SAXSdb — 5l2x

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed primase/polymerase protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–353	未记录	;DNA (5'-D(PTPCPGPCP(5IU)PAPCPC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PGPGPTPAPGPCP(DDG))-3') ; × 1 DTP* 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；17-23% PEG 3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.255
2	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 1–353	未记录	;DNA (5'-D(PTPCPGPCP(5IU)PAPCPC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PGPGPTPAPGPCP(DDG))-3') ; × 1 DTP* 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；17-23% PEG 3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5L2X	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5N85 Structure of RPA70N in complex with PrimPol (fragment 514-525) 提交 2017-02-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 514–528（15 aa）片段：UNP Residues 514-528	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293.15 K；0.2 M Ammonium acetate 0.1 M Sodium acetate 4.5 20 % w/v PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.228
5N8A Structure of RPA70N in complex with PrimPol (fragment 480-560) 提交 2017-02-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 480–560（81 aa）片段：UNP residues 479-559	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293.15 K；0.2M imidazole malate, 30% w/v PEG 4000	分辨率 1.28 Å R-free 0.178
7JK1 Human PrimPol inserting correct dCTP opposite the 8-oxoguanine lesion 提交 2020-07-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–354（354 aa）	未记录	DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；225-250 mM CaCl2 16-19% PEG 3350	分辨率 2.62 Å R-free 0.286
7JK1 Human PrimPol inserting correct dCTP opposite the 8-oxoguanine lesion 提交 2020-07-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–354（354 aa）	未记录	DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；225-250 mM CaCl2 16-19% PEG 3350	分辨率 2.62 Å R-free 0.286
7JKL Human PrimPol misinserting dATP opposite the 8-oxoguanine lesion (3'-end base of the primer strand is 2',3'-dideoxy-terminated). 提交 2020-07-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–354（354 aa）	未记录	DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；225- 250 mM CaCl2, 16 -19% PEG 3350	分辨率 2.38 Å R-free 0.277
7JKL Human PrimPol misinserting dATP opposite the 8-oxoguanine lesion (3'-end base of the primer strand is 2',3'-dideoxy-terminated). 提交 2020-07-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–354（354 aa）	未记录	DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；225- 250 mM CaCl2, 16 -19% PEG 3350	分辨率 2.38 Å R-free 0.277
7JKP Human PrimPol misinserting dATP opposite the 8-oxoguanine lesion 提交 2020-07-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–354（354 aa）	未记录	DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；225- 250 mM CaCl2 16 -19% PEG 3350	分辨率 2.59 Å R-free 0.307
7JKP Human PrimPol misinserting dATP opposite the 8-oxoguanine lesion 提交 2020-07-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–354（354 aa）	未记录	DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；225- 250 mM CaCl2 16 -19% PEG 3350	分辨率 2.59 Å R-free 0.307
7JL8 Human PrimPol extending from the correct primer base C opposite the 8-oxoguanine lesion 提交 2020-07-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–354（354 aa）	未记录	DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；225-250 mM CaCl2, 16-19% PEG 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.213
7JL8 Human PrimPol extending from the correct primer base C opposite the 8-oxoguanine lesion 提交 2020-07-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–354（354 aa）	未记录	DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；225-250 mM CaCl2, 16-19% PEG 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.213
7JLG Human PrimPol extending from the erroneous primer base A opposite the 8-oxoguanine lesion 提交 2020-07-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–354（354 aa）	未记录	DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；225-250 mM CaCl2, 16-19% PEG 3350	分辨率 2.07 Å R-free 0.219
7JLG Human PrimPol extending from the erroneous primer base A opposite the 8-oxoguanine lesion 提交 2020-07-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–354（354 aa）	未记录	DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；225-250 mM CaCl2, 16-19% PEG 3350	分辨率 2.07 Å R-free 0.219

共 7 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRIPO_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–353； UniProt 1–353 作者链 B； PDB构建体 1–353； UniProt 1–353

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5l2x
沉积日期 deposition_date	2016-08-02
结构标题 title	Crystal structure of human PrimPol ternary complex
关键词 keywords	Protein-DNA complex, TRANSFERASE-DNA complex; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.31 Å
零角强度 I(0) i0	97082000.00
分子量 molecular_weight	70436.0 kDa
排除体积 excluded_volume	84933 Å³
包络体积 envelope_volume	113540 Å³
水化壳体积 shell_volume	33403 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.7 Å
壳层 Rg shell_rg	35.77 Å
包络 Rg envelope_rg	27.95 Å
形状 Rg shape_rg	28.26 Å
总 Rg total_rg	29.14 Å
总原子数 total_atoms	4903
残基数 n_residues	552
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.0 Å
Rg (实空间) rg_real	29.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.7080e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3530e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	97080000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9099
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.177
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.730
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12520000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.959; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.954

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed primase/polymerase protein
分子量 formula_weight	40909.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5001

MNRKWEAKLKQIEERASHYERKPLSSVYRPRLSKPEEPPSIWRLFHRQAQAFNFVKSCKEDVHVFALECKVGDGQRIYLVTTYAEFWFYYKSRKNLLHCYEVIPENAVCKLYFDLEFNKPANPGADGKKMVALLIEYVCKALQELYGVNCSAEDVLNLDSSTDEKFSRHLIFQLHDVAFKDNIHVGNFLRKILQPALDLLGSEDDDSAPETTGHGFPHFSEAPARQGFSFNKMFTEKATEESWTSNSKKLERLGSAEQSSPDLSFLVVKNNMGEKHLFVDLGVYTRNRNFRLYKSSKIGKRVALEVTEDNKFFPIQSKDVSDEYQYFLSSLVSNVRFSDTLRILTCEPSQNKQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PTPCPGPCP(5IU)PAPCPC)-3') ;
分子量 formula_weight	5149.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,G

CATCGCUACCACACCCC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPGPTPAPGPCP*(DDG))-3') ;
分子量 formula_weight	4087.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,H

GGGTGTGGTAGCG

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	491.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	98

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	50.723 Å
晶胞边长 b length_b	65.212 Å
晶胞边长 c length_c	72.463 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	67.89 °
晶胞夹角 β angle_beta	85.22 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	86.65 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	39.354 Å
R 因子 r_factor	0.2079
R_work r_work	0.2056
R_free r_free	0.2550

fit	/app/data/saxs_computation/l2/5l2x/5l2x.fit
pddf	/app/data/pr_computation/l2/5l2x/5l2x.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/l2/5l2x/5l2x.dat

Crystal structure of human PrimPol ternary complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed primase/polymerase protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)