SAXSdb — 5kbx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphorelay intermediate protein YPD1

Saccharomyces cerevisiae S288C

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–167	未记录	Osmolarity two-component system protein SSK1 × 1 （Q07084） GOL GLYCEROL × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；296 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M CAPS/NaOH pH 10.5, 1.2 M NaH2PO4/0.8 M K2HPO4	分辨率 2.80 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5KBX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C02 CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST YPD1P 提交 1999-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–167（166 aa）链 B 2–167（166 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.36；297 K；AMMONIUM SULFATE, LITHIUM SULFATE, HEPES, PEG 400, pH 7.36, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297.0K	分辨率 1.80 Å R-free 0.247
1C03 CRYSTAL STRUCTURE OF YPD1P (TRICLINIC FORM) 提交 1999-07-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–167（167 aa）	突变：C-TERMINAL 6 HIS-TAG	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.36；297 K；PEG 400, ammonium sulfate, Hepes, Li2SO4, pH 7.36, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K	分辨率 2.30 Å R-free 0.248
1C03 CRYSTAL STRUCTURE OF YPD1P (TRICLINIC FORM) 提交 1999-07-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–167（167 aa）	突变：C-TERMINAL 6 HIS-TAG	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.36；297 K；PEG 400, ammonium sulfate, Hepes, Li2SO4, pH 7.36, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K	分辨率 2.30 Å R-free 0.248
1C03 CRYSTAL STRUCTURE OF YPD1P (TRICLINIC FORM) 提交 1999-07-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–167（167 aa）	突变：C-TERMINAL 6 HIS-TAG	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.36；297 K；PEG 400, ammonium sulfate, Hepes, Li2SO4, pH 7.36, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K	分辨率 2.30 Å R-free 0.248
1C03 CRYSTAL STRUCTURE OF YPD1P (TRICLINIC FORM) 提交 1999-07-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–167（167 aa）	突变：C-TERMINAL 6 HIS-TAG	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.36；297 K；PEG 400, ammonium sulfate, Hepes, Li2SO4, pH 7.36, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K	分辨率 2.30 Å R-free 0.248
1OXB Complex between YPD1 and SLN1 response regulator domain in space group P2(1)2(1)2(1) 提交 2003-04-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–167（166 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；296 K；ammonium sulfate, sodium acetate, BeCl2, NaF, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.30 Å R-free 0.266
1OXK Complex between YPD1 and SLN1 response regulator domain in space group P3(2) 提交 2003-04-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–167（166 aa）片段：YPD1	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；296 K；ammonium sulfate, sodium acetate, BeCl2, NaF, MnCl2, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.10 Å R-free 0.258
1OXK Complex between YPD1 and SLN1 response regulator domain in space group P3(2) 提交 2003-04-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–167（166 aa）片段：YPD1	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；296 K；ammonium sulfate, sodium acetate, BeCl2, NaF, MnCl2, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.10 Å R-free 0.258
1OXK Complex between YPD1 and SLN1 response regulator domain in space group P3(2) 提交 2003-04-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2–167（166 aa）片段：YPD1	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；296 K；ammonium sulfate, sodium acetate, BeCl2, NaF, MnCl2, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.10 Å R-free 0.258
1OXK Complex between YPD1 and SLN1 response regulator domain in space group P3(2) 提交 2003-04-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 2–167（166 aa）片段：YPD1	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；296 K；ammonium sulfate, sodium acetate, BeCl2, NaF, MnCl2, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.10 Å R-free 0.258
1OXK Complex between YPD1 and SLN1 response regulator domain in space group P3(2) 提交 2003-04-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 2–167（166 aa）片段：YPD1	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；296 K；ammonium sulfate, sodium acetate, BeCl2, NaF, MnCl2, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.10 Å R-free 0.258
1OXK Complex between YPD1 and SLN1 response regulator domain in space group P3(2) 提交 2003-04-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 2–167（166 aa）片段：YPD1	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；296 K；ammonium sulfate, sodium acetate, BeCl2, NaF, MnCl2, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.10 Å R-free 0.258
1OXK Complex between YPD1 and SLN1 response regulator domain in space group P3(2) 提交 2003-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 2–167（166 aa）片段：YPD1 链 C 2–167（166 aa）片段：YPD1 链 E 2–167（166 aa）片段：YPD1 链 I 2–167（166 aa）片段：YPD1	未记录	SO4 SULFATE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；296 K；ammonium sulfate, sodium acetate, BeCl2, NaF, MnCl2, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.10 Å R-free 0.258
1QSP CRYSTAL STRUCTURE OF THE YEAST PHOSPHORELAY PROTEIN YPD1 提交 1999-06-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–167（165 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；PEG 4000, SODIUM ACETATE AMMONIUM ACETATE, BETA-MERCAPTOETHANOL, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.254
1QSP CRYSTAL STRUCTURE OF THE YEAST PHOSPHORELAY PROTEIN YPD1 提交 1999-06-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 3–167（165 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；PEG 4000, SODIUM ACETATE AMMONIUM ACETATE, BETA-MERCAPTOETHANOL, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.254
2R25 Complex of YPD1 and SLN1-R1 with bound Mg2+ and BeF3- 提交 2007-08-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–167（167 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；295 K；2.2 M ammonium sulfate, 50 mM sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K, pH 5.60	分辨率 1.70 Å R-free 0.240
6M7W Role of the highly conserved G68 residue in the yeast phosphorelay protein Ypd1: implications for interactions between histidine phosphotransfer (HPt) and response regulator proteins 提交 2018-08-21	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–167（167 aa）	突变：G68Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；296 K；0.1 M sodium acetate (pH 5.0), 0.2M ammonium acetate and 25-30% PEG 4000	分辨率 1.98 Å R-free 0.207

共 7 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YPD1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–167； UniProt 1–167

Osmolarity two-component system protein SSK1

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt Q07084

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 495–712	片段：UNP residues 495-712 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Phosphorelay intermediate protein YPD1 × 1 （Q07688） GOL GLYCEROL × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；296 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M CAPS/NaOH pH 10.5, 1.2 M NaH2PO4/0.8 M K2HPO4	分辨率 2.80 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SSK1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–218； UniProt 495–712

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5kbx
沉积日期 deposition_date	2016-06-03
结构标题 title	Co-crystal structure of the Saccharomyces cerevisiae histidine phosphotransfer signaling protein Ypd1 and the receiver domain of its downstream response regulator Ssk1
关键词 keywords	;two-component signaling, phosphorelay, Ypd1, Ssk1, response regulator, histidine phosphotransfer protein, Saccharomyces cerevisiae, co-crystal, phosphotransfer, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.27 Å
零角强度 I(0) i0	19963300.00
分子量 molecular_weight	34252.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43104 Å³
包络体积 envelope_volume	53253 Å³
水化壳体积 shell_volume	21075 Å³
包络直径 envelope_diameter	83.1 Å
壳层 Rg shell_rg	27.74 Å
包络 Rg envelope_rg	22.09 Å
形状 Rg shape_rg	21.26 Å
总 Rg total_rg	22.19 Å
总原子数 total_atoms	2396
残基数 n_residues	294
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.5 Å
Rg (实空间) rg_real	22.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9960e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1500e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19960000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5794
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	24.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.414
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.114
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.726; Stabil: 0.997; Sysdev: 0.145; Positv: 1.000; Valcen: 0.924; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phosphorelay intermediate protein YPD1
分子量 formula_weight	19187.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2435

MSTIPSEIINWTILNEIISMDDDDSDFSKGLIIQFIDQAQTTFAQMQRQLDGEKNLTELDNLGHFLKGSSAALGLQRIAWVCERIQNLGRKMEHFFPNKTELVNTLSDKSIINGINIDEDDEEIKIQVDDKDENSIYLILIAKALNQSRLEFKLARIELSKYYNTNL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli DH5[alpha]

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Osmolarity two-component system protein SSK1
分子量 formula_weight	24457.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

TTSEKVFPKINVLIVEDNVINQAILGSFLRKHKISYKLAKNGQEAVNIWKEGGLHLIFMDLQLPVLSGIEAAKQIRDFEKQNGIGIQKSLNNSHSNLEKGTSKRFSQAPVIIVALTASNSQMDKRKALLSGCNDYLTKPVNLHALSKKITEWGCMQALIDFDSWKQGESRMTDSVLVKSPQKPIAPSNPHSFKQATSMTPTHSPVRKNSNLSPTQIEL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	30

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d5kbxa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.10 — Histidine-containing phosphotransfer domain, HPT domain
家族 Family family	a.24.10.2 — Phosphorelay protein-like

结构域编号 domain_id	d5kbxb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.1 — CheY-like
家族 Family family	c.23.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5kbxA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 — HPT domain

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	71.696 Å
晶胞边长 b length_b	71.696 Å
晶胞边长 c length_c	176.389 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	33.270 Å
R 因子 r_factor	0.2325
R_work r_work	0.2275
R_free r_free	0.2785

fit	/app/data/saxs_computation/kb/5kbx/5kbx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kb/5kbx/5kbx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kb/5kbx/5kbx.dat

Co-crystal structure of the Saccharomyces cerevisiae histidine phosphotransfer signaling protein Ypd1 and the receiver domain of its downstream response regulator Ssk1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphorelay intermediate protein YPD1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Osmolarity two-component system protein SSK1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)