SAXSdb — 5lvc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VP1

Aichi virus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 180	VP3 × 60 （O91464）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	VP3 × 1 （O91464）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	VP3 × 5 （O91464）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	VP3 × 6 （O91464）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	VP3 × 1 （O91464）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q91QP4_AIV
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 a； PDB构建体 1–253； UniProt 764–1016 作者链 b； PDB构建体 1–370； UniProt 171–540

VP3

物种未注明

UniProt O91464

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 180	VP1 × 60 （Q91QP4） VP0 × 60 （Q91QP4）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	VP1 × 1 （Q91QP4） VP0 × 1 （Q91QP4）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	VP1 × 5 （Q91QP4） VP0 × 5 （Q91QP4）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	VP1 × 6 （Q91QP4） VP0 × 6 （Q91QP4）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	VP1 × 1 （Q91QP4） VP0 × 1 （Q91QP4）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O91464_AIV
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 c； PDB构建体 1–223； UniProt 542–764

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5lvc
沉积日期 deposition_date	2016-09-13
结构标题 title	Aichi virus 1: empty particle
关键词 keywords	picornavirus, picornaviridae, Aichi virus 1, empty particle, kobuvirus, 50 genome, release, human, pathogen, virus, RNA; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5lvc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5lvc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5lvc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	135.00 Å
总 Rg	135.20 Å
原子数	327840
残基数	43020
排除体积	5825000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5lvc__assembly_1__model_1`	180-meric （180）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5lvc__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`5lvc__assembly_3__model_1`	pentadecameric （15）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`5lvc__assembly_4__model_1`	octadecameric （18）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`5lvc__assembly_5__model_1`	trimeric （3）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	VP1
分子量 formula_weight	27194.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a
原子数 atom_count	5464

TLTEDLDAPQDTGNIENGAADNSPQPRTTFDYTGNPLPPDTKLENFFSFYRLLPMGGSGAPSLSFPADEGTIIPLNPINWLKGADVSGIAAMLSCFTYIAADLRITLRFSNPNDNPATMLVAFAPPGATIPLKPTRQMLSNFYMAEVPVSAATSTMVSFSIPYTSPLSAIPTSYFGWEDWSGTNFGQLSSGSWGNLMLIPSLSVDSAIPFDFQLSCWVAFGNFKAWVPRPPPPLPPLPTPAANAERTVAVIKQ

来源 Source

来源生物 organism	Aichi virus
通用名 common_name	AiV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	72149
宿主生物 host_organism	Chlorocebus sabaeus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	VP0
分子量 formula_weight	38950.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b

GNSVTNIYGNGNNVTTDVGANGWAPTVSTGLGDGPVSASADSLPGRSGGASSEKTHTVSGSSNKVGSRFSKWWEPAAARASESATDSAIEGIDAAGKAASKAITRKLDRPAAPSSTANPQPSLIALNPSATQSGNASILTGSTAPSLLAYPTATPVPLPNPDEPSQPGPSGDRTWLLDTVTWSQEFTRGWNIAGSNGMQWTGLESLIFPVSTDTNWTSTSSPTAYPLPFSFVRAYPDSSWAAMYNTHSMWNCGWRVQVTVNGSQFHAGALILYMVPEATTHAIQTARDNAGFVFPYVILNLYESNTATIEVPYISPTPNTSSGLHAPWTFYLQVLSPLNPPPSLPTSLSCSIYVTPVDSSFHGLRYLAPQ

来源 Source

来源生物 organism	Aichi virus
通用名 common_name	AiV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	72149
宿主生物 host_organism	Chlorocebus sabaeus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	VP3
分子量 formula_weight	24082.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c

HWKTRAVPGAGTFGSAVAGQELPLCGVRAYYPPNAYIPAQVRDWLEFAHRPGLMATVPWTMADEPAERLGIFPVSPSAIAGTGAPISYVISLFSQWRGELAAHLLFTGSAQHYGRLVVCYTPAAPQPPSTMQEAMRGTYTVWDVNAASTLEFTIPFISNSYWKTVDVNNPDALLSTTGYVSIWVQNPLVGPHTAPASALVQAFISAGESFNVRLMQNPALTSQ

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	11606

Aichi virus 1: empty particle

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

VP3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5lvc__assembly_1__model_1

5lvc__assembly_1__model_1 | I(q)

5lvc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

Aichi virus 1: empty particle

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

VP3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5lvc__assembly_1__model_1

5lvc__assembly_1__model_1 | I(q)

5lvc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)