5ijc

The crystal structure of mouse TLR4/MD-2/neoseptin-3 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 133.0 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Toll-like receptor 4,Variable lymphocyte receptor B

Eptatretus burgeri

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 126–200	片段：TLR4 ectodomain (UNP residues 26-544) + VLRB (UNP residues 126-200)	Lymphocyte antigen 96 × 1 （Q9JHF9） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 V2A neoseptin 3 × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M lithium chloride, 12% PEG8000	分辨率 2.57 Å R-free 0.234
2	信息不足异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 3 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 126–200	片段：TLR4 ectodomain (UNP residues 26-544) + VLRB (UNP residues 126-200)	Lymphocyte antigen 96 × 1 （Q9JHF9） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 V2A neoseptin 3 × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M lithium chloride, 12% PEG8000	分辨率 2.57 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5IJC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2O6R Structural diversity of the hagfish Variable Lymphocyte Receptors B61 提交 2006-12-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–200（177 aa）片段：Leucine-rich repeat (LRR), residues 24-200	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；30% PEG 4000, 0.1M Tris-Hcl, 0.2M sodium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K	分辨率 2.30 Å R-free 0.259
2Z62 Crystal structure of the TV3 hybrid of human TLR4 and hagfish VLRB.61 提交 2007-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 128–199（72 aa）片段：TLR4, UNP residues 27-228(human), VLRB.61, UNP residues 128-199(Inshore hagfish)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；296 K；0.2M NaCl, 0.1M Bis-Tris Propane, 33% PEG 1000, pH 5.50, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 1.70 Å R-free 0.208
2Z63 Crystal structure of the TV8 hybrid of human TLR4 and hagfish VLRB.61 提交 2007-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 133–199（67 aa）片段：TLR4, UNP residues 27-527(human), VLRB.61, UNP residues 133-199(Inshore hagfish)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；0.2M Sodium Citrate, 0.1M Bis-Tris Propane, 27% PEG 1000, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.298
2Z65 Crystal structure of the human TLR4 TV3 hybrid-MD-2-Eritoran complex 提交 2007-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 128–199（72 aa）片段：TV3, UNP residues 27-228(human), E5564, UNP residues 19-158(Inshore hagfish)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；296 K；0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 20% PEG 4000, 5% Ethanol, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 2.70 Å R-free 0.289
2Z65 Crystal structure of the human TLR4 TV3 hybrid-MD-2-Eritoran complex 提交 2007-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 128–199（72 aa）片段：TV3, UNP residues 27-228(human), E5564, UNP residues 19-158(Inshore hagfish)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；296 K；0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 20% PEG 4000, 5% Ethanol, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 2.70 Å R-free 0.289
2Z66 Crystal structure of the VT3 hybrid of human TLR4 and hagfish VLRB.61 提交 2007-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–82（59 aa）片段：VLRB.61, UNP residues 24-82(Inshore hagfish), TLR4, UNP residues 383-228(human)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；277 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 24% PEG 4000, pH 5.50, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.90 Å R-free 0.219
2Z66 Crystal structure of the VT3 hybrid of human TLR4 and hagfish VLRB.61 提交 2007-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 24–82（59 aa）片段：VLRB.61, UNP residues 24-82(Inshore hagfish), TLR4, UNP residues 383-228(human)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；277 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 24% PEG 4000, pH 5.50, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.90 Å R-free 0.219
2Z66 Crystal structure of the VT3 hybrid of human TLR4 and hagfish VLRB.61 提交 2007-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 24–82（59 aa）片段：VLRB.61, UNP residues 24-82(Inshore hagfish), TLR4, UNP residues 383-228(human)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；277 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 24% PEG 4000, pH 5.50, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.90 Å R-free 0.219
2Z66 Crystal structure of the VT3 hybrid of human TLR4 and hagfish VLRB.61 提交 2007-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 24–82（59 aa）片段：VLRB.61, UNP residues 24-82(Inshore hagfish), TLR4, UNP residues 383-228(human)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；277 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 24% PEG 4000, pH 5.50, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.90 Å R-free 0.219
2Z7X Crystal structure of the TLR1-TLR2 heterodimer induced by binding of a tri-acylated lipopeptide 提交 2007-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 133–199（67 aa）链 B 133–199（67 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 PLM PALMITIC ACID × 1 Z41 (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.2M sodium citrate, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.10 Å R-free 0.270
2Z80 Crystal structure of the TLR1-TLR2 heterodimer induced by binding of a tri-acylated lipopeptide 提交 2007-08-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 136–199（64 aa）片段：TLR2, UNP residues 1-284(human), VLRB.61, UNP residues 136-199(Inshore hagfish)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；0.1M Tris-HCl pH8.5, 28% PEG2000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 1.80 Å R-free 0.254
2Z80 Crystal structure of the TLR1-TLR2 heterodimer induced by binding of a tri-acylated lipopeptide 提交 2007-08-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 136–199（64 aa）片段：TLR2, UNP residues 1-284(human), VLRB.61, UNP residues 136-199(Inshore hagfish)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；0.1M Tris-HCl pH8.5, 28% PEG2000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 1.80 Å R-free 0.254
2Z81 Crystal structure of the TLR1-TLR2 heterodimer induced by binding of a tri-acylated lipopeptide 提交 2007-08-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 133–199（67 aa）片段：TLR2, UNP residues 27-506(Mouse), VLRB.61, UNP residues 136-199(Inshore hagfish)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PCJ (2R)-3-{[(2S)-3-HYDROXY-2-(PALMITOYLAMINO)PROPYL]THIO}PROPANE-1,2-DIYL DIHEXADECANOATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；0.2M ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH8.5, 34% PEG1000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 1.80 Å R-free 0.232
2Z82 Crystal structure of the TLR1-TLR2 heterodimer induced by binding of a tri-acylated lipopeptide 提交 2007-08-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 133–199（67 aa）片段：TLR2, UNP residues 27-506(Mouse), VLRB.61, UNP residues 133-199(Inshore hagfish)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PDJ (2R)-3-{[(2R)-2-AMINO-3-HYDROXYPROPYL]THIO}PROPANE-1,2-DIYL DIHEXADECANOATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；0.2M ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH8.5 and 34% PEG1000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.60 Å R-free 0.277
3A79 Crystal structure of TLR2-TLR6-Pam2CSK4 complex 提交 2009-09-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 133–200（68 aa）片段：extracellular domain, UNP residues 1-506(mouse), UNP residues 133-200(Inshore hagfish)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 PXS (2S)-propane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；2.0M ammonium sulfate, 0.1M MES pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.280
3A7B Crystal structure of TLR2-Streptococcus Pneumoniae lipoteichoic acid complex 提交 2009-09-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 133–200（68 aa）片段：extracellular domain, UNP residues 1-506(mouse), UNP residues 133-200(Inshore hagfish)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 LTC (2S)-1-({3-O-[2-(acetylamino)-4-amino-2,4,6-trideoxy-beta-D-galactopyranosyl]-alpha-D-glucopyranosyl}oxy)-3-(heptanoyloxy)propan-2-yl (7Z)-pentadec-7-enoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；50mM ammonium citrate pH 7.0, 20% PEG 4000, 30% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.53 Å R-free 0.270
3A7C Crystal structure of TLR2-PE-DTPA complex 提交 2009-09-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 133–200（68 aa）片段：extracellular domain, UNP residues 1-506(mouse), UNP residues 133-200(Inshore hagfish)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PDK (10S,13R)-3-{2-[{2-[bis(carboxymethyl)amino]ethyl}(carboxymethyl)amino]ethyl}-10-hydroxy-5,16-dioxo-13-(tetradecanoyloxy)-9,11,15-trioxa-3,6-diaza-10-phosphanonacosan-1-oic acid 10-oxide × 1 LU LUTETIUM (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2M ammonium sulfate, 0.1M Na-HEPES pH 7.5, 25% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.290
3UL7 Crystal structure of the TV3 mutant F63W 提交 2011-11-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 126–199（74 aa）片段：UNP RESIDUES 28-228, UNP RESIDUES 126-199	突变：F63W	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 FUL beta-L-fucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；296 K；0.1M Bis-Tris (pH5.5), 36% PEG 1000, 0.2M Lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 2.37 Å R-free 0.271
3UL8 Crystal structure of the TV3 mutant V134L 提交 2011-11-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 126–199（74 aa）片段：UNP RESIDUES 27-228, UNP RESIDUES 126-199	突变：V134L	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 FUL beta-L-fucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；296 K；0.1M Bis-Tris(pH5.5), 36% PEG 1000, 0.2M Lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 2.50 Å R-free 0.300
3UL9 structure of the TV3 mutant M41E 提交 2011-11-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 126–199（74 aa）片段：UNP RESIDUES 28-228, UNP RESIDUES 126-199	突变：M41E	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 FUL beta-L-fucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；296 K；0.1M Bis-Tris(pH5.5), 36% PEG 1000, 0.2M Lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 2.45 Å R-free 0.306
3ULA Crystal structure of the TV3 mutant F63W-MD-2-Eritoran complex 提交 2011-11-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 126–199（74 aa）片段：UNP RESIDUES 27-228, UNP RESIDUES 126-199	突变：F63W	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 E55 3-O-DECYL-2-DEOXY-6-O-{2-DEOXY-3-O-[(3R)-3-METHOXYDECYL]-6-O-METHYL-2-[(11Z)-OCTADEC-11-ENOYLAMINO]-4-O-PHOSPHONO-BETA-D-GLUCOPYRANOSYL}-2-[(3-OXOTETRADECANOYL)AMINO]-1-O-PHOSPHONO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；296 K；0.1M sodium acetate (pH4.5), 22% w/v PEG 8000, 0.2M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 3.60 Å R-free 0.341
3ULA Crystal structure of the TV3 mutant F63W-MD-2-Eritoran complex 提交 2011-11-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 126–199（74 aa）片段：UNP RESIDUES 27-228, UNP RESIDUES 126-199	突变：F63W	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 E55 3-O-DECYL-2-DEOXY-6-O-{2-DEOXY-3-O-[(3R)-3-METHOXYDECYL]-6-O-METHYL-2-[(11Z)-OCTADEC-11-ENOYLAMINO]-4-O-PHOSPHONO-BETA-D-GLUCOPYRANOSYL}-2-[(3-OXOTETRADECANOYL)AMINO]-1-O-PHOSPHONO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；296 K；0.1M sodium acetate (pH4.5), 22% w/v PEG 8000, 0.2M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 3.60 Å R-free 0.341
3V44 Crystal structure of the N-terminal fragment of zebrafish TLR5 提交 2011-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 126–200（75 aa）片段：zebrafish Toll-like receptor 5b (UNP residues 22-342) and hagfish variable lymphocyte receptor B.61 (UNP residues 126-200)	突变：V24E, L124V, Q159K, R227K, S229T, D334N	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；20% MPD, 0.1 M Hepes pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.83 Å R-free 0.238
3V47 Crystal structure of the N-terminal fragment of zebrafish TLR5 in complex with Salmonella flagellin 提交 2011-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 126–200（75 aa）片段：zebrafish Toll-like receptor 5b (UNP residues 22-390), hagfish variable lymphocyte receptor B.61 (UNP residues 126-200) 链 B 126–200（75 aa）片段：zebrafish Toll-like receptor 5b (UNP residues 22-390), hagfish variable lymphocyte receptor B.61 (UNP residues 126-200)	突变：V24E, L124V, Q159K, R227K, S229T, D334N 突变：V24E, L124V, Q159K, R227K, S229T, D334N	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；296 K；15% PEG8000, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K	分辨率 2.47 Å R-free 0.259
4ARN Crystal structure of the N-terminal domain of Drosophila Toll receptor 提交 2012-04-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 131–201（71 aa）片段：TOLL RECEPTOR RESIDUES 28-228, VARIABLE LYMPHOCYTE RECEPTOR B.61 RESIDUES 131-201	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MLI MALONATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PH 7	分辨率 2.41 Å R-free 0.216
4ARN Crystal structure of the N-terminal domain of Drosophila Toll receptor 提交 2012-04-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 131–201（71 aa）片段：TOLL RECEPTOR RESIDUES 28-228, VARIABLE LYMPHOCYTE RECEPTOR B.61 RESIDUES 131-201	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MLI MALONATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PH 7	分辨率 2.41 Å R-free 0.216
4ARN Crystal structure of the N-terminal domain of Drosophila Toll receptor 提交 2012-04-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 131–201（71 aa）片段：TOLL RECEPTOR RESIDUES 28-228, VARIABLE LYMPHOCYTE RECEPTOR B.61 RESIDUES 131-201	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PH 7	分辨率 2.41 Å R-free 0.216
4ARN Crystal structure of the N-terminal domain of Drosophila Toll receptor 提交 2012-04-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 131–201（71 aa）片段：TOLL RECEPTOR RESIDUES 28-228, VARIABLE LYMPHOCYTE RECEPTOR B.61 RESIDUES 131-201	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PH 7	分辨率 2.41 Å R-free 0.216
4ARR Crystal structure of the N-terminal domain of Drosophila Toll receptor with the magic triangle I3C 提交 2012-04-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 133–201（69 aa）片段：TOLL RECEPTOR (UNP RESIDUES 28-228), VARIABLE LYMPHOCYTE RECEPTOR B.61 (UNP RESIDUES 133-201)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 I3C 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；SODIUM MALONATE AND 5-AMINO-2,4, 6-TRIIODOISOPHTHALIC ACID, pH 7	分辨率 3.00 Å R-free 0.254
4ARR Crystal structure of the N-terminal domain of Drosophila Toll receptor with the magic triangle I3C 提交 2012-04-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 133–201（69 aa）片段：TOLL RECEPTOR (UNP RESIDUES 28-228), VARIABLE LYMPHOCYTE RECEPTOR B.61 (UNP RESIDUES 133-201)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 I3C 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；SODIUM MALONATE AND 5-AMINO-2,4, 6-TRIIODOISOPHTHALIC ACID, pH 7	分辨率 3.00 Å R-free 0.254
4BV4 Structure and allostery in Toll-Spatzle recognition 提交 2013-06-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 R 133–201（69 aa）片段：PROTEIN TOLL, RESIDUES 28-397, VARIABLE LYMPHOCYTE RECEPTOR B, RESIDUES 133-201	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；15% PEG 8000, 0.1M TRIS PH 7.5, 0.1 M MGCL2	分辨率 2.35 Å R-free 0.227
4QDH Crystal Structure of the C-terminal Domain of Mouse TLR9 提交 2014-05-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–81（61 aa）片段：SEE REMARK 999 链 A 126–200（75 aa）片段：SEE REMARK 999	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.77；295 K；100 mM sodium citrate, 1.5 M ammonium sulfate, pH 4.77, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.247
4QDH Crystal Structure of the C-terminal Domain of Mouse TLR9 提交 2014-05-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 21–81（61 aa）片段：SEE REMARK 999 链 B 126–200（75 aa）片段：SEE REMARK 999	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.77；295 K；100 mM sodium citrate, 1.5 M ammonium sulfate, pH 4.77, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.247
4QXE Crystal structure of LGR4 fused with hagfish VLR 提交 2014-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 133–200（68 aa）片段：R-spondin Receptor, UNP residues 27-396, UNP residues 133-200	突变：D75G	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；0.1M HEPES pH 7.5, 2.0M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.20 Å R-free 0.237
4QXF crystal structure of human LGR4 and Rspo1 提交 2014-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 128–200（73 aa）片段：UNP residues 27-252, UNP residues 128-200	突变：D75G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.1M MES pH 6.5, 0.2M sodium thiocyanate, 22% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.25 Å R-free 0.243
4QXF crystal structure of human LGR4 and Rspo1 提交 2014-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 128–200（73 aa）片段：UNP residues 27-252, UNP residues 128-200	突变：D75G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.1M MES pH 6.5, 0.2M sodium thiocyanate, 22% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.25 Å R-free 0.243
5GY2 Crystal structure of a complex between Bacillus subtilis flagellin and zebrafish Toll-like receptor 5 提交 2016-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 126–200（75 aa）	突变：V24E/L124V/Q159K/R227K/S229T/D334N	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.4；291 K；PEG 300, sodium acetate, pH 4.4	分辨率 2.10 Å R-free 0.236
5GY2 Crystal structure of a complex between Bacillus subtilis flagellin and zebrafish Toll-like receptor 5 提交 2016-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 126–200（75 aa）	突变：V24E/L124V/Q159K/R227K/S229T/D334N	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.4；291 K；PEG 300, sodium acetate, pH 4.4	分辨率 2.10 Å R-free 0.236
5IJB The ligand-free structure of the mouse TLR4/MD-2 complex 提交 2016-03-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 126–200（75 aa）片段：TLR4 ectodomain (UNP residues 26-544) + VLRB (UNP residues 126-200)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Bicine, pH 7.5, 12% PEG10000	分辨率 2.91 Å R-free 0.308
5IJB The ligand-free structure of the mouse TLR4/MD-2 complex 提交 2016-03-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 126–200（75 aa）片段：TLR4 ectodomain (UNP residues 26-544) + VLRB (UNP residues 126-200)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Bicine, pH 7.5, 12% PEG10000	分辨率 2.91 Å R-free 0.308
5IJD The crystal structure of mouse TLR4/MD-2/lipid A complex 提交 2016-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 126–200（75 aa）片段：TLR4 ectodomain (UNP residues 26-544) + VLRB (UNP residues 126-200) 链 B 126–200（75 aa）片段：TLR4 ectodomain (UNP residues 26-544) + VLRB (UNP residues 126-200)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 LP4 2-deoxy-3-O-[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]-2-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose × 2 LP5 (R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE × 2 DAO LAURIC ACID × 2 MYR MYRISTIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M lithium chloride, 14% PEG8000, 2.5% PEG400	分辨率 2.70 Å R-free 0.285
5IJD The crystal structure of mouse TLR4/MD-2/lipid A complex 提交 2016-03-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 126–200（75 aa）片段：TLR4 ectodomain (UNP residues 26-544) + VLRB (UNP residues 126-200)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 LP4 2-deoxy-3-O-[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]-2-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose × 1 LP5 (R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE × 1 DAO LAURIC ACID × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M lithium chloride, 14% PEG8000, 2.5% PEG400	分辨率 2.70 Å R-free 0.285
5IJD The crystal structure of mouse TLR4/MD-2/lipid A complex 提交 2016-03-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 126–200（75 aa）片段：TLR4 ectodomain (UNP residues 26-544) + VLRB (UNP residues 126-200)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 LP4 2-deoxy-3-O-[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]-2-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose × 1 LP5 (R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE × 1 DAO LAURIC ACID × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M lithium chloride, 14% PEG8000, 2.5% PEG400	分辨率 2.70 Å R-free 0.285
6BXA Crystal structure of N-terminal fragment of Zebrafish Toll-Like Receptor 5 (TLR5) with Lamprey Variable Lymphocyte Receptor 2 (VLR2) bound 提交 2017-12-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 126–200（75 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；16% PEG 8K, 180 mM ammonium citrate, 90 mM MES pH 6.0, 10 mM urea	分辨率 2.30 Å R-free 0.218
6BXA Crystal structure of N-terminal fragment of Zebrafish Toll-Like Receptor 5 (TLR5) with Lamprey Variable Lymphocyte Receptor 2 (VLR2) bound 提交 2017-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 126–200（75 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；16% PEG 8K, 180 mM ammonium citrate, 90 mM MES pH 6.0, 10 mM urea	分辨率 2.30 Å R-free 0.218
6BXC Crystal structure of N-terminal fragment of Zebrafish Toll-Like Receptor 5 (TLR5) with Lamprey Variable Lymphocyte Receptor 9 (VLR9) bound 提交 2017-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 126–200（75 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；15% Peg3350, 170 mM MgNO3, 80 mM MES pH 6.0, 15% ethylene glycol	分辨率 2.50 Å R-free 0.270
6BXC Crystal structure of N-terminal fragment of Zebrafish Toll-Like Receptor 5 (TLR5) with Lamprey Variable Lymphocyte Receptor 9 (VLR9) bound 提交 2017-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 126–200（75 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；15% Peg3350, 170 mM MgNO3, 80 mM MES pH 6.0, 15% ethylene glycol	分辨率 2.50 Å R-free 0.270
7MLM Crystal structure of mouse TLR4/MD-2 in complex with sulfatides 提交 2021-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 126–200（75 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ZKM N-[(1S,2R,3E)-2-hydroxy-1-{[(3-O-sulfo-beta-D-galactopyranosyl)oxy]methyl}heptadec-3-en-1-yl]-hexadecanamide × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M Tris pH8.0, 0.8 M sodium formate, 8% PEG 8000, 8% PEG 1000	分辨率 2.10 Å R-free 0.244
7MLM Crystal structure of mouse TLR4/MD-2 in complex with sulfatides 提交 2021-04-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 126–200（75 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ZKM N-[(1S,2R,3E)-2-hydroxy-1-{[(3-O-sulfo-beta-D-galactopyranosyl)oxy]methyl}heptadec-3-en-1-yl]-hexadecanamide × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M Tris pH8.0, 0.8 M sodium formate, 8% PEG 8000, 8% PEG 1000	分辨率 2.10 Å R-free 0.244

共 30 个其他 PDB 条目、49 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q4G1L2_EPTBU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 561–635； UniProt 126–200 作者链 B； PDB构建体 561–635； UniProt 126–200

Toll-like receptor 4,Variable lymphocyte receptor B

Eptatretus burgeri

UniProt Q9QUK6

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 26–544	片段：TLR4 ectodomain (UNP residues 26-544) + VLRB (UNP residues 126-200)	Lymphocyte antigen 96 × 1 （Q9JHF9） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 V2A neoseptin 3 × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M lithium chloride, 12% PEG8000	分辨率 2.57 Å R-free 0.234
2	信息不足异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 3 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 26–544	片段：TLR4 ectodomain (UNP residues 26-544) + VLRB (UNP residues 126-200)	Lymphocyte antigen 96 × 1 （Q9JHF9） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 V2A neoseptin 3 × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M lithium chloride, 12% PEG8000	分辨率 2.57 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 5IJC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2Z64 Crystal structure of mouse TLR4 and mouse MD-2 complex 提交 2007-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–625（599 aa）片段：TLR4, UNP residues 27-625	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；296 K；0.1M Na-Cacodylate, 23% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 2.84 Å R-free 0.290
3VQ1 Crystal structure of mouse TLR4/MD-2/lipid IVa complex 提交 2012-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 22–627（606 aa）片段：UNP residues 22-627 链 B 22–627（606 aa）片段：UNP residues 22-627	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 LP4 2-deoxy-3-O-[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]-2-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose × 2 LP5 (R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；15% PEG4000, 0.2M Na acetate, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.277
3VQ2 Crystal structure of mouse TLR4/MD-2/LPS complex 提交 2012-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 22–627（606 aa）片段：UNP residues 22-627 链 B 22–627（606 aa）片段：UNP residues 22-627	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 LP4 2-deoxy-3-O-[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]-2-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose × 2 LP5 (R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE × 2 DAO LAURIC ACID × 2 MYR MYRISTIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；18% PEG3350, 0.2M sodium tartrate, 0.1M Bis-Tris propane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.48 Å R-free 0.267
5IJB The ligand-free structure of the mouse TLR4/MD-2 complex 提交 2016-03-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–544（519 aa）片段：TLR4 ectodomain (UNP residues 26-544) + VLRB (UNP residues 126-200)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Bicine, pH 7.5, 12% PEG10000	分辨率 2.91 Å R-free 0.308
5IJB The ligand-free structure of the mouse TLR4/MD-2 complex 提交 2016-03-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 26–544（519 aa）片段：TLR4 ectodomain (UNP residues 26-544) + VLRB (UNP residues 126-200)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Bicine, pH 7.5, 12% PEG10000	分辨率 2.91 Å R-free 0.308
5IJD The crystal structure of mouse TLR4/MD-2/lipid A complex 提交 2016-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 26–544（519 aa）片段：TLR4 ectodomain (UNP residues 26-544) + VLRB (UNP residues 126-200) 链 B 26–544（519 aa）片段：TLR4 ectodomain (UNP residues 26-544) + VLRB (UNP residues 126-200)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 LP4 2-deoxy-3-O-[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]-2-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose × 2 LP5 (R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE × 2 DAO LAURIC ACID × 2 MYR MYRISTIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M lithium chloride, 14% PEG8000, 2.5% PEG400	分辨率 2.70 Å R-free 0.285
5IJD The crystal structure of mouse TLR4/MD-2/lipid A complex 提交 2016-03-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–544（519 aa）片段：TLR4 ectodomain (UNP residues 26-544) + VLRB (UNP residues 126-200)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 LP4 2-deoxy-3-O-[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]-2-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose × 1 LP5 (R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE × 1 DAO LAURIC ACID × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M lithium chloride, 14% PEG8000, 2.5% PEG400	分辨率 2.70 Å R-free 0.285
5IJD The crystal structure of mouse TLR4/MD-2/lipid A complex 提交 2016-03-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 26–544（519 aa）片段：TLR4 ectodomain (UNP residues 26-544) + VLRB (UNP residues 126-200)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 LP4 2-deoxy-3-O-[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]-2-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose × 1 LP5 (R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE × 1 DAO LAURIC ACID × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M lithium chloride, 14% PEG8000, 2.5% PEG400	分辨率 2.70 Å R-free 0.285
7MLM Crystal structure of mouse TLR4/MD-2 in complex with sulfatides 提交 2021-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 26–544（519 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ZKM N-[(1S,2R,3E)-2-hydroxy-1-{[(3-O-sulfo-beta-D-galactopyranosyl)oxy]methyl}heptadec-3-en-1-yl]-hexadecanamide × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M Tris pH8.0, 0.8 M sodium formate, 8% PEG 8000, 8% PEG 1000	分辨率 2.10 Å R-free 0.244
7MLM Crystal structure of mouse TLR4/MD-2 in complex with sulfatides 提交 2021-04-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–544（519 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ZKM N-[(1S,2R,3E)-2-hydroxy-1-{[(3-O-sulfo-beta-D-galactopyranosyl)oxy]methyl}heptadec-3-en-1-yl]-hexadecanamide × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M Tris pH8.0, 0.8 M sodium formate, 8% PEG 8000, 8% PEG 1000	分辨率 2.10 Å R-free 0.244
8WQT Cryo-EM Structure of Mouse TLR4/MD-2/DLAM1 complex 提交 2023-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 26–629（604 aa）链 B 26–629（604 aa）	未记录	2IL (3R)-3-(dodecanoyloxy)tetradecanoic acid × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 GP4 2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 2 0IL (3R)-3-(tetradecanoyloxy)tetradecanoic acid × 2 X6Z [(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S})-5-methoxy-3,4,6-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
8WRY Cryo-EM Structure of Mouse TLR4/MD-2/DLAM3 Complex 提交 2023-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 26–629（604 aa）链 B 26–629（604 aa）	未记录	2IL (3R)-3-(dodecanoyloxy)tetradecanoic acid × 4 0IL (3R)-3-(tetradecanoyloxy)tetradecanoic acid × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 GP4 2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 2 XIQ 2-(hydroxymethyl)-5-methoxy-3,6-bis(oxidanyl)pyran-4-one × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
8WSA Cryo-EM Structure of Mouse TLR4/MD-2/DLAM5 Complex 提交 2023-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 26–629（604 aa）链 B 26–629（604 aa）	未记录	GP4 2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 2 A1L01 (3~{S})-3-decanoyloxytetradecanoic acid × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 2IL (3R)-3-(dodecanoyloxy)tetradecanoic acid × 2 0IL (3R)-3-(tetradecanoyloxy)tetradecanoic acid × 2 X6N [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S})-2-(hydroxymethyl)-5-methoxy-4,6-bis(oxidanyl)oxan-3-yl] dihydrogen phosphate × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

共 9 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TLR4_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 42–560； UniProt 26–544 作者链 B； PDB构建体 42–560； UniProt 26–544

Lymphocyte antigen 96

Mus musculus

UniProt Q9JHF9

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 19–160	片段：UNP residues 19-160	Toll-like receptor 4,Variable lymphocyte receptor B × 1 （Q9QUK6,Q4G1L2） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 V2A neoseptin 3 × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M lithium chloride, 12% PEG8000	分辨率 2.57 Å R-free 0.234
2	信息不足异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 3 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 19–160	片段：UNP residues 19-160	Toll-like receptor 4,Variable lymphocyte receptor B × 1 （Q9QUK6,Q4G1L2） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 V2A neoseptin 3 × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M lithium chloride, 12% PEG8000	分辨率 2.57 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 5IJC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2Z64 Crystal structure of mouse TLR4 and mouse MD-2 complex 提交 2007-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 21–155（135 aa）片段：MD-2, UNP residues 21-160	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；296 K；0.1M Na-Cacodylate, 23% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 2.84 Å R-free 0.290
3VQ1 Crystal structure of mouse TLR4/MD-2/lipid IVa complex 提交 2012-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 17–160（144 aa）链 D 17–160（144 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 LP4 2-deoxy-3-O-[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]-2-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose × 2 LP5 (R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；15% PEG4000, 0.2M Na acetate, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.277
3VQ2 Crystal structure of mouse TLR4/MD-2/LPS complex 提交 2012-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 17–160（144 aa）链 D 17–160（144 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 LP4 2-deoxy-3-O-[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]-2-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose × 2 LP5 (R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE × 2 DAO LAURIC ACID × 2 MYR MYRISTIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；18% PEG3350, 0.2M sodium tartrate, 0.1M Bis-Tris propane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.48 Å R-free 0.267
5IJB The ligand-free structure of the mouse TLR4/MD-2 complex 提交 2016-03-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 19–160（142 aa）片段：UNP residues 19-160	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Bicine, pH 7.5, 12% PEG10000	分辨率 2.91 Å R-free 0.308
5IJB The ligand-free structure of the mouse TLR4/MD-2 complex 提交 2016-03-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 19–160（142 aa）片段：UNP residues 19-160	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Bicine, pH 7.5, 12% PEG10000	分辨率 2.91 Å R-free 0.308
5IJD The crystal structure of mouse TLR4/MD-2/lipid A complex 提交 2016-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 19–160（142 aa）片段：UNP residues 19-160 链 D 19–160（142 aa）片段：UNP residues 19-160	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 LP4 2-deoxy-3-O-[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]-2-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose × 2 LP5 (R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE × 2 DAO LAURIC ACID × 2 MYR MYRISTIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M lithium chloride, 14% PEG8000, 2.5% PEG400	分辨率 2.70 Å R-free 0.285
5IJD The crystal structure of mouse TLR4/MD-2/lipid A complex 提交 2016-03-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 19–160（142 aa）片段：UNP residues 19-160	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 LP4 2-deoxy-3-O-[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]-2-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose × 1 LP5 (R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE × 1 DAO LAURIC ACID × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M lithium chloride, 14% PEG8000, 2.5% PEG400	分辨率 2.70 Å R-free 0.285
5IJD The crystal structure of mouse TLR4/MD-2/lipid A complex 提交 2016-03-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 19–160（142 aa）片段：UNP residues 19-160	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 LP4 2-deoxy-3-O-[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]-2-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose × 1 LP5 (R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE × 1 DAO LAURIC ACID × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M lithium chloride, 14% PEG8000, 2.5% PEG400	分辨率 2.70 Å R-free 0.285
7MLM Crystal structure of mouse TLR4/MD-2 in complex with sulfatides 提交 2021-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 19–160（142 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ZKM N-[(1S,2R,3E)-2-hydroxy-1-{[(3-O-sulfo-beta-D-galactopyranosyl)oxy]methyl}heptadec-3-en-1-yl]-hexadecanamide × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M Tris pH8.0, 0.8 M sodium formate, 8% PEG 8000, 8% PEG 1000	分辨率 2.10 Å R-free 0.244
7MLM Crystal structure of mouse TLR4/MD-2 in complex with sulfatides 提交 2021-04-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 19–160（142 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ZKM N-[(1S,2R,3E)-2-hydroxy-1-{[(3-O-sulfo-beta-D-galactopyranosyl)oxy]methyl}heptadec-3-en-1-yl]-hexadecanamide × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M Tris pH8.0, 0.8 M sodium formate, 8% PEG 8000, 8% PEG 1000	分辨率 2.10 Å R-free 0.244
8WQT Cryo-EM Structure of Mouse TLR4/MD-2/DLAM1 complex 提交 2023-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 19–160（142 aa）链 D 19–160（142 aa）	未记录	2IL (3R)-3-(dodecanoyloxy)tetradecanoic acid × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 GP4 2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 2 0IL (3R)-3-(tetradecanoyloxy)tetradecanoic acid × 2 X6Z [(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S})-5-methoxy-3,4,6-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
8WRY Cryo-EM Structure of Mouse TLR4/MD-2/DLAM3 Complex 提交 2023-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 19–160（142 aa）链 D 19–160（142 aa）	未记录	2IL (3R)-3-(dodecanoyloxy)tetradecanoic acid × 4 0IL (3R)-3-(tetradecanoyloxy)tetradecanoic acid × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 GP4 2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 2 XIQ 2-(hydroxymethyl)-5-methoxy-3,6-bis(oxidanyl)pyran-4-one × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
8WSA Cryo-EM Structure of Mouse TLR4/MD-2/DLAM5 Complex 提交 2023-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 19–160（142 aa）链 D 19–160（142 aa）	未记录	GP4 2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 2 A1L01 (3~{S})-3-decanoyloxytetradecanoic acid × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 2IL (3R)-3-(dodecanoyloxy)tetradecanoic acid × 2 0IL (3R)-3-(tetradecanoyloxy)tetradecanoic acid × 2 X6N [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S})-2-(hydroxymethyl)-5-methoxy-4,6-bis(oxidanyl)oxan-3-yl] dihydrogen phosphate × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

共 9 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LY96_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 42–183； UniProt 19–160 作者链 D； PDB构建体 42–183； UniProt 19–160

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ijc
沉积日期 deposition_date	2016-03-01
结构标题 title	The crystal structure of mouse TLR4/MD-2/neoseptin-3 complex
关键词 keywords	Immune response, protein complex, small molecule agonist, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.92 Å
零角强度 I(0) i0	416073000.00
分子量 molecular_weight	171180.0 kDa
排除体积 excluded_volume	216020 Å³
包络体积 envelope_volume	287810 Å³
水化壳体积 shell_volume	60693 Å³
包络直径 envelope_diameter	142.6 Å
壳层 Rg shell_rg	45.29 Å
包络 Rg envelope_rg	39.33 Å
形状 Rg shape_rg	39.92 Å
总 Rg total_rg	40.25 Å
总原子数 total_atoms	12051
残基数 n_residues	1454
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	133.0 Å
Rg (实空间) rg_real	40.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.90 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1610e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.4500e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	416100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8668
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	51.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.349
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.170
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	43890000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.837; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.753

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Toll-like receptor 4,Variable lymphocyte receptor B
分子量 formula_weight	71649.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	12280

MLLVNQSHQGFNKEHTSKMVSAIVLYVLLAAAAHSAFAADPNPCIEVVPNITYQCMDQKLSKVPDDIPSSTKNIDLSFNPLKILKSYSFSNFSELQWLDLSRCEIETIEDKAWHGLHHLSNLILTGNPIQSFSPGSFSGLTSLENLVAVETKLASLESFPIGQLITLKKLNVAHNFIHSCKLPAYFSNLTNLVHVDLSYNYIQTITVNDLQFLRENPQVNLSLDMSLNPIDFIQDQAFQGIKLHELTLRGNFNSSNIMKTCLQNLAGLHVHRLILGEFKDERNLEIFEPSIMEGLCDVTIDEFRLTYTNDFSDDIVKFHCLANVSAMSLAGVSIKYLEDVPKHFKWQSLSIIRCQLKQFPTLDLPFLKSLTLTMNKGSISFKKVALPSLSYLDLSRNALSFSGCCSYSDLGTNSLRHLDLSFNGAIIMSANFMGLEELQHLDFQHSTLKRVTEFSAFLSLEKLLYLDISYTNTKIDFDGIFLGLTSLNTLKMAGNSFKDNTLSNVFANTTNLTFLDLSKCQLEQISWGVFDTLHRLQLLNMSHNNLLFLDSSHYNQLYSLKELALDTNQLKSVPDGIFDRLTSLQKIWLHTNPWDCSCPRIDYLSRWLNKNSQKEQGSAKCSGSGKPVRSIICPT

来源 Source

来源生物 organism	Eptatretus burgeri
通用名 common_name	Inshore hagfish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7764
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Lymphocyte antigen 96
分子量 formula_weight	21761.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MLLVNQSHQGFNKEHTSKMVSAIVLYVLLAAAAHSAFAADPEKQQWFCNSSDAIISYSYCDHLKFPISISSEPCIRLRGTNGFVHVEFIPRGNLKYLYFNLFISVNSIELPKRKEVLCHGHDDDYSFCRALKGETVNTSIPFSFEGILFPKGHYRCVAEAIAGDTEEKLFCLNFTIIHRRDVNKGENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	11

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	neoseptin 3
分子量 formula_weight	474.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	213

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5ijcA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	5ijcB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	5ijcC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	770 —

结构域编号 domain_id	5ijcD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	770 —

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	70.752 Å
晶胞边长 b length_b	148.559 Å
晶胞边长 c length_c	131.720 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.30 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.570 Å
最低分辨率 resolution_low	42.360 Å
R 因子 r_factor	0.1946
R_work r_work	0.1934
R_free r_free	0.2340

fit	/app/data/saxs_computation/ij/5ijc/5ijc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ij/5ijc/5ijc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ij/5ijc/5ijc.dat

The crystal structure of mouse TLR4/MD-2/neoseptin-3 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Toll-like receptor 4,Variable lymphocyte receptor B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Toll-like receptor 4,Variable lymphocyte receptor B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Lymphocyte antigen 96

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)