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5iay

NMR structure of UHRF1 Tandem Tudor Domains in a complex with Spacer peptide

Method: SOLUTION NMR Dmax: 78.8 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1

Homo sapiens

UniProt Q96T88

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 134–285 片段：UNP residues 134-285 Spacer × 1 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7.4；297.15 K NMR样品组成：1.0 mM [U-13C; U-15N] TTD, 1.2 mM Spacer, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1.0 mM [U-15N] Spacer, TTD, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

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其他 PDB 相对当前条目 5IAY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2FAZ Ubiquitin-Like Domain of Human Nuclear Zinc Finger Protein NP95 提交 2005-12-08 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：UBIQUITIN-LIKE DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Well Solution: 20.0% P3350, 0.2 M tri-Li Citrate; Protein Buffer: 20 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 5 mM beta- mercaptoethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.252
2FAZ Ubiquitin-Like Domain of Human Nuclear Zinc Finger Protein NP95 提交 2005-12-08 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa） 片段：UBIQUITIN-LIKE DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Well Solution: 20.0% P3350, 0.2 M tri-Li Citrate; Protein Buffer: 20 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 5 mM beta- mercaptoethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.252
2L3R NMR structure of UHRF1 Tandem Tudor Domains in a complex with Histone H3 peptide 提交 2010-09-21 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 126–285（160 aa） 片段：unp residues 126-285
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 1
NMR样品组成 0.6 mM [U-100% 15N] protein, 0.6 mM [U-100% 13C] protein, 3 mM protein, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2LGG Structure of PHD domain of UHRF1 in complex with H3 peptide 提交 2011-07-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 298–366（69 aa） 片段：UNP RESIDUES 298-366
未记录 ZN ZINC ION × 3 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-1, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2LGK NMR Structure of UHRF1 PHD domains in a complex with histone H3 peptide 提交 2011-07-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 298–366（69 aa） 片段：UNP RESIDUES 298-366
未记录 ZN ZINC ION × 3 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；293.13 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 ambient
NMR样品组成 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-1, 1.8 mM entity_2-2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2LGL NMR structure of the UHRF1 PHD domain 提交 2011-07-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 298–366（69 aa） 片段：PHD domain (UNP RESIDUES 298-366)
未记录 ZN ZINC ION × 3 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；293.15 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient
NMR样品组成 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-1, 137 mM sodium chloride-2, 10 mM potassium phosphate-3, 3 mM DTT-4, 2.7 mM potassium chloride-5, 0.1 mM sodium azide-6, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2PB7 Crystal Structure of the SRA domain of the human UHRF1 protein 提交 2007-03-28 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 408–643（236 aa） 片段：SRA domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；14-19% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.90 Å R-free 0.227
3ASK Structure of UHRF1 in complex with histone tail 提交 2010-12-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 134–367（234 aa） 片段：tandem Tudor domain, PHD finger (residues 134-366)
突变：residues 167-175 was deleted. ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris propane, 200mM sodium citrate, 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.90 Å R-free 0.286
3ASK Structure of UHRF1 in complex with histone tail 提交 2010-12-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 134–367（234 aa） 片段：tandem Tudor domain, PHD finger (residues 134-366)
突变：residues 167-175 was deleted. ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris propane, 200mM sodium citrate, 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.90 Å R-free 0.286
3ASK Structure of UHRF1 in complex with histone tail 提交 2010-12-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 134–367（234 aa） 片段：tandem Tudor domain, PHD finger (residues 134-366)
突变：residues 167-175 was deleted. ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris propane, 200mM sodium citrate, 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.90 Å R-free 0.286
3ASK Structure of UHRF1 in complex with histone tail 提交 2010-12-16 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 134–367（234 aa） 片段：tandem Tudor domain, PHD finger (residues 134-366)
突变：residues 167-175 was deleted. 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris propane, 200mM sodium citrate, 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.90 Å R-free 0.286
3ASL Structure of UHRF1 in complex with histone tail 提交 2010-12-16 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 298–367（70 aa） 片段：PHD finger domain
未记录 ZN ZINC ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10mM sodium citrate, 42% PEGMME2000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.41 Å R-free 0.196
3BI7 Crystal structure of the SRA domain of E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 提交 2007-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 414–617（204 aa） 片段：SRA Domain: Residues 414-617
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 UNL UNKNOWN LIGAND × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；1:1 ratio of protein (34 mg/ml) solution and well solution consisting of 1.4 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 0.2 M NaCl, 1 mM TCEP. Crystals cryoprotected by immersion in the well solution mixed in 1:1 ratio with a water solution containing 20% (w/v) Sucrose, 4% (w/v) Glucose, 18% (v/v) Glycerol and 18% (v/v) Ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.70 Å R-free 0.197
3CLZ The set and ring associated (SRA) domain of UHRF1 bound to methylated DNA 提交 2008-03-20 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 414–617（204 aa） 片段：SRA DOMAIN (UNP residues 414-617)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；12 % PEG 1500, 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M NACL, 0.001 M TCEP, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.20 Å R-free 0.231
3CLZ The set and ring associated (SRA) domain of UHRF1 bound to methylated DNA 提交 2008-03-20 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 414–617（204 aa） 片段：SRA DOMAIN (UNP residues 414-617)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；12 % PEG 1500, 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M NACL, 0.001 M TCEP, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.20 Å R-free 0.231
3CLZ The set and ring associated (SRA) domain of UHRF1 bound to methylated DNA 提交 2008-03-20 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 414–617（204 aa） 片段：SRA DOMAIN (UNP residues 414-617)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；12 % PEG 1500, 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M NACL, 0.001 M TCEP, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.20 Å R-free 0.231
3CLZ The set and ring associated (SRA) domain of UHRF1 bound to methylated DNA 提交 2008-03-20 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 414–617（204 aa） 片段：SRA DOMAIN (UNP residues 414-617)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；12 % PEG 1500, 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M NACL, 0.001 M TCEP, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.20 Å R-free 0.231
3DB3 Crystal structure of the tandem tudor domains of the E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 in complex with trimethylated histone H3-K9 peptide 提交 2008-05-30 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 126–285（160 aa） 片段：Tandem Tudor Domains (UNP residues 126-285)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；3 M SODIUM FORMATE, 0.1 M SODIUM ACETATE, pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.282
3DB4 Crystal structure of the tandem tudor domains of the E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 提交 2008-05-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 126–285（160 aa） 片段：Tandem Tudor Domains (UNP residues 126-285)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；10 % PEG 8000, 0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.001 M TCEP, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.285
3DWH Structural and Functional Analysis of SRA domain 提交 2008-07-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 414–617（204 aa） 片段：SRA domain, YDG Domain, residues 414-617
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；100mM Tris-Hcl 1.2M ammonium Sulfate 0.2M NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.95 Å R-free 0.253
3FL2 Crystal structure of the ring domain of the E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 提交 2008-12-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 672–793（122 aa） 片段：ring domain (UNP residues 672-793)
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；27% PEG MME 2000, 0.1 M TRIS-HCL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.75 Å R-free 0.250
3SHB Crystal Structure of PHD Domain of UHRF1 提交 2011-06-16 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 298–366（69 aa） 片段：PHD domain (UNP RESIDUES 298-366)
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.1M TRIS hydrochloride (pH8.5), 30% w/v Polyethylene glycerol 4000, 0.2M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.80 Å R-free 0.228
3SOU Structure of UHRF1 PHD finger in complex with histone H3 1-9 peptide 提交 2011-06-30 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 298–367（70 aa） 片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；30% w/v polyethylene glycol 8,000, 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 1.80 Å R-free 0.243
3SOU Structure of UHRF1 PHD finger in complex with histone H3 1-9 peptide 提交 2011-06-30 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 298–367（70 aa） 片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；30% w/v polyethylene glycol 8,000, 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 1.80 Å R-free 0.243
3SOU Structure of UHRF1 PHD finger in complex with histone H3 1-9 peptide 提交 2011-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 298–367（70 aa） 片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)
链 B 298–367（70 aa） 片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；30% w/v polyethylene glycol 8,000, 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 1.80 Å R-free 0.243
3SOW Structure of UHRF1 PHD finger in complex with histone H3K4me3 1-9 peptide 提交 2011-06-30 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 298–367（70 aa） 片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；30% w/v polyethylene glycol 8,000, 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 1.95 Å R-free 0.247
3SOW Structure of UHRF1 PHD finger in complex with histone H3K4me3 1-9 peptide 提交 2011-06-30 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 298–367（70 aa） 片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；30% w/v polyethylene glycol 8,000, 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 1.95 Å R-free 0.247
3SOW Structure of UHRF1 PHD finger in complex with histone H3K4me3 1-9 peptide 提交 2011-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 298–367（70 aa） 片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)
链 B 298–367（70 aa） 片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；30% w/v polyethylene glycol 8,000, 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 1.95 Å R-free 0.247
3SOX Structure of UHRF1 PHD finger in the free form 提交 2011-06-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 298–367（70 aa） 片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.65 Å R-free 0.294
3SOX Structure of UHRF1 PHD finger in the free form 提交 2011-06-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 298–367（70 aa） 片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.65 Å R-free 0.294
3SOX Structure of UHRF1 PHD finger in the free form 提交 2011-06-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 298–367（70 aa） 片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.65 Å R-free 0.294
3SOX Structure of UHRF1 PHD finger in the free form 提交 2011-06-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 298–367（70 aa） 片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.65 Å R-free 0.294
3T6R Structure of UHRF1 in complex with unmodified H3 N-terminal tail 提交 2011-07-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 299–364（66 aa） 片段：UNP residues 299-364
未记录 ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl, 25% PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 1.95 Å R-free 0.229
3T6R Structure of UHRF1 in complex with unmodified H3 N-terminal tail 提交 2011-07-29 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 299–364（66 aa） 片段：UNP residues 299-364
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl, 25% PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 1.95 Å R-free 0.229
3ZVY PHD finger of human UHRF1 in complex with unmodified histone H3 N- terminal tail 提交 2011-07-28 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 296–367（72 aa） 片段：PHD FINGER, RESIDUES 296-367
未记录 ZN ZINC ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；290 K；CRYSTALS WERE OBTAINED AT 17 DEGREES USING THE VAPOR DIFFUSION METHOD BY MIXING A PROTEIN SOLUTION AT A CONCENTRATION OF 606 MICROM (IN 20 MM TRIS PH 7, 150 MM NACL, 0.5 MM TCEP, 25 MICROM ZNCL2 AND 0.1 MM PMSF) AND 10-FOLD EXCESS OF PEPTIDE WITH AN EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION (0.1 M TRIS PH 8.5, 0.2 M MGCL2, 30 % PEG 4000). CRYSTALS WERE CRYOPROTECTED WITH 15 % MPD AND FLASH FROZEN IN LIQUID NITROGEN.
分辨率 1.95 Å R-free 0.227
3ZVY PHD finger of human UHRF1 in complex with unmodified histone H3 N- terminal tail 提交 2011-07-28 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 296–367（72 aa） 片段：PHD FINGER, RESIDUES 296-367
未记录 ZN ZINC ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；290 K；CRYSTALS WERE OBTAINED AT 17 DEGREES USING THE VAPOR DIFFUSION METHOD BY MIXING A PROTEIN SOLUTION AT A CONCENTRATION OF 606 MICROM (IN 20 MM TRIS PH 7, 150 MM NACL, 0.5 MM TCEP, 25 MICROM ZNCL2 AND 0.1 MM PMSF) AND 10-FOLD EXCESS OF PEPTIDE WITH AN EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION (0.1 M TRIS PH 8.5, 0.2 M MGCL2, 30 % PEG 4000). CRYSTALS WERE CRYOPROTECTED WITH 15 % MPD AND FLASH FROZEN IN LIQUID NITROGEN.
分辨率 1.95 Å R-free 0.227
3ZVZ PHD finger of human UHRF1 提交 2011-07-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 314–367（54 aa） 片段：PHD FINGER, RESIDUES 314-367
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.45 Å R-free 0.197
4GY5 Crystal structure of the tandem tudor domain and plant homeodomain of UHRF1 with Histone H3K9me3 提交 2012-09-05 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 134–366（233 aa） 片段：Tudor PHD domain, UNP residues 134-366
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；20% PEG 3350, 200mM Ammonium Tartrate, 100mM Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.96 Å R-free 0.288
4GY5 Crystal structure of the tandem tudor domain and plant homeodomain of UHRF1 with Histone H3K9me3 提交 2012-09-05 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 134–366（233 aa） 片段：Tudor PHD domain, UNP residues 134-366
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；20% PEG 3350, 200mM Ammonium Tartrate, 100mM Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.96 Å R-free 0.288
4GY5 Crystal structure of the tandem tudor domain and plant homeodomain of UHRF1 with Histone H3K9me3 提交 2012-09-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 134–366（233 aa） 片段：Tudor PHD domain, UNP residues 134-366
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；20% PEG 3350, 200mM Ammonium Tartrate, 100mM Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.96 Å R-free 0.288
4GY5 Crystal structure of the tandem tudor domain and plant homeodomain of UHRF1 with Histone H3K9me3 提交 2012-09-05 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 134–366（233 aa） 片段：Tudor PHD domain, UNP residues 134-366
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；20% PEG 3350, 200mM Ammonium Tartrate, 100mM Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.96 Å R-free 0.288
4QQD Crystal Structure of tandem tudor domains of UHRF1 in complex with a small organic molecule 提交 2014-06-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 126–285（160 aa） 片段：unp residues 126-285
未记录 36X 4-methyl-2,3,4,5,6,7-hexahydrodicyclopenta[b,e]pyridin-8(1H)-imine × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；20% PEG-3350, 0.2 M magnesium nitrate, vapor diffusion, sitting drop
分辨率 2.28 Å R-free 0.250
4QQD Crystal Structure of tandem tudor domains of UHRF1 in complex with a small organic molecule 提交 2014-06-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 126–285（160 aa） 片段：unp residues 126-285
未记录 36X 4-methyl-2,3,4,5,6,7-hexahydrodicyclopenta[b,e]pyridin-8(1H)-imine × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；20% PEG-3350, 0.2 M magnesium nitrate, vapor diffusion, sitting drop
分辨率 2.28 Å R-free 0.250
5C6D Crystal structure of USP7 in complex with UHRF1 提交 2015-06-22 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 634–665（32 aa） 片段：UNP residues 634-665
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；100 mM CHES (pH 9.0), 20% PEG8000
分辨率 2.29 Å R-free 0.234
5C6D Crystal structure of USP7 in complex with UHRF1 提交 2015-06-22 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 634–665（32 aa） 片段：UNP residues 634-665
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；100 mM CHES (pH 9.0), 20% PEG8000
分辨率 2.29 Å R-free 0.234
5XPI Structure of UHRF1 TTD in complex with NV01 提交 2017-06-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 127–283（157 aa） 片段：UNP residues 127-283
未记录 8C3 N-[3-(diethylamino)propyl]-2-(12-methyl-9-oxidanylidene-5-thia-1,10,11-triazatricyclo[6.4.0.0^2,6]dodeca-2(6),3,7,11-tetraen-10-yl)ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.2；293 K；2.7 M Na formate and 0.1 M Na acetate pH 5.2
分辨率 2.20 Å R-free 0.219
5YY9 Crystal structure of Tandem Tudor Domain of human UHRF1 in complex with LIG1-K126me3 提交 2017-12-08 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 123–285（163 aa） 片段：Tandem Tudor Domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；00 mM Tris-HCl (pH 7.0), 200 mM tri-potassium phosphate and 20% (w/v) PEG 3350
分辨率 2.65 Å R-free 0.288
5YY9 Crystal structure of Tandem Tudor Domain of human UHRF1 in complex with LIG1-K126me3 提交 2017-12-08 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 123–285（163 aa） 片段：Tandem Tudor Domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；00 mM Tris-HCl (pH 7.0), 200 mM tri-potassium phosphate and 20% (w/v) PEG 3350
分辨率 2.65 Å R-free 0.288
5YYA Crystal structure of Tandem Tudor Domain of human UHRF1 提交 2017-12-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 123–285（163 aa） 片段：Tandem Tudor Domain
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M Bis-Tris (pH 6.5), 200 mM ammonium acetate, 25% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350
分辨率 1.70 Å R-free 0.205
6B9M Crystal structure of UHRF1 TTD domain in complex with the polybasic region 提交 2017-10-10 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 638–678（41 aa） 片段：unp residues 638-678
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1M Succinic acid pH7.0, 15% (v/v) Polyethylene glycol 3350
分辨率 1.68 Å R-free 0.207
6IIW Crystal structure of human UHRF1 PHD finger in complex with PAF15 提交 2018-10-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 299–366（68 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES (pH 7.5), 70% (v/v) MPD
分辨率 1.70 Å R-free 0.189
6VCS SRA domain of UHRF1 in complex with DNA 提交 2019-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 427–630（204 aa）
链 B 427–630（204 aa）
链 E 427–630（204 aa）
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 66 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.1M sodium malonate, 12% PEG3350
分辨率 1.70 Å R-free 0.258
6VED Solution structure of the TTD and linker region of UHRF1 提交 2019-12-31 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 146–313（168 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1
NMR样品组成 250 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] TTD-linker, 150 mM sodium chloride, 25 mM sodium phosphate, 5 mM DTT, 2 mM beta-mercaptoethanol, 2 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
6VYJ Human UHRF1 TTD domain in complex with a fragment 提交 2020-02-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 122–283（162 aa）
未记录 RVV 2,4-dimethylpyridine × 2 BGC beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；50 mM Bis-Tris, pH 5.75, 35 % w/v PEG 3350. The crystals were cryo-preserved by 25% glucose
分辨率 1.39 Å R-free 0.226
6W92 Human UHRF1 TTD domain 提交 2020-03-21 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 135–296（162 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；295 K；0.1 M Bis-Tris, pH = 5.5, 25 % w/v PEG 3350
分辨率 1.30 Å R-free 0.185
7FB7 Crystal structure of human UHRF1 TTD in complex with 5-amino-2,4-dimethylpyridine 提交 2021-07-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 123–285（163 aa）
未记录 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 8NF 5-amino-2,4-dimethylpyridine × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES (pH7.5), 45% v/v MPD, 0.2 M Ammonium acetate
分辨率 1.45 Å R-free 0.173
7FB7 Crystal structure of human UHRF1 TTD in complex with 5-amino-2,4-dimethylpyridine 提交 2021-07-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 123–285（163 aa）
未记录 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 8NF 5-amino-2,4-dimethylpyridine × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES (pH7.5), 45% v/v MPD, 0.2 M Ammonium acetate
分辨率 1.45 Å R-free 0.173
8JIG A Novel UHRF1-Targeted Compound 提交 2023-05-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 414–617（204 aa）
未记录 8JA N-[2,4-bis(oxidanylidene)-1H-pyrimidin-5-yl]-N'-oxidanyl-octanediamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bris-Tris, pH 6.0, 0.2M NaCl, 1mM TCEP, 2.2-2.4mM ammonium sulfate
分辨率 2.40 Å R-free 0.244
8JIG A Novel UHRF1-Targeted Compound 提交 2023-05-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 414–617（204 aa）
未记录 8JA N-[2,4-bis(oxidanylidene)-1H-pyrimidin-5-yl]-N'-oxidanyl-octanediamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bris-Tris, pH 6.0, 0.2M NaCl, 1mM TCEP, 2.2-2.4mM ammonium sulfate
分辨率 2.40 Å R-free 0.244
8WMS Crystal structure of human DPPA3 in complex with human UHRF1 PHD domain 提交 2023-10-04 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 299–366（68 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Tris-HCl (pH 7.0), 200 mM tri-potassium phosphate and 20% (w/v) PEG3,350
分辨率 2.40 Å R-free 0.266
8XV4 Crystal structure of TTD-PHD domain of UHRF1 in complex with mStella peptide (residues 85-119) 提交 2024-01-14 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 134–366（233 aa） 片段：TTD-PHD domain
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.6 M NaCl, 0.1 M MES pH6.5, 20% PEG4000
分辨率 3.20 Å R-free 0.266
8XV4 Crystal structure of TTD-PHD domain of UHRF1 in complex with mStella peptide (residues 85-119) 提交 2024-01-14 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 134–366（233 aa） 片段：TTD-PHD domain
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.6 M NaCl, 0.1 M MES pH6.5, 20% PEG4000
分辨率 3.20 Å R-free 0.266
8XV6 Crystal structure of PHD domain of UHRF1 in complex with mStella peptide (residues 85-119) 提交 2024-01-14 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 298–367（70 aa） 片段：PHD domain
未记录 SCN THIOCYANATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M Potassium thiocyanate, 30% PEG MME2000
分辨率 1.60 Å R-free 0.168
8XV6 Crystal structure of PHD domain of UHRF1 in complex with mStella peptide (residues 85-119) 提交 2024-01-14 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 298–367（70 aa） 片段：PHD domain
未记录 SCN THIOCYANATE ION × 3 ZN ZINC ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M Potassium thiocyanate, 30% PEG MME2000
分辨率 1.60 Å R-free 0.168
8XV7 Crystal structure of TTD-PHD domain of UHRF1 in complex with hStella peptide (residues 75-121) 提交 2024-01-14 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 134–366（233 aa） 片段：TTD-PHD domain
未记录 ZN ZINC ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 ACY ACETIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；4% v/v Tacsimate pH 7.0, 12% PEG 3350
分辨率 2.25 Å R-free 0.226
8XV7 Crystal structure of TTD-PHD domain of UHRF1 in complex with hStella peptide (residues 75-121) 提交 2024-01-14 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 134–366（233 aa） 片段：TTD-PHD domain
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；4% v/v Tacsimate pH 7.0, 12% PEG 3350
分辨率 2.25 Å R-free 0.226
8XV7 Crystal structure of TTD-PHD domain of UHRF1 in complex with hStella peptide (residues 75-121) 提交 2024-01-14 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 134–366（233 aa） 片段：TTD-PHD domain
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；4% v/v Tacsimate pH 7.0, 12% PEG 3350
分辨率 2.25 Å R-free 0.226
8XV7 Crystal structure of TTD-PHD domain of UHRF1 in complex with hStella peptide (residues 75-121) 提交 2024-01-14 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 134–366（233 aa） 片段：TTD-PHD domain
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；4% v/v Tacsimate pH 7.0, 12% PEG 3350
分辨率 2.25 Å R-free 0.226
8XV8 Crystal structure of PHD domain of UHRF1 in complex with hStella peptide (residues 75-121) 提交 2024-01-14 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 298–367（70 aa） 片段：PHD domain
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350
分辨率 2.05 Å R-free 0.207
8XV8 Crystal structure of PHD domain of UHRF1 in complex with hStella peptide (residues 75-121) 提交 2024-01-14 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 298–367（70 aa） 片段：PHD domain
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350
分辨率 2.05 Å R-free 0.207
8XV8 Crystal structure of PHD domain of UHRF1 in complex with hStella peptide (residues 75-121) 提交 2024-01-14 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 298–367（70 aa） 片段：PHD domain
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350
分辨率 2.05 Å R-free 0.207
8XV8 Crystal structure of PHD domain of UHRF1 in complex with hStella peptide (residues 75-121) 提交 2024-01-14 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 298–367（70 aa） 片段：PHD domain
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350
分辨率 2.05 Å R-free 0.207
9LN6 Structure of human NLRP14-UHRF1 complex 提交 2025-01-20 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–78（78 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.49 Å
9LPK Structure of human PADI6-UHRF1-UBE2D3 complex 提交 2025-01-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–793（793 aa）
链 F 1–793（793 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.03 Å
9M76 UHRF1 bound to a mononucleosome in its pre-active state, with the RING domain bound to the SRA domain. 提交 2025-03-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 K 1–793（793 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
9M77 The activated state of human UHRF1 bound to a mononucleosome, with the finger loop ordered and linker 4 disordered. 提交 2025-03-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 K 1–793（793 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å

共 44 个其他 PDB 条目、76 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UHRF1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–152； UniProt 134–285

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5iay

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5iay
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5iay
沉积日期 deposition_date2016-02-22
结构标题 titleNMR structure of UHRF1 Tandem Tudor Domains in a complex with Spacer peptide
关键词 keywordsUHRF1, TTD, Spacer, LIGASE; LIGASE
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.68 Å
零角强度 I(0) i02262780000.00
分子量 molecular_weight387660.0 kDa
排除体积 excluded_volume478560 ų
包络体积 envelope_volume51222 ų
水化壳体积 shell_volume20899 ų
包络直径 envelope_diameter85.0 Å
壳层 Rg shell_rg27.36 Å
包络 Rg envelope_rg21.96 Å
形状 Rg shape_rg18.62 Å
总 Rg total_rg19.00 Å
总原子数 total_atoms53940
残基数 n_residues3360
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax78.8 Å
Rg (实空间) rg_real19.08 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real2.2630e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.9040e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2263000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7197
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary19.7 Å
偏度 Skewness skewness0.637
峰度 Kurtosis kurtosis0.315
角度范围 angular_range— – 0.4200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1615000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.345; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.315; Smooth: 1.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5iayA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 —
结构域编号 domain_id5iayA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)