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5lb5

Crystal structure of human RECQL5 helicase in complex with ADP/Mg (tricilinc form).

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 153.6 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent DNA helicase Q5

Homo sapiens

UniProt O94762

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 10–453 未记录 ZN ZINC ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M tris pH 7.5, 23% PEG3350, 0.1M sodium chloride 分辨率 2.00 Å R-free 0.282
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 10–453 未记录 ZN ZINC ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M tris pH 7.5, 23% PEG3350, 0.1M sodium chloride 分辨率 2.00 Å R-free 0.282
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 10–453 未记录 ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M tris pH 7.5, 23% PEG3350, 0.1M sodium chloride 分辨率 2.00 Å R-free 0.282
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 10–453 未记录 ZN ZINC ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M tris pH 7.5, 23% PEG3350, 0.1M sodium chloride 分辨率 2.00 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5LB5 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4BK0 Crystal structure of the KIX domain of human RECQL5 (domain-swapped dimer) 提交 2013-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 515–620（106 aa） 片段：KIX DOMAIN, RESIDUES 515-620
链 B 515–620（106 aa） 片段：KIX DOMAIN, RESIDUES 515-620
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.2；0.2 M NACL, 0.1 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE PH 6.2, 50% PEG 200
分辨率 1.90 Å R-free 0.234
5LB3 Crystal structure of human RECQL5 helicase in complex with ADP/Mg. 提交 2016-06-15 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 11–453（443 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；23% PEG6K, 0.15M lithium chloride, 2.5% ethylene glycol
分辨率 1.80 Å R-free 0.234
5LB3 Crystal structure of human RECQL5 helicase in complex with ADP/Mg. 提交 2016-06-15 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 11–453（443 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；23% PEG6K, 0.15M lithium chloride, 2.5% ethylene glycol
分辨率 1.80 Å R-free 0.234
5LB8 Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form. 提交 2016-06-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 11–526（516 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；17.5% Peg 3350, 0.2M Potassium Thiocyanate, 0.1M Hepes pH 7.0, 10% ethelene glycol
分辨率 3.40 Å R-free 0.322
5LB8 Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form. 提交 2016-06-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 11–526（516 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；17.5% Peg 3350, 0.2M Potassium Thiocyanate, 0.1M Hepes pH 7.0, 10% ethelene glycol
分辨率 3.40 Å R-free 0.322
5LBA Crystal structure of human RECQL5 helicase in complex with DSPL fragment(1-cyclohexyl-3-(oxolan-2-ylmethyl)urea, SGC - Diamond XChem I04-1 fragment screening. 提交 2016-06-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 11–453（443 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 6SV 1-cyclohexyl-3-[[(2~{R})-oxolan-2-yl]methyl]urea × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M tris pH 9.0 -- 29% PEG3350 -- 0.1M sodium chloride
分辨率 2.50 Å R-free 0.303
5LBA Crystal structure of human RECQL5 helicase in complex with DSPL fragment(1-cyclohexyl-3-(oxolan-2-ylmethyl)urea, SGC - Diamond XChem I04-1 fragment screening. 提交 2016-06-15 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 11–453（443 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M tris pH 9.0 -- 29% PEG3350 -- 0.1M sodium chloride
分辨率 2.50 Å R-free 0.303
5LBA Crystal structure of human RECQL5 helicase in complex with DSPL fragment(1-cyclohexyl-3-(oxolan-2-ylmethyl)urea, SGC - Diamond XChem I04-1 fragment screening. 提交 2016-06-15 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 11–453（443 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M tris pH 9.0 -- 29% PEG3350 -- 0.1M sodium chloride
分辨率 2.50 Å R-free 0.303
5LBA Crystal structure of human RECQL5 helicase in complex with DSPL fragment(1-cyclohexyl-3-(oxolan-2-ylmethyl)urea, SGC - Diamond XChem I04-1 fragment screening. 提交 2016-06-15 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 11–453（443 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M tris pH 9.0 -- 29% PEG3350 -- 0.1M sodium chloride
分辨率 2.50 Å R-free 0.303
7ZML Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G1-001 提交 2022-04-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 11–453（443 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；293 K；0.1M bis-tris pH 5.9 -- 0.1M lithium sulfate -- 30% PEG3350
分辨率 2.79 Å R-free 0.261
7ZML Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G1-001 提交 2022-04-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 11–453（443 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；293 K；0.1M bis-tris pH 5.9 -- 0.1M lithium sulfate -- 30% PEG3350
分辨率 2.79 Å R-free 0.261
7ZML Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G1-001 提交 2022-04-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 11–453（443 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；293 K；0.1M bis-tris pH 5.9 -- 0.1M lithium sulfate -- 30% PEG3350
分辨率 2.79 Å R-free 0.261
7ZML Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G1-001 提交 2022-04-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 11–453（443 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；293 K；0.1M bis-tris pH 5.9 -- 0.1M lithium sulfate -- 30% PEG3350
分辨率 2.79 Å R-free 0.261
7ZMM Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G2-001 提交 2022-04-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 11–453（443 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M sodium chloride -- 25% PEG3350 -- 0.1M bis-tris pH 6.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.281
7ZMM Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G2-001 提交 2022-04-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 11–453（443 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M sodium chloride -- 25% PEG3350 -- 0.1M bis-tris pH 6.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.281
7ZMM Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G2-001 提交 2022-04-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 11–453（443 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M sodium chloride -- 25% PEG3350 -- 0.1M bis-tris pH 6.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.281
7ZMM Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G2-001 提交 2022-04-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 11–453（443 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M sodium chloride -- 25% PEG3350 -- 0.1M bis-tris pH 6.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.281
7ZMN Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G3-048 提交 2022-04-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 11–453（443 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2M ammonium sulfate -- 0.1M HEPES pH 7.5
分辨率 3.20 Å R-free 0.275
7ZMN Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G3-048 提交 2022-04-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 11–453（443 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2M ammonium sulfate -- 0.1M HEPES pH 7.5
分辨率 3.20 Å R-free 0.275
7ZMO Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G3-052 提交 2022-04-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 11–453（443 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1M ammonium sulfate -- 0.5% PEG8000 -- 0.1M HEPES pH 7.0
分辨率 3.75 Å R-free 0.306
7ZMO Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G3-052 提交 2022-04-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 11–453（443 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1M ammonium sulfate -- 0.5% PEG8000 -- 0.1M HEPES pH 7.0
分辨率 3.75 Å R-free 0.306
7ZMP Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G3-055 提交 2022-04-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 11–453（443 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.4M sodium malonate
分辨率 3.63 Å R-free 0.359
7ZMP Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G3-055 提交 2022-04-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 11–453（443 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.4M sodium malonate
分辨率 3.63 Å R-free 0.359
7ZMQ Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G2*-006 提交 2022-04-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 11–453（443 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M lithium sulfate -- 25% PEG3350 -- 0.1M tris pH 8.5
分辨率 2.70 Å R-free 0.258
7ZMQ Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G2*-006 提交 2022-04-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 11–453（443 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M lithium sulfate -- 25% PEG3350 -- 0.1M tris pH 8.5
分辨率 2.70 Å R-free 0.258
7ZMR Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G2*-011 提交 2022-04-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 11–453（443 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2M lithium sulfate -- 25% PEG3350 -- 0.1M HEPES pH 7.5
分辨率 3.30 Å R-free 0.292
7ZMR Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G2*-011 提交 2022-04-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 11–453（443 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2M lithium sulfate -- 25% PEG3350 -- 0.1M HEPES pH 7.5
分辨率 3.30 Å R-free 0.292
7ZMS Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G4-043 提交 2022-04-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 12–453（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2M sodium chloride -- 25% PEG3350 -- 0.1M HEPES pH 7.5
分辨率 2.70 Å R-free 0.276
7ZMT Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G5-006 提交 2022-04-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 11–453（443 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M sodium formate -- 20% PEG3350
分辨率 2.30 Å R-free 0.291
7ZMT Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G5-006 提交 2022-04-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 11–453（443 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M sodium formate -- 20% PEG3350
分辨率 2.30 Å R-free 0.291
7ZMV Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G5-006 提交 2022-04-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 11–453（443 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2M ammonium sulfate -- 25% PEG3350 -- 0.1M HEPES pH 7.5
分辨率 2.00 Å R-free 0.275
7ZMV Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G5-006 提交 2022-04-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 11–453（443 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2M ammonium sulfate -- 25% PEG3350 -- 0.1M HEPES pH 7.5
分辨率 2.00 Å R-free 0.275
7ZMV Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G5-006 提交 2022-04-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 11–453（443 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2M ammonium sulfate -- 25% PEG3350 -- 0.1M HEPES pH 7.5
分辨率 2.00 Å R-free 0.275
7ZMV Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G5-006 提交 2022-04-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 11–453（443 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2M ammonium sulfate -- 25% PEG3350 -- 0.1M HEPES pH 7.5
分辨率 2.00 Å R-free 0.275
8QQ2 RNAPII elongation complex bound to RECQ5 提交 2023-10-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric
链 R 1–650（650 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.20 Å
8QW8 In condensate RNAPII elongation complex bound to RECQ5 提交 2023-10-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric
链 R 1–650（650 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.70 Å
8QW9 RNAPII elongation complex bound to RECQ5_R502E 提交 2023-10-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric
链 R 1–650（650 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.30 Å
8RL5 DNA helicase RECQL5 in complex with homo Di-Gluebody G5-006 提交 2024-01-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 12–453（442 aa）
链 B 12–453（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.79 Å
8RL6 DNA helicase RECQL5 in complex with homo Di-Gluebody G5-006 - RECQL5 local refinement 提交 2024-01-02 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 12–453（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å
8RL9 RECQL5:sfGFP hetero dimer assembled by Di-Gluebody 提交 2024-01-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 12–453（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.22 Å
8RLA RECQL5:sfGFP hetero dimer assembled by Di-Gluebody - RECQL5 local refinement 提交 2024-01-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 12–453（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.03 Å
9EI1 Cryo-EM structure of Human RNA polymerase II Elongation Complex bound to the RECQL5 helicase in the absence of nucleotide 提交 2024-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric
链 U 1–991（991 aa）
突变：D157A ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9EI2 Cryo-EM structure of Human RNA polymerase II Elongation Complex bound to an apo RECQL5 helicase (RECQL5 IRI Module focused-classified) 提交 2024-11-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 U 1–991（991 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9EI3 Cryo-EM structure of Human RNA polymerase II Elongation Complex bound to the RECQL5 helicase in the presence of AMPPNP 提交 2024-11-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric
链 U 1–991（991 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9EI4 Cryo-EM structure of Human RNA polymerase II Elongation Complex bound to the RECQL5 helicase in the presence of ADP 提交 2024-11-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric
链 U 1–991（991 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9HVO Structure of the transcribing Pol II-RECQL5 complex 提交 2024-12-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 O 1–991（991 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9HVQ Structure of the transcribing Pol II-DSIF-PAF-SPT6-RECQL5 complex 提交 2024-12-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：24-meric
链 O 1–991（991 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM KCl, 4 mM MgCl2, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.00 Å
9HWG Structure of the transcribing Pol II-TCR-RECQL5 complex 提交 2025-01-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：21-meric
链 O 1–991（991 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM KCl, 4 mM MgCl2, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å

共 28 个其他 PDB 条目、48 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RECQ5_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–445； UniProt 10–453 作者链 B； PDB构建体 2–445； UniProt 10–453 作者链 C； PDB构建体 2–445； UniProt 10–453 作者链 D； PDB构建体 2–445； UniProt 10–453

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5lb5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5lb5
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5lb5
沉积日期 deposition_date2016-06-15
结构标题 titleCrystal structure of human RECQL5 helicase in complex with ADP/Mg (tricilinc form).
关键词 keywordsHelicase, RecQ, Transcription, DNA repair, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier47.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron47.21 Å
零角强度 I(0) i0553839000.00
分子量 molecular_weight191040.0 kDa
排除体积 excluded_volume238090 ų
包络体积 envelope_volume363140 ų
水化壳体积 shell_volume65908 ų
包络直径 envelope_diameter158.5 Å
壳层 Rg shell_rg49.90 Å
包络 Rg envelope_rg45.48 Å
形状 Rg shape_rg47.22 Å
总 Rg total_rg47.31 Å
总原子数 total_atoms13383
残基数 n_residues1723
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax153.6 Å
Rg (实空间) rg_real47.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.26 Å
I(0) (实空间) i0_real5.5380e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.1450e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal47.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal554000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9033
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary60.5 Å
偏度 Skewness skewness0.099
峰度 Kurtosis kurtosis-0.643
角度范围 angular_range— – 0.1650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha24800000.0000
实空间数据点数 n_real_points34
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.938; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.927
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id5lb5A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id5lb5A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id5lb5B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id5lb5B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id5lb5C01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id5lb5C02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id5lb5D01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id5lb5D02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)