SAXSdb — 5k7j

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Indole-3-glycerol phosphate synthase

Sulfolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–248	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.10 M succinate 22% PEG 3350	分辨率 1.39 Å R-free 0.230
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 2–248	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.10 M succinate 22% PEG 3350	分辨率 1.39 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5K7J	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A53 COMPLEX OF INDOLE-3-GLYCEROLPHOSPHATE SYNTHASE FROM SULFOLOBUS SOLFATARICUS WITH INDOLE-3-GLYCEROLPHOSPHATE AT 2.0 A RESOLUTION 提交 1998-02-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–248（247 aa）	未记录	IGP INDOLE-3-GLYCEROL PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.212
1IGS INDOLE-3-GLYCEROLPHOSPHATE SYNTHASE FROM SULFOLOBUS SOLFATARICUS AT 2.0 A RESOLUTION 提交 1995-08-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–248（248 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；pH 5.	分辨率 2.00 Å
1JUK INDOLE-3-GLYCEROLPHOSPHATE SYNTHASE FROM SULFOLOBUS SOLFATARICUS IN A TRIGONAL CRYSTAL FORM 提交 1996-05-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–248（248 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 2.50 Å
1JUL INDOLE-3-GLYCEROLPHOSPHATE SYNTHASE FROM SULFOLOBUS SOLFATARICUS IN A SECOND ORTHORHOMBIC CRYSTAL FORM 提交 1996-05-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–248（248 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.00 Å
1LBF CRYSTAL STRUCTURE OF INDOLE-3-GLYCEROL PHOSPHATE SYNTASE (IGPS)WITH REDUCED 1-(O-CABOXYPHENYLAMINO)-1-DEOXYRIBULOSE 5-PHOSPHATE (RCDRP) 提交 2002-04-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–248（247 aa）	未记录	137 1-(O-CARBOXY-PHENYLAMINO)-1-DEOXY-D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；30% ammonium sulphate, 50 mM phosphate buffer, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.05 Å R-free 0.225
1LBL Crystal structure of indole-3-glycerol phosphate synthase (IGPS) in complex with 1-(o-carboxyphenylamino)-1-deoxyribulose 5'-phosphate (CdRP) 提交 2002-04-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–248（247 aa）	未记录	137 1-(O-CARBOXY-PHENYLAMINO)-1-DEOXY-D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；279 K；1.2M ammonium sulphate, 50 mM potassium phosphate buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 2.40 Å R-free 0.247
2C3Z Crystal structure of a truncated variant of indole-3-glycerol phosphate synthase from Sulfolobus solfataricus 提交 2005-10-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–248（222 aa）片段：DELTA(1-26), RESIDUES 27-248	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 30% PEG8000 0.2 M AMMONIUM SULFATE 0.1 M MES, PH 6.5	分辨率 2.80 Å
3NYZ Crystal Structure of Kemp Elimination Catalyst 1A53-2 提交 2010-07-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–248（248 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；0.1 bis-tris, 0.2 M ammonium acetate, 25% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.51 Å R-free 0.251
3NYZ Crystal Structure of Kemp Elimination Catalyst 1A53-2 提交 2010-07-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–248（248 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；0.1 bis-tris, 0.2 M ammonium acetate, 25% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.51 Å R-free 0.251
3NZ1 Crystal Structure of Kemp Elimination Catalyst 1A53-2 Complexed with Transition State Analog 5-Nitro Benzotriazole 提交 2010-07-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–248（248 aa）	突变：E51A, S81A, L83A, K110W, L131A, L157A, E159V, G178E, N180A, E210W, S211Q, L231G	3NY 5-nitro-1H-benzotriazole × 1 SO4 SULFATE ION × 6 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；298 K；0.2 potassium sodium tartrate, 2M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate/citric acid, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.56 Å R-free 0.210
3TC6 Crystal Structure of Engineered Protein. Northeast Structural Genomics Consortium Target OR63. 提交 2011-08-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–247（247 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 Microbatch crystallization under oil；pH 5；277 K；40% PEG 400, 0.1 M Sodium phosphate monobasic, 0.1 M Sodium acetate, pH 5.0, Microbatch crystallization under oil, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.198
3TC7 Crystal Structure of Engineered Protein. Northeast Structural Genomics Consortium Target OR62. 提交 2011-08-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–247（247 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3 ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 Microbatch crystallization under oil；pH 5；277 K；40 % PEG 400, 0.1 M Ammonium phosphate monobasic, 0.1 M Sodium acetate, pH 5.0, Microbatch crystallization under oil, temperature 277K	分辨率 1.50 Å R-free 0.193
4A2R Structure of the engineered retro-aldolase RA95.5-5 提交 2011-09-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–245（245 aa）片段：TIM-BARREL FOLD, RESIDUES 1-245	突变：YES	3NK 1-(6-METHOXYNAPHTHALEN-2-YL)BUTANE-1,3-DIONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；301 K；0.1 M TRIS PH 8.5, 0.2 M NA2HPO4, 23% W/V PEG3350, 28 DEGREES CELSIUS.	分辨率 1.30 Å R-free 0.165
4A2S Structure of the engineered retro-aldolase RA95.5 提交 2011-09-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–245（245 aa）片段：TIM-BARREL FOLD, RESIDUES 1-245	突变：YES	3NK 1-(6-METHOXYNAPHTHALEN-2-YL)BUTANE-1,3-DIONE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；301 K；0.1 M HEPES KOH PH 7.6, 23% W/V PEG 3350,20 MM NA2HPO4, 28 DEG. CELSIUS.	分辨率 1.40 Å R-free 0.162
4IWW Computational Design of an Unnatural Amino Acid Metalloprotein with Atomic Level Accuracy 提交 2013-01-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–248（247 aa）	突变：K10E, F22V, S70A, K110M, I133BPA, N161T, N179T, R181Q, L183D, E209D, F246L 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 6 CO COBALT (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；298 K；1.8 M ammonium sulfate, 5% PEG3350, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.264
4IWW Computational Design of an Unnatural Amino Acid Metalloprotein with Atomic Level Accuracy 提交 2013-01-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–248（247 aa）	突变：K10E, F22V, S70A, K110M, I133BPA, N161T, N179T, R181Q, L183D, E209D, F246L 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3 CO COBALT (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；298 K；1.8 M ammonium sulfate, 5% PEG3350, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.264
4IX0 Computational Design of an Unnatural Amino Acid Metalloprotein with Atomic Level Accuracy 提交 2013-01-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–248（247 aa）	突变：K10E, F22V, S70A, K110M, I133BPA, N161T, N179T, R181Q, L183D, E209D, F246L 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；298 K；1.6 M ammonium sulfate, 3% PEG3350, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.257
5AOU Structure of the engineered retro-aldolase RA95.5-8F apo 提交 2015-09-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–245（245 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；293 K；0.1M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE, 2M AMMONIUM SULFATE, PH 4.6, 20DEGREE CELSIUS	分辨率 1.10 Å R-free 0.219
6NW4 Evolution of a computationally designed Kemp eliminase 提交 2019-02-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–248（247 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 6NT 6-NITROBENZOTRIAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate, 20 mM sodium sulfate, 43% v/v PEG 300, pH 5.6	分辨率 3.00 Å R-free 0.295

共 17 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRPC_SULSO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–249； UniProt 2–248 作者链 B； PDB构建体 3–249； UniProt 2–248

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5k7j
沉积日期 deposition_date	2016-05-26
结构标题 title	Structure of designed zinc binding protein ZE2 bound to Zn2+
关键词 keywords	Metalloprotein, Designed, TIM barrel, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.52 Å
零角强度 I(0) i0	47804500.00
分子量 molecular_weight	55001.0 kDa
排除体积 excluded_volume	69672 Å³
包络体积 envelope_volume	83993 Å³
水化壳体积 shell_volume	27765 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.7 Å
壳层 Rg shell_rg	32.34 Å
包络 Rg envelope_rg	25.50 Å
形状 Rg shape_rg	25.51 Å
总 Rg total_rg	26.35 Å
总原子数 total_atoms	3868
残基数 n_residues	483
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.0 Å
Rg (实空间) rg_real	26.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.7800e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.2850e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	47800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8941
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.372
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.530
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18560000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.913; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.896

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Indole-3-glycerol phosphate synthase
分子量 formula_weight	28464.8 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4045

GSPRYLKGWLKDVVQLSLRRPSFRASRQRPIISLNERILEFNKRNITAIIAEYKRKSPSGLDVERDPIEYSKFMERYAVGLSILTEEKYFNGSYETLRKIASSVSIPILMADFIVKESQIDDAYNLGADTVLLIVKILTERELESLLEYARSYGMEPLIGINDENDLDIALRIGARFIGIHSADHETLEINKENQRKLISMIPSNVVKVAAHGISERNEIEELRKLGVNAFLIGSSLMRNPEKIKEFIL

来源 Source

来源生物 organism	Sulfolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	273057
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	131

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5k7jA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	5k7jB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	41.718 Å
晶胞边长 b length_b	79.029 Å
晶胞边长 c length_c	74.077 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.70 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.390 Å
最低分辨率 resolution_low	28.620 Å
R 因子 r_factor	0.1977
R_work r_work	0.1960
R_free r_free	0.2304

fit	/app/data/saxs_computation/k7/5k7j/5k7j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k7/5k7j/5k7j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k7/5k7j/5k7j.dat

Structure of designed zinc binding protein ZE2 bound to Zn2+

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Indole-3-glycerol phosphate synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction