9d85

Structure of the KEOPS complex (Cgi121/Bud32/Kae1/Pcc1) bound to tRNA in a distorted tRNA conformation

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 119.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9d85
沉积日期 deposition_date	2024-08-18
结构标题 title	Structure of the KEOPS complex (Cgi121/Bud32/Kae1/Pcc1) bound to tRNA in a distorted tRNA conformation
关键词 keywords	tRNA, modification, t6A, RNA BINDING PROTEIN, RNA BINDING PROTEIN-RNA complex; RNA BINDING PROTEIN/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.90 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.07 Å
零角强度 I(0) i0	217103000.00
分子量 molecular_weight	105000.0 kDa
排除体积 excluded_volume	125620 Å³
包络体积 envelope_volume	165050 Å³
水化壳体积 shell_volume	42460 Å³
包络直径 envelope_diameter	127.2 Å
壳层 Rg shell_rg	38.74 Å
包络 Rg envelope_rg	33.68 Å
形状 Rg shape_rg	34.06 Å
总 Rg total_rg	34.42 Å
总原子数 total_atoms	7291
残基数 n_residues	804
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	119.2 Å
Rg (实空间) rg_real	33.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1710e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6270e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	217100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8616
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	40.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.443
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.130
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15340000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.773; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.923; Smooth: 0.955

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein
分子量 formula_weight	23957.5 kDa
突变 mutation	E152R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	7291

KIPEHLIGKGAEADIKRDSYLDFDVIIKERVKKGYRDERLDENIRKSRTAREARYLALVKDFGIPAPYIFDVDLDNKRIMMSYINGKLAKDVIEDNLDIAYKIGEIVGKLHKNDVIHNDLTTSNFIFDKDLYIIDFGLGKISNLDRDKAVDLIVFKKAVLSTHHEKFDEIWERFLEGYKSVYDRWEIILELMKDVERRARYVE

来源 Source

来源生物 organism	Methanocaldococcus jannaschii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2190
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Regulatory protein Cgi121
分子量 formula_weight	16963.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MDPMIIRGIRGARINNEIFNLGLKFQILNADVVATKKHVLHAINQAKTKKPIAKSFWMEILVRASGQRQIHEAIKIIGAKDGNVCLICEDEETFRKIYELIGGEIDDSVLEINEDKERLIREIFKIRGFGNVVERVLEKIALIELKKE

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein
分子量 formula_weight	36115.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MDPMICLGLEGTAEKTGVGIVTSDGEVLFNKTIMYKPPKQGINPREAADHHAETFPKLIKEAFEVVDKNEIDLIAFSQGPGLGPSLRVTATVARTLSLTLKKPIIGVNHCIAHIEIGKLTTEAEDPLTLYVSGGNTQVIAYVSKKYRVFGETLDIAVGNCLDQFARYVNLPHPGGPYIEELARKGKKLVDLPYTVKGMDIAFSGLLTAAMRAYDAGERLEDICYSLQEYAFSMLTEITERALAHTNKGEVMLVGGVAANNRLREMLKAMCEGQNVDFYVPPKEFCGDNGAMIAWLGLLMHKNGRWMSLDETKIIPNYRTDMVEVNWI

来源 Source

来源生物 organism	Methanocaldococcus jannaschii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2190
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	KEOPS complex subunit Pcc1
分子量 formula_weight	9410.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MKAKRVQAKIEIEFPSEDVAKVVYEAVLYEHLSVPYRRSEIDFKLEGKKIILDIKATDSSALRGTVNSYLRWIKAAIDVIEV

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 polymer

描述 description	tRNA
分子量 formula_weight	24758.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	T

GGGCCCGUAGCUCAGUCUGGCAGAGCGCCUGGCUUUUAACCAGGUGGUCGAGGGUUCAAAUCCCUUCGGGCCCGCCA

来源 Source

来源生物 organism	Methanocaldococcus jannaschii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2190
宿主生物 host_organism	in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai)

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.59 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	83710

fit	/app/data/saxs_computation/d8/9d85/9d85.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d8/9d85/9d85.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d8/9d85/9d85.dat

Structure of the KEOPS complex (Cgi121/Bud32/Kae1/Pcc1) bound to tRNA in a distorted tRNA conformation

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)