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5kwf

Joint X-ray Neutron Structure of Cholesterol Oxidase

Dmax: 73.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cholesterol oxidase

Streptomyces sp. (strain SA-COO)

UniProt P12676

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 43–546 未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 实验方法未声明 X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；7% PEG 8000, 100mM MnSO4, 100mM cacodylic acid pH 5.2 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5KWF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1B4V CHOLESTEROL OXIDASE FROM STREPTOMYCES 提交 1998-12-30 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 43–546（504 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；PRECIPITANT CONDITIONS: 10- 12% PEG 8000, 100MM SODIUM CACODYLATE PH 5.2, 75MM MNSO4 PROTEIN CONCENTRATION 8.5MG/ML, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 1.50 Å R-free 0.200
1B8S CHOLESTEROL OXIDASE FROM STREPTOMYCES GLU361GLN MUTANT 提交 1999-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 46–536（491 aa）
突变：GLU361GLN FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；PRECIPITANT CONDITIONS: 10-12% PEG 8000, 100MM SODIUM CACODYLATE PH 5.2, 75MM MNSO4 PROTEIN CONCENTRATION 8.5MG/ML , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 1.65 Å R-free 0.231
1CBO CHOLESTEROL OXIDASE FROM STREPTOMYCES HIS447ASN MUTANT 提交 1999-02-26 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 43–546（504 aa）
突变：H447N FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.2；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: VAPOUR DIFFUSION USING THE HANGING DROP TECHNIQUE, PRECIPITANT CONDITIONS: 10-12% PEG 8000, 100MM SODIUM CACODYLATE PH 5.2, 75MM MNSO4 PROTEIN CONCENTRATION 8.5MG/ML
分辨率 1.80 Å R-free 0.194
1CC2 CHOLESTEROL OXIDASE FROM STREPTOMYCES HIS447GLN MUTANT 提交 1999-03-03 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 43–546（504 aa）
突变：H447Q FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.2；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: VAPOUR DIFFUSION USING THE HANGING DROP TECHNIQUE, PRECIPITANT CONDITIONS: 10-12% PEG 8000 100MM SODIUM CACODYLATE PH 5.2, 75MM MNSO4 PROTEIN CONCENTRATION 8.5MG/ML
分辨率 2.20 Å R-free 0.235
1IJH CHOLESTEROL OXIDASE FROM STREPTOMYCES ASN485LEU MUTANT 提交 2001-04-26 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 43–546（504 aa）
突变：N485L FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；290 K；PEG 8000, SODIUM CACODYLATE, MNSO4, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 1.53 Å R-free 0.213
1MXT Atomic resolution structure of Cholesterol oxidase (Streptomyces sp. SA-COO) 提交 2002-10-03 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 43–546（504 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 FAE FLAVIN-N7 PROTONATED-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 OXY OXYGEN MOLECULE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；290 K；PEG 8000, manganese sulfate, cacodylate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 0.95 Å R-free 0.132
1N1P ATOMIC RESOLUTION STRUCTURE OF CHOLESTEROL OXIDASE @ pH 7.4 (STREPTOMYCES SP. SA-COO) 提交 2002-10-18 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 43–546（504 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 3 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；PEG 8000, MANGANESE SULFATE,GLYCINE, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 0.95 Å R-free 0.119
1N4U CHOLESTEROL OXIDASE FROM STREPTOMYCES @ pH 4.5 (STREPTOMYCES SP. SA-COO) 提交 2002-11-01 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 43–546（504 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 5 FAE FLAVIN-N7 PROTONATED-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 OXY OXYGEN MOLECULE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5
分辨率 0.95 Å R-free 0.136
1N4V ATOMIC RESOLUTION STRUCTURE OF CHOLESTEROL OXIDASE @pH 5.8 (STREPTOMYCES SP. SA-COO) 提交 2002-11-01 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 43–546（504 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.8；PEG 8000, MANGANESE SULFATE, CACODYLATE, pH 5.8
分辨率 1.00 Å R-free 0.147
1N4W ATOMIC RESOLUTION STRUCTURE OF CHOLESTEROL OXIDASE @ pH 7.3 (STREPTOMYCES SP. SA-COO) 提交 2002-11-01 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 43–546（504 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.3；PEG 8000, MANGANESE SULFATE, MES, pH 7.3
分辨率 0.92 Å R-free 0.122
2GEW Atomic resolution structure of cholesterol oxidase @ pH 9.0 (Streptomyces sp. SA-COO) 提交 2006-03-20 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 43–546（504 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 OXY OXYGEN MOLECULE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, PIPES PH 7.5,VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, SOAK CONDITION STEP 1: PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, HEPES PH 8.0 SOAK CONDITION STEP 2: PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, TRICINE PH 8.5 SOAK CONDITION STEP 3: PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, CHES PH 9.0,
分辨率 0.97 Å R-free 0.140
3B3R Crystal structure of Streptomyces cholesterol oxidase H447Q/E361Q mutant bound to glycerol (0.98A) 提交 2007-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 42–546（505 aa）
突变：E361Q/H447Q SO4 SULFATE ION × 2 FAE FLAVIN-N7 PROTONATED-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；291 K；10% PEG 8000, 75mM magnesium sulfate, 100mM cacodylate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 0.98 Å R-free 0.159
3B6D Crystal Structure of Streptomyces Cholesterol Oxidase H447Q/E361Q mutant (1.2A) 提交 2007-10-29 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 43–546（504 aa）
突变：H447Q/E361Q SO4 SULFATE ION × 1 FAE FLAVIN-N7 PROTONATED-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；291 K；10% PEG 8000, 75mM MnSO4, 100mM CACODYLATE pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.20 Å R-free 0.172
3CNJ Cholesterol oxidase from Streptomyces sp. F359W mutant (0.95A) 提交 2008-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 45–543（499 aa）
突变：F359W SO4 SULFATE ION × 2 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；291 K；PEG 8000, MANGANESE SULFATE, CACODYLATE (PH 5.2), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 0.95 Å R-free 0.175
3GYI Cholesterol oxidase from Streptomyces sp. N485D mutant (1.0A) 提交 2009-04-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 43–546（504 aa）
突变：N485D FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；291 K；9-11% PEG 8000, 75 mM MnSO4, 100 mM cacodylate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.00 Å R-free 0.158
3GYJ Cholesterol oxidase from Streptomyces sp. N485L mutant (0.92A) 提交 2009-04-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 43–546（504 aa）
突变：N485L FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；291 K；9-11% PEG 8000, 75 mM MnSO4, 100 mM cacodylate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 0.92 Å R-free 0.151
4REK Crystal structure and charge density studies of cholesterol oxidase from Brevibacterium sterolicum at 0.74 ultra-high resolution 提交 2014-09-23 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 46–544（499 aa） 片段：UNP residues 64-544
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；290.15 K；The crystallization solution was composed of 9-11% poly(ethylene glycol) (PEG) MW 8000, 75mM MnSO4 and 100mM sodium cacodylate buffer., pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K
分辨率 0.74 Å R-free 0.123
4U2L Dithionite reduced cholesterol in complex with sulfite 提交 2014-07-17 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 43–546（504 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 SFD (S)-10-((2S,3S,4R)-5-((S)-((S)-(((2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-TETRAHYDROFURAN-2-YL)METHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYLOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYLOXY)-2,3,4-TRIHYDROXYPENTYL)-7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-2,3,4,4A-TETRAHYDROBENZO[G]PTERIDINE-5(10H)-SULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；PEG 8000, manganese chloride, cacodylate
分辨率 1.34 Å R-free 0.133
4U2S Cholesterol oxidase in the reduced state complexed with isopropanol 提交 2014-07-18 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 43–546（504 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 FDA DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 8000, manganese sulfate, cacodylate
分辨率 1.12 Å R-free 0.107
4U2T Cholesterol oxidase in the oxidised state complexed with isopropanol 提交 2014-07-18 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 43–546（504 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 8000, manganese sulfate, cacodylate
分辨率 1.22 Å R-free 0.149
4XWR X-ray structure of perdeuterated Cholesterol Oxidase from Streptomyces SA-COO 提交 2015-01-29 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 43–546（504 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.2；293 K；PEG 8K, MnSO4, sodium cacodylate
分辨率 1.10 Å R-free 0.107
4XXG Structure of protonated Cholesterol Oxidase from Streptomyces SA-COO 提交 2015-01-30 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 43–546（504 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 8K, MnSO4, sodium cacodylate
分辨率 0.85 Å R-free 0.124

共 22 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CHOD_STRS0
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–504； UniProt 43–546

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5kwf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5kwf
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5kwf
沉积日期 deposition_date2016-07-18
结构标题 titleJoint X-ray Neutron Structure of Cholesterol Oxidase
关键词 keywordsoxidoreductase, ISOMERASE; OXIDOREDUCTASE, ISOMERASE
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.95 Å
零角强度 I(0) i056674300.00
分子量 molecular_weight56939.0 kDa
排除体积 excluded_volume70278 ų
包络体积 envelope_volume79970 ų
水化壳体积 shell_volume29123 ų
包络直径 envelope_diameter79.9 Å
壳层 Rg shell_rg30.01 Å
包络 Rg envelope_rg22.27 Å
形状 Rg shape_rg21.92 Å
总 Rg total_rg22.89 Å
总原子数 total_atoms7907
残基数 n_residues499
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax73.9 Å
Rg (实空间) rg_real22.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real5.6670e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.0840e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal56680000.0000
解质量估计 total_estimate0.8075
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary64.8 Å
偏度 Skewness skewness0.209
峰度 Kurtosis kurtosis-0.330
角度范围 angular_range— – 0.3450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha15600000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.834; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5kwfA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — FAD/NAD(P)-binding domain
结构域编号 domain_id5kwfA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology410 — Cholesterol Oxidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cholesterol Oxidase; domain 2
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)