SAXSdb — 5ko1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mixed lineage kinase domain-like protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 191–471	片段：UNP residues 191-471	6UY [(1~{R})-2-[(4-fluorophenyl)amino]-2-oxidanylidene-1-phenyl-ethyl] 3-azanylpyrazine-2-carboxylate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M BisTRIS pH 6.5 20% PEG3350	分辨率 2.16 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5KO1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2MSV Solution structure of the MLKL N-terminal domain 提交 2014-08-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–154（154 aa）片段：N-terminal domain, residues 1-154	突变：M1L	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.12；压力 ambient NMR样品组成 1.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 20 mM HEPES, 100 mM sodium chloride, 2 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1.5 mM [U-99% 15N] protein, 20 mM HEPES, 100 mM sodium chloride, 2 mM TCEP, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
4M67 Crystal structure of the human MLKL kinase-like domain 提交 2013-08-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 179–471（293 aa）片段：UNP residues 179-471	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M MES, 13% PEG 6000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.225
4MWI Crystal structure of the human MLKL pseudokinase domain 提交 2013-09-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 183–471（289 aa）片段：unp residues 183-471	未记录	PXN (2S)-1-[3-{[(2R)-2-hydroxypropyl]oxy}-2,2-bis({[(2R)-2-hydroxypropyl]oxy}methyl)propoxy]propan-2-ol × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；25% w/v pentaerythitol propoxylate, 0.1M Tris chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.194
5KNJ Pseudokinase Domain of MLKL bound to Compound 1. 提交 2016-06-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 191–471（281 aa）片段：UNP residues 191-471	未记录	6UX 1-[4-[methyl-[2-[(3-sulfamoylphenyl)amino]pyrimidin-4-yl]amino]phenyl]-3-[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]urea × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.1M Na Citrate and 15% PEG3350	分辨率 2.88 Å R-free 0.256
5KNJ Pseudokinase Domain of MLKL bound to Compound 1. 提交 2016-06-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 191–471（281 aa）片段：UNP residues 191-471	未记录	6UX 1-[4-[methyl-[2-[(3-sulfamoylphenyl)amino]pyrimidin-4-yl]amino]phenyl]-3-[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]urea × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.1M Na Citrate and 15% PEG3350	分辨率 2.88 Å R-free 0.256
6BWK Crystal structure of the human MLKL pseudokinase domain T357E/S358E mutant 提交 2017-12-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 190–471（282 aa）片段：UNP Residues 190-471	突变：T357E S358E	GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；5% w/v polyethylene glycol 8000, 20% v/v polyethylene glycol 300, 0.1M Tris chloride pH 8.5, 10% v/v glycerol	分辨率 2.79 Å R-free 0.297
6D74 Direct Activation of the Executioner Domain of MLKL by a Select Repertoire of Inositol Phosphates 提交 2018-04-24	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–156（156 aa）片段：residues 1-156	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1 NMR样品组成 500 uM [U-13C; U-15N] protein, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6LK5 MLKL mutant - T357ES358D 提交 2019-12-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–471（471 aa）	突变：T357E, S358D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；5%(v/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.1M HEPES(pH7.5), 10%(w/v) PEG 10000	分辨率 2.50 Å R-free 0.238
6LK6 MLKL mutant - T357AS358A 提交 2019-12-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 179–471（293 aa）	突变：T357A, S358A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；14%(w/v) PEG 6000, 5% EG, 0.1M HEPES(pH7.5)	分辨率 2.41 Å R-free 0.247
6O5Z Crystal Structure of the human MLKL pseudokinase domain bound to compound 2 提交 2019-03-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 190–471（282 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.88；293 K；0.18 M magnesium chloride, 26.8% (w/v) PEG 3350, 0.1 M sodium HEPES pH 7.88	分辨率 2.29 Å R-free 0.232
6O5Z Crystal Structure of the human MLKL pseudokinase domain bound to compound 2 提交 2019-03-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 190–471（282 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 LN4 1-[2-fluoranyl-5-(trifluoromethyl)phenyl]-3-[4-[methyl-[2-[(3-sulfamoylphenyl)amino]pyrimidin-4-yl]amino]phenyl]urea × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.88；293 K；0.18 M magnesium chloride, 26.8% (w/v) PEG 3350, 0.1 M sodium HEPES pH 7.88	分辨率 2.29 Å R-free 0.232
6UX8 Structure of monobody 33 MLKL N-terminal domain complex 提交 2019-11-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 5–154（150 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；25% PEG-MME 550, 0.1 M MES pH 6.5, 0.01 M Zinc acetate	分辨率 2.50 Å R-free 0.296
6ZLE Solution structure of unliganded MLKL executioner domain 提交 2020-06-30	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–154（153 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM sodium phosphate,150 mM sodium chloride；压力 1 NMR测量条件 pH 7.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM sodium phosphate,150 mM sodium chloride；压力 1 NMR样品组成 400 uM [U-13C; U-15N] MLKL, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 430 uM [U-13C; U-15N] MLKL, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
6ZPR Solution structure of MLKL executioner domain in complex with a covalent inhibitor 提交 2020-07-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–85（84 aa）链 A 86–154（69 aa）	未记录	QOK 7-(2-methoxyethoxymethyl)-1,3-dimethyl-purine-2,6-dione × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride；压力 1 NMR测量条件 pH 7.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride；压力 1 NMR样品组成 340 uM [U-13C; U-15N] MLKL, 1200 uM Compound, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 385 uM [U-13C; U-15N] MLKL, 840 uM Compound, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
6ZVO Crystal structure of unliganded MLKL executioner domain 提交 2020-07-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–150（149 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；31 % Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000, 0.15 M Potassium bromide, 0.1 M TRIS, pH 9	分辨率 1.37 Å R-free 0.234
6ZVO Crystal structure of unliganded MLKL executioner domain 提交 2020-07-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–150（149 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；31 % Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000, 0.15 M Potassium bromide, 0.1 M TRIS, pH 9	分辨率 1.37 Å R-free 0.234
6ZVO Crystal structure of unliganded MLKL executioner domain 提交 2020-07-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 2–150（149 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 BR BROMIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；31 % Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000, 0.15 M Potassium bromide, 0.1 M TRIS, pH 9	分辨率 1.37 Å R-free 0.234
6ZZ1 Crystal structure of MLKL executioner domain in complex with a covalent inhibitor 提交 2020-08-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–150（149 aa）	未记录	QOK 7-(2-methoxyethoxymethyl)-1,3-dimethyl-purine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；32 % Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000, 0.15 M Potassium bromide, 0.1 M TRIS, pH 9	分辨率 1.64 Å R-free 0.231
6ZZ1 Crystal structure of MLKL executioner domain in complex with a covalent inhibitor 提交 2020-08-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–150（149 aa）	未记录	QOK 7-(2-methoxyethoxymethyl)-1,3-dimethyl-purine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；32 % Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000, 0.15 M Potassium bromide, 0.1 M TRIS, pH 9	分辨率 1.64 Å R-free 0.231
7JW7 Structure of monobody 27 human MLKL pseudokinase domain complex 提交 2020-08-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 190–471（282 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；281.15 K；0.2 M magnesium chloride, 20% w/v PEG 3350	分辨率 2.63 Å R-free 0.281
7JXU Structure of monobody 32 human MLKL pseudokinase domain complex 提交 2020-08-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 190–471（282 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；281.15 K；0.1 M Bis-Tris chloride, pH 6.5, 20 % w/v PEG monomethyl ether 5000	分辨率 2.44 Å R-free 0.240
7JXU Structure of monobody 32 human MLKL pseudokinase domain complex 提交 2020-08-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 190–471（282 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；281.15 K；0.1 M Bis-Tris chloride, pH 6.5, 20 % w/v PEG monomethyl ether 5000	分辨率 2.44 Å R-free 0.240
7MON Structure of human RIPK3-MLKL complex 提交 2021-05-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 190–471（282 aa）	未记录	ZL1 N-[4-({2-[(cyclopropanecarbonyl)amino]pyridin-4-yl}oxy)-3-fluorophenyl]-1-(4-fluorophenyl)-2-oxo-1,2-dihydropyridine-3-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；281.15 K；0.2 M ammonium acetate 30%w/v PEG 4000 0.1 M trisodium citrate-citric acid pH 5.5	分辨率 2.23 Å R-free 0.260
7NM2 Solution structure of MLKL executioner domain in complex with a fragment 提交 2021-02-23	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–154（153 aa）	未记录	UJ5 2-[(~{S})-methoxy-(4-propan-2-ylphenyl)methyl]-3~{H}-benzimidazole-5-carboxylic acid × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）170；压力 1 NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）170；压力 1 NMR样品组成 430 uM [U-13C; U-15N] MLKL executioner domain, 700 uM Cpd 5, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 400 uM [U-13C; U-15N] MLKL executioner domain, 700 uM Cpd 5, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
7NM4 Solution structure of MLKL executioner domain in complex with a fragment 提交 2021-02-23	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–154（153 aa）	未记录	UJ8 (~{S})-1~{H}-benzimidazol-2-yl-(4-propan-2-ylphenyl)methanol × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）170；压力 1 NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）170；压力 1 NMR样品组成 385 uM [U-13C; U-15N] MLKL executioner domain, 2000 uM Cpd 3, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 315 uM [U-13C; U-15N] MLKL executioner domain, 1600 uM Cpd 3, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
7NM5 Solution structure of MLKL executioner domain in complex with a fragment 提交 2021-02-23	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–154（153 aa）	未记录	UJ2 2-[(~{S})-methoxy-(4-phenylphenyl)methyl]-3~{H}-benzimidazole-5-carboxylic acid × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）170；压力 1 NMR测量条件 pH 7.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）170；压力 1 NMR样品组成 400 uM [U-13C; U-15N] MLKL executioner domain, 700 uM Cpd 7, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 430 uM [U-13C; U-15N] MLKL executioner domain, 700 uM Cpd 7, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
8SLZ Crystal structure of phosphorylated (T357/S358) human MLKL pseudokinase domain 提交 2023-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 190–471（282 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 20%w/v PEG 8000	分辨率 2.30 Å R-free 0.234

共 21 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MLKL_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–283； UniProt 191–471

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ko1
沉积日期 deposition_date	2016-06-29
结构标题 title	Pseudokinase Domain of MLKL bound to Compound 4.
关键词 keywords	Pseudokinase domain MLKL Type1 inhibitor, MEMBRANE PROTEINS-INHIBITOR complex; MEMBRANE PROTEINS/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.03 Å
零角强度 I(0) i0	15691600.00
分子量 molecular_weight	30611.0 kDa
排除体积 excluded_volume	38728 Å³
包络体积 envelope_volume	45287 Å³
水化壳体积 shell_volume	19901 Å³
包络直径 envelope_diameter	65.5 Å
壳层 Rg shell_rg	25.34 Å
包络 Rg envelope_rg	19.33 Å
形状 Rg shape_rg	19.01 Å
总 Rg total_rg	20.00 Å
总原子数 total_atoms	2157
残基数 n_residues	265
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.1 Å
Rg (实空间) rg_real	20.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5690e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9430e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15690000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7957
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.295
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.310
角度范围 angular_range	— – 0.3950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4981000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.781; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Mixed lineage kinase domain-like protein
分子量 formula_weight	32233.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2312

GSEQIKEIKKEQLSGSPWILLRENEVSTLYKGEYHRAPVAIKVFKKLQAGSIAIVRQTFNKEIKTMKKFESPNILRIFGICIDETVTPPQFSIVMEYCELGTLRELLDREKDLTLGKRMVLVLGAARGLYRLHHSEAPELHGKIRSSNFLVTQGYQVKLAGFELRKTQTSMSLGTTRAATDRVKSTAYLSPQELEDVFYQYDVKSEIYSFGIVLWEIATGDIPFQGCNSEKIRKLVAVKRQQEPLGEDCPSELREIIDECRAHDPSVRPSVDEILKKLSTFSK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	[(1~{R})-2-[(4-fluorophenyl)amino]-2-oxidanylidene-1-phenyl-ethyl] 3-azanylpyrazine-2-carboxylate
分子量 formula_weight	366.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	130

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d5ko1a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5ko1A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	5ko1A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	71.400 Å
晶胞边长 b length_b	74.880 Å
晶胞边长 c length_c	127.070 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.160 Å
最低分辨率 resolution_low	63.530 Å
R 因子 r_factor	0.1896
R_work r_work	0.1877
R_free r_free	0.2263

fit	/app/data/saxs_computation/ko/5ko1/5ko1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ko/5ko1/5ko1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ko/5ko1/5ko1.dat

Pseudokinase Domain of MLKL bound to Compound 4.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mixed lineage kinase domain-like protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction