SAXSdb — 21kt

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	21kt
沉积日期 deposition_date	2025-12-17
结构标题 title	Wnt3a signalosome extracellular complex
关键词 keywords	Wnt3a-Fzd8-LRP6 extracellular complex, cryo-EM structure, FKBP-independent Wnt3a homodimer, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	56.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	56.44 Å
零角强度 I(0) i0	1132600000.00
分子量 molecular_weight	271100.0 kDa
排除体积 excluded_volume	334880 Å³
包络体积 envelope_volume	510390 Å³
水化壳体积 shell_volume	77745 Å³
包络直径 envelope_diameter	184.1 Å
壳层 Rg shell_rg	55.85 Å
包络 Rg envelope_rg	54.37 Å
形状 Rg shape_rg	56.43 Å
总 Rg total_rg	56.47 Å
总原子数 total_atoms	19006
残基数 n_residues	2376
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	182.9 Å
Rg (实空间) rg_real	56.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1330e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4070e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	56.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1133000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8756
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	71.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.198
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.647
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	44770000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.945; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.547

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Protein Wnt-3a
分子量 formula_weight	37438.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	19006

SYPIWWSLAVGPQYSSLSTQPILCASIPGLVPKQLRFCRNYVEIMPSVAEGVKAGIQECQHQFRGRRWNCTTVSNSLAIFGPVLDKATRESAFVHAIASAGVAFAVTRSCAEGSAAICGCSSRLQGSPGEGWKWGGCSEDIEFGGMVSREFADARENRPDARSAMNRHNNEAGRQAIASHMHLKCKCHGLSGSCEVKTCWWSQPDFRTIGDFLKDKYDSASEMVVEKHRESRGWVETLRPRYTYFKVPTERDLVYYEASPNFCEPNPETGSFGTRDRTCNVSSHGIDGCDLLCCGRGHNARTERRREKCHCVFHWCCYVSCQECTRVYDVHTCK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

Entity 2 polymer

描述 description	Frizzled-8,Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
分子量 formula_weight	29762.5 kDa
EC 编号 ec_number	5.2.1.8
突变 mutation	Q159A,E161A,C178S,Q221A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,H,G

HHHHHHHHASAKELACQEITVPLCKGIGYNYTYMPNQFNHDTQDEAGLEVHQFWPLVEIQCSPDLKFFLCSMYTPICLEDYKKPLPPCRSVCERAKAGCAPLMRQYGFAWPDRMRCDRLPEQGNPDTLCMDYNRTDGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGVAVATISPGDGRTFPKRGQTSVVHYTGMLEDGKKFDSSRDRNKPFKFMLGKQEVIRGWEEGVAAMSVGQRAKLTISPDYAYGATGHPGIIPPHATLVFDVELLKLEDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Low-density lipoprotein receptor-related protein 6,Serine/threonine-protein kinase mTOR
分子量 formula_weight	85227.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
突变 mutation	C715S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,B

DYKDDDDKPEAFLLFSRRADIRRISLETNNNNVAIPLTGVKEASALDFDVTDNRIYWTDISLKTISRAFMNGSALEHVVEFGLDYPEGMAVDWLGKNLYWADTGTNRIEVSKLDGQHRQVLVWKDLDSPRALALDPAEGFMYWTEWGGKPKIDRAAMDGSERTTLVPNVGRANGLTIDYAKRRLYWTDLDTNLIESSNMLGLNREVIADDLPHPFGLTQYQDYIYWTDWSRRSIERANKTSGQNRTIIQGHLDYVMDILVFHSSRQSGWNECASSNGHCSHLCLAVPVGGFVCGCPAHYSLNADNRTCSAPTTFLLFSQKSAINRMVIDEQQSPDIILPIHSLRNVRAIDYDPLDKQLYWIDSRQNMIRKAQEDGSQGFTVVVSSVPSQNLEIQPYDLSIDIYSRYIYWTCEATNVINVTRLDGRSVGVVLKGEQDRPRAVVVNPEKGYMYFTNLQERSPKIERAALDGTEREVLFFSGLSKPIALALDSRLGKLFWADSDLRRIESSDLSGANRIVLEDSNILQPVGLTVFENWLYWIDKQQQMIEKIDMTGREGRTKVQARIAQLSDIHAVKELNLQEYRQHPCAQDNGGCSHICLVKGDGTTRCSCPMHLVLLQDELSCGEGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSELIRVAILWHEMWHEGLEEASRLYFGERNVKGMFEVLEPLHAMMERGPQTLKETSFNQAYGRDLMEAQEWSRKYMKSGNVKDLTQAWDLYYHVFRRISKQHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.330 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.33 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	230266

fit	/app/data/saxs_computation/1k/21kt/21kt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/1k/21kt/21kt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/1k/21kt/21kt.dat

Wnt3a signalosome extracellular complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 branched

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)