SAXSdb — 9d85

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein

Methanocaldococcus jannaschii

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	Regulatory protein Cgi121 × 1 （Q57646） KEOPS complex subunit Pcc1 × 1 （Q8TZI1） tRNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KAE1B_METJA
Isoform	—
PDB实体	1, 3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–203； UniProt 333–535 作者链 K； PDB构建体 4–327； UniProt 1–324

Regulatory protein Cgi121

Pyrococcus furiosus DSM 3638

UniProt Q57646

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein × 1 （Q58530） Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein × 1 （Q58530） KEOPS complex subunit Pcc1 × 1 （Q8TZI1） tRNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CG121_METJA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 4–148； UniProt 1–145

KEOPS complex subunit Pcc1

Pyrococcus furiosus DSM 3638

UniProt Q8TZI1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein × 1 （Q58530） Regulatory protein Cgi121 × 1 （Q57646） Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein × 1 （Q58530） tRNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8TZI1_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–82； UniProt 1–82

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9d85
沉积日期 deposition_date	2024-08-18
结构标题 title	Structure of the KEOPS complex (Cgi121/Bud32/Kae1/Pcc1) bound to tRNA in a distorted tRNA conformation
关键词 keywords	tRNA, modification, t6A, RNA BINDING PROTEIN, RNA BINDING PROTEIN-RNA complex; RNA BINDING PROTEIN/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9d85__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9d85__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9d85__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.90 Å
Rg（电子密度）	34.07 Å
总 Rg	34.42 Å
原子数	7291
残基数	804
排除体积	125620 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9d85__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein
分子量 formula_weight	23957.5 kDa
突变 mutation	E152R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	7291

KIPEHLIGKGAEADIKRDSYLDFDVIIKERVKKGYRDERLDENIRKSRTAREARYLALVKDFGIPAPYIFDVDLDNKRIMMSYINGKLAKDVIEDNLDIAYKIGEIVGKLHKNDVIHNDLTTSNFIFDKDLYIIDFGLGKISNLDRDKAVDLIVFKKAVLSTHHEKFDEIWERFLEGYKSVYDRWEIILELMKDVERRARYVE

来源 Source

来源生物 organism	Methanocaldococcus jannaschii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2190
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Regulatory protein Cgi121
分子量 formula_weight	16963.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MDPMIIRGIRGARINNEIFNLGLKFQILNADVVATKKHVLHAINQAKTKKPIAKSFWMEILVRASGQRQIHEAIKIIGAKDGNVCLICEDEETFRKIYELIGGEIDDSVLEINEDKERLIREIFKIRGFGNVVERVLEKIALIELKKE

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein
分子量 formula_weight	36115.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MDPMICLGLEGTAEKTGVGIVTSDGEVLFNKTIMYKPPKQGINPREAADHHAETFPKLIKEAFEVVDKNEIDLIAFSQGPGLGPSLRVTATVARTLSLTLKKPIIGVNHCIAHIEIGKLTTEAEDPLTLYVSGGNTQVIAYVSKKYRVFGETLDIAVGNCLDQFARYVNLPHPGGPYIEELARKGKKLVDLPYTVKGMDIAFSGLLTAAMRAYDAGERLEDICYSLQEYAFSMLTEITERALAHTNKGEVMLVGGVAANNRLREMLKAMCEGQNVDFYVPPKEFCGDNGAMIAWLGLLMHKNGRWMSLDETKIIPNYRTDMVEVNWI

来源 Source

来源生物 organism	Methanocaldococcus jannaschii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2190
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	KEOPS complex subunit Pcc1
分子量 formula_weight	9410.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MKAKRVQAKIEIEFPSEDVAKVVYEAVLYEHLSVPYRRSEIDFKLEGKKIILDIKATDSSALRGTVNSYLRWIKAAIDVIEV

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	tRNA
分子量 formula_weight	24758.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	T

GGGCCCGUAGCUCAGUCUGGCAGAGCGCCUGGCUUUUAACCAGGUGGUCGAGGGUUCAAAUCCCUUCGGGCCCGCCA

来源 Source

来源生物 organism	Methanocaldococcus jannaschii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2190
宿主生物 host_organism	in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai)

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分辨率 resolution	3.59 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	83710

Structure of the KEOPS complex (Cgi121/Bud32/Kae1/Pcc1) bound to tRNA in a distorted tRNA conformation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Regulatory protein Cgi121

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

KEOPS complex subunit Pcc1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9d85__assembly_1__model_1

9d85__assembly_1__model_1 | I(q)

9d85__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Structure of the KEOPS complex (Cgi121/Bud32/Kae1/Pcc1) bound to tRNA in a distorted tRNA conformation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Regulatory protein Cgi121

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

KEOPS complex subunit Pcc1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9d85__assembly_1__model_1

9d85__assembly_1__model_1 | I(q)

9d85__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)