SAXSdb — 5jhw

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Growth/differentiation factor 11

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 299–407 链 B； UniProt 299–407	片段：UNP residues 299-407	Follistatin × 2 （P19883） PO4 PHOSPHATE ION × 3 FLC CITRATE ANION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；298 K；100mM Phosphate/Citrate pH 4.2, 14% EtOH, 1% PEG 1000	分辨率 2.35 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5JHW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5E4G Crystal structure of human growth differentiation factor 11 (GDF-11) 提交 2015-10-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 299–407（109 aa）片段：UNP residues 299-407	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.18 M magnesium acetate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 22.5% PEG3350, 0.01 M strontium chloride	分辨率 1.50 Å R-free 0.207
5UHM Apo-Structure of Mature Growth Differentiation Factor 11 提交 2017-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 299–407（109 aa）链 B 299–407（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.75；298.15 K；5mM Calcium Chloride 0.1M Sodium Acetate 33% MPD	分辨率 1.90 Å R-free 0.258
6MAC Ternary structure of GDF11 bound to ActRIIB-ECD and Alk5-ECD 提交 2018-08-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 300–407（108 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；.05-.15M sodium acetate 12-24% polyethylene glycol 8000 .05-.15M sodium thiocyanate	分辨率 2.34 Å R-free 0.267
7MRZ Structure of GDF11 bound to fused ActRIIB-ECD and Alk4-ECD with Anti-ActRIIB Fab fragment 提交 2021-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 299–407（109 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M HEPES, 0.9M ammonium sulfate, 0.9 M KCl	分辨率 3.00 Å R-free 0.327

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GDF11_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–109； UniProt 299–407 作者链 B； PDB构建体 1–109； UniProt 299–407

Follistatin

Homo sapiens

UniProt P19883

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 30–317 链 D； UniProt 30–317	片段：UNP residues 30-317	Growth/differentiation factor 11 × 2 （O95390） PO4 PHOSPHATE ION × 3 FLC CITRATE ANION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；298 K；100mM Phosphate/Citrate pH 4.2, 14% EtOH, 1% PEG 1000	分辨率 2.35 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5JHW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2B0U The Structure of the Follistatin:Activin Complex 提交 2005-09-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 30–317（288 aa）片段：Follistatin-288 链 D 30–317（288 aa）片段：Follistatin-288	未记录	IR3 IRIDIUM (III) ION × 5 MLI MALONATE ION × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；PEG 3350, 200 mM Malonate, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.297
2P6A The structure of the Activin:Follistatin 315 complex 提交 2007-03-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 30–344（315 aa）链 D 30–344（315 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；20-23% PEG 1000, 200mM MgCl2, 3% EtOH, 20mM Trimethyl-amine HCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298 K	分辨率 3.40 Å R-free 0.324
3HH2 Crystal structure of the myostatin:follistatin 288 complex 提交 2009-05-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 30–317（288 aa）片段：UNP residues 30-317 链 D 30–317（288 aa）片段：UNP residues 30-317	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3 CIT CITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；PEG 1000, Ethanol, Phosphate/citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.15 Å R-free 0.249

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FST_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–288； UniProt 30–317 作者链 D； PDB构建体 1–288； UniProt 30–317

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5jhw
沉积日期 deposition_date	2016-04-21
结构标题 title	Crystal Structure of the GDF11:Follistatin 288 complex
关键词 keywords	GDF11, follistatin, TGFbeta, Ligand, CYTOKINE-Signaling Protein complex; CYTOKINE/Signaling Protein
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.86 Å
零角强度 I(0) i0	146891000.00
分子量 molecular_weight	88528.0 kDa
排除体积 excluded_volume	107390 Å³
包络体积 envelope_volume	151230 Å³
水化壳体积 shell_volume	39554 Å³
包络直径 envelope_diameter	117.0 Å
壳层 Rg shell_rg	39.18 Å
包络 Rg envelope_rg	31.17 Å
形状 Rg shape_rg	31.86 Å
总 Rg total_rg	32.43 Å
总原子数 total_atoms	6117
残基数 n_residues	784
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.6 Å
Rg (实空间) rg_real	32.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4690e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6120e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	146900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9022
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.246
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.460
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12160000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.927; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.945

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Growth/differentiation factor 11
分子量 formula_weight	12471.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6323

NLGLDCDEHSSESRCCRYPLTVDFEAFGWDWIIAPKRYKANYCSGQCEYMFMQKYPHTHLVQQANPRGSAGPCCTPTKMSPINMLYFNDKQQIIYGKIPGMVVDRCGCS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Follistatin
分子量 formula_weight	31592.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GNCWLRQAKNGRCQVLYKTELSKEECCSTGRLSTSWTEEDVNDNTLFKWMIFNGGAPNCIPCKETCENVDCGPGKKCRMNKKNKPRCVCAPDCSNITWKGPVCGLDGKTYRNECALLKARCKEQPELEVQYQGRCKKTCRDVFCPGSSTCVVDQTNNAYCVTCNRICPEPASSEQYLCGNDGVTYSSACHLRKATCLLGRSIGLAYEGKCIKAKSCEDIQCTGGKKCLWDFKVGRGRCSLCDELCPDSKSDEPVCASDNATYASECAMKEAACSSGVLLEVKHSGSCN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CITRATE ANION
分子量 formula_weight	189.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	170

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d5jhwa_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamily	g.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family family	g.17.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5jhwb_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamily	g.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family family	g.17.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5jhwC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	290 — Extracellular Matrix Fibrillin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TGF-beta binding (TB) domain

结构域编号 domain_id	5jhwC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	5jhwC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	5jhwC04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	5jhwD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	290 — Extracellular Matrix Fibrillin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TGF-beta binding (TB) domain

结构域编号 domain_id	5jhwD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	5jhwD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	5jhwD04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	55.960 Å
晶胞边长 b length_b	59.080 Å
晶胞边长 c length_c	288.460 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	41.276 Å
R 因子 r_factor	0.2047
R_work r_work	0.2024
R_free r_free	0.2468

fit	/app/data/saxs_computation/jh/5jhw/5jhw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jh/5jhw/5jhw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jh/5jhw/5jhw.dat

Crystal Structure of the GDF11:Follistatin 288 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Growth/differentiation factor 11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Follistatin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)