9KM1 Crystal Structure of the bromodomain of human BRD9 in complex with the inhibitor Y22077 提交 2024-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 134–239（106 aa）
链 B 134–239（106 aa）
未记录 A1EFZ 1-[1-[4-(imidazol-1-ylmethyl)-3,5-dimethoxy-phenyl]indolizin-3-yl]propan-1-one × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.68 Å R-free 0.300
9LKR Crystal Structure of the bromodomain of human BRD9 in complex with the inhibitor Y22076 提交 2025-01-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 134–239（106 aa）
链 B 134–239（106 aa）
未记录 A1EKN 1-[1-[4-(imidazol-1-ylmethyl)-3,5-dimethoxy-phenyl]indolizin-3-yl]ethanone × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.68 Å R-free 0.328

共 50 个其他 PDB 条目、73 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BRD9_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–101； UniProt 138–238

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5i7x

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5i7x
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5i7x
沉积日期 deposition_date2016-02-18
结构标题 titleBRD9 in complex with Cpd2 (N,N-dimethyl-3-(6-methyl-7-oxo-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-4-yl)benzamide)
关键词 keywordsBromodomain Inhibitor Epigenetics Structure-based drug design, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier14.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.55 Å
零角强度 I(0) i02670990.00
分子量 molecular_weight11946.0 kDa
排除体积 excluded_volume15211 ų
包络体积 envelope_volume16478 ų
水化壳体积 shell_volume10674 ų
包络直径 envelope_diameter48.4 Å
壳层 Rg shell_rg18.83 Å
包络 Rg envelope_rg13.85 Å
形状 Rg shape_rg13.45 Å
总 Rg total_rg15.05 Å
总原子数 total_atoms835
残基数 n_residues100
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax51.4 Å
Rg (实空间) rg_real14.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real2.6710e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.8240e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal14.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2671000.0000
解质量估计 total_estimate0.8473
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary16.9 Å
偏度 Skewness skewness0.303
峰度 Kurtosis kurtosis-0.239
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha629200.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.682; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.994
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd5i7xa_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamilya.29.2 — Bromodomain
家族 Family familya.29.2.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id5i7xA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bromodomain-like
▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)