5irc

p190A GAP domain complex with RhoA

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 89.2 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rho GTPase-activating protein 35

Rattus norvegicus

UniProt P81128

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1242–1439 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Transforming protein RhoA × 1 (P61586) CL CHLORIDE ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 MGF TRIFLUOROMAGNESATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 6.5;294 K;30% PEG 2000MME 150mM KCSN 100mM MES, pH 6.5 分辨率 1.72 Å R-free 0.213
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1242–1439 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Transforming protein RhoA × 1 (P61586) CL CHLORIDE ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 MGF TRIFLUOROMAGNESATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 6.5;294 K;30% PEG 2000MME 150mM KCSN 100mM MES, pH 6.5 分辨率 1.72 Å R-free 0.213
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1242–1439 链 B; UniProt 1242–1439 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Transforming protein RhoA × 2 (P61586) CL CHLORIDE ION × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 MGF TRIFLUOROMAGNESATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 6.5;294 K;30% PEG 2000MME 150mM KCSN 100mM MES, pH 6.5 分辨率 1.72 Å R-free 0.213

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RHG35_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–201; UniProt 1242–1439 作者链 B; PDB构建体 4–201; UniProt 1242–1439

Transforming protein RhoA

Homo sapiens

UniProt P61586

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 2–181 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Rho GTPase-activating protein 35 × 1 (P81128) CL CHLORIDE ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 MGF TRIFLUOROMAGNESATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 6.5;294 K;30% PEG 2000MME 150mM KCSN 100mM MES, pH 6.5 分辨率 1.72 Å R-free 0.213
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 2–181 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Rho GTPase-activating protein 35 × 1 (P81128) CL CHLORIDE ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 MGF TRIFLUOROMAGNESATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 6.5;294 K;30% PEG 2000MME 150mM KCSN 100mM MES, pH 6.5 分辨率 1.72 Å R-free 0.213
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 2–181 链 F; UniProt 2–181 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Rho GTPase-activating protein 35 × 2 (P81128) CL CHLORIDE ION × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 MGF TRIFLUOROMAGNESATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 6.5;294 K;30% PEG 2000MME 150mM KCSN 100mM MES, pH 6.5 分辨率 1.72 Å R-free 0.213

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 129 个其他 PDB 条目、163 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RHOA_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 7–186; UniProt 2–181 作者链 F; PDB构建体 7–186; UniProt 2–181

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5irc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5irc
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5irc
沉积日期 deposition_date2016-03-12
结构标题 titlep190A GAP domain complex with RhoA
关键词 keywordsprotein-protein complex, transition state, GTPase, GAP domain, protein binding; PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.10
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.18
零角强度 I(0) i0115658000.00
分子量 molecular_weight84405.0 kDa
排除体积 excluded_volume105440 ų
包络体积 envelope_volume129950 ų
水化壳体积 shell_volume37615 ų
包络直径 envelope_diameter95.4
壳层 Rg shell_rg36.23
包络 Rg envelope_rg27.94
形状 Rg shape_rg28.19
总 Rg total_rg28.97
总原子数 total_atoms5919
残基数 n_residues734
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax89.2
Rg (实空间) rg_real28.98
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.50
I(0) (实空间) i0_real1.1570e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8310e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.03
I(0) (倒空间) i0_reciprocal115700000.0000
解质量估计 total_estimate0.9105
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary36.4
偏度 Skewness skewness0.159
峰度 Kurtosis kurtosis-0.553
角度范围 angular_range— – 0.2700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha42230000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.957; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.966

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd5irca1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.116 — GTPase activation domain, GAP
超家族 Superfamily superfamilya.116.1 — GTPase activation domain, GAP
家族 Family familya.116.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5irca2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5ircb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.116 — GTPase activation domain, GAP
超家族 Superfamily superfamilya.116.1 — GTPase activation domain, GAP
家族 Family familya.116.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5ircd_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins
结构域编号 domain_idd5ircf_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5ircA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology555 — Phosphatidylinositol 3-kinase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rho GTPase activation protein
结构域编号 domain_id5ircB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology555 — Phosphatidylinositol 3-kinase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rho GTPase activation protein
结构域编号 domain_id5ircD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id5ircF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)