SAXSdb — 5jwr

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Circadian clock protein kinase KaiC

Thermosynechococcus elongatus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Circadian clock protein KaiB × 1 （Q79V61） Circadian clock protein KaiA × 2 （Q79V62） PHOSPHATE ION × 1 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Circadian clock protein KaiB × 1 （Q79V61） Circadian clock protein KaiA × 2 （Q79V62） PHOSPHATE ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KAIC_THEEB
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–239； UniProt 17–247 作者链 C； PDB构建体 9–239； UniProt 17–247

Circadian clock protein KaiB

Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1)

UniProt Q79V61

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Circadian clock protein kinase KaiC × 1 （Q79V60） Circadian clock protein KaiA × 2 （Q79V62） PHOSPHATE ION × 1 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Circadian clock protein kinase KaiC × 1 （Q79V60） Circadian clock protein KaiA × 2 （Q79V62） PHOSPHATE ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KAIB_THEEB
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 D； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99

Circadian clock protein KaiA

Thermosynechococcus elongatus

UniProt Q79V62

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Circadian clock protein kinase KaiC × 1 （Q79V60） Circadian clock protein KaiB × 1 （Q79V61） PHOSPHATE ION × 1 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Circadian clock protein kinase KaiC × 1 （Q79V60） Circadian clock protein KaiB × 1 （Q79V61） PHOSPHATE ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KAIA_THEEB
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 9–145； UniProt 147–283 作者链 F； PDB构建体 9–145； UniProt 147–283 作者链 G； PDB构建体 9–145； UniProt 147–283 作者链 H； PDB构建体 9–145； UniProt 147–283

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5jwr
沉积日期 deposition_date	2016-05-12
结构标题 title	Crystal structure of foldswitch-stabilized KaiB in complex with the N-terminal CI domain of KaiC and a dimer of KaiA C-terminal domains from Thermosynechococcus elongatus
关键词 keywords	Transcription Regulator, foldswitch; Transcription Regulator
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5jwr__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5jwr__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5jwr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.07 Å
Rg（电子密度）	28.13 Å
总 Rg	28.87 Å
原子数	4763
残基数	586
排除体积	85638 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5jwr__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5jwr__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Circadian clock protein kinase KaiC
分子量 formula_weight	27738.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
突变 mutation	R41A, K173A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	9528

DYKDDDDKAEVKKIPTMIEGFDDISHGGLPQGATTLVSGTSGTGKTLFAVQFLYNGITIFNEPGIFVTFEESPQDIIKNALSFGWNLQSLIDQGKLFILDASPDPDGQEVAGDFDLSALIERIQYAIRKYKATRVSIDSVTAVFQQYDAASVVRREIFRLAFRLAQLGVTTIMTTERVDEYGPVARFGVEEFVSDNVVILRNVLEGERRRRTVEILKLRGTTHMKGEYPFTINNGINIFDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Thermosynechococcus elongatus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	197221
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Circadian clock protein KaiB
分子量 formula_weight	10941.0 kDa
突变 mutation	Y8A, G89A, D91R, Y94A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MAPLRKTAVLKLYVAGNTPNSVRALKTLNNILEKEFKGVYALKVIDVLKNPQLAEEDKILATPTLAKVLPPPVRRIIGDLSNREKVLIALRLLAEEIGD

来源 Source

来源生物 organism	Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	197221
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Circadian clock protein KaiA
分子量 formula_weight	17332.8 kDa
突变 mutation	C272S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

DYKDDDDKSNVDPQHRLSQKLKERLGYLGVYYKRDTAFFFRRMSPADKRKLLDELRSIYRTIVLEYFNTDAKVNERIDEFVSKAFFADISVSQVLEIHVELMDTFSKQLKLEGRSEDILLDYRLTLIDVIAHLSEMYRRSIPREV

来源 Source

来源生物 organism	Thermosynechococcus elongatus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	197221
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	106

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d5jwrb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.15 — KaiB-like

结构域编号 domain_id	d5jwrd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.15 — KaiB-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5jwrA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5jwrB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	5jwrC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5jwrD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

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晶胞边长 a length_a	74.595 Å
晶胞边长 b length_b	79.105 Å
晶胞边长 c length_c	80.838 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	107.27 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.71 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	111.20 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.610 Å
最低分辨率 resolution_low	44.841 Å
R 因子 r_factor	0.1876
R_work r_work	0.1847
R_free r_free	0.2420

Crystal structure of foldswitch-stabilized KaiB in complex with the N-terminal CI domain of KaiC and a dimer of KaiA C-terminal domains from Thermosynechococcus elongatus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Circadian clock protein kinase KaiC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Circadian clock protein KaiB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Circadian clock protein KaiA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5jwr__assembly_1__model_1

5jwr__assembly_1__model_1 | I(q)

5jwr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of foldswitch-stabilized KaiB in complex with the N-terminal CI domain of KaiC and a dimer of KaiA C-terminal domains from Thermosynechococcus elongatus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Circadian clock protein kinase KaiC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Circadian clock protein KaiB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Circadian clock protein KaiA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5jwr__assembly_1__model_1

5jwr__assembly_1__model_1 | I(q)

5jwr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)