SAXSdb — 5lpq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Queuine tRNA-ribosyltransferase

Zymomonas mobilis subsp. mobilis (strain ATCC 31821 / ZM4 / CP4)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	ZINC ION × 2 ;4-[2-[(3~{a}~{R},4~{R},6~{R},6~{a}~{R})-4-methoxy-2,2-dimethyl-3~{a},4,6,6~{a}-tetrahydrofuro[3,4-d][1,3]dioxol-6-yl]ethyl]-6-azanyl-2-(methylamino)-1,7-dihydroimidazo[4,5-g]quinazolin-8-one ; × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TGT_ZYMMO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–386； UniProt 1–386 作者链 B； PDB构建体 1–386； UniProt 1–386

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5lpq
沉积日期 deposition_date	2016-08-14
结构标题 title	tRNA guanine Transglycosylase (TGT) in co-crystallized complex (space group P21) with 6-amino-4-(2-((3aR,4R,6R,6aR)-6-methoxy-2,2-dimethyltetrahydrofuro[3,4-d][1,3]dioxol-4-yl)ethyl)-2-(methylamino)-1H-imidazo[4,5-g]quinazolin-8(7H)-one
关键词 keywords	Carbohydrate-based Inhibitors, homodimer, shigellosis, TRANSFERASE, TRANSFERASE INHIBITOR; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5lpq__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5lpq__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5lpq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.34 Å
Rg（电子密度）	28.41 Å
总 Rg	29.01 Å
原子数	5505
残基数	729
排除体积	96769 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5lpq__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Queuine tRNA-ribosyltransferase
分子量 formula_weight	42925.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.29
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5610

MVEATAQETDRPRFSFSIAAREGKARTGTIEMKRGVIRTPAFMPVGTAATVKALKPETVRATGADIILGNTYHLMLRPGAERIAKLGGLHSFMGWDRPILTDSGGYQVMSLSSLTKQSEEGVTFKSHLDGSRHMLSPERSIEIQHLLGSDIVMAFDECTPYPATPSRAASSMERSMRWAKRSRDAFDSRKEQAENAALFGIQQGSVFENLRQQSADALAEIGFDGYAVGGLAVGEGQDEMFRVLDFSVPMLPDDKPHYLMGVGKPDDIVGAVERGIDMFDCVLPTRSGRNGQAFTWDGPINIRNARFSEDLKPLDSECHCAVCQKWSRAYIHHLIRAGEILGAMLMTEHNIAFYQQLMQKIRDSISEGRFSQFAQDFRARYFARNS

来源 Source

来源生物 organism	Zymomonas mobilis subsp. mobilis (strain ATCC 31821 / ZM4 / CP4)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	264203
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;4-[2-[(3~{a}~{R},4~{R},6~{R},6~{a}~{R})-4-methoxy-2,2-dimethyl-3~{a},4,6,6~{a}-tetrahydrofuro[3,4-d][1,3]dioxol-6-yl]ethyl]-6-azanyl-2-(methylamino)-1,7-dihydroimidazo[4,5-g]quinazolin-8-one ;
分子量 formula_weight	430.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	105

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d5lpqa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.20 — tRNA-guanine transglycosylase
家族 Family family	c.1.20.1 — tRNA-guanine transglycosylase

结构域编号 domain_id	d5lpqb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.20 — tRNA-guanine transglycosylase
家族 Family family	c.1.20.1 — tRNA-guanine transglycosylase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5lpqA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	105 — Queuine tRNA-ribosyltransferase-like

结构域编号 domain_id	5lpqB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	105 — Queuine tRNA-ribosyltransferase-like

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晶胞边长 a length_a	68.900 Å
晶胞边长 b length_b	78.851 Å
晶胞边长 c length_c	84.943 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.72 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.520 Å
最低分辨率 resolution_low	43.670 Å
R 因子 r_factor	0.2289
R_work r_work	0.2271
R_free r_free	0.2624

tRNA guanine Transglycosylase (TGT) in co-crystallized complex (space group P21) with 6-amino-4-(2-((3aR,4R,6R,6aR)-6-methoxy-2,2-dimethyltetrahydrofuro[3,4-d][1,3]dioxol-4-yl)ethyl)-2-(methylamino)-1H-imidazo[4,5-g]quinazolin-8(7H)-one

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Queuine tRNA-ribosyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5lpq__assembly_1__model_1

5lpq__assembly_1__model_1 | I(q)

5lpq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

tRNA guanine Transglycosylase (TGT) in co-crystallized complex (space group P21) with 6-amino-4-(2-((3aR,4R,6R,6aR)-6-methoxy-2,2-dimethyltetrahydrofuro[3,4-d][1,3]dioxol-4-yl)ethyl)-2-(methylamino)-1H-imidazo[4,5-g]quinazolin-8(7H)-one

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Queuine tRNA-ribosyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5lpq__assembly_1__model_1

5lpq__assembly_1__model_1 | I(q)

5lpq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)