5jmn

Fusidic acid bound AcrB

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 151.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Multidrug efflux pump subunit AcrB

Escherichia coli (strain K12)

UniProt P31224

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–1049 链 B; UniProt 1–1049 链 C; UniProt 1–1049 未记录 DARPin × 2 FUA FUSIDIC ACID × 3 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 10 SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 8 ETE 2-{2-[2-2-(METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 3 HEX HEXANE × 2 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 4 D12 DODECANE × 4 OCT N-OCTANE × 2 P3G 3,6,9,12,15-PENTAOXAHEPTADECANE × 1 D10 DECANE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.9;290 K;0.05M ADA, pH 6.9, 0.15-0.25M AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 5-10% PEG4000, 0.004m FUSIDIC ACID 分辨率 2.50 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 117 个其他 PDB 条目、124 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACRB_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–1049; UniProt 1–1049 作者链 B; PDB构建体 1–1049; UniProt 1–1049 作者链 C; PDB构建体 1–1049; UniProt 1–1049

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5jmn

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5jmn
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5jmn
沉积日期 deposition_date2016-04-29
结构标题 titleFusidic acid bound AcrB
关键词 keywordsMultidrug efflux protein, Membrane protein, Transport protein; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier47.77
回转半径 Rg (电子) rg_electron47.14
零角强度 I(0) i01848320000.00
分子量 molecular_weight381110.0 kDa
排除体积 excluded_volume486610 ų
包络体积 envelope_volume646270 ų
水化壳体积 shell_volume108400 ų
包络直径 envelope_diameter154.7
壳层 Rg shell_rg55.51
包络 Rg envelope_rg46.45
形状 Rg shape_rg47.15
总 Rg total_rg47.39
总原子数 total_atoms26789
残基数 n_residues3413
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax151.8
Rg (实空间) rg_real47.49
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.11
I(0) (实空间) i0_real1.8480e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2030e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal47.76
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1849000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8842
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary59.8
偏度 Skewness skewness0.175
峰度 Kurtosis kurtosis-0.432
角度范围 angular_range— – 0.1650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha352100000.0000
实空间数据点数 n_real_points34
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.885; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.967; Smooth: 0.869

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 26 domains

CATH v4.4 (26 domains)

结构域编号 domain_id5jmnA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1640 — Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain
结构域编号 domain_id5jmnA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1430 — Multidrug efflux transporter AcrB pore domain
结构域编号 domain_id5jmnA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1320 — Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like
结构域编号 domain_id5jmnA04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2090 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
结构域编号 domain_id5jmnA05
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1640 — Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain
结构域编号 domain_id5jmnA06
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1430 — Multidrug efflux transporter AcrB pore domain
结构域编号 domain_id5jmnA07
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Multidrug efflux transporter AcrB pore domain
结构域编号 domain_id5jmnA08
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2090 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
结构域编号 domain_id5jmnB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1640 — Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain
结构域编号 domain_id5jmnB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1430 — Multidrug efflux transporter AcrB pore domain
结构域编号 domain_id5jmnB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1320 — Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like
结构域编号 domain_id5jmnB04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2090 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
结构域编号 domain_id5jmnB05
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1640 — Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain
结构域编号 domain_id5jmnB06
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1430 — Multidrug efflux transporter AcrB pore domain
结构域编号 domain_id5jmnB07
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Multidrug efflux transporter AcrB pore domain
结构域编号 domain_id5jmnB08
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2090 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
结构域编号 domain_id5jmnC01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1640 — Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain
结构域编号 domain_id5jmnC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1430 — Multidrug efflux transporter AcrB pore domain
结构域编号 domain_id5jmnC03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1320 — Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like
结构域编号 domain_id5jmnC04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2090 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
结构域编号 domain_id5jmnC05
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1640 — Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain
结构域编号 domain_id5jmnC06
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1430 — Multidrug efflux transporter AcrB pore domain
结构域编号 domain_id5jmnC07
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Multidrug efflux transporter AcrB pore domain
结构域编号 domain_id5jmnC08
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2090 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
结构域编号 domain_id5jmnD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Ankyrin repeat-containing domain
结构域编号 domain_id5jmnE00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Ankyrin repeat-containing domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)