SAXSdb — 5ioi

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neuronal migration protein doublecortin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 133–231	片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 133-231 突变：K215D, K216D	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；N-DCXDD crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT	分辨率 2.40 Å R-free 0.234
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 133–231	片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 133-231 突变：K215D, K216D	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；N-DCXDD crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT	分辨率 2.40 Å R-free 0.234
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 133–231	片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 133-231 突变：K215D, K216D	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；N-DCXDD crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT	分辨率 2.40 Å R-free 0.234
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 133–231	片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 133-231 突变：K215D, K216D	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；N-DCXDD crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT	分辨率 2.40 Å R-free 0.234
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 133–231	片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 133-231 突变：K215D, K216D	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；N-DCXDD crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT	分辨率 2.40 Å R-free 0.234
6	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 133–231	片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 133-231 突变：K215D, K216D	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；N-DCXDD crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT	分辨率 2.40 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5IOI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1MJD Structure of N-terminal domain of human doublecortin 提交 2002-08-27	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 87–192（106 aa）片段：N-terminal domain, Residues (45-150)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；压力 ambient NMR样品组成 1mM doublecortin 45-150 U-15N, 13C; 50mM phosphate buffer; 5mMM DTT \| 90% H2O, 10% H2O	分辨率未提供
2BQQ X-ray Structure of the N-terminal Domain of Human Doublecortin 提交 2005-04-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 45–150（106 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN RESIDUES 45-150	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.4；1.4 M NAH2PO4, 0.35 M K2HPO4, 0.6% PEG 150, SITTING DROP, pH 4.40	分辨率 2.20 Å R-free 0.237
2XRP Human Doublecortin N-DC Repeat (1MJD) and Mammalian Tubulin (1JFF and 3HKE) Docked into the 8-Angstrom Cryo-EM Map of Doublecortin- Stabilised Microtubules 提交 2010-09-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 I 46–140（95 aa）片段：RESIDUES 46-140	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 80MM PIPES, 1MM EGTA, 3MM MGCL2, 1MM TCEP, 0.5MM GTP；pH 6.8；80MM PIPES, 1MM EGTA, 3MM MGCL2, 1MM TCEP, 0.5MM GTP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 8.20 Å
4ATU Human doublecortin N-DC repeat plus linker, and tubulin (2XRP) docked into an 8A cryo-EM map of doublecortin-stabilised microtubules reconstructed in absence of kinesin 提交 2012-05-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 I 2–360（359 aa）片段：RESIDUES 2-360	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20MM PIPES, 1MM EGTA, 3MM MGCL2, 1MM TCEP, 0.5MM GTP；pH 6.8；20MM PIPES, 1MM EGTA, 3MM MGCL2, 1MM TCEP, 0.5MM GTP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, INSTRUMENT- FEI VITROBOT	分辨率 8.30 Å
5IKC X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN in complex with FAB 提交 2016-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 M 52–140（89 aa）片段：N-terminal domain, UNP Residues 133-221	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；unknown	分辨率 2.06 Å R-free 0.265
5IKC X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN in complex with FAB 提交 2016-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 N 52–140（89 aa）片段：N-terminal domain, UNP Residues 133-221	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；unknown	分辨率 2.06 Å R-free 0.265
5IN7 X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-07	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 127–231（105 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 127-231	突变：K215D, K216D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT	分辨率 2.48 Å R-free 0.236
5IN7 X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-07	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 127–231（105 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 127-231	突变：K215D, K216D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT	分辨率 2.48 Å R-free 0.236
5IO9 X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-08	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 133–230（98 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 133-231	突变：K215D, K216D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT	分辨率 1.30 Å R-free 0.210
5IO9 X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-08	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 133–230（98 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 133-231	突变：K215D, K216D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT	分辨率 1.30 Å R-free 0.210
5IP4 X-RAY STRUCTURE OF THE C-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 251–341（91 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 251-341	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；20% PEGMME, 100 mM Bis-Tris pH 6.5	分辨率 1.81 Å R-free 0.246
5IP4 X-RAY STRUCTURE OF THE C-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 251–341（91 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 251-341	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；20% PEGMME, 100 mM Bis-Tris pH 6.5	分辨率 1.81 Å R-free 0.246
6FNZ Crystal Structure of domain-swapped C-terminal domain of human doublecortin 提交 2018-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 174–254（81 aa）片段：C-terminal ubiquitin-like domain, UNP residues 174-254 链 C 174–254（81 aa）片段：C-terminal ubiquitin-like domain, UNP residues 174-254	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；293 K；20 mg/mL protein and 3x cmc CHAPS in 20mM CAPS/NaOH pH10.5, 100mM NaCl, 5mM TCEP mixed 60-70% with 40-30% reservoir consisting of 0.1M HEPES/NaOH pH7.0, 10% PEG 5000 MME, 5% Tacsimate	分辨率 2.23 Å R-free 0.231
6FNZ Crystal Structure of domain-swapped C-terminal domain of human doublecortin 提交 2018-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 174–254（81 aa）片段：C-terminal ubiquitin-like domain, UNP residues 174-254 链 D 174–254（81 aa）片段：C-terminal ubiquitin-like domain, UNP residues 174-254	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；293 K；20 mg/mL protein and 3x cmc CHAPS in 20mM CAPS/NaOH pH10.5, 100mM NaCl, 5mM TCEP mixed 60-70% with 40-30% reservoir consisting of 0.1M HEPES/NaOH pH7.0, 10% PEG 5000 MME, 5% Tacsimate	分辨率 2.23 Å R-free 0.231
6REV Cryo-EM structure of the N-terminal DC repeat (NDC) of human doublecortin (DCX) bound to 13-protofilament GDP-microtubule 提交 2019-04-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 N 44–142（99 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6RF2 Cryo-EM structure of the C-terminal DC repeat (CDC) of human doublecortin (DCX) bound to 13-protofilament GDP.Pi-microtubule 提交 2019-04-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 178–264（87 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6RF8 Cryo-EM structure of the N-terminal DC repeat (NDC) of NDC-NDC chimera (human sequence) bound to 13-protofilament GDP-microtubule 提交 2019-04-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 N 44–142（99 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6RFD Cryo-EM structure of the N-terminal DC repeat (NDC) of NDC-NDC chimera (human sequence) bound to 14-protofilament GDP-microtubule 提交 2019-04-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 N 44–142（99 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å

共 13 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DCX_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–107； UniProt 133–231 作者链 B； PDB构建体 9–107； UniProt 133–231 作者链 C； PDB构建体 9–107； UniProt 133–231 作者链 D； PDB构建体 9–107； UniProt 133–231 作者链 E； PDB构建体 9–107； UniProt 133–231 作者链 F； PDB构建体 9–107； UniProt 133–231

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ioi
沉积日期 deposition_date	2016-03-08
结构标题 title	X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN
关键词 keywords	DCX DOMAIN, UBIQUITIN-LIKE FOLD, MICROTUBULE ASSOCIATED, SIGNALING PROTEIN, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.80 Å
零角强度 I(0) i0	77930500.00
分子量 molecular_weight	67020.0 kDa
排除体积 excluded_volume	83023 Å³
包络体积 envelope_volume	104580 Å³
水化壳体积 shell_volume	32997 Å³
包络直径 envelope_diameter	80.0 Å
壳层 Rg shell_rg	33.83 Å
包络 Rg envelope_rg	25.52 Å
形状 Rg shape_rg	25.81 Å
总 Rg total_rg	26.63 Å
总原子数 total_atoms	4732
残基数 n_residues	582
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.1 Å
Rg (实空间) rg_real	26.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.7930e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2020e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	77930000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9129
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	37.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.064
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.596
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	36350000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.973; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.956

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_id	d5ioia1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.11 — Doublecortin (DC)
家族 Family family	d.15.11.1 — Doublecortin (DC)

结构域编号 domain_id	d5ioia2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5ioib_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.11 — Doublecortin (DC)
家族 Family family	d.15.11.1 — Doublecortin (DC)

结构域编号 domain_id	d5ioic_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.11 — Doublecortin (DC)
家族 Family family	d.15.11.1 — Doublecortin (DC)

结构域编号 domain_id	d5ioid1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.11 — Doublecortin (DC)
家族 Family family	d.15.11.1 — Doublecortin (DC)

结构域编号 domain_id	d5ioid2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5ioie1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.11 — Doublecortin (DC)
家族 Family family	d.15.11.1 — Doublecortin (DC)

结构域编号 domain_id	d5ioie2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5ioif_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.11 — Doublecortin (DC)
家族 Family family	d.15.11.1 — Doublecortin (DC)

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	5ioiA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 — Doublecortin domain

结构域编号 domain_id	5ioiB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 — Doublecortin domain

结构域编号 domain_id	5ioiC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 — Doublecortin domain

结构域编号 domain_id	5ioiD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 — Doublecortin domain

结构域编号 domain_id	5ioiE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 — Doublecortin domain

结构域编号 domain_id	5ioiF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 — Doublecortin domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	97.719 Å
晶胞边长 b length_b	97.719 Å
晶胞边长 c length_c	377.089 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	72

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	35.140 Å
R 因子 r_factor	0.1979
R_work r_work	0.1960
R_free r_free	0.2336

描述 description	Neuronal migration protein doublecortin
分子量 formula_weight	12303.7 kDa
突变 mutation	K215D, K216D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	5085

X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neuronal migration protein doublecortin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	353

fit	/app/data/saxs_computation/io/5ioi/5ioi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/io/5ioi/5ioi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/io/5ioi/5ioi.dat