9du1

Co-crystal structure of the ternary complex of human FKBP12, BRD9 bromo domain and Compound 1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 110.0 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9du1
沉积日期 deposition_date	2024-10-02
最后修订 last_revision	2025-10-08
结构标题 title	Co-crystal structure of the ternary complex of human FKBP12, BRD9 bromo domain and Compound 1
关键词 keywords	FKBP12, BRD9, bromo domain, glue degrader, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.10 Å
零角强度 I(0) i0	285569000.00
分子量 molecular_weight	91185.0 kDa
排除体积 excluded_volume	88727 Å³
包络体积 envelope_volume	165910 Å³
水化壳体积 shell_volume	43736 Å³
包络直径 envelope_diameter	116.5 Å
壳层 Rg shell_rg	38.46 Å
包络 Rg envelope_rg	31.38 Å
形状 Rg shape_rg	32.08 Å
总 Rg total_rg	32.53 Å
总原子数 total_atoms	6901
残基数 n_residues	841
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	110.0 Å
Rg (实空间) rg_real	32.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.79 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8560e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.3880e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	285600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6434
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	43.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.169
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.246
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16620000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.746; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.049; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.978

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
分子量 formula_weight	12054.8 kDa
EC 编号 ec_number	5.2.1.8
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7707

SMGVQVETISPGDGRTFPKRGQTCVVHYTGMLEDGKKFDSSRDRNKPFKFMLGKQEVIRGWEEGVAQMSVGQRAKLTISPDYAYGATGHPGIIPPHATLVFDVELLKLE

Entity 2 polymer

描述 description	Bromodomain-containing protein 9
分子量 formula_weight	13323.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

GPLGSRTQPAENESTPIQQLLEHFLRQLQRKDPHGFFAFPVTDAIAPGYSMIIKHPMDFGTMKDKIVANEYKSVTEFKADFKLMCDNAMTYNRPDTVYYKLAKKILHAGFKMMSKQ

Entity 3 non-polymer

描述 description	;4-[4-{cyclopropyl[(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)methyl]amino}-6-({1-[(2R)-2-{[(2S)-1-(3,3-dimethyl-2-oxopentanoyl)piperidine-2-carbonyl]amino}-4-(4-methoxyphenyl)butanoyl]piperidin-4-yl}amino)-1,3,5-triazin-2-yl]-N-ethylpiperazine-1-carboxamide ;
分子量 formula_weight	912.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	791

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	59.163 Å
晶胞边长 b length_b	97.512 Å
晶胞边长 c length_c	100.002 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.69 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.010 Å
最低分辨率 resolution_low	59.040 Å
R 因子 r_factor	0.2254
R_work r_work	0.2236
R_free r_free	0.2588

fit	/app/data/saxs_computation/du/9du1/9du1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/du/9du1/9du1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/du/9du1/9du1.dat

Co-crystal structure of the ternary complex of human FKBP12, BRD9 bromo domain and Compound 1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)