SAXSdb — 5j12

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thymic stromal lymphopoietin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–159	突变：N64Q,K126S + residues 127-131 were deleted	Interleukin-7 receptor subunit alpha × 1 （P16872） Cytokine receptor-like factor 2 × 1 （Q9HC73） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.53 M ammonium sulfate 0.1 M sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 7.0	分辨率 3.55 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5J12	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5J11 Structure of human TSLP in complex with TSLPR and IL-7Ralpha 提交 2016-03-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 29–159（131 aa）	突变：Residues 127 to 131 were deleted in the construct used for crystallisation.	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.8；293 K；0.02 M Citric acid 0.08 M BIS-TRIS propane 16% w/v polyethylene glycol 3350	分辨率 2.56 Å R-free 0.218
5J13 Structural basis for TSLP antagonism by the therapeutic antibody Tezepelumab (MEDI9929 / AMG-157) 提交 2016-03-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 29–159（131 aa）	突变：Residues 127 to 131 were deleted in the construct used for crystallisation.	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.2 M ammonium sulfate 0.1 M sodium acetate pH 4.6 25% w/v polyethylene glycol 4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.215
8QFZ TSLP-Bicycle complex 提交 2023-09-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–155（127 aa）	未记录	LFI 1-[3,5-bis(3-bromanylpropanoyl)-1,3,5-triazinan-1-yl]-3-bromanyl-propan-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；30% PEG MME 500/PEG 20000, 0.1 M Carboxylic acids mix and 0.1 M Buffer system 3 pH 8.5	分辨率 1.65 Å R-free 0.210
8ZEU CryoEM structure of GR2002-F(ab')2: TSLP complex 提交 2024-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 C 29–155（127 aa）链 G 29–155（127 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.39 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TSLP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–154； UniProt 1–159

Interleukin-7 receptor subunit alpha

Mus musculus

UniProt P16872

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 21–239	未记录	Thymic stromal lymphopoietin × 1 （Q969D9） Cytokine receptor-like factor 2 × 1 （Q9HC73） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.53 M ammonium sulfate 0.1 M sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 7.0	分辨率 3.55 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5J12	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4NN5 Cytokine receptor complex - Crystal form 1A 提交 2013-11-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–239（219 aa）片段：extracellular domain (UNP residues 21-239)	未记录	ACT ACETATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；293 K；14% PEG4000, 0.3 M sodium acetate, pH 4.5, 0.3 M calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.201
4NN6 Cytokine receptor complex - Crystal form 1B 提交 2013-11-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–239（219 aa）片段：extracellular domain (UNP residues 21-239)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；293 K；14% PEG4000, 0.3 M sodium acetate, pH 4.5, 0.3 M calcium acetate, soaked in 18% PEG4000, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.5, 0.3 M calcium acetate for 1 hour prior to cryoprotection, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.54 Å R-free 0.297
4NN7 Cytokine receptor complex - Crystal form 2 提交 2013-11-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–239（219 aa）片段：extracellular domain (UNP residues 21-239)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；25% pentaerythritol ethoxylate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.77 Å R-free 0.286
8DDC Intramembrane recognition between transmembrane domains of IL-7R and common gamma chain 提交 2022-06-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 236–266（31 aa）片段：Transmembrane domain, residues 236-266	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 1 NMR样品组成 0.4 mM 15N, 13C, 85%2H Transmembrane domain of the common gamma-chain receptor, 40 mM DMPC, 100 mM DH6PC, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.4 mM 15N, 13C, 85%2H Transmembrane domain of the Interleukin-7 receptor alpha subunit, 40 mM DMPC, 100 mM DH6PC, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.4 mM 15N, 2H Transmembrane domain of the common gamma-chain receptor, 0.4 mM 13C Transmembrane domain of the Interleukin-7 receptor alpha subunit, 40 mM deuterated DMPC (deuterated), 100 mM deuterated DH6PC (deuterated), 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.4 mM 15N, 2H Transmembrane domain of the Interleukin-7 receptor alpha subunit, 0.4 mM 13C Transmembrane domain of the common gamma-chain receptor, 40 mM deuterated DMPC (deuterated), 100 mM deuterated DH6PC (deuterated), 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.4 mM 15N, 13C Transmembrane domain of the common gamma-chain receptor, 0.4 mM 15N, 13C Transmembrane domain of the Interleukin-7 receptor alpha subunit, 40 mM deuterated DMPC (deuterated), 100 mM deuterated DH6PC (deuterated), 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IL7RA_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 5–223； UniProt 21–239

Cytokine receptor-like factor 2

Homo sapiens

UniProt Q9HC73

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–221	未记录	Thymic stromal lymphopoietin × 1 （Q969D9） Interleukin-7 receptor subunit alpha × 1 （P16872） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.53 M ammonium sulfate 0.1 M sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 7.0	分辨率 3.55 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5J12	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5J11 Structure of human TSLP in complex with TSLPR and IL-7Ralpha 提交 2016-03-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–221（221 aa）	突变：N47Q	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.8；293 K；0.02 M Citric acid 0.08 M BIS-TRIS propane 16% w/v polyethylene glycol 3350	分辨率 2.56 Å R-free 0.218

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CRLF2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–221； UniProt 1–221

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5j12
沉积日期 deposition_date	2016-03-28
结构标题 title	Structure of human TSLP:TSLPR in complex with mouse IL-7Ralpha
关键词 keywords	cytokine inflammation TSLP signaling complex, signaling protein; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.17 Å
零角强度 I(0) i0	50390200.00
分子量 molecular_weight	54142.0 kDa
排除体积 excluded_volume	67032 Å³
包络体积 envelope_volume	87985 Å³
水化壳体积 shell_volume	27547 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.0 Å
壳层 Rg shell_rg	33.84 Å
包络 Rg envelope_rg	27.33 Å
形状 Rg shape_rg	27.18 Å
总 Rg total_rg	27.83 Å
总原子数 total_atoms	3814
残基数 n_residues	510
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.6 Å
Rg (实空间) rg_real	28.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0390e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.6390e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	50390000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9056
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.260
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.481
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6264000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.939; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.970

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Thymic stromal lymphopoietin
分子量 formula_weight	18522.5 kDa
突变 mutation	N64Q,K126S + residues 127-131 were deleted
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3819

MFPFALLYVLSVSFRKIFILQLVGLVLTYDFTNCDFEKIKAAYLSTISKDLITYMSGTKSTEFQNTVSCSNRPHCLTEIQSLTFNPTAGCASLAKEMFAMKTKAALAIWCPGYSETQINATQAMKSVTTNKCLEQVSQLQGLWRRFNRPLLKQQGTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Interleukin-7 receptor subunit alpha
分子量 formula_weight	25431.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSHMESGNAQDGDLEDADADDHSFWCHSQLEVDGSQHLLTCAFNDSDINTANLEFQICGALLRVKCLTLNKLQDIYFIKTSEFLLIGSSNICVKLGQKNLTCKNMAINTIVKAEAPSDLKVVYRKEANDFLVTFNAPHLKKKYLKKVKHDVAYRPARGESNWTHVSLFHTRTTIPQRKLRPKAMYEIKVRSIPHNDYFKGFWSEWSPSSTFETPEPKNQGGWD

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cytokine receptor-like factor 2
分子量 formula_weight	26559.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGRLVLLWGAAVFLLGGWMALGQGGAAEGVQIQIIYFNLETVQVTWNASKYSRTNLTFHYRFNGDEAYDQCTNYLLQEGHTSGCLLDAEQRDDILYFSIRNGTHPVFTASRWMVYYLKPSSPKHVRFSWHQDAVTVTCSDLSYGDLLYEVQYRSPFDTEWQSKQENTCNVTIEGLDAEKCYSFWVRVKAMEDVYGPDTYPSDWSEVTCWQRGEIRDACAETGTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5j12A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Thymic stromal lymphopoietin

结构域编号 domain_id	5j12B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1870 —

结构域编号 domain_id	5j12B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5j12C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	125.442 Å
晶胞边长 b length_b	125.442 Å
晶胞边长 c length_c	194.573 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.550 Å
最低分辨率 resolution_low	47.430 Å
R 因子 r_factor	0.2145
R_work r_work	0.2139
R_free r_free	0.2253

fit	/app/data/saxs_computation/j1/5j12/5j12.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j1/5j12/5j12.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j1/5j12/5j12.dat

Structure of human TSLP:TSLPR in complex with mouse IL-7Ralpha

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thymic stromal lymphopoietin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Interleukin-7 receptor subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cytokine receptor-like factor 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)