SAXSdb — 5kyv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Luciferin 4-monooxygenase

Photinus pyralis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–550	突变：V241I, G246A, F250S	SLU 5'-O-[N-(DEHYDROLUCIFERYL)-SULFAMOYL] ADENOSINE × 1 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；23 % PEG 8000, 200 mM Na/K tartrate, 1.00 mM Tris	分辨率 2.50 Å R-free 0.247
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–550	突变：V241I, G246A, F250S	SLU 5'-O-[N-(DEHYDROLUCIFERYL)-SULFAMOYL] ADENOSINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；23 % PEG 8000, 200 mM Na/K tartrate, 1.00 mM Tris	分辨率 2.50 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5KYV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BA3 FIREFLY LUCIFERASE IN COMPLEX WITH BROMOFORM 提交 1998-04-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–550（550 aa）	未记录	MBR TRIBROMOMETHANE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 microbatch under oil；pH 7.8；283 K；2 MICROLITRE OF LUCIFERASE (20 MG/ML) IN 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.001M EDTA, 0.001M DTT, 10% GLYCEROL, 25% ETHYLENE GLYCOL, 0.025M TRIS-HCL PH7.8 + 2 MICROLITRE 0.5M LITHIUM SULFATE, 26% PEG 8000, 0.1M TRIS-HCL PH7.8 AT 10 DEGREES CELSIUS IN MICROBATCH UNDER OIL., microbatch under oil, temperature 283K	分辨率 2.20 Å R-free 0.239
1LCI FIREFLY LUCIFERASE 提交 1996-06-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–550（550 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 microbatch under oil；pH 7.8；283 K；2 MICROLITRE OF LUCIFERASE (20 MG/ML) IN 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.001M EDTA, 0.001M DTT, 10% GLYCEROL, 25% ETHYLENE GLYCOL, 0.025M TRIS-HCL PH7.8 + 2 MICROLITRE 0.5M LITHIUM SULFATE, 26% PEG 8000, 0.1M TRIS-HCL PH7.8 AT 10 DEGREES CELSIUS IN MICROBATCH UNDER OIL. CRYOPROTECTANT SOLUTION: 8% PEG 8000, 10% GLYCEROL, 12.5% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M TRIS-HCL PH7.8, microbatch under oil, temperature 283K	分辨率 2.00 Å R-free 0.265
3IEP Firefly luciferase apo structure (P41 form) 提交 2009-07-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–550（550 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；277 K；30% PEG 1500, 8% MPD, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.221
3IER Firefly luciferase apo structure (P41 form) with PEG 400 bound 提交 2009-07-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–550（550 aa）	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；277 K；25% PEG 400, 20% PEG 3350, 0.1M MgCl2, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.05 Å R-free 0.225
3IES Firefly luciferase inhibitor complex 提交 2009-07-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–550（550 aa）	未记录	M24 5'-O-[(R)-[({3-[5-(2-fluorophenyl)-1,2,4-oxadiazol-3-yl]phenyl}carbonyl)oxy](hydroxy)phosphoryl]adenosine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；277 K；30% PEG 1500, 8% MPD, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.218
3RIX 1.7A resolution structure of a firefly luciferase-Aspulvinone J inhibitor complex 提交 2011-04-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–550（550 aa）	未记录	923 (5Z)-4-hydroxy-3-[(2R)-2-(2-hydroxypropan-2-yl)-2,3-dihydro-1-benzofuran-5-yl]-5-{[(2R)-2-(2-hydroxypropan-2-yl)-2,3-dihydro-1-benzofuran-5-yl]methylidene}furan-2(5H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；277 K；25% (v/v) PEG 400, 20% (v/v) PEG 3350, 0.1 M MgCl2, 0.1 M Tris, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.218
4E5D 2.2A resolution structure of a firefly luciferase-benzothiazole inhibitor complex 提交 2012-03-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–550（550 aa）	未记录	0NJ 2-(2-fluorophenyl)-6-methoxy-1,3-benzothiazole × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；277 K；25% (v/v) PEG 400, 20% (v/v) PEG 3350, 0.1 M MgCl2, 0.1 M Tris, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.232
4G36 Photinus pyralis luciferase in the adenylate-forming conformation bound to DLSA 提交 2012-07-13	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–550（550 aa）	未记录	SLU 5'-O-[N-(DEHYDROLUCIFERYL)-SULFAMOYL] ADENOSINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；300 mM Na/K Tartrate, 20% PEG 6000, 100 mM Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.62 Å R-free 0.238
4G36 Photinus pyralis luciferase in the adenylate-forming conformation bound to DLSA 提交 2012-07-13	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–550（550 aa）	未记录	SLU 5'-O-[N-(DEHYDROLUCIFERYL)-SULFAMOYL] ADENOSINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；300 mM Na/K Tartrate, 20% PEG 6000, 100 mM Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.62 Å R-free 0.238
4G37 Structure of cross-linked firefly luciferase in second catalytic conformation 提交 2012-07-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–550（550 aa）	突变：C82S, I108C, T214A, A215L, C216A, I232A, C258S, F295L, E354K, C391S, Y447C	SLU 5'-O-[N-(DEHYDROLUCIFERYL)-SULFAMOYL] ADENOSINE × 1 XLX 4,4'-(ethylenediimino)bis[4-oxobutyrate] × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；273 K；30 % PEG 4000, 50 mM NaCl, 50 mM HEPPS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K	分辨率 2.40 Å R-free 0.259
4G37 Structure of cross-linked firefly luciferase in second catalytic conformation 提交 2012-07-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–550（550 aa）	突变：C82S, I108C, T214A, A215L, C216A, I232A, C258S, F295L, E354K, C391S, Y447C	SLU 5'-O-[N-(DEHYDROLUCIFERYL)-SULFAMOYL] ADENOSINE × 1 XLX 4,4'-(ethylenediimino)bis[4-oxobutyrate] × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；273 K；30 % PEG 4000, 50 mM NaCl, 50 mM HEPPS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K	分辨率 2.40 Å R-free 0.259
5DV9 Crystal structure of the Luciferase 提交 2015-09-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–550（550 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；Li2SO4, PEG 8000, Tris	分辨率 2.40 Å R-free 0.241
5DWV Crystal structure of the Luciferase complexed with substrate analogue 提交 2015-09-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–550（550 aa）	未记录	5J4 2-[6-(cyclobuta-1,3-dien-1-ylamino)-1,3-benzothiazol-2-yl]-1,3-thiazol-4-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；Li2SO4, PEG8000, Tris	分辨率 2.30 Å R-free 0.228
5GYZ luciferase AMP/7-cy-L complex 提交 2016-09-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4–438（435 aa）片段：UNP residues 4-438	未记录	7BV (4S)-2-[6-(azepan-1-yl)-1,3-benzothiazol-2-yl]-4,5-dihydro-1,3-thiazole-4-carboxylic acid × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；Sodium malonate, PEG3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.227
5GZ2 luciferase complex with 7-cy-L 提交 2016-09-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–438（436 aa）片段：UNP residues 3-438	未记录	7BV (4S)-2-[6-(azepan-1-yl)-1,3-benzothiazol-2-yl]-4,5-dihydro-1,3-thiazole-4-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；Sodium malonate , PEG3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.239
5KYT Structure of Photinus pyralis Luciferase red light emitting variant 提交 2016-07-22	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–550（550 aa）	突变：S284T	SLU 5'-O-[N-(DEHYDROLUCIFERYL)-SULFAMOYL] ADENOSINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；23 % PEG 8000, 300 mM Na/K tartrate, 1.00 mM Tris	分辨率 2.00 Å R-free 0.218
5KYT Structure of Photinus pyralis Luciferase red light emitting variant 提交 2016-07-22	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–550（550 aa）	突变：S284T	SLU 5'-O-[N-(DEHYDROLUCIFERYL)-SULFAMOYL] ADENOSINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；23 % PEG 8000, 300 mM Na/K tartrate, 1.00 mM Tris	分辨率 2.00 Å R-free 0.218
5WYS luciferase with inhibitor 3i 提交 2017-01-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–550（550 aa）	未记录	7V6 5-[(3R)-3-(4-boranylphenyl)-3-oxidanyl-propyl]-2-oxidanyl-benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8；293 K；0.5 M Li2SO4, 15% PEG8000, 0.1 M Tris	分辨率 3.00 Å R-free 0.270
6HPS Near-infrared dual bioluminescence imaging in vivo using infra-luciferin 提交 2018-09-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4–546（543 aa）	未记录	GKH [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl ~{N}-[[2-[(~{E})-2-(6-oxidanyl-1,3-benzothiazol-2-yl)ethenyl]-1,3-thiazol-4-yl]carbonyl]sulfamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；278 K；150 mM ammonium sulfate, 50 mM HEPES pH 7.0, 2% PEG 1000	分辨率 3.10 Å R-free 0.333
6HPS Near-infrared dual bioluminescence imaging in vivo using infra-luciferin 提交 2018-09-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 4–546（543 aa）	未记录	GKH [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl ~{N}-[[2-[(~{E})-2-(6-oxidanyl-1,3-benzothiazol-2-yl)ethenyl]-1,3-thiazol-4-yl]carbonyl]sulfamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；278 K；150 mM ammonium sulfate, 50 mM HEPES pH 7.0, 2% PEG 1000	分辨率 3.10 Å R-free 0.333
6Q2M Crystal structure of Photinus pyralis Luciferase Pps6 mutant in complex with DLSA 提交 2019-08-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–550（550 aa）	突变：T214N, A222C, Y255F, S276T, H332N, E354N	SO4 SULFATE ION × 1 DYD (2S,5S)-hexane-2,5-diol × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 16 SLU 5'-O-[N-(DEHYDROLUCIFERYL)-SULFAMOYL] ADENOSINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.05M EPPS pH 8.5, 25% PEG4000, 2% 2,5 Hexanediol	分辨率 2.75 Å R-free 0.218
6Q2M Crystal structure of Photinus pyralis Luciferase Pps6 mutant in complex with DLSA 提交 2019-08-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–550（550 aa）	突变：T214N, A222C, Y255F, S276T, H332N, E354N	SO4 SULFATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 SLU 5'-O-[N-(DEHYDROLUCIFERYL)-SULFAMOYL] ADENOSINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.05M EPPS pH 8.5, 25% PEG4000, 2% 2,5 Hexanediol	分辨率 2.75 Å R-free 0.218
6Q2M Crystal structure of Photinus pyralis Luciferase Pps6 mutant in complex with DLSA 提交 2019-08-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–550（550 aa）	突变：T214N, A222C, Y255F, S276T, H332N, E354N	SO4 SULFATE ION × 2 DYD (2S,5S)-hexane-2,5-diol × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 16 SLU 5'-O-[N-(DEHYDROLUCIFERYL)-SULFAMOYL] ADENOSINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.05M EPPS pH 8.5, 25% PEG4000, 2% 2,5 Hexanediol	分辨率 2.75 Å R-free 0.218

共 17 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LUCI_PHOPY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–550； UniProt 1–550 作者链 B； PDB构建体 1–550； UniProt 1–550

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5kyv
沉积日期 deposition_date	2016-07-22
结构标题 title	Structure of Photinus pyralis Luciferase green shifted light emitting variant
关键词 keywords	adenylation forming enzyme, ligase, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.44 Å
零角强度 I(0) i0	198900000.00
分子量 molecular_weight	116690.0 kDa
排除体积 excluded_volume	147290 Å³
包络体积 envelope_volume	182210 Å³
水化壳体积 shell_volume	45059 Å³
包络直径 envelope_diameter	115.5 Å
壳层 Rg shell_rg	40.10 Å
包络 Rg envelope_rg	33.67 Å
形状 Rg shape_rg	33.42 Å
总 Rg total_rg	33.98 Å
总原子数 total_atoms	8231
残基数 n_residues	1073
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.4 Å
Rg (实空间) rg_real	33.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9890e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2080e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	198900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8914
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.345
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.417
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	51050000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.911; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.864

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Luciferin 4-monooxygenase
分子量 formula_weight	60786.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.13.12.7
突变 mutation	V241I, G246A, F250S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8314

MEDAKNIKKGPAPFYPLEDGTAGEQLHKAMKRYALVPGTIAFTDAHIEVNITYAEYFEMSVRLAEAMKRYGLNTNHRIVVCSENSLQFFMPVLGALFIGVAVAPANDIYNERELLNSMNISQPTVVFVSKKGLQKILNVQKKLPIIQKIIIMDSKTDYQGFQSMYTFVTSHLPPGFNEYDFVPESFDRDKTIALIMNSSGSTGLPKGVALPHRTACVRFSHARDPIFGNQIIPDTAILSVIPFHHAFGMSTTLGYLICGFRVVLMYRFEEELFLRSLQDYKIQSALLVPTLFSFFAKSTLIDKYDLSNLHEIASGGAPLSKEVGEAVAKRFHLPGIRQGYGLTETTSAILITPEGDDKPGAVGKVVPFFEAKVVDLDTGKTLGVNQRGELCVRGPMIMSGYVNNPEATNALIDKDGWLHSGDIAYWDEDEHFFIVDRLKSLIKYKGYQVAPAELESILLQHPNIFDAGVAGLPDDDAGELPAAVVVLEHGKTMTEKEIVDYVASQVTTAKKLRGGVVFVDEVPKGLTGKLDARKIREILIKAKKGGKSKL

来源 Source

来源生物 organism	Photinus pyralis
通用名 common_name	Common eastern firefly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7054
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;5'-O-[N-(DEHYDROLUCIFERYL)-SULFAMOYL] ADENOSINE ;
分子量 formula_weight	606.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	L(+)-TARTARIC ACID
分子量 formula_weight	150.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	71

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d5kyva_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.23 — Acetyl-CoA synthetase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.23.1 — Acetyl-CoA synthetase-like
家族 Family family	e.23.1.1 — Acetyl-CoA synthetase-like

结构域编号 domain_id	d5kyvb_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.23 — Acetyl-CoA synthetase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.23.1 — Acetyl-CoA synthetase-like
家族 Family family	e.23.1.1 — Acetyl-CoA synthetase-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	5kyvA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	38 — Luciferase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Luciferase; Domain 3

结构域编号 domain_id	5kyvA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	980 —

结构域编号 domain_id	5kyvA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	980 —

结构域编号 domain_id	5kyvB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	38 — Luciferase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Luciferase; Domain 3

结构域编号 domain_id	5kyvB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	980 —

结构域编号 domain_id	5kyvB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	980 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	93.078 Å
晶胞边长 b length_b	93.078 Å
晶胞边长 c length_c	293.645 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	29.063 Å
R 因子 r_factor	0.1967
R_work r_work	0.1939
R_free r_free	0.2475

fit	/app/data/saxs_computation/ky/5kyv/5kyv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ky/5kyv/5kyv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ky/5kyv/5kyv.dat

Structure of Photinus pyralis Luciferase green shifted light emitting variant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Luciferin 4-monooxygenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction