SAXSdb — 5lsi

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kinetochore-associated protein DSN1 homolog

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 68–200	片段：head2 domain, UNP residues 68-200	Kinetochore-associated protein NSL1 homolog × 1 （Q96IY1） SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；293 K；2M ammonium sulfate, 0.2M potassium sodium phosphate, 0.1M sodium citrate pH 5.6	分辨率 2.00 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5LSI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5LSJ CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN KINETOCHORE MIS12-CENP-C delta-HEAD2 COMPLEX 提交 2016-09-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 186–356（171 aa）片段：UNP residues 186-356	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；20% PEG3350, 0.2M potassium sodium tartrate	分辨率 3.25 Å R-free 0.297
5LSJ CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN KINETOCHORE MIS12-CENP-C delta-HEAD2 COMPLEX 提交 2016-09-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 186–356（171 aa）片段：UNP residues 186-356	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；20% PEG3350, 0.2M potassium sodium tartrate	分辨率 3.25 Å R-free 0.297
5LSK CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN KINETOCHORE MIS12-CENP-C COMPLEX 提交 2016-09-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 68–356（289 aa）片段：UNP residues 68-356	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；6-12% PEG6000	分辨率 3.50 Å R-free 0.298
8PPR Structure of the human outer kinetochore KMN network complex 提交 2023-07-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 D 1–356（356 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8Q5H Human KMN network (outer kinetochore) 提交 2023-08-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 D 1–356（356 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DSN1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 2–134； UniProt 68–200

Kinetochore-associated protein NSL1 homolog

Homo sapiens

UniProt Q96IY1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 29–99	片段：UNP residues 29-99	Kinetochore-associated protein DSN1 homolog × 1 （Q9H410） SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；293 K；2M ammonium sulfate, 0.2M potassium sodium phosphate, 0.1M sodium citrate pH 5.6	分辨率 2.00 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5LSI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4NF9 Structure of the Knl1/Nsl1 complex 提交 2013-10-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 256–281（26 aa）片段：Nsl1 C-terminal tail, UNP residues 256-281	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；16-20 % (v/v) PEG 3350, 220 mM sodium citrate and 100 mM MES (pH 6 or 6.5) and 100 mM Hepes (pH 7), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.265
4NF9 Structure of the Knl1/Nsl1 complex 提交 2013-10-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 256–281（26 aa）片段：Nsl1 C-terminal tail, UNP residues 256-281	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；16-20 % (v/v) PEG 3350, 220 mM sodium citrate and 100 mM MES (pH 6 or 6.5) and 100 mM Hepes (pH 7), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.265
5LSJ CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN KINETOCHORE MIS12-CENP-C delta-HEAD2 COMPLEX 提交 2016-09-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 N 92–206（115 aa）片段：UNP residues 92-206	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；20% PEG3350, 0.2M potassium sodium tartrate	分辨率 3.25 Å R-free 0.297
5LSJ CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN KINETOCHORE MIS12-CENP-C delta-HEAD2 COMPLEX 提交 2016-09-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 G 92–206（115 aa）片段：UNP residues 92-206	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；20% PEG3350, 0.2M potassium sodium tartrate	分辨率 3.25 Å R-free 0.297
5LSK CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN KINETOCHORE MIS12-CENP-C COMPLEX 提交 2016-09-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 N 1–206（206 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；6-12% PEG6000	分辨率 3.50 Å R-free 0.298
8PPR Structure of the human outer kinetochore KMN network complex 提交 2023-07-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 N 1–281（281 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8Q5H Human KMN network (outer kinetochore) 提交 2023-08-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 N 1–281（281 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NSL1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 6–76； UniProt 29–99

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5lsi
沉积日期 deposition_date	2016-09-02
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE KINETOCHORE MIS12 COMPLEX HEAD2 SUBDOMAIN CONTAINING DSN1 AND NSL1 FRAGMENTS
关键词 keywords	ALPHA-HELICAL, cell cycle; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.64 Å
零角强度 I(0) i0	6399180.00
分子量 molecular_weight	17598.0 kDa
排除体积 excluded_volume	21757 Å³
包络体积 envelope_volume	27460 Å³
水化壳体积 shell_volume	13967 Å³
包络直径 envelope_diameter	81.2 Å
壳层 Rg shell_rg	22.86 Å
包络 Rg envelope_rg	18.81 Å
形状 Rg shape_rg	17.61 Å
总 Rg total_rg	18.63 Å
总原子数 total_atoms	1235
残基数 n_residues	158
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	48.1 Å
Rg (实空间) rg_real	17.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.06 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.0540e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.7410e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6399000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6867
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	19.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.261
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.479
角度范围 angular_range	— – 0.4250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	3.1010
最高正则化参数 α highest_alpha	1036000.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.005; Oscil: 0.995; Stabil: 0.981; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Kinetochore-associated protein DSN1 homolog
分子量 formula_weight	15313.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D
原子数 atom_count	1288

MSHQERLQSKSLHLSPQEQSASYQDRRQSWRRASMKETNRRKSLHPIHQGITELSRSISVDLAESKRLGCLLLSSFQFSIQKLEPFLRDTKGFSLESFRAKASSLSEELKHFADGLETDGTLQKCFEDSNGKAS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Kinetochore-associated protein NSL1 homolog
分子量 formula_weight	8487.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

GPLGSSATPREDFRVRCTSKRAVTEMLQLCGRFVQKLGDALPEEIREPALRDAQWTFESAVQENISINGQAWQEAS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	53

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	59.640 Å
晶胞边长 b length_b	59.640 Å
晶胞边长 c length_c	82.340 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.002 Å
最低分辨率 resolution_low	43.754 Å
R 因子 r_factor	0.2173
R_work r_work	0.2158
R_free r_free	0.2458

fit	/app/data/saxs_computation/ls/5lsi/5lsi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ls/5lsi/5lsi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ls/5lsi/5lsi.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF THE KINETOCHORE MIS12 COMPLEX HEAD2 SUBDOMAIN CONTAINING DSN1 AND NSL1 FRAGMENTS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kinetochore-associated protein DSN1 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Kinetochore-associated protein NSL1 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)