5jmv

Crystal structure of mjKae1-pfuPcc1 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein

Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Uncharacterized protein × 4 （Q8TZI1） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Uncharacterized protein × 2 （Q8TZI1） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KAE1B_METJA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–340； UniProt 1–335 作者链 B； PDB构建体 6–340； UniProt 1–335 作者链 C； PDB构建体 6–340； UniProt 1–335

Uncharacterized protein

Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1)

UniProt Q8TZI1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein × 2 （Q58530） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein × 2 （Q58530） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8TZI1_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 6–87； UniProt 1–82 作者链 E； PDB构建体 6–87； UniProt 1–82 作者链 F； PDB构建体 6–87； UniProt 1–82 作者链 G； PDB构建体 6–87； UniProt 1–82 作者链 H； PDB构建体 6–87； UniProt 1–82

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5jmv
沉积日期 deposition_date	2016-04-29
结构标题 title	Crystal structure of mjKae1-pfuPcc1 complex
关键词 keywords	tRNA modification, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5jmv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5jmv__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5jmv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.07 Å
Rg（电子密度）	35.88 Å
总 Rg	36.12 Å
原子数	7427
残基数	942
排除体积	133630 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5jmv__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5jmv__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein
分子量 formula_weight	38555.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.234,2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	10435

GAMDPMICLGLEGTAEKTGVGIVTSDGEVLFNKTIMYKPPKQGINPREAADHHAETFPKLIKEAFEVVDKNEIDLIAFSQGPGLGPSLRVTATVARTLSLTLKKPIIGVNHCIAHIEIGKLTTEAEDPLTLYVSGGNTQVIAYVSKKYRVFGETLDIAVGNCLDQFARYVNLPHPGGPYIEELARKGKKLVDLPYTVKGMDIAFSGLLTAAMRAYDAGERLEDICYSLQEYAFSMLTEITERALAHTNKGEVMLVGGVAANNRLREMLKAMCEGQNVDFYVPPKEFCGDNGAMIAWLGLLMHKNGRWMSLDETKIIPNYRTDMVEVNWIKEIKGKKRKIPVEVNWIKK

来源 Source

来源生物 organism	Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243232
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Uncharacterized protein
分子量 formula_weight	9882.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F,G,H

GAMDPMKAKRVQAKIEIEFPSEDVAKVVYEAVLYEHLSVPYRRSEIDFKLEGKKIILDIKATDSSALRGTVNSYLRWIKAAIDVIEV

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

CATH v4.4 (11 domains)

结构域编号 domain_id	5jmvA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	5jmvA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	5jmvB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	5jmvB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	5jmvC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	5jmvC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	5jmvD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	5jmvE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	5jmvF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	5jmvG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	5jmvH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	121.913 Å
晶胞边长 b length_b	121.913 Å
晶胞边长 c length_c	310.613 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	40

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.386 Å
最低分辨率 resolution_low	48.241 Å
R 因子 r_factor	0.2026
R_work r_work	0.2004
R_free r_free	0.2432

Crystal structure of mjKae1-pfuPcc1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Uncharacterized protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5jmv__assembly_1__model_1

5jmv__assembly_1__model_1 | I(q)

5jmv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

CATH v4.4 (11 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of mjKae1-pfuPcc1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Uncharacterized protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5jmv__assembly_1__model_1

5jmv__assembly_1__model_1 | I(q)

5jmv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

CATH v4.4 (11 domains)

7. 引用文献 (1)