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5kzo

Notch1 transmembrane and associated juxtamembrane segment

Method: SOLUTION NMR Dmax: 76.5 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neurogenic locus notch homolog protein 1

Homo sapiens

UniProt P46531

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1721–1771 片段：UNP residues 1721-1771 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 5.5；318 K；离子强度（mmCIF原始值）65 mM imidazole；压力 1 NMR样品组成：350 uM [U-99% 15N] Notch1, 150 mg/mL DHPC/DMPC bicelle, 1 mM EDTA, 65 mM imidazole, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：500 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Notch1, 150 mg/mL DHPC/DMPC bicelle, 100% D2O | 100% D2O NMR样品组成：500 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Notch1, 150 mg/mL DHPC/DMPC, 1 mM EDTA, 65 mM imidazole, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5KZO Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1PB5 NMR Structure of a Prototype LNR Module from Human Notch1 提交 2003-05-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1447–1481（35 aa） 片段：First LNR module
未记录 CA CALCIUM ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM Ca2+；压力 ambient
NMR测量条件 pH 7；283 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM Ca2+, 50mM PIPES；压力 ambient
NMR样品组成 1mM LNRA U-15N, 10mM Ca2+, 0.5mM DSS pH 6.5 | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM LNRA U-15N,13C, 10mM Ca2+, 0.5mM DSS pH 6.5 | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.5mM LNRA U-15N,13C, 10 mM Ca2+, 0.5mM DSS, 50 mM deuterated PIPES pH 7.0 | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1TOZ NMR structure of the human NOTCH-1 ligand binding region 提交 2004-06-15 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 411–526（116 aa） 片段：NOTCH-1 EGF 11-13
突变：M477I 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）15mM CaCl2；压力 ambient
NMR样品组成 0.5-1mM protein | 90% H2O, 10% D2O, 15mM CaCl2, 0.02% NaN3
分辨率未提供
1YYH Crystal structure of the human Notch 1 ankyrin domain 提交 2005-02-25 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1873–2115（243 aa） 片段：ankyrin domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；ammonium hydrogen phosphate, sodium chloride, imidazole, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.90 Å R-free 0.193
1YYH Crystal structure of the human Notch 1 ankyrin domain 提交 2005-02-25 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1873–2115（243 aa） 片段：ankyrin domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；ammonium hydrogen phosphate, sodium chloride, imidazole, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.90 Å R-free 0.193
2F8X Crystal structure of activated Notch, CSL and MAML on HES-1 promoter DNA sequence 提交 2005-12-04 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 K 1873–2127（255 aa） 片段：[Contains: Notch 1 extracellular truncation; Notch 1 intracellular domain]
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 HANGING DROP；pH 7.9；298 K；50mM HEPES, 6% PEG 3350, and 5% ethylene glycol, pH 7.9, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.25 Å R-free 0.257
2F8Y Crystal structure of human Notch1 ankyrin repeats to 1.55A resolution. 提交 2005-12-04 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1906–2127（222 aa） 片段：ankyrin repeat domain, repeats 1-7
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.55 Å R-free 0.187
2F8Y Crystal structure of human Notch1 ankyrin repeats to 1.55A resolution. 提交 2005-12-04 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1906–2127（222 aa） 片段：ankyrin repeat domain, repeats 1-7
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.55 Å R-free 0.187
2HE0 Crystal structure of a human Notch1 ankyrin domain mutant 提交 2006-06-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1873–2115（243 aa） 片段：Ankyrin Domain, residues 1873-2115
链 B 1873–2115（243 aa） 片段：Ankyrin Domain, residues 1873-2115
突变：E58A, R66A 突变：E58A, R66A EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.55M Sodium/Potassium Tartrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.231
2VJ3 Human Notch-1 EGFs 11-13 提交 2007-12-06 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 411–526（116 aa） 片段：EGFS 11-13, RESIDUES 411-526
未记录 CA CALCIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.7；30% (W/V) PEG-5000-MME, 100MM SODIUM ACETATE, PH5.7
分辨率 2.60 Å R-free 0.244
3ETO 2 Angstrom Xray structure of the NOTCH1 Negative Regulatory Region (NRR) 提交 2008-10-08 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1447–1734（288 aa） 片段：NOTCH1 Negative Regulatory Region, residues 1447-1734
未记录 CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；0.1M Sodium acetate pH 4.0, 1.0-1.5M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.252
3ETO 2 Angstrom Xray structure of the NOTCH1 Negative Regulatory Region (NRR) 提交 2008-10-08 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1447–1734（288 aa） 片段：NOTCH1 Negative Regulatory Region, residues 1447-1734
未记录 CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；0.1M Sodium acetate pH 4.0, 1.0-1.5M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.252
3I08 Crystal structure of the S1-cleaved Notch1 Negative Regulatory Region (NRR) 提交 2009-06-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1446–1664（219 aa） 片段：Notch1 NRR (Residues 1446-1665)
链 B 1666–1734（69 aa） 片段：Notch1 NRR (Residues 1666-1734)
未记录 CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；0.1M NaOAc, 2.0 M NaCl, 10% glycerol, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.286
3I08 Crystal structure of the S1-cleaved Notch1 Negative Regulatory Region (NRR) 提交 2009-06-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1446–1664（219 aa） 片段：Notch1 NRR (Residues 1446-1665)
链 D 1666–1734（69 aa） 片段：Notch1 NRR (Residues 1666-1734)
未记录 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；0.1M NaOAc, 2.0 M NaCl, 10% glycerol, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.286
3I08 Crystal structure of the S1-cleaved Notch1 Negative Regulatory Region (NRR) 提交 2009-06-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1446–1664（219 aa） 片段：Notch1 NRR (Residues 1446-1665)
链 B 1666–1734（69 aa） 片段：Notch1 NRR (Residues 1666-1734)
链 C 1446–1664（219 aa） 片段：Notch1 NRR (Residues 1446-1665)
链 D 1666–1734（69 aa） 片段：Notch1 NRR (Residues 1666-1734)
未记录 CA CALCIUM ION × 6 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；0.1M NaOAc, 2.0 M NaCl, 10% glycerol, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.286
3L95 Crystal structure of the human Notch1 Negative Regulatory Region (NRR) bound to the fab fragment of an antagonist antibody 提交 2010-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 X 1448–1621（174 aa） 片段：Negative regulatory region (NRR1)
链 X 1670–1728（59 aa） 片段：Negative regulatory region (NRR1)
链 Y 1448–1621（174 aa） 片段：Negative regulatory region (NRR1)
链 Y 1670–1728（59 aa） 片段：Negative regulatory region (NRR1)
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；292 K；Equal volumes of protein and well solutions. Protein: 6 mg/mL in 150 mM NaCl, 20 mM Bis-Tris pH 6.5. Well solution: 300 mM di-Ammonium Sulfate, 20% PEG 5000 MME, 100 mM Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.19 Å R-free 0.271
3L95 Crystal structure of the human Notch1 Negative Regulatory Region (NRR) bound to the fab fragment of an antagonist antibody 提交 2010-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 X 1448–1621（174 aa） 片段：Negative regulatory region (NRR1)
链 X 1670–1728（59 aa） 片段：Negative regulatory region (NRR1)
链 Y 1448–1621（174 aa） 片段：Negative regulatory region (NRR1)
链 Y 1670–1728（59 aa） 片段：Negative regulatory region (NRR1)
未记录 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；292 K；Equal volumes of protein and well solutions. Protein: 6 mg/mL in 150 mM NaCl, 20 mM Bis-Tris pH 6.5. Well solution: 300 mM di-Ammonium Sulfate, 20% PEG 5000 MME, 100 mM Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.19 Å R-free 0.271
3NBN Crystal structure of a dimer of Notch Transcription Complex trimers on HES1 DNA 提交 2010-06-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 B 1872–2126（255 aa） 片段：residues 1872-2126
链 E 1872–2126（255 aa） 片段：residues 1872-2126
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；3% PEG3350, 10% ethylene glycol, 0.15M NaCl, 0.1M magnesium chloride, 0.1M BIS-TRIS, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.45 Å R-free 0.298
3V79 Structure of human Notch1 transcription complex including CSL, RAM, ANK, and MAML-1 on HES-1 promoter DNA sequence 提交 2011-12-20 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 K 1872–2126（255 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；298 K；6% PEG 3350, 5% Ethylene glycol, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.85 Å R-free 0.245
4CUD Human Notch1 EGF domains 11-13 mutant fucosylated at T466 提交 2014-03-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 410–526（117 aa） 片段：EGF 11-13, RESIDUES 410-526
未记录 FUC alpha-L-fucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0
分辨率 1.85 Å R-free 0.260
4CUE Human Notch1 EGF domains 11-13 mutant T466V 提交 2014-03-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 411–526（116 aa） 片段：EGF 11-13, RESIDUES 411-526
突变：YES CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5
分辨率 3.00 Å R-free 0.282
4CUF Human Notch1 EGF domains 11-13 mutant T466S 提交 2014-03-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 411–526（116 aa） 片段：EGF 11-13, RESIDUES 411-526
突变：YES CA CALCIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 2.29 Å R-free 0.286
4D0E Human Notch1 EGF domains 11-13 mutant GlcNAc-fucose disaccharide modified at T466 提交 2014-04-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 411–526（116 aa） 片段：EGF 11-13, RESIDUES 411-526
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0
分辨率 1.61 Å R-free 0.270
4D0F Human Notch1 EGF domains 11-13 mutant T466A 提交 2014-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 411–526（116 aa） 片段：EGF 11-13
突变：YES CA CALCIUM ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5
分辨率 2.80 Å R-free 0.265
5FM9 human Notch 1, EGF 4-7 提交 2015-11-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 140–294（155 aa） 片段：EGF DOMAINS 4-7, UNP RESIDUES 140-294
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；PH 8.5
分辨率 2.92 Å R-free 0.237
5FMA human Notch 1, EGF 4-7 提交 2015-11-02 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 142–294（153 aa） 片段：EGF DOMAINS 4-7, RESIDUES 142-294
未记录 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 2.46 Å R-free 0.263
5FMA human Notch 1, EGF 4-7 提交 2015-11-02 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 142–294（153 aa） 片段：EGF DOMAINS 4-7, RESIDUES 142-294
未记录 CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 2.46 Å R-free 0.263
5L0R human POGLUT1 in complex with Notch1 EGF12 and UDP 提交 2016-07-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 452–491（40 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；20% PEG5000 MME, 50 mM MES pH 6.5, 2mM CaCl2, 250mM NaCl, 5% glycerol
分辨率 1.50 Å R-free 0.171
5UB5 human POGLUT1 in complex with human Notch1 EGF12 S458T mutant and UDP 提交 2016-12-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 452–491（40 aa） 片段：UNP residues 452-491
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；20% (v/v) PEG5000 MME, 50 mM MES pH 6.5, 2mM CaCl2, 250mM NaCl, 5% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol
分辨率 2.09 Å R-free 0.193
6PY8 Crystal structure of the RBPJ-NOTCH1-NRARP ternary complex bound to DNA 提交 2019-07-29 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 F 1759–2127（369 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；298 K；50 mM Hepes pH 6.8, 200 mM Sodium Fluoride, 18% PEG 3350
分辨率 3.75 Å R-free 0.315
6PY8 Crystal structure of the RBPJ-NOTCH1-NRARP ternary complex bound to DNA 提交 2019-07-29 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 K 1759–2127（369 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；298 K；50 mM Hepes pH 6.8, 200 mM Sodium Fluoride, 18% PEG 3350
分辨率 3.75 Å R-free 0.315
8OR5 Solution NMR structure of Notch1 TMD 提交 2023-04-13 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1734–1760（27 aa） 片段：Notch1 transmembrane domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；300 K；压力 1
NMR样品组成 500 uM Notch1 WT TMD, trifluoroethanol/water 80/20 | trifluoroethanol/water 80/20
分辨率未提供
8ORY Solution NMR structure of Notch1 L1740-1743 TMD 提交 2023-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1734–1757（24 aa）
突变：A1740L, A1741L, A1742L, A1743L 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；300 K；压力 1
NMR样品组成 500 uM Notch1 L1740-1743 TMD, trifluoroethanol/water 80/20 | trifluoroethanol/water 80/20
分辨率未提供
8ORZ Solution NMR structure of Notch1 G1740-1743 TMD 提交 2023-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1734–1757（24 aa） 片段：Notch1 transmembrane domain
突变：A1740G, A1741G, A1742G, A1743G 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；300 K；压力 1
NMR样品组成 500 uM Notch1 G1740-1743 TMD, trifluoroethanol/water 80/20 | trifluoroethanol/water 80/20
分辨率未提供
9B3G Human Notch-1 EGFs 21-23 提交 2024-03-19 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 790–906（117 aa） 片段：Human Notch1 EGF domains 21-23
未记录 BA BARIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.2 M Ammonium acetate 0.1 M BIS-Tris pH 5.5 25% (w/v) PEG3350
分辨率 1.55 Å R-free 0.218
9B3N Human Notch-1 EGFs 20-24 提交 2024-03-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 753–944（192 aa） 片段：Human Notch1 EGFs 20-24
未记录 BGC beta-D-glucopyranose × 1 FUC alpha-L-fucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.2 M Imidazole Malate pH 6 8% (w/v) PEG4K
分辨率 1.50 Å R-free 0.198

共 27 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NOTC1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 9–59； UniProt 1721–1771

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5kzo

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5kzo
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5kzo
沉积日期 deposition_date2016-07-25
结构标题 titleNotch1 transmembrane and associated juxtamembrane segment
关键词 keywordsNotch, membrane protein, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.85 Å
零角强度 I(0) i044021100.00
分子量 molecular_weight58279.0 kDa
排除体积 excluded_volume74395 ų
包络体积 envelope_volume28927 ų
水化壳体积 shell_volume11451 ų
包络直径 envelope_diameter81.4 Å
壳层 Rg shell_rg27.72 Å
包络 Rg envelope_rg24.60 Å
形状 Rg shape_rg20.81 Å
总 Rg total_rg21.35 Å
总原子数 total_atoms8250
残基数 n_residues510
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax76.5 Å
Rg (实空间) rg_real21.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real4.4020e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.1520e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal44020000.0000
解质量估计 total_estimate0.6541
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary15.8 Å
偏度 Skewness skewness0.558
峰度 Kurtosis kurtosis-0.632
角度范围 angular_range— – 0.3750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha29870.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.156; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.036; Smooth: 0.994
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)