SAXSdb — 5ibk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

S-phase kinase-associated protein 1,S-phase kinase-associated protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	F-box/WD repeat-containing protein 7 × 1 （Q969H0） Polyubiquitin-B × 1 （P0CG47） water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	F-box/WD repeat-containing protein 7 × 1 （Q969H0） Polyubiquitin-B × 1 （P0CG47） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SKP1_HUMAN
Isoform	P63208-2
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–65； UniProt 1–69 作者链 A； PDB构建体 70–151； UniProt 82–163 作者链 D； PDB构建体 3–65； UniProt 1–69 作者链 D； PDB构建体 70–151； UniProt 82–163

F-box/WD repeat-containing protein 7

Homo sapiens

UniProt Q969H0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	S-phase kinase-associated protein 1,S-phase kinase-associated protein 1 × 1 （P63208） Polyubiquitin-B × 1 （P0CG47） water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	S-phase kinase-associated protein 1,S-phase kinase-associated protein 1 × 1 （P63208） Polyubiquitin-B × 1 （P0CG47） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FBXW7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–63； UniProt 263–323 作者链 E； PDB构建体 3–63； UniProt 263–323

Polyubiquitin-B

Homo sapiens

UniProt P0CG47

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	S-phase kinase-associated protein 1,S-phase kinase-associated protein 1 × 1 （P63208） F-box/WD repeat-containing protein 7 × 1 （Q969H0） water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	S-phase kinase-associated protein 1,S-phase kinase-associated protein 1 × 1 （P63208） F-box/WD repeat-containing protein 7 × 1 （Q969H0） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–78； UniProt 75–150 作者链 F； PDB构建体 3–78； UniProt 75–150

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ibk
沉积日期 deposition_date	2016-02-22
结构标题 title	Skp1-F-box in complex with a ubiquitin variant
关键词 keywords	phage display, SCF inhibitors, Fbxw7, Fbxw11, ?-Trcp, ubiquitin, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5ibk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5ibk__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5ibk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.87 Å
Rg（电子密度）	20.52 Å
总 Rg	21.38 Å
原子数	2110
残基数	263
排除体积	37994 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5ibk__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5ibk__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	S-phase kinase-associated protein 1,S-phase kinase-associated protein 1
分子量 formula_weight	16981.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	4284

GAMPSIKLQSSDGEIFEVDVEIAKQSVTIKTMLEDLGMDPVPLPNVNAAILKKVIQWCTHHKDDPGGSGTDDIPVWDQEFLKVDQGTLFELILAANYLDIKGLLDVTCKTVANMIKGKTPEEIRKTFNIKNDFTEEEEAQVRKENQWCEEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	F-box/WD repeat-containing protein 7
分子量 formula_weight	7513.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

GATQVKHMMQVIEPQFQRDFISLLPKELALYVLSFLEPKDLLQAAQTCRYWRILAEDNLLWRE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Polyubiquitin-B
分子量 formula_weight	8811.1 kDa
突变 mutation	L8G, T9A, G10R, K11T, T12A, R42I, A46S, G47R, Q49L, Q62H, K63R, H68R, R72I, L73F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,C

GSGSMQIFVKTGARTAITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQILIFSRKLLEDGRTLSDYNIHRESTLRLVLIFR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	38

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d5ibka1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.42 — POZ domain
超家族 Superfamily superfamily	d.42.1 — POZ domain
家族 Family family	d.42.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5ibka2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.157 — Skp1 dimerisation domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.157.1 — Skp1 dimerisation domain-like
家族 Family family	a.157.1.1 — Skp1 dimerisation domain-like

结构域编号 domain_id	d5ibka3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5ibkc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d5ibkd1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.42 — POZ domain
超家族 Superfamily superfamily	d.42.1 — POZ domain
家族 Family family	d.42.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5ibkd2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.157 — Skp1 dimerisation domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.157.1 — Skp1 dimerisation domain-like
家族 Family family	a.157.1.1 — Skp1 dimerisation domain-like

结构域编号 domain_id	d5ibkf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5ibkA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

结构域编号 domain_id	5ibkB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	5ibkD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

结构域编号 domain_id	5ibkE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

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晶胞边长 a length_a	63.368 Å
晶胞边长 b length_b	98.015 Å
晶胞边长 c length_c	107.704 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.503 Å
最低分辨率 resolution_low	47.709 Å
R 因子 r_factor	0.2016
R_work r_work	0.1997
R_free r_free	0.2399

Skp1-F-box in complex with a ubiquitin variant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

S-phase kinase-associated protein 1,S-phase kinase-associated protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

F-box/WD repeat-containing protein 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Polyubiquitin-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ibk__assembly_1__model_1

5ibk__assembly_1__model_1 | I(q)

5ibk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Skp1-F-box in complex with a ubiquitin variant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

S-phase kinase-associated protein 1,S-phase kinase-associated protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

F-box/WD repeat-containing protein 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polyubiquitin-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ibk__assembly_1__model_1

5ibk__assembly_1__model_1 | I(q)

5ibk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)