SAXSdb — 5iiq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vacuolar transporter chaperone 4

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–480	片段：SPX domain- TTM domain, UNP residues 2-480	SO4 SULFATE ION × 3 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M HEPES, 1.5M AmSO4, 4% PEG 1000	分辨率 3.03 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5IIQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3G3Q Crystal structure of a eukaryotic polyphosphate polymerase in complex with a phosphate polymer 提交 2009-02-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 189–480（292 aa）片段：UNP residues 189-480	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 14 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；22% PEG 3350, 0.15 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 2.64 Å R-free 0.250
3G3Q Crystal structure of a eukaryotic polyphosphate polymerase in complex with a phosphate polymer 提交 2009-02-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 189–480（292 aa）片段：UNP residues 189-480	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 15 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；22% PEG 3350, 0.15 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 2.64 Å R-free 0.250
3G3Q Crystal structure of a eukaryotic polyphosphate polymerase in complex with a phosphate polymer 提交 2009-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 189–480（292 aa）片段：UNP residues 189-480 链 B 189–480（292 aa）片段：UNP residues 189-480	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 29 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；22% PEG 3350, 0.15 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 2.64 Å R-free 0.250
3G3R Crystal structure of a eukaryotic polyphosphate polymerase in complex with AppNHp-Mn2+ 提交 2009-02-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 189–480（292 aa）片段：UNP residues 189-480	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；15% PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris, 10% Jeffamine M-600, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.00 Å R-free 0.253
3G3R Crystal structure of a eukaryotic polyphosphate polymerase in complex with AppNHp-Mn2+ 提交 2009-02-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 189–480（292 aa）片段：UNP residues 189-480	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；15% PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris, 10% Jeffamine M-600, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.00 Å R-free 0.253
3G3T Crystal structure of a eukaryotic polyphosphate polymerase in complex with orthophosphate 提交 2009-02-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 189–480（292 aa）片段：UNP residues 189-480	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；294 K；1 M Na+/K+ phosphate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.85 Å R-free 0.235
3G3U Crystal structure of a eukaryotic polyphosphate polymerase in complex with pyrophosphate 提交 2009-02-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 189–480（292 aa）片段：UNP residues 189-480	未记录	POP PYROPHOSPHATE 2- × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；15 % PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris, 10 % Jeffamine M-600, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.07 Å R-free 0.241
3G3U Crystal structure of a eukaryotic polyphosphate polymerase in complex with pyrophosphate 提交 2009-02-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 189–480（292 aa）片段：UNP residues 189-480	未记录	POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；15 % PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris, 10 % Jeffamine M-600, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.07 Å R-free 0.241
5IIG Structure of the SPX-TTM domain fragment of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 (form A). 提交 2016-03-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–480（479 aa）片段：SPX domain, UNP residues 2-480	突变：E426N	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M HEPES, 1.5M Li2SO4	分辨率 2.99 Å R-free 0.273
5IIT Structure of SPX domain of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 crystallized by carrier-driven crystallization in fusion with the macro domain of human histone macroH2A1.1 提交 2016-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–178（178 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；19% PEG 3350, 0.1M AmSO4, 0.1M MES	分辨率 2.13 Å R-free 0.247
5IIT Structure of SPX domain of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 crystallized by carrier-driven crystallization in fusion with the macro domain of human histone macroH2A1.1 提交 2016-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–178（178 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；19% PEG 3350, 0.1M AmSO4, 0.1M MES	分辨率 2.13 Å R-free 0.247
5IIT Structure of SPX domain of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 crystallized by carrier-driven crystallization in fusion with the macro domain of human histone macroH2A1.1 提交 2016-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–178（178 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；19% PEG 3350, 0.1M AmSO4, 0.1M MES	分辨率 2.13 Å R-free 0.247
5IIT Structure of SPX domain of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 crystallized by carrier-driven crystallization in fusion with the macro domain of human histone macroH2A1.1 提交 2016-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–178（178 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；19% PEG 3350, 0.1M AmSO4, 0.1M MES	分辨率 2.13 Å R-free 0.247
5LNC Structure of SPX domain of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 crystallized by carrier-driven crystallization in fusion with the macro domain of human histone macroH2A1.1 提交 2016-08-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–178（178 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；8.75% PEG 6000, 2.75M NaCl	分辨率 3.29 Å R-free 0.302
5LNC Structure of SPX domain of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 crystallized by carrier-driven crystallization in fusion with the macro domain of human histone macroH2A1.1 提交 2016-08-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–178（178 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；8.75% PEG 6000, 2.75M NaCl	分辨率 3.29 Å R-free 0.302
7YTJ Cryo-EM structure of VTC complex 提交 2022-08-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 2–721（720 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 3 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8I6V Cryo-EM structure of the polyphosphate polymerase VTC complex(Vtc4/Vtc3/Vtc1) 提交 2023-01-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 1–721（721 aa）	未记录	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3 3PO TRIPHOSPHATE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.06 Å
9UMG Cryo-EM structure of VTC complex(Vtc5/Vtc4/Vtc3/Vtc1) 提交 2025-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 196–721（526 aa）	突变：R264A,R266A,E426A	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；150mM NaCl, 25mM Tris-HCL, 0.0002m/v GDN, 1mM IP6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.04 Å

共 10 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VTC4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–483； UniProt 2–480

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5iiq
沉积日期 deposition_date	2016-03-01
结构标题 title	Structure of the SPX-TTM domain fragment of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 (form B).
关键词 keywords	helical bundle, alpha-helical hairpin, inositol phosphate binding, protein-protein interaction, chaperone, transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.30 Å
零角强度 I(0) i0	45477900.00
分子量 molecular_weight	53936.0 kDa
排除体积 excluded_volume	67445 Å³
包络体积 envelope_volume	105560 Å³
水化壳体积 shell_volume	23448 Å³
包络直径 envelope_diameter	138.6 Å
壳层 Rg shell_rg	42.35 Å
包络 Rg envelope_rg	39.39 Å
形状 Rg shape_rg	41.34 Å
总 Rg total_rg	41.22 Å
总原子数 total_atoms	3807
残基数 n_residues	463
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	133.6 Å
Rg (实空间) rg_real	41.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.5480e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.1880e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	45450000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6153
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.477
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.877
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2910000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.255; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.070; Smooth: 0.161

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Vacuolar transporter chaperone 4
分子量 formula_weight	56951.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3807

GAMGKFGEHLSKSLIRQYSYYYISYDDLKTELEDNLSKNNGQWTQELETDFLESLEIELDKVYTFCKVKHSEVFRRVKEVQEQVQHTVRLLDSNNPPTQLDFEILEEELSDIIADVHDLAKFSRLNYTGFQKIIKKHDKKTGFILKPVFQVRLDSKPFFKENYDELVVKISQLYDIARTSGRPIKGDSSAGGKQQNFVRQTTKYWVHPDNITELKLIILKHLPVLVFNTNKEFEREDSAITSIYFDNENLDLYYGRLRKDEGAEAHRLRWYGGMSTDTIFVERKTHREDWTGEKSVKARFALKERHVNDFLKGKYTVDQVFAKMRKEGKKPMNEIENLEALASEIQYVMLKKKLRPVVRSFYNRTAFQLPGDARVRISLDTELTMVREDNFDGVDRTHKNWRRTDIGVDWPFKQLDDKDICRFPYAVLEVKLQTQLGQEPPEWVRELVGSHLVEPVPKFSKFIHGVATLLNDKVDSIPFWLPQGS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PYROPHOSPHATE 2-
分子量 formula_weight	176.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5iiqA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	100 — mRNA Triphosphatase Cet1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — VTC, catalytic tunnel domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	92.041 Å
晶胞边长 b length_b	92.041 Å
晶胞边长 c length_c	301.732 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 64 2 2
空间群编号 int_tables_number	181
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.030 Å
最低分辨率 resolution_low	19.880 Å
R 因子 r_factor	0.2266
R_work r_work	0.2246
R_free r_free	0.2624

fit	/app/data/saxs_computation/ii/5iiq/5iiq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ii/5iiq/5iiq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ii/5iiq/5iiq.dat

Structure of the SPX-TTM domain fragment of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 (form B).

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vacuolar transporter chaperone 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction