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5ix1

Crystal structure of mouse Morc3 ATPase-CW cassette in complex with AMPPNP and H3K4me3 peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 104.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MORC family CW-type zinc finger protein 3

Mus musculus

UniProt F7BJB9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 7–456 链 B； UniProt 7–456 片段：UNP residues 7-456 Peptide from Histone H3.1 × 2 （P68433） ZN ZINC ION × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；5% ethanol, 5% 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M HEPES-Na 分辨率 2.60 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5IX1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5IX2 Crystal structure of mouse Morc3 ATPase-CW cassette in complex with AMPPNP and unmodified H3 peptide 提交 2016-03-23 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 7–456（450 aa） 片段：UNP residues 7-456
链 B 7–456（450 aa） 片段：UNP residues 7-456
未记录 ZN ZINC ION × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；5% ethanol, 5% 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M HEPES-Na
分辨率 2.90 Å R-free 0.236

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MORC3_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–451； UniProt 7–456 作者链 B； PDB构建体 2–451； UniProt 7–456

Peptide from Histone H3.1

物种未注明

UniProt P68433

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 P； UniProt 2–16 链 Q； UniProt 2–16 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MORC family CW-type zinc finger protein 3 × 2 （F7BJB9） ZN ZINC ION × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；5% ethanol, 5% 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M HEPES-Na 分辨率 2.60 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5IX1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1U35 Crystal structure of the nucleosome core particle containing the histone domain of macroH2A 提交 2004-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 0–135（136 aa）
链 E 0–135（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；potassium chloride, manganese chloride, potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 3.00 Å R-free 0.260
2XL3 WDR5 IN COMPLEX WITH AN RBBP5 PEPTIDE AND HISTONE H3 PEPTIDE 提交 2010-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 2–9（8 aa） 片段：AMINO TERMINAL TAIL, RESIDUES 2-9
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；0.2M K2SO4 20 % PEG 3350, pH 8.0
分辨率 2.70 Å R-free 0.235
2XL3 WDR5 IN COMPLEX WITH AN RBBP5 PEPTIDE AND HISTONE H3 PEPTIDE 提交 2010-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 2–9（8 aa） 片段：AMINO TERMINAL TAIL, RESIDUES 2-9
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；0.2M K2SO4 20 % PEG 3350, pH 8.0
分辨率 2.70 Å R-free 0.235
5B1M The mouse nucleosome structure containing H3.1 提交 2015-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
分辨率 2.34 Å R-free 0.259
5IX2 Crystal structure of mouse Morc3 ATPase-CW cassette in complex with AMPPNP and unmodified H3 peptide 提交 2016-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 P 2–33（32 aa）
链 Q 2–33（32 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；5% ethanol, 5% 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M HEPES-Na
分辨率 2.90 Å R-free 0.236
7OS4 Crystal structure of mouse CARM1 in complex with histone H3_13-31 K18 提交 2021-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 E 14–32（19 aa）
链 F 14–32（19 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） QVR (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-[(~{E})-prop-1-enyl]oxolane-3,4-diol × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；1.2M Sodium malonate 0.1M MES pH 5.5 0.2M NaCl
分辨率 2.54 Å R-free 0.255
7OS4 Crystal structure of mouse CARM1 in complex with histone H3_13-31 K18 提交 2021-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 G 14–32（19 aa）
链 H 14–32（19 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） QVR (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-[(~{E})-prop-1-enyl]oxolane-3,4-diol × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；1.2M Sodium malonate 0.1M MES pH 5.5 0.2M NaCl
分辨率 2.54 Å R-free 0.255

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H31_MOUSE
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 P； PDB构建体 1–15； UniProt 2–16 作者链 Q； PDB构建体 1–15； UniProt 2–16

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5ix1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5ix1
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5ix1
沉积日期 deposition_date2016-03-23
结构标题 titleCrystal structure of mouse Morc3 ATPase-CW cassette in complex with AMPPNP and H3K4me3 peptide
关键词 keywordsMorc3, ATPase, CW domain, H3K4me3, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.60 Å
零角强度 I(0) i0158642000.00
分子量 molecular_weight99522.0 kDa
排除体积 excluded_volume124400 ų
包络体积 envelope_volume154570 ų
水化壳体积 shell_volume42616 ų
包络直径 envelope_diameter111.2 Å
壳层 Rg shell_rg37.47 Å
包络 Rg envelope_rg29.86 Å
形状 Rg shape_rg29.55 Å
总 Rg total_rg30.44 Å
总原子数 total_atoms6975
残基数 n_residues850
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax104.2 Å
Rg (实空间) rg_real30.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5860e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2540e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal158600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8675
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.1 Å
偏度 Skewness skewness0.365
峰度 Kurtosis kurtosis-0.190
角度范围 angular_range— – 0.2600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha34020000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.791; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.912
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5ix1A03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 —
结构域编号 domain_id5ix1B03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)