5j0u

Binary complex crystal structure of DNA polymerase Beta with G:G mismatch at the primer terminus

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 71.0 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase beta

Homo sapiens

UniProt P06746

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 单体 蛋白 × 1 DNA 3 PDB 声明:tetrameric(4) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–335 未记录 Template Strand × 1 Primer Strand × 1 Downstream Primer Strand × 1 NA SODIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;291 K;16-18% PEG 3350, 50 mM Imidazole, 350 mM Sodium Acetate 分辨率 2.10 Å R-free 0.281

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 431 个其他 PDB 条目、433 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DPOLB_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–335; UniProt 1–335

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5j0u

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5j0u
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5j0u
沉积日期 deposition_date2016-03-28
结构标题 titleBinary complex crystal structure of DNA polymerase Beta with G:G mismatch at the primer terminus
关键词 keywordsDNA Polymerase Beta, mismatch extension, Binary complex, TRANSFERASE-DNA complex; TRANSFERASE/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.71
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.07
零角强度 I(0) i046011700.00
分子量 molecular_weight46529.0 kDa
排除体积 excluded_volume55694 ų
包络体积 envelope_volume72694 ų
水化壳体积 shell_volume26240 ų
包络直径 envelope_diameter73.9
壳层 Rg shell_rg30.01
包络 Rg envelope_rg22.81
形状 Rg shape_rg23.05
总 Rg total_rg23.87
总原子数 total_atoms3236
残基数 n_residues357
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax71.0
Rg (实空间) rg_real23.54
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.29
I(0) (实空间) i0_real4.6010e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.9050e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.58
I(0) (倒空间) i0_reciprocal46010000.0000
解质量估计 total_estimate0.9098
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary32.2
偏度 Skewness skewness0.068
峰度 Kurtosis kurtosis-0.493
角度范围 angular_range— – 0.3350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4261000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.949; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.991

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5j0uA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110 — DNA polymerase beta, N-terminal domain-like
结构域编号 domain_id5j0uA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain
结构域编号 domain_id5j0uA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Beta Polymerase, domain 2
结构域编号 domain_id5j0uA04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology210 — Beta Polymerase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DNA polymerase, thumb domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)