SAXSdb — 5k1c

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 12

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 16–370	片段：residues 16-370	WD repeat-containing protein 48 × 1 （Q8TAF3） WD repeat-containing protein 20 × 1 （Q8TBZ3） ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；0.1 M MES, 1.3 M ammonium phosphate dibasic	分辨率 3.00 Å R-free 0.271

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5K1C	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5K16 Crystal structure of free Ubiquitin-specific protease 12 提交 2016-05-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–370（355 aa）片段：residues 16-370	未记录	ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M Tris-HCl, 18% PEG 3350, 0.2 M Lithium Sulfate	分辨率 2.60 Å R-free 0.246
5K16 Crystal structure of free Ubiquitin-specific protease 12 提交 2016-05-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 16–370（355 aa）片段：residues 16-370	未记录	ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M Tris-HCl, 18% PEG 3350, 0.2 M Lithium Sulfate	分辨率 2.60 Å R-free 0.246
5K16 Crystal structure of free Ubiquitin-specific protease 12 提交 2016-05-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 16–370（355 aa）片段：residues 16-370 链 B 16–370（355 aa）片段：residues 16-370	未记录	ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M Tris-HCl, 18% PEG 3350, 0.2 M Lithium Sulfate	分辨率 2.60 Å R-free 0.246
5K1A Crystal structure of the UAF1-USP12 complex in C2 space group 提交 2016-05-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 40–370（331 aa）片段：residues 40-370	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate, 7% PEG 3350, 0.15 M NaCl	分辨率 2.30 Å R-free 0.239
5K1A Crystal structure of the UAF1-USP12 complex in C2 space group 提交 2016-05-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 40–370（331 aa）片段：residues 40-370	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate, 7% PEG 3350, 0.15 M NaCl	分辨率 2.30 Å R-free 0.239
5K1A Crystal structure of the UAF1-USP12 complex in C2 space group 提交 2016-05-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 40–370（331 aa）片段：residues 40-370	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate, 7% PEG 3350, 0.15 M NaCl	分辨率 2.30 Å R-free 0.239
5K1A Crystal structure of the UAF1-USP12 complex in C2 space group 提交 2016-05-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 40–370（331 aa）片段：residues 40-370	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate, 7% PEG 3350, 0.15 M NaCl	分辨率 2.30 Å R-free 0.239
5K1B Crystal structure of the UAF1/USP12 complex in F222 space group 提交 2016-05-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 4–370（367 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；0.1 M imidazole, 18% PEG 2000MME, 0.3 M ammonium citrate	分辨率 3.30 Å R-free 0.286
5L8W Structure of USP12-UB-PRG/UAF1 提交 2016-06-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–370（370 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；3.2% PEG4000, 0.1mM MMT pH6.5, 0.1 mM TCEP. Cryo- 30% Glycerol	分辨率 2.79 Å R-free 0.259

共 4 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBP12_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–355； UniProt 16–370

WD repeat-containing protein 48

Homo sapiens

UniProt Q8TAF3

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–563	片段：residues 1-563	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 12 × 1 （O75317） WD repeat-containing protein 20 × 1 （Q8TBZ3） ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；0.1 M MES, 1.3 M ammonium phosphate dibasic	分辨率 3.00 Å R-free 0.271

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5K1C	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5CVL WDR48 (UAF-1), residues 2-580 提交 2015-07-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–580（579 aa）片段：UNP residues 2-580	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 AU GOLD ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.72 M sodium phosphate, 0.72 M potassium phosphate, 90 mM HEPES pH 7.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.233
5CVN WDR48 (2-580):USP46~ubiquitin ternary complex 提交 2015-07-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–580（579 aa）片段：UNP residues 2-580	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；292 K；0.1 M sodium chloride, 5% ethanol, 15% MPD, 0.1 M Tris pH 8.8	分辨率 3.36 Å R-free 0.222
5CVO WDR48:USP46~ubiquitin ternary complex 提交 2015-07-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–677（677 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；15% MPD, 0.1 M NaCl, 0.1 M HEPES, pH 7.0	分辨率 3.88 Å R-free 0.275
5CVO WDR48:USP46~ubiquitin ternary complex 提交 2015-07-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–677（677 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；15% MPD, 0.1 M NaCl, 0.1 M HEPES, pH 7.0	分辨率 3.88 Å R-free 0.275
5K1A Crystal structure of the UAF1-USP12 complex in C2 space group 提交 2016-05-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–677（677 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate, 7% PEG 3350, 0.15 M NaCl	分辨率 2.30 Å R-free 0.239
5K1A Crystal structure of the UAF1-USP12 complex in C2 space group 提交 2016-05-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–677（677 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate, 7% PEG 3350, 0.15 M NaCl	分辨率 2.30 Å R-free 0.239
5K1A Crystal structure of the UAF1-USP12 complex in C2 space group 提交 2016-05-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–677（677 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate, 7% PEG 3350, 0.15 M NaCl	分辨率 2.30 Å R-free 0.239
5K1A Crystal structure of the UAF1-USP12 complex in C2 space group 提交 2016-05-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–677（677 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate, 7% PEG 3350, 0.15 M NaCl	分辨率 2.30 Å R-free 0.239
5K1B Crystal structure of the UAF1/USP12 complex in F222 space group 提交 2016-05-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–677（677 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；0.1 M imidazole, 18% PEG 2000MME, 0.3 M ammonium citrate	分辨率 3.30 Å R-free 0.286
5L8E Structure of UAF1 提交 2016-06-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 9–580（572 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；20% PEG3350, 200mM Tri-Sodium Citrate, Bis-Tris Propane Cryo -30% Glycerol	分辨率 2.30 Å R-free 0.224
5L8E Structure of UAF1 提交 2016-06-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 9–580（572 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；20% PEG3350, 200mM Tri-Sodium Citrate, Bis-Tris Propane Cryo -30% Glycerol	分辨率 2.30 Å R-free 0.224
5L8W Structure of USP12-UB-PRG/UAF1 提交 2016-06-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 9–580（572 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；3.2% PEG4000, 0.1mM MMT pH6.5, 0.1 mM TCEP. Cryo- 30% Glycerol	分辨率 2.79 Å R-free 0.259
6JLQ Crystal structure of human USP46-WDR48-WDR20 complex 提交 2019-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–580（580 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 8 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；1.0M Sodium phosphate monobasic monohydrate, Potassium phosphate dibasic, pH 7.2	分辨率 3.10 Å R-free 0.272
7AY0 Crystal structure of truncated USP1-UAF1 提交 2020-11-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–563（563 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；10% w/v PEG4000, 100 mM MES/Imidazole pH 6.0-6.5, 30 mM CaCl2, 30 mM MgCl2, 20-25% glycerol v/v	分辨率 3.60 Å R-free 0.266
7AY0 Crystal structure of truncated USP1-UAF1 提交 2020-11-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–563（563 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；10% w/v PEG4000, 100 mM MES/Imidazole pH 6.0-6.5, 30 mM CaCl2, 30 mM MgCl2, 20-25% glycerol v/v	分辨率 3.60 Å R-free 0.266
7AY1 Cryo-EM structure of USP1-UAF1 bound to mono-ubiquitinated FANCD2, and FANCI 提交 2020-11-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric	链 E 1–677（677 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
7AY2 Crystal structure of truncated USP1-UAF1 reacted with ubiquitin-prg 提交 2020-11-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–563（563 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；8-13% w/v PEG3350, 0.1 M citric acid/Bis-Tris propane pH 4.1	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
7AY2 Crystal structure of truncated USP1-UAF1 reacted with ubiquitin-prg 提交 2020-11-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–563（563 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；8-13% w/v PEG3350, 0.1 M citric acid/Bis-Tris propane pH 4.1	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
8A9J Cryo-EM structure of USP1-UAF1 bound to FANCI and mono-ubiquitinated FANCD2 without ML323 (consensus reconstruction) 提交 2022-06-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric	链 E 1–677（677 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blotted for 3.0 secs before plunging	分辨率 2.80 Å
8A9K Cryo-EM structure of USP1-UAF1 bound to FANCI and mono-ubiquitinated FANCD2 with ML323 (consensus reconstruction) 提交 2022-06-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric	链 E 1–677（677 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 JDA 5-methyl-2-(2-propan-2-ylphenyl)-~{N}-[[4-(1,2,3-triazol-1-yl)phenyl]methyl]pyrimidin-4-amine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.85 Å
9DI1 Cryo-EM structure of the USP1-UAF1-Ubiquitin complex inhibited by KSQ-4279 提交 2024-09-04	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–677（677 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1IB8 6-(4-cyclopropyl-6-methoxy-pyrimidin-5-yl)-1-[[4-[1-propan-2-yl-4-(trifluoromethyl)imidazol-2-yl]phenyl]methyl]pyrazolo[3,4-d]pyrimidine × 1 A1A4Y 3-(methanesulfonyl)propan-1-amine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
9DI2 Cryo-EM structure of the USP1-UAF1-Ubiquitin-VS complex 提交 2024-09-04	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–677（677 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1A4Y 3-(methanesulfonyl)propan-1-amine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
9EBS Cryo-EM structure of USP1-UAF1-Ubiquitin in complex with TNG348 提交 2024-11-13	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–677（677 aa）	未记录	A1A4Y 3-(methanesulfonyl)propan-1-amine × 1 ZN ZINC ION × 1 A1BHF 2-(4-cyclopropyl-6-methoxypyrimidin-5-yl)-9-({4-[1-methyl-4-(trifluoromethyl)-1H-imidazol-2-yl]phenyl}methyl)-7-(2,2,2-trifluoroethyl)-7,9-dihydro-8H-purin-8-imine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9HNW USP1-UAF1 bound to Lys63-linked diubiquitin 提交 2024-12-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–672（672 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.04 Å
9N9Y Crystal structure of truncated USP1:UAF1 in complex with compound 18 提交 2025-02-11	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–563（563 aa）片段：residues 1-563	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1BWW 2-(4-cyclopropyl-6-methoxypyrimidin-5-yl)-7-({4-[1-methyl-4-(trifluoromethyl)-1H-imidazol-2-yl]phenyl}methyl)-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；1M sodium citrate (pH 6.5)	分辨率 3.15 Å R-free 0.291

共 18 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	WDR48_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–563； UniProt 1–563

WD repeat-containing protein 20

Homo sapiens

UniProt Q8TBZ3

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–569	未记录	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 12 × 1 （O75317） WD repeat-containing protein 48 × 1 （Q8TAF3） ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；0.1 M MES, 1.3 M ammonium phosphate dibasic	分辨率 3.00 Å R-free 0.271

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5K1C	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5K19 Crystal structure of WD repeat-containing protein 20 提交 2016-05-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–569（569 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate, 7% PEG 3350, 0.15 M NaCl	分辨率 2.60 Å R-free 0.257
5K19 Crystal structure of WD repeat-containing protein 20 提交 2016-05-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–569（569 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate, 7% PEG 3350, 0.15 M NaCl	分辨率 2.60 Å R-free 0.257
5K19 Crystal structure of WD repeat-containing protein 20 提交 2016-05-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–569（569 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate, 7% PEG 3350, 0.15 M NaCl	分辨率 2.60 Å R-free 0.257
6JLQ Crystal structure of human USP46-WDR48-WDR20 complex 提交 2019-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–318（318 aa）片段：UNP residues 1-318,UNP residues 106-137,UNP residues 535-595	未记录	ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 8 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；1.0M Sodium phosphate monobasic monohydrate, Potassium phosphate dibasic, pH 7.2	分辨率 3.10 Å R-free 0.272

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	WDR20_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–569； UniProt 1–569

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5k1c
沉积日期 deposition_date	2016-05-18
结构标题 title	Crystal structure of the UAF1/WDR20/USP12 complex
关键词 keywords	;WD40 repeat domain, WDR20, USP12, UAF1, WDR48, deubiquitinating enzyme, Ubiquitin-specific protease, USP1-associated factor 1, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.26 Å
零角强度 I(0) i0	284754000.00
分子量 molecular_weight	135800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	169330 Å³
包络体积 envelope_volume	225760 Å³
水化壳体积 shell_volume	50354 Å³
包络直径 envelope_diameter	139.8 Å
壳层 Rg shell_rg	43.37 Å
包络 Rg envelope_rg	37.02 Å
形状 Rg shape_rg	37.29 Å
总 Rg total_rg	37.51 Å
总原子数 total_atoms	9558
残基数 n_residues	1224
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	135.2 Å
Rg (实空间) rg_real	37.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8480e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.4450e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	284700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8612
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	38.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.339
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.413
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	113600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.748; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.956; Smooth: 0.989

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 12
分子量 formula_weight	41256.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9633

MGANASALEKEIGPEQFPVNEHYFGLVNFGNTCYCNSVLQALYFCRPFREKVLAYKSQPRKKESLLTCLADLFHSIATQKKKVGVIPPKKFITRLRKENELFDNYMQQDAHEFLNYLLNTIADILQEERKQEKQNGRLPNGNIDNENNNSTPDPTWVHEIFQGTLTNETRCLTCETISSKDEDFLDLSVDVEQNTSITHCLRGFSNTETLCSEYKYYCEECRSKQEAHKRMKVKKLPMILALHLKRFKYMDQLHRYTKLSYRVVFPLELRLFNTSGDATNPDRMYDLVAVVVHCGSGPNRGHYIAIVKSHDFWLLFDDDIVEKIDAQAIEEFYGLTSDISKNSESGYILFYQSRD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Baculovirus expression vector pFastBac1-HM

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	WD repeat-containing protein 48
分子量 formula_weight	63224.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAAHHRQNTAGRRKVQVSYVIRDEVEKYNRNGVNALQLDPALNRLFTAGRDSIIRIWSVNQHKQDPYIASMEHHTDWVNDIVLCCNGKTLISASSDTTVKVWNAHKGFCMSTLRTHKDYVKALAYAKDKELVASAGLDRQIFLWDVNTLTALTASNNTVTTSSLSGNKDSIYSLAMNQLGTIIVSGSTEKVLRVWDPRTCAKLMKLKGHTDNVKALLLNRDGTQCLSGSSDGTIRLWSLGQQRCIATYRVHDEGVWALQVNDAFTHVYSGGRDRKIYCTDLRNPDIRVLICEEKAPVLKMELDRSADPPPAIWVATTKSTVNKWTLKGIHNFRASGDYDNDCTNPITPLCTQPDQVIKGGASIIQCHILNDKRHILTKDTNNNVAYWDVLKACKVEDLGKVDFEDEIKKRFKMVYVPNWFSVDLKTGMLTITLDESDCFAAWVSAKDAGFSSPDGSDPKLNLGGLLLQALLEYWPRTHVNPMDEEENEVNHVNGEQENRVQKGNGYFQVPPHTPVIFGEAGGRTLFRLLCRDSGGETESMLLNETVPQWVIDITVDKNMPKFN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Baculovirus expression vector pFastBac1-HM

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	WD repeat-containing protein 20
分子量 formula_weight	62978.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MATEGGGKEMNEIKTQFTTREGLYKLLPHSEYSRPNRVPFNSQGSNPVRVSFVNLNDQSGNGDRLCFNVGRELYFYIYKGVRKAADLSKPIDKRIYKGTQPTCHDFNHLTATAESVSLLVGFSAGQVQLIDPIKKETSKLFNEERLIDKSRVTCVKWVPGSESLFLVAHSSGNMYLYNVEHTCGTTAPHYQLLKQGESFAVHTCKSKSTRNPLLKWTVGEGALNEFAFSPDGKFLACVSQDGFLRVFNFDSVELHGTMKSYFGGLLCVCWSPDGKYIVTGGEDDLVTVWSFVDCRVIARGHGHKSWVSVVAFDPYTTSVEEGDPMEFSGSDEDFQDLLHFGRDRANSTQSRLSKRNSTDSRPVSVTYRFGSVGQDTQLCLWDLTEDILFPHQPLSRARTHTNVMNATSPPAGSNGNSVTTPGNSVPPPLPRSNSLPHSAVSNAGSKSSVMDGAIASGVSKFATLSLHDRKERHHEKDHKRNHSMGHISSKSSDKLNLVTKTKTDPAKTLGTPLCPRMEDVPLLEPLICKKIAHERLTVLIFLEDCIVTACQEGFICTWGRPGKVVSFNP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE
分子量 formula_weight	163.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	75

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d5k1ca_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5k1cC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	217.903 Å
晶胞边长 b length_b	217.903 Å
晶胞边长 c length_c	223.819 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	50.010 Å
R 因子 r_factor	0.2324
R_work r_work	0.2304
R_free r_free	0.2708

fit	/app/data/saxs_computation/k1/5k1c/5k1c.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k1/5k1c/5k1c.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k1/5k1c/5k1c.dat

Crystal structure of the UAF1/WDR20/USP12 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

WD repeat-containing protein 48

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

WD repeat-containing protein 20

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)