SAXSdb — 5iic

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltose-binding periplasmic protein,Vitelline envelope sperm lysin receptor

Haliotis rufescens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 2	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MALE_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–371； UniProt 27–393 作者链 B； PDB构建体 5–371； UniProt 27–393

Maltose-binding periplasmic protein,Vitelline envelope sperm lysin receptor

Haliotis rufescens

UniProt Q8WR62

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 2	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8WR62_HALRU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 375–488； UniProt 340–453 作者链 B； PDB构建体 375–488； UniProt 340–453

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5iic
沉积日期 deposition_date	2016-03-01
结构标题 title	Crystal structure of red abalone VERL repeat 3 at 2.9 A resolution
关键词 keywords	CELL ADHESION, FERTILIZATION, EGG-SPERM INTERACTION, GAMETE RECOGNITION, VITELLINE ENVELOPE, SPERM RECEPTOR; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5iic__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5iic__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5iic__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.44 Å
Rg（电子密度）	30.68 Å
总 Rg	31.38 Å
原子数	14603
残基数	939
排除体积	131730 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5iic__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Maltose-binding periplasmic protein,Vitelline envelope sperm lysin receptor
分子量 formula_weight	54550.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	14603

ETGTKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPAAAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYAAGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEHAFNHGETAMTINGPWAWSNIDTSAVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELVKDPRVAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAADWDVYCSQDESIPAKFISRLVTSKDQALEKTEINCSNGLVPITQEFGINMMLIQYTRNELLDSPGMCVFWGPYSVPKNDTVVLYTVTARLKWSEGPPTNLSIQCYMPKSPVAPKLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Haliotis rufescens
通用名 common_name	California red abalone
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6454
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5iicA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	5iicB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

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晶胞边长 a length_a	58.330 Å
晶胞边长 b length_b	81.640 Å
晶胞边长 c length_c	111.630 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.60 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	47.017 Å
R 因子 r_factor	0.2545
R_work r_work	0.2514
R_free r_free	0.3096

Crystal structure of red abalone VERL repeat 3 at 2.9 A resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltose-binding periplasmic protein,Vitelline envelope sperm lysin receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Maltose-binding periplasmic protein,Vitelline envelope sperm lysin receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5iic__assembly_1__model_1

5iic__assembly_1__model_1 | I(q)

5iic__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (5)

Crystal structure of red abalone VERL repeat 3 at 2.9 A resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltose-binding periplasmic protein,Vitelline envelope sperm lysin receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Maltose-binding periplasmic protein,Vitelline envelope sperm lysin receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5iic__assembly_1__model_1

5iic__assembly_1__model_1 | I(q)

5iic__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (5)