SAXSdb — 5j6g

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 class I histocompatibility antigen, Q10 alpha chain

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） VAL-GLY-ILE-THR-ASN-VAL-ASP-LEU × 1 Killer cell lectin-like receptor 3 × 1 （Q64329）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） VAL-GLY-ILE-THR-ASN-VAL-ASP-LEU × 1 Killer cell lectin-like receptor 3 × 1 （Q64329）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Beta-2-microglobulin × 2 （P01887） VAL-GLY-ILE-THR-ASN-VAL-ASP-LEU × 2 Killer cell lectin-like receptor 3 × 2 （Q64329）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HA10_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–257； UniProt 25–280 作者链 C； PDB构建体 2–257； UniProt 25–280

Beta-2-microglobulin

Mus musculus

UniProt P01887

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	H-2 class I histocompatibility antigen, Q10 alpha chain × 1 （P01898） VAL-GLY-ILE-THR-ASN-VAL-ASP-LEU × 1 Killer cell lectin-like receptor 3 × 1 （Q64329）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	H-2 class I histocompatibility antigen, Q10 alpha chain × 1 （P01898） VAL-GLY-ILE-THR-ASN-VAL-ASP-LEU × 1 Killer cell lectin-like receptor 3 × 1 （Q64329）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	H-2 class I histocompatibility antigen, Q10 alpha chain × 2 （P01898） VAL-GLY-ILE-THR-ASN-VAL-ASP-LEU × 2 Killer cell lectin-like receptor 3 × 2 （Q64329）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2MG_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–100； UniProt 21–119 作者链 D； PDB构建体 2–100； UniProt 21–119

Killer cell lectin-like receptor 3

Mus musculus

UniProt Q64329

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	H-2 class I histocompatibility antigen, Q10 alpha chain × 1 （P01898） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） VAL-GLY-ILE-THR-ASN-VAL-ASP-LEU × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	H-2 class I histocompatibility antigen, Q10 alpha chain × 1 （P01898） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） VAL-GLY-ILE-THR-ASN-VAL-ASP-LEU × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	H-2 class I histocompatibility antigen, Q10 alpha chain × 2 （P01898） Beta-2-microglobulin × 2 （P01887） VAL-GLY-ILE-THR-ASN-VAL-ASP-LEU × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KLRA3_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 2–132； UniProt 136–266 作者链 H； PDB构建体 2–132； UniProt 136–266

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5j6g
沉积日期 deposition_date	2016-04-04
结构标题 title	Recognition of the MHC class Ib molecule H2-Q10 by the natural killer cell receptor Ly49C
关键词 keywords	IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5j6g__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5j6g__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5j6g__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.13 Å
Rg（电子密度）	23.07 Å
总 Rg	23.94 Å
原子数	3884
残基数	501
排除体积	68507 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5j6g__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5j6g__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5j6g__assembly_3__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	H-2 class I histocompatibility antigen, Q10 alpha chain
分子量 formula_weight	34585.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	7801

MGSHSMRYFETSVSRPGLGEPRFIIVGYVDDTQFVRFDSDAETPRMEPRAPWMEQEGPEYWERETQRAKGNEQSFHVSLRTLLGYYNQSESGSHTIQWMYGCKVGSDGRFLRGYLQYAYDGRDYIALNEDLKTWTAADVAAIITRRKWEQAGAAEYYRAYLEAECVEWLLRYLELGKETLLRTDPPKTHVTHHPGSEGDVTLRCWALGFYPADITLTWQLNGEELTQDMELVETRPAGDGTFQKWASVVVPLGKEQNYTCHVYHEGLPEPLTLRWEPPPSASGSGLHHILDAQKMVWNHR

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11791.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MIQKTPQIQVYSRHPPENGKPNILNCYVTQFHPPHIEIQMLKNGKKIPKVEMSDMSFSKDWSFYILAHTEFTPTETDTYACRVKHASMAEPKTVYWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	VAL-GLY-ILE-THR-ASN-VAL-ASP-LEU
分子量 formula_weight	829.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

VGITNVDL

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Killer cell lectin-like receptor 3
分子量 formula_weight	15781.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H

MSSRDTGRGVKYWFCYSTKCYYFIMNKTTWSGCKANCQHYSVPILKIEDEDELKFLQRHVIPENYWIGLSYDKKKKEWAWIDNGPSKLDMKIRKMNFKSRGCVFLSKARIEDIDCNIPYYCICGKKLDKFPD

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5j6gA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	5j6gA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5j6gB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5j6gC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	5j6gC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5j6gD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5j6gG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	5j6gH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

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晶胞边长 a length_a	101.010 Å
晶胞边长 b length_b	57.800 Å
晶胞边长 c length_c	210.704 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.15 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	46.160 Å
R 因子 r_factor	0.2224
R_work r_work	0.2208
R_free r_free	0.2532

Recognition of the MHC class Ib molecule H2-Q10 by the natural killer cell receptor Ly49C

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 class I histocompatibility antigen, Q10 alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Beta-2-microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Killer cell lectin-like receptor 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5j6g__assembly_1__model_1

5j6g__assembly_1__model_1 | I(q)

5j6g__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Recognition of the MHC class Ib molecule H2-Q10 by the natural killer cell receptor Ly49C

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 class I histocompatibility antigen, Q10 alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beta-2-microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Killer cell lectin-like receptor 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5j6g__assembly_1__model_1

5j6g__assembly_1__model_1 | I(q)

5j6g__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)