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5lx2

Lt 14-3-3 in complex with PI4KIIIB peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 66.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

KLTH0G14146p

Lachancea thermotolerans (strain ATCC 56472 / CBS 6340 / NRRL Y-8284)

UniProt C5DN49

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–253 未记录 Phosphatidylinositol 4-kinase beta × 2 （A0A0B4J1S8） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；MES, PEG 8000, ethylene glycol 分辨率 2.58 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5LX2 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5LVZ Crystal structure of yeast 14-3-3 protein from Lachancea thermotolerans 提交 2016-09-14 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–253（253 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；13% PEG 3350, 190 mM CaCl2, 3% glycerol
分辨率 1.95 Å R-free 0.223

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C5DN49_LACTC
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–253； UniProt 1–253

Phosphatidylinositol 4-kinase beta

物种未注明

UniProt A0A0B4J1S8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 304–309 片段：UNP residues 304-309 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） KLTH0G14146p × 2 （C5DN49） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；MES, PEG 8000, ethylene glycol 分辨率 2.58 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5LX2 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2N73 Solution structure of the ACBD3:PI4KB complex 提交 2015-09-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 5–80（76 aa） 片段：UNP residues 5-80
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient
NMR样品组成 0.47 mM [U-13C; U-15N] protein_1, 0.47 mM [U-13C; U-15N] protein_2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
8Q6F HUMAN PI4KIIIB IN COMPLEX WITH COVALENTLY BOUND INHIBITOR (COMPOUND 4) 提交 2023-08-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 531–828（298 aa）
突变：R409Q,R412Q KHR 3-(3-fluorosulfonyloxy-4-methoxy-phenyl)-2,5-dimethyl-7-(pyridin-4-ylmethylamino)pyrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Sodium Formate
分辨率 1.51 Å R-free 0.224
8Q6G HUMAN PI4KIIIB IN COMPLEX WITH COVALENTLY BOUND INHIBITOR (COMPOUND 8) 提交 2023-08-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 531–828（298 aa）
突变：R409Q,R412Q KIH 3-(3,4-dimethoxyphenyl)-7-[(4-fluorosulfonyloxyphenyl)methylamino]-2,5-dimethyl-pyrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Sodium Formate
分辨率 1.54 Å R-free 0.221
8Q6H HUMAN PI4KIIIB IN COMPLEX WITH COVALENTLY BOUND INHIBITOR (COMPOUND 11) 提交 2023-08-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 531–828（298 aa）
突变：R409Q,R412Q MG MAGNESIUM ION × 1 KI7 3-(3-fluorosulfonyloxy-4-methoxy-phenyl)-7-[(4-fluorosulfonyloxyphenyl)methylamino]-2,5-dimethyl-pyrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Sodium Formate
分辨率 1.94 Å R-free 0.237

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A0B4J1S8_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–6； UniProt 304–309

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5lx2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5lx2
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5lx2
沉积日期 deposition_date2016-09-19
结构标题 titleLt 14-3-3 in complex with PI4KIIIB peptide
关键词 keywordsphosphoserin, kinase, regulation, transferase; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.90 Å
零角强度 I(0) i013649300.00
分子量 molecular_weight26998.0 kDa
排除体积 excluded_volume33539 ų
包络体积 envelope_volume39216 ų
水化壳体积 shell_volume17761 ų
包络直径 envelope_diameter67.9 Å
壳层 Rg shell_rg24.92 Å
包络 Rg envelope_rg19.30 Å
形状 Rg shape_rg18.90 Å
总 Rg total_rg19.80 Å
总原子数 total_atoms1897
残基数 n_residues240
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax66.8 Å
Rg (实空间) rg_real19.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real1.3650e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5870e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal13650000.0000
解质量估计 total_estimate0.8059
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.5 Å
偏度 Skewness skewness0.315
峰度 Kurtosis kurtosis-0.216
角度范围 angular_range— – 0.4000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2430000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.831; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id5lx2A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — 14-3-3 domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)