SAXSdb — 5jlt

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Middle transcription regulatory protein motA

Enterobacteria phage T4

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 93–211	未记录	;DNA (5'-D(GPAPAPGPCPTPTPTPGPCPTPTPAPAPTPAPAPTPCPCPAPC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPTPGPGPAPTPTPAPTPTPAPAPGPCPAPAPAPGPCPTPTPC)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；23% PEG 8K, 0.1 M Na Acetate, 0.1 M NaCacodylate, pH 6.5, and 3% glycerol	分辨率 2.96 Å R-free 0.245
2	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 93–211	未记录	;DNA (5'-D(GPAPAPGPCPTPTPTPGPCPTPTPAPAPTPAPAPTPCPCPAPC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPTPGPGPAPTPTPAPTPTPAPAPGPCPAPAPAPGPCPTPTPC)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；23% PEG 8K, 0.1 M Na Acetate, 0.1 M NaCacodylate, pH 6.5, and 3% glycerol	分辨率 2.96 Å R-free 0.245
3	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 93–211 链 D； UniProt 93–211	未记录	;DNA (5'-D(GPAPAPGPCPTPTPTPGPCPTPTPAPAPTPAPAPTPCPCPAPC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPTPGPGPAPTPTPAPTPTPAPAPGPCPAPAPAPGPCPTPTPC)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；23% PEG 8K, 0.1 M Na Acetate, 0.1 M NaCacodylate, pH 6.5, and 3% glycerol	分辨率 2.96 Å R-free 0.245
4	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 93–211 链 C； UniProt 93–211	未记录	;DNA (5'-D(GPAPAPGPCPTPTPTPGPCPTPTPAPAPTPAPAPTPCPCPAPC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPTPGPGPAPTPTPAPTPTPAPAPGPCPAPAPAPGPCPTPTPC)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；23% PEG 8K, 0.1 M Na Acetate, 0.1 M NaCacodylate, pH 6.5, and 3% glycerol	分辨率 2.96 Å R-free 0.245

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5JLT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BJA ACTIVATION DOMAIN OF THE PHAGE T4 TRANSCRIPTION FACTOR MOTA 提交 1998-06-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–96（95 aa）片段：N-TERMINAL ACTIVATION DOMAIN	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 60% SATURATED AMMONIUM SULPHATE, 100 MM BIS-TRIS PROPANE, PH 8.0 - 9.0, pH 8.5	分辨率 2.19 Å R-free 0.291
1BJA ACTIVATION DOMAIN OF THE PHAGE T4 TRANSCRIPTION FACTOR MOTA 提交 1998-06-23	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–96（95 aa）片段：N-TERMINAL ACTIVATION DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 60% SATURATED AMMONIUM SULPHATE, 100 MM BIS-TRIS PROPANE, PH 8.0 - 9.0, pH 8.5	分辨率 2.19 Å R-free 0.291
1I1S SOLUTION STRUCTURE OF THE TRANSCRIPTIONAL ACTIVATION DOMAIN OF THE BACTERIOPHAGE T4 PROTEIN MOTA 提交 2001-02-02	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–96（96 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-96	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；301 K；离子强度（mmCIF原始值）200 mM potassium phosphate；压力 ambient NMR测量条件 pH 6.5；301 K；离子强度（mmCIF原始值）200 mM potassium phosphate；压力 ambient NMR样品组成 2mM MotNF U-15N \| 200 mM potassium phosphate buffer, pH 6.5; 90% H2O, 10% D2O NMR样品组成 2mM MotNF U-13C,15N \| 200 mM potassium phosphate buffer, pH 6.5; 90% H2O, 10% D2O	分辨率未提供
1KAF DNA Binding Domain Of The Phage T4 Transcription Factor MotA (AA105-211) 提交 2001-11-01	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 105–211（107 aa）片段：DNA binding domain residues 105-211	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；from 19% PEG 8000, 35 mM potassium phosphate pH 5.0, 3% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.258
1KAF DNA Binding Domain Of The Phage T4 Transcription Factor MotA (AA105-211) 提交 2001-11-01	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 105–211（107 aa）片段：DNA binding domain residues 105-211	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；from 19% PEG 8000, 35 mM potassium phosphate pH 5.0, 3% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.258
1KAF DNA Binding Domain Of The Phage T4 Transcription Factor MotA (AA105-211) 提交 2001-11-01	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 105–211（107 aa）片段：DNA binding domain residues 105-211	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；from 19% PEG 8000, 35 mM potassium phosphate pH 5.0, 3% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.258
1KAF DNA Binding Domain Of The Phage T4 Transcription Factor MotA (AA105-211) 提交 2001-11-01	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 105–211（107 aa）片段：DNA binding domain residues 105-211	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；from 19% PEG 8000, 35 mM potassium phosphate pH 5.0, 3% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.258
1KAF DNA Binding Domain Of The Phage T4 Transcription Factor MotA (AA105-211) 提交 2001-11-01	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 105–211（107 aa）片段：DNA binding domain residues 105-211	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；from 19% PEG 8000, 35 mM potassium phosphate pH 5.0, 3% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.258
1KAF DNA Binding Domain Of The Phage T4 Transcription Factor MotA (AA105-211) 提交 2001-11-01	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 105–211（107 aa）片段：DNA binding domain residues 105-211	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；from 19% PEG 8000, 35 mM potassium phosphate pH 5.0, 3% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.258
6K4Y CryoEM structure of sigma appropriation complex 提交 2019-05-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 M 1–211（211 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.79 Å

共 4 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MOTA_BPT4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–125； UniProt 93–211 作者链 B； PDB构建体 7–125； UniProt 93–211 作者链 C； PDB构建体 7–125； UniProt 93–211 作者链 D； PDB构建体 7–125； UniProt 93–211

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5jlt
沉积日期 deposition_date	2016-04-27
结构标题 title	The crystal structure of the bacteriophage T4 MotA C-terminal domain in complex with dsDNA reveals a novel protein-DNA recognition motif
关键词 keywords	;MotA, dsDNA, "Double wing", DNA binding motif, VIRAL PROTEIN-DNA complex ;; VIRAL PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.06 Å
零角强度 I(0) i0	141766000.00
分子量 molecular_weight	77802.0 kDa
排除体积 excluded_volume	89966 Å³
包络体积 envelope_volume	134080 Å³
水化壳体积 shell_volume	35144 Å³
包络直径 envelope_diameter	125.7 Å
壳层 Rg shell_rg	37.48 Å
包络 Rg envelope_rg	34.83 Å
形状 Rg shape_rg	35.05 Å
总 Rg total_rg	35.23 Å
总原子数 total_atoms	5342
残基数 n_residues	526
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	117.2 Å
Rg (实空间) rg_real	35.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4180e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7700e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	141700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8530
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.493
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.321
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8527000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.851; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.878; Smooth: 0.652

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Middle transcription regulatory protein motA
分子量 formula_weight	14548.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	5739

EGDIHMELLKKRATRKAREITSDMEEDKDLMLKLLDKNGFVLKKVEIYRSNYLAILEKRTNGIRNFEINNNGNMRIFGYKMMEHHIQKFTDIGMSCKIAKNGNVYLDIKRSAENIEAVITVASEL

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10665
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPAPAPGPCPTPTPTPGPCPTPTPAPAPTPAPAPTPCPCPAPC)-3') ;
分子量 formula_weight	6710.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,H

GAAGCTTTGCTTAATAATCCAC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPTPGPGPAPTPTPAPTPTPAPAPGPCPAPAPAPGPCPTPTPC)-3') ;
分子量 formula_weight	6790.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F,G

GTGGATTATTAAGCAAAGCTTC

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	387

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5jltA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Transcription regulator MotA, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	5jltB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Transcription regulator MotA, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	5jltC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Transcription regulator MotA, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	5jltD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Transcription regulator MotA, C-terminal domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	72.270 Å
晶胞边长 b length_b	72.270 Å
晶胞边长 c length_c	279.369 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.955 Å
最低分辨率 resolution_low	62.588 Å
R 因子 r_factor	0.2208
R_work r_work	0.2195
R_free r_free	0.2446

fit	/app/data/saxs_computation/jl/5jlt/5jlt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jl/5jlt/5jlt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jl/5jlt/5jlt.dat

The crystal structure of the bacteriophage T4 MotA C-terminal domain in complex with dsDNA reveals a novel protein-DNA recognition motif

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Middle transcription regulatory protein motA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)