SAXSdb — 5lo8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rabphilin-3A

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 536–680	片段：C2B domain, UNP Residues 536-680	CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 4 SO4 SULFATE ION × 1 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；24% PEG3350 0.1M ammonium sulfate 50mM Tris pH 7.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.265
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 536–680	片段：C2B domain, UNP Residues 536-680	CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 3 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；24% PEG3350 0.1M ammonium sulfate 50mM Tris pH 7.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5LO8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ZBD STRUCTURAL BASIS OF RAB EFFECTOR SPECIFICITY: CRYSTAL STRUCTURE OF THE SMALL G PROTEIN RAB3A COMPLEXED WITH THE EFFECTOR DOMAIN OF RABPHILIN-3A 提交 1998-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 41–170（130 aa）片段：40-170, EFFECTOR DOMAIN	突变：C108S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.263
1ZBD STRUCTURAL BASIS OF RAB EFFECTOR SPECIFICITY: CRYSTAL STRUCTURE OF THE SMALL G PROTEIN RAB3A COMPLEXED WITH THE EFFECTOR DOMAIN OF RABPHILIN-3A 提交 1998-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 41–170（130 aa）片段：40-170, EFFECTOR DOMAIN	突变：C108S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.263
2CHD Crystal structure of the C2A domain of Rabphilin-3A 提交 2006-03-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 371–510（140 aa）片段：C2A DOMAIN, RESIDUES 371-510	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 25% PEG4000, 0.1M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M SODIUM ACETATE, PH=4.6	分辨率 1.92 Å R-free 0.269
2CM5 crystal structure of the C2B domain of rabphilin 提交 2006-05-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 519–684（166 aa）片段：C2B DOMAIN AND LINKER, RESIDUES 519-684	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1M HEPES PH 8.5,20 % PEG MME 2000 OR 20 % PEG 8000	分辨率 1.28 Å R-free 0.194
2CM6 crystal structure of the C2B domain of rabphilin3A 提交 2006-05-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 519–684（166 aa）片段：C2B DOMAIN AND LINKER, RESIDUES 519-684	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M HEPES PH 7.6, 25 % PEG 8000, 200 MM CA	分辨率 1.85 Å R-free 0.268
2CM6 crystal structure of the C2B domain of rabphilin3A 提交 2006-05-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 519–684（166 aa）片段：C2B DOMAIN AND LINKER, RESIDUES 519-684	未记录	CA CALCIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M HEPES PH 7.6, 25 % PEG 8000, 200 MM CA	分辨率 1.85 Å R-free 0.268
3RPB THE C2B-DOMAIN OF RABPHILIN: STRUCTURAL VARIATIONS IN A JANUS-FACED DOMAIN 提交 1999-04-19	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 541–680（140 aa）片段：C2B DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.1；304.5 K；离子强度（mmCIF原始值）150 mM NMR样品组成 95% WATER/5% D2O	分辨率未提供
4LT7 Crystal structure of the c2a domain of rabphilin-3a in complex with a calcium 提交 2013-07-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 378–510（133 aa）片段：C2 1 domain residues 378-510	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；10 mM CaCl2, 150mM NaCl, 25mM HEPES ph 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.289
4NP9 Structure of Rabphilin C2A domain bound to IP3 提交 2013-11-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 378–510（133 aa）片段：C2 domain, UNP RESIDUES 378-510	未记录	I3P D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；25-28% PEG 4K, 10-20mM Ammonium sulfate, 100mM HEPES pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.92 Å R-free 0.250
4NS0 The C2A domain of Rabphilin 3A in complex with PI(4,5)P2 提交 2013-11-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 378–510（133 aa）片段：C2 domain, UNP RESIDUES 378-510	未记录	PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25mM Hepes, 20mM Ammonuim Sulphate, 25% PEG 4K, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.226
5LOB Structure of the Ca2+-bound Rabphilin3A C2B- SNAP25 complex (C2 space group) 提交 2016-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 536–680（145 aa）链 B 536–680（145 aa）链 C 536–680（145 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 6 SO4 SULFATE ION × 10 GOL GLYCEROL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；30% PEG3350 0.35 M Ammonium sulfate 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 3.30 Å R-free 0.286
5LOW Structure of the Ca2+-bound Rabphilin 3A C2B domain SNAP25 complex (P21 space group) 提交 2016-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 536–680（145 aa）链 B 536–680（145 aa）链 C 536–680（145 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3 CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；20% PEG3350 0.35 M Ammonium sulfate 0.1 M Tris (pH 8.5) al's oil	分辨率 2.80 Å R-free 0.269
5LOW Structure of the Ca2+-bound Rabphilin 3A C2B domain SNAP25 complex (P21 space group) 提交 2016-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 H 536–680（145 aa）链 I 536–680（145 aa）链 J 536–680（145 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 4 CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；20% PEG3350 0.35 M Ammonium sulfate 0.1 M Tris (pH 8.5) al's oil	分辨率 2.80 Å R-free 0.269

共 10 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RP3A_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 18–162； UniProt 536–680 作者链 B； PDB构建体 18–162； UniProt 536–680

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5lo8
沉积日期 deposition_date	2016-08-08
结构标题 title	The C2B domain of Rabphilin 3A in complex with PI(4,5)P2
关键词 keywords	vesicle fusion, PIP2, C2 domain, protein transport; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.66 Å
零角强度 I(0) i0	21171800.00
分子量 molecular_weight	34927.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43767 Å³
包络体积 envelope_volume	53033 Å³
水化壳体积 shell_volume	21737 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.5 Å
壳层 Rg shell_rg	26.57 Å
包络 Rg envelope_rg	20.51 Å
形状 Rg shape_rg	20.64 Å
总 Rg total_rg	21.53 Å
总原子数 total_atoms	2436
残基数 n_residues	282
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	65.6 Å
Rg (实空间) rg_real	21.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1170e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6710e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21170000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9129
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.150
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.572
角度范围 angular_range	— – 0.3700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4354000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.958; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.991

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Rabphilin-3A
分子量 formula_weight	18579.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2465

HMASMTGGQQMGRGSDFGDIEERGKILVSLMYSTQQGGLIVGIIRCVHLAAMDANGYSDPFVKLWLKPDMGKKAKHKTQIKKKTLNPEFNEEFFYDIKHSDLAKKSLDISVWDYDIGKSNDYIGGCQLGISAKGERLKHWYECLKNKDKKIERWHQLQNENH

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	;[(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate ;
分子量 formula_weight	746.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	29

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d5lo8a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.7.1 — C2 domain (Calcium/lipid-binding domain, CaLB)
家族 Family family	b.7.1.2 — Synaptotagmin-like (S variant)

结构域编号 domain_id	d5lo8b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.7.1 — C2 domain (Calcium/lipid-binding domain, CaLB)
家族 Family family	b.7.1.2 — Synaptotagmin-like (S variant)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5lo8A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — C2 domain

结构域编号 domain_id	5lo8B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — C2 domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	92.520 Å
晶胞边长 b length_b	92.520 Å
晶胞边长 c length_c	40.020 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 4
空间群编号 int_tables_number	75
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	65.422 Å
R 因子 r_factor	0.2710
R_work r_work	0.2515
R_free r_free	0.2646

fit	/app/data/saxs_computation/lo/5lo8/5lo8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lo/5lo8/5lo8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lo/5lo8/5lo8.dat

The C2B domain of Rabphilin 3A in complex with PI(4,5)P2