SAXSdb — 5j70

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromo domain-containing protein 1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	;DNA (5'-D(GPCPTPGPGPAPAPAPTPTPTPCPCPAPGPCPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(CPGPCPTPGPGPAPAPAPTPTPTPCPCPAPGPC)-3') ; × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	;DNA (5'-D(GPCPTPGPGPAPAPAPTPTPTPCPCPAPGPCPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(CPGPCPTPGPGPAPAPAPTPTPTPCPCPAPGPC)-3') ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CHD1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–271； UniProt 1006–1274 作者链 B； PDB构建体 3–271； UniProt 1006–1274

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5j70
沉积日期 deposition_date	2016-04-05
结构标题 title	The Chd1 DNA-binding domain in complex with 17mer DNA duplex
关键词 keywords	DNA-bound complex, SANT domain, SLIDE domain, chromatin-binding protein-DNA complex; chromatin-binding protein/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5j70__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5j70__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5j70__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.34 Å
Rg（电子密度）	22.89 Å
总 Rg	23.58 Å
原子数	4737
残基数	262
排除体积	42768 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5j70__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5j70__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Chromo domain-containing protein 1
分子量 formula_weight	30505.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9555

GPDMDSIGESEVRALYKAILKFGNLKEILDELIADGTLPVKSFEKYGETYDEMMEAAKDCVHEEEKNRKEILEKLEKHATAYRAKLKSGEIKAENQPKDNPLTRLSLKKREKKAVLFNFKGVKSLNAESLLSRVEDLKYLKNLINSNYKDDPLKFSLGNNTPKPVQNWSSNWTKEEDEKLLIGVFKYGYGSWTQIRDDPFLGITDKIFLNEVHNPVAKKSASSSDTTPTPSKKGKGITGSSKKVPGAIHLGRRVDYLLSFLRGGLNTKSPS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPCPTPGPGPAPAPAPTPTPTPCPCPAPGPCP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	5227.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	W,Y

GCTGGAAATTTCCAGCG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPGPCPTPGPGPAPAPAPTPTPTPCPCPAPGP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	5187.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	X,Z

CGCTGGAAATTTCCAGC

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5j70A01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1440 —

结构域编号 domain_id	5j70A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	5j70B01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1440 —

结构域编号 domain_id	5j70B02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

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晶胞边长 a length_a	86.076 Å
晶胞边长 b length_b	57.099 Å
晶胞边长 c length_c	99.493 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.90 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.956 Å
最低分辨率 resolution_low	46.985 Å
R 因子 r_factor	0.2318
R_work r_work	0.2307
R_free r_free	0.2518

The Chd1 DNA-binding domain in complex with 17mer DNA duplex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromo domain-containing protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5j70__assembly_2__model_1

5j70__assembly_2__model_1 | I(q)

5j70__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

The Chd1 DNA-binding domain in complex with 17mer DNA duplex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromo domain-containing protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5j70__assembly_2__model_1

5j70__assembly_2__model_1 | I(q)

5j70__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)