SAXSdb — 5kij

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endoplasmic reticulum mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 LANTHANUM (III) ION × 1 SULFATE ION × 2 1,4-BUTANEDIOL × 4 3-PYRIDINIUM-1-YLPROPANE-1-SULFONATE × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MA1B1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–452； UniProt 245–696

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5kij
沉积日期 deposition_date	2016-06-16
结构标题 title	Crystal structure of the class I human endoplasmic reticulum 1,2-alpha-mannosidase and Man9GlcNAc2-PA complex
关键词 keywords	alpha/alpha-barrel, cation replacement, protein-glycan interaction, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5kij__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5kij__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5kij__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.16 Å
Rg（电子密度）	20.90 Å
总 Rg	21.79 Å
原子数	3827
残基数	452
排除体积	68254 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5kij__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Endoplasmic reticulum mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase
分子量 formula_weight	52030.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.113
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4551

HLNYRQKGVIDVFLHAWKGYRKFAWGHDELKPVSRSFSEWFGLGLTLIDALDTMWILGLRKEFEEARKWVSKKLHFEKDVDVNLFESTIRILGGLLSAYHLSGDSLFLRKAEDFGNRLMPAFRTPSKIPYSDVNIGTGVAHPPRWTSDSTVAEVTSIQLEFRELSRLTGDKKFQEAVEKVTQHIHGLSGKKDGLVPMFINTHSGLFTHLGVFTLGARADSYYEYLLKQWIQGGKQETQLLEDYVEAIEGVRTHLLRHSEPSKLTFVGELAHGRFSAKMDHLVCFLPGTLALGVYHGLPASHMELAQELMETCYQMNRQMETGLSPEIVHFNLYPQPGRRDVEVKPADRHNLLRPETVESLFYLYRVTGDRKYQDWGWEILQSFSRFTRVPSGGYSSINNVQDPQKPEPRDKMESFFLGETLKYLFLLFSDDPNLLSLDAYVFNTEAHPLPIW

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1518.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	LANTHANUM (III) ION
分子量 formula_weight	138.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	1,4-BUTANEDIOL
分子量 formula_weight	90.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	3-PYRIDINIUM-1-YLPROPANE-1-SULFONATE
分子量 formula_weight	201.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	605

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d5kija_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.102 — alpha/alpha toroid
超家族 Superfamily superfamily	a.102.2 — Seven-hairpin glycosidases
家族 Family family	a.102.2.1 — Class I alpha-1;2-mannosidase, catalytic domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5kijA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology	10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	50.625 Å
晶胞边长 b length_b	53.830 Å
晶胞边长 c length_c	56.118 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	89.65 °
晶胞夹角 β angle_beta	63.60 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	62.70 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.649 Å
最低分辨率 resolution_low	27.081 Å
R 因子 r_factor	0.1841
R_work r_work	0.1825
R_free r_free	0.2224

Crystal structure of the class I human endoplasmic reticulum 1,2-alpha-mannosidase and Man9GlcNAc2-PA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endoplasmic reticulum mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5kij__assembly_1__model_1

5kij__assembly_1__model_1 | I(q)

5kij__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the class I human endoplasmic reticulum 1,2-alpha-mannosidase and Man9GlcNAc2-PA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endoplasmic reticulum mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5kij__assembly_1__model_1

5kij__assembly_1__model_1 | I(q)

5kij__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)