5l0r

human POGLUT1 in complex with Notch1 EGF12 and UDP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 72.3 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein O-glucosyltransferase 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 29–385	未记录	Neurogenic locus notch homolog protein 1 × 1 （P46531） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；20% PEG5000 MME, 50 mM MES pH 6.5, 2mM CaCl2, 250mM NaCl, 5% glycerol	分辨率 1.50 Å R-free 0.171

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5L0R	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5L0S human POGLUT1 in complex with Factor VII EGF1 and UDP 提交 2016-07-28	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–385（357 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；20% PEG5000 MME, 50 mM MES pH 6.5, 2mM CaCl2, 250mM NaCl, 5% glycerol	分辨率 1.45 Å R-free 0.159
5L0T human POGLUT1 in complex with EGF(+) and UDP 提交 2016-07-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–385（357 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；20% PEG5000 MME, 50 mM MES pH 6.5, 10mM CaCl2, 250mM NaCl, 5% glycerol	分辨率 1.43 Å R-free 0.173
5L0U human POGLUT1 in complex with EGF(+) and UDP-phosphono-glucose 提交 2016-07-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–385（357 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 660 [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-[[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl]phosphinic acid × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；20% PEG5000 MME, 50 mM MES pH 6.5, 10mM CaCl2, 250mM NaCl, 5% MPD	分辨率 1.80 Å R-free 0.194
5L0V human POGLUT1 in complex with 2F-glucose modified EGF(+) and UDP 提交 2016-07-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–385（357 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 CA CALCIUM ION × 1 SHG 2-deoxy-2-fluoro-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；20% PEG5000 MME, 50 mM MES pH 6.5, 10mM CaCl2, 250mM NaCl, 5% MPD	分辨率 1.30 Å R-free 0.174
5UB5 human POGLUT1 in complex with human Notch1 EGF12 S458T mutant and UDP 提交 2016-12-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–385（357 aa）片段：UNP residues 29-385	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；20% (v/v) PEG5000 MME, 50 mM MES pH 6.5, 2mM CaCl2, 250mM NaCl, 5% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol	分辨率 2.09 Å R-free 0.193

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	PGLT1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–357； UniProt 29–385

Neurogenic locus notch homolog protein 1

Homo sapiens

UniProt P46531

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 452–491	未记录	Protein O-glucosyltransferase 1 × 1 （Q8NBL1） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；20% PEG5000 MME, 50 mM MES pH 6.5, 2mM CaCl2, 250mM NaCl, 5% glycerol	分辨率 1.50 Å R-free 0.171

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 5L0R	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1PB5 NMR Structure of a Prototype LNR Module from Human Notch1 提交 2003-05-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1447–1481（35 aa）片段：First LNR module	未记录	CA CALCIUM ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM Ca2+；压力 ambient NMR测量条件 pH 7；283 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM Ca2+, 50mM PIPES；压力 ambient NMR样品组成 1mM LNRA U-15N, 10mM Ca2+, 0.5mM DSS pH 6.5 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM LNRA U-15N,13C, 10mM Ca2+, 0.5mM DSS pH 6.5 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.5mM LNRA U-15N,13C, 10 mM Ca2+, 0.5mM DSS, 50 mM deuterated PIPES pH 7.0 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1TOZ NMR structure of the human NOTCH-1 ligand binding region 提交 2004-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 411–526（116 aa）片段：NOTCH-1 EGF 11-13	突变：M477I	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）15mM CaCl2；压力 ambient NMR样品组成 0.5-1mM protein \| 90% H2O, 10% D2O, 15mM CaCl2, 0.02% NaN3	分辨率未提供
1YYH Crystal structure of the human Notch 1 ankyrin domain 提交 2005-02-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1873–2115（243 aa）片段：ankyrin domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；ammonium hydrogen phosphate, sodium chloride, imidazole, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.90 Å R-free 0.193
1YYH Crystal structure of the human Notch 1 ankyrin domain 提交 2005-02-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1873–2115（243 aa）片段：ankyrin domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；ammonium hydrogen phosphate, sodium chloride, imidazole, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.90 Å R-free 0.193
2F8X Crystal structure of activated Notch, CSL and MAML on HES-1 promoter DNA sequence 提交 2005-12-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 K 1873–2127（255 aa）片段：[Contains: Notch 1 extracellular truncation; Notch 1 intracellular domain]	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 HANGING DROP；pH 7.9；298 K；50mM HEPES, 6% PEG 3350, and 5% ethylene glycol, pH 7.9, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.25 Å R-free 0.257
2F8Y Crystal structure of human Notch1 ankyrin repeats to 1.55A resolution. 提交 2005-12-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1906–2127（222 aa）片段：ankyrin repeat domain, repeats 1-7	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.55 Å R-free 0.187
2F8Y Crystal structure of human Notch1 ankyrin repeats to 1.55A resolution. 提交 2005-12-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1906–2127（222 aa）片段：ankyrin repeat domain, repeats 1-7	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.55 Å R-free 0.187
2HE0 Crystal structure of a human Notch1 ankyrin domain mutant 提交 2006-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1873–2115（243 aa）片段：Ankyrin Domain, residues 1873-2115 链 B 1873–2115（243 aa）片段：Ankyrin Domain, residues 1873-2115	突变：E58A, R66A 突变：E58A, R66A	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.55M Sodium/Potassium Tartrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.231
2VJ3 Human Notch-1 EGFs 11-13 提交 2007-12-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 411–526（116 aa）片段：EGFS 11-13, RESIDUES 411-526	未记录	CA CALCIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.7；30% (W/V) PEG-5000-MME, 100MM SODIUM ACETATE, PH5.7	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
3ETO 2 Angstrom Xray structure of the NOTCH1 Negative Regulatory Region (NRR) 提交 2008-10-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1447–1734（288 aa）片段：NOTCH1 Negative Regulatory Region, residues 1447-1734	未记录	CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；0.1M Sodium acetate pH 4.0, 1.0-1.5M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.252
3ETO 2 Angstrom Xray structure of the NOTCH1 Negative Regulatory Region (NRR) 提交 2008-10-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1447–1734（288 aa）片段：NOTCH1 Negative Regulatory Region, residues 1447-1734	未记录	CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；0.1M Sodium acetate pH 4.0, 1.0-1.5M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.252
3I08 Crystal structure of the S1-cleaved Notch1 Negative Regulatory Region (NRR) 提交 2009-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1446–1664（219 aa）片段：Notch1 NRR (Residues 1446-1665) 链 B 1666–1734（69 aa）片段：Notch1 NRR (Residues 1666-1734)	未记录	CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；0.1M NaOAc, 2.0 M NaCl, 10% glycerol, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.286
3I08 Crystal structure of the S1-cleaved Notch1 Negative Regulatory Region (NRR) 提交 2009-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1446–1664（219 aa）片段：Notch1 NRR (Residues 1446-1665) 链 D 1666–1734（69 aa）片段：Notch1 NRR (Residues 1666-1734)	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；0.1M NaOAc, 2.0 M NaCl, 10% glycerol, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.286
3I08 Crystal structure of the S1-cleaved Notch1 Negative Regulatory Region (NRR) 提交 2009-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1446–1664（219 aa）片段：Notch1 NRR (Residues 1446-1665) 链 B 1666–1734（69 aa）片段：Notch1 NRR (Residues 1666-1734) 链 C 1446–1664（219 aa）片段：Notch1 NRR (Residues 1446-1665) 链 D 1666–1734（69 aa）片段：Notch1 NRR (Residues 1666-1734)	未记录	CA CALCIUM ION × 6 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；0.1M NaOAc, 2.0 M NaCl, 10% glycerol, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.286
3L95 Crystal structure of the human Notch1 Negative Regulatory Region (NRR) bound to the fab fragment of an antagonist antibody 提交 2010-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 X 1448–1621（174 aa）片段：Negative regulatory region (NRR1) 链 X 1670–1728（59 aa）片段：Negative regulatory region (NRR1) 链 Y 1448–1621（174 aa）片段：Negative regulatory region (NRR1) 链 Y 1670–1728（59 aa）片段：Negative regulatory region (NRR1)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；292 K；Equal volumes of protein and well solutions. Protein: 6 mg/mL in 150 mM NaCl, 20 mM Bis-Tris pH 6.5. Well solution: 300 mM di-Ammonium Sulfate, 20% PEG 5000 MME, 100 mM Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K	分辨率 2.19 Å R-free 0.271
3L95 Crystal structure of the human Notch1 Negative Regulatory Region (NRR) bound to the fab fragment of an antagonist antibody 提交 2010-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 X 1448–1621（174 aa）片段：Negative regulatory region (NRR1) 链 X 1670–1728（59 aa）片段：Negative regulatory region (NRR1) 链 Y 1448–1621（174 aa）片段：Negative regulatory region (NRR1) 链 Y 1670–1728（59 aa）片段：Negative regulatory region (NRR1)	未记录	CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；292 K；Equal volumes of protein and well solutions. Protein: 6 mg/mL in 150 mM NaCl, 20 mM Bis-Tris pH 6.5. Well solution: 300 mM di-Ammonium Sulfate, 20% PEG 5000 MME, 100 mM Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K	分辨率 2.19 Å R-free 0.271
3NBN Crystal structure of a dimer of Notch Transcription Complex trimers on HES1 DNA 提交 2010-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 B 1872–2126（255 aa）片段：residues 1872-2126 链 E 1872–2126（255 aa）片段：residues 1872-2126	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；3% PEG3350, 10% ethylene glycol, 0.15M NaCl, 0.1M magnesium chloride, 0.1M BIS-TRIS, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.45 Å R-free 0.298
3V79 Structure of human Notch1 transcription complex including CSL, RAM, ANK, and MAML-1 on HES-1 promoter DNA sequence 提交 2011-12-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 K 1872–2126（255 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；298 K；6% PEG 3350, 5% Ethylene glycol, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.85 Å R-free 0.245
4CUD Human Notch1 EGF domains 11-13 mutant fucosylated at T466 提交 2014-03-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 410–526（117 aa）片段：EGF 11-13, RESIDUES 410-526	未记录	FUC alpha-L-fucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 1.85 Å R-free 0.260
4CUE Human Notch1 EGF domains 11-13 mutant T466V 提交 2014-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 411–526（116 aa）片段：EGF 11-13, RESIDUES 411-526	突变：YES	CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.282
4CUF Human Notch1 EGF domains 11-13 mutant T466S 提交 2014-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 411–526（116 aa）片段：EGF 11-13, RESIDUES 411-526	突变：YES	CA CALCIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.29 Å R-free 0.286
4D0E Human Notch1 EGF domains 11-13 mutant GlcNAc-fucose disaccharide modified at T466 提交 2014-04-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 411–526（116 aa）片段：EGF 11-13, RESIDUES 411-526	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 1.61 Å R-free 0.270
4D0F Human Notch1 EGF domains 11-13 mutant T466A 提交 2014-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 411–526（116 aa）片段：EGF 11-13	突变：YES	CA CALCIUM ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.265
5FM9 human Notch 1, EGF 4-7 提交 2015-11-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 140–294（155 aa）片段：EGF DOMAINS 4-7, UNP RESIDUES 140-294	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；PH 8.5	分辨率 2.92 Å R-free 0.237
5FMA human Notch 1, EGF 4-7 提交 2015-11-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 142–294（153 aa）片段：EGF DOMAINS 4-7, RESIDUES 142-294	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.46 Å R-free 0.263
5FMA human Notch 1, EGF 4-7 提交 2015-11-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 142–294（153 aa）片段：EGF DOMAINS 4-7, RESIDUES 142-294	未记录	CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.46 Å R-free 0.263
5KZO Notch1 transmembrane and associated juxtamembrane segment 提交 2016-07-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1721–1771（51 aa）片段：UNP residues 1721-1771	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；318 K；离子强度（mmCIF原始值）65 mM imidazole；压力 1 NMR样品组成 350 uM [U-99% 15N] Notch1, 150 mg/mL DHPC/DMPC bicelle, 1 mM EDTA, 65 mM imidazole, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 500 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Notch1, 150 mg/mL DHPC/DMPC bicelle, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 500 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Notch1, 150 mg/mL DHPC/DMPC, 1 mM EDTA, 65 mM imidazole, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5UB5 human POGLUT1 in complex with human Notch1 EGF12 S458T mutant and UDP 提交 2016-12-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 452–491（40 aa）片段：UNP residues 452-491	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；20% (v/v) PEG5000 MME, 50 mM MES pH 6.5, 2mM CaCl2, 250mM NaCl, 5% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol	分辨率 2.09 Å R-free 0.193
6PY8 Crystal structure of the RBPJ-NOTCH1-NRARP ternary complex bound to DNA 提交 2019-07-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 F 1759–2127（369 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；298 K；50 mM Hepes pH 6.8, 200 mM Sodium Fluoride, 18% PEG 3350	分辨率 3.75 Å R-free 0.315
6PY8 Crystal structure of the RBPJ-NOTCH1-NRARP ternary complex bound to DNA 提交 2019-07-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 K 1759–2127（369 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；298 K；50 mM Hepes pH 6.8, 200 mM Sodium Fluoride, 18% PEG 3350	分辨率 3.75 Å R-free 0.315
8OR5 Solution NMR structure of Notch1 TMD 提交 2023-04-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1734–1760（27 aa）片段：Notch1 transmembrane domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；300 K；压力 1 NMR样品组成 500 uM Notch1 WT TMD, trifluoroethanol/water 80/20 \| trifluoroethanol/water 80/20	分辨率未提供
8ORY Solution NMR structure of Notch1 L1740-1743 TMD 提交 2023-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1734–1757（24 aa）	突变：A1740L, A1741L, A1742L, A1743L	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；300 K；压力 1 NMR样品组成 500 uM Notch1 L1740-1743 TMD, trifluoroethanol/water 80/20 \| trifluoroethanol/water 80/20	分辨率未提供
8ORZ Solution NMR structure of Notch1 G1740-1743 TMD 提交 2023-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1734–1757（24 aa）片段：Notch1 transmembrane domain	突变：A1740G, A1741G, A1742G, A1743G	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；300 K；压力 1 NMR样品组成 500 uM Notch1 G1740-1743 TMD, trifluoroethanol/water 80/20 \| trifluoroethanol/water 80/20	分辨率未提供
9B3G Human Notch-1 EGFs 21-23 提交 2024-03-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 790–906（117 aa）片段：Human Notch1 EGF domains 21-23	未记录	BA BARIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.2 M Ammonium acetate 0.1 M BIS-Tris pH 5.5 25% (w/v) PEG3350	分辨率 1.55 Å R-free 0.218
9B3N Human Notch-1 EGFs 20-24 提交 2024-03-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 753–944（192 aa）片段：Human Notch1 EGFs 20-24	未记录	BGC beta-D-glucopyranose × 1 FUC alpha-L-fucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.2 M Imidazole Malate pH 6 8% (w/v) PEG4K	分辨率 1.50 Å R-free 0.198

共 27 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NOTC1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–42； UniProt 452–491

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5l0r
沉积日期 deposition_date	2016-07-28
结构标题 title	human POGLUT1 in complex with Notch1 EGF12 and UDP
关键词 keywords	transferase glycosyltransferase GT-B glucosyltransferase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.49 Å
零角强度 I(0) i0	37673500.00
分子量 molecular_weight	47098.0 kDa
排除体积 excluded_volume	58710 Å³
包络体积 envelope_volume	67522 Å³
水化壳体积 shell_volume	25625 Å³
包络直径 envelope_diameter	75.3 Å
壳层 Rg shell_rg	28.82 Å
包络 Rg envelope_rg	21.88 Å
形状 Rg shape_rg	21.45 Å
总 Rg total_rg	22.49 Å
总原子数 total_atoms	6459
残基数 n_residues	396
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.3 Å
Rg (实空间) rg_real	22.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7670e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.8300e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	37670000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8898
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.236
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.361
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7449000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.872; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.952

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein O-glucosyltransferase 1
分子量 formula_weight	42077.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.-,2.4.2.26
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6905

GSKWKVFIDQINRSLENYEPCSSQNCSCYHGVIEEDLTPFRGGISRKMMAEVVRRKLGTHYQITKNRLYRENDCMFPSRCSGVEHFILEVIGRLPDMEMVINVRDYPQVPKWMEPAIPVFSFSKTSEYHDIMYPAWTFWEGGPAVWPIYPTGLGRWDLFREDLVRSAAQWPWKKKNSTAYFRGSRTSPERDPLILLSRKNPKLVDAEYTKNQAWKSMKDTLGKPAAKDVHLVDHCKYKYLFNFRGVAASFRFKHLFLCGSLVFHVGDEWLEFFYPQLKPWVHYIPVKTDLSNVQELLQFVKANDDVAQEIAERGSQFIRNHLQMDDITCYWENLLSEYSKFLSYNVTRRKGYDQIIP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Neurogenic locus notch homolog protein 1
分子量 formula_weight	4525.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSDVNECVSNPCQNDATCLDQIGEFQCICMPGYEGVHCEVNT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	URIDINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	404.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	351

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d5l0rb_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family family	g.3.11.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5l0rB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	70.580 Å
晶胞边长 b length_b	73.560 Å
晶胞边长 c length_c	83.280 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	43.448 Å
R 因子 r_factor	0.1500
R_work r_work	0.1489
R_free r_free	0.1707

fit	/app/data/saxs_computation/l0/5l0r/5l0r.fit
pddf	/app/data/pr_computation/l0/5l0r/5l0r.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/l0/5l0r/5l0r.dat

human POGLUT1 in complex with Notch1 EGF12 and UDP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein O-glucosyltransferase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Neurogenic locus notch homolog protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)