SAXSdb — 5lxf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Macrophage colony-stimulating factor 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 33–190 链 B； UniProt 33–190	突变：C31S	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；293 K；0.03M Bis-Tris pH 6.5; 0.17M Mg Formate; 16.67% PEG 3350; 0.07M Bis-Tris pH 5.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5LXF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1HMC THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF DIMERIC HUMAN RECOMBINANT MACROPHAGE COLONY STIMULATING FACTOR 提交 1993-12-22	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–181（146 aa）链 B 36–181（146 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
3UEZ Crystal structure of the human Colony-Stimulating Factor 1 (hCSF-1) cytokine in complex with the viral receptor BARF1 提交 2011-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 E 33–181（149 aa）片段：UNP RESIDUES 33-181 链 F 33–181（149 aa）片段：UNP RESIDUES 33-181	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1M Tris HCl, 1.0M ammonium sulphate, pH 8.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.41 Å R-free 0.274
3UEZ Crystal structure of the human Colony-Stimulating Factor 1 (hCSF-1) cytokine in complex with the viral receptor BARF1 提交 2011-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 G 33–181（149 aa）片段：UNP RESIDUES 33-181 链 H 33–181（149 aa）片段：UNP RESIDUES 33-181	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1M Tris HCl, 1.0M ammonium sulphate, pH 8.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.41 Å R-free 0.274
3UF2 Crystal structure of the human Colony-Stimulating Factor 1 (hCSF-1) cytokine 提交 2011-10-31	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 33–181（149 aa）片段：UNP RESIDUES 33-181 链 B 33–181（149 aa）片段：UNP RESIDUES 33-181	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；0.1M magnesium chloride, 0.1M sodium citrate pH 5.0, 15% w/v PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.75 Å R-free 0.190
3UF2 Crystal structure of the human Colony-Stimulating Factor 1 (hCSF-1) cytokine 提交 2011-10-31	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 33–181（149 aa）片段：UNP RESIDUES 33-181 链 D 33–181（149 aa）片段：UNP RESIDUES 33-181	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；0.1M magnesium chloride, 0.1M sodium citrate pH 5.0, 15% w/v PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.75 Å R-free 0.190
3UF2 Crystal structure of the human Colony-Stimulating Factor 1 (hCSF-1) cytokine 提交 2011-10-31	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 33–181（149 aa）片段：UNP RESIDUES 33-181 链 F 33–181（149 aa）片段：UNP RESIDUES 33-181	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；0.1M magnesium chloride, 0.1M sodium citrate pH 5.0, 15% w/v PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.75 Å R-free 0.190
3UF2 Crystal structure of the human Colony-Stimulating Factor 1 (hCSF-1) cytokine 提交 2011-10-31	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 33–181（149 aa）片段：UNP RESIDUES 33-181 链 H 33–181（149 aa）片段：UNP RESIDUES 33-181	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；0.1M magnesium chloride, 0.1M sodium citrate pH 5.0, 15% w/v PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.75 Å R-free 0.190
3UF2 Crystal structure of the human Colony-Stimulating Factor 1 (hCSF-1) cytokine 提交 2011-10-31	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 33–181（149 aa）片段：UNP RESIDUES 33-181 链 J 33–181（149 aa）片段：UNP RESIDUES 33-181	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；0.1M magnesium chloride, 0.1M sodium citrate pH 5.0, 15% w/v PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.75 Å R-free 0.190
4ADF CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN COLONY-STIMULATING FACTOR 1 (hCSF-1) CYTOKINE IN COMPLEX WITH THE VIRAL RECEPTOR BARF1 提交 2011-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 G 33–181（149 aa）片段：UNP RESIDUES 33-181 链 H 33–181（149 aa）片段：UNP RESIDUES 33-181 链 I 33–181（149 aa）片段：UNP RESIDUES 33-181 链 J 33–181（149 aa）片段：UNP RESIDUES 33-181 链 K 33–181（149 aa）片段：UNP RESIDUES 33-181 链 L 33–181（149 aa）片段：UNP RESIDUES 33-181	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS HCL, PH 8.50, 1.0 M AMMONIUM PHOSPHATE MONOBASIC	分辨率 4.40 Å R-free 0.276
4ADF CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN COLONY-STIMULATING FACTOR 1 (hCSF-1) CYTOKINE IN COMPLEX WITH THE VIRAL RECEPTOR BARF1 提交 2011-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 S 33–181（149 aa）片段：UNP RESIDUES 33-181 链 T 33–181（149 aa）片段：UNP RESIDUES 33-181 链 U 33–181（149 aa）片段：UNP RESIDUES 33-181 链 V 33–181（149 aa）片段：UNP RESIDUES 33-181 链 W 33–181（149 aa）片段：UNP RESIDUES 33-181 链 X 33–181（149 aa）片段：UNP RESIDUES 33-181	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS HCL, PH 8.50, 1.0 M AMMONIUM PHOSPHATE MONOBASIC	分辨率 4.40 Å R-free 0.276
4FA8 Multi-pronged modulation of cytokine signaling 提交 2012-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 E 36–180（145 aa）片段：UNP residues 36-180 链 F 36–180（145 aa）片段：UNP residues 36-180 链 G 36–180（145 aa）片段：UNP residues 36-180	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；8% PEG8000, 0.1M imidazole pH8.0, 0.22M calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.260
4FA8 Multi-pronged modulation of cytokine signaling 提交 2012-05-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 36–180（145 aa）片段：UNP residues 36-180	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；8% PEG8000, 0.1M imidazole pH8.0, 0.22M calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.260
4FA8 Multi-pronged modulation of cytokine signaling 提交 2012-05-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 36–180（145 aa）片段：UNP residues 36-180 链 G 36–180（145 aa）片段：UNP residues 36-180	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；8% PEG8000, 0.1M imidazole pH8.0, 0.22M calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.260
4WRL Structure of the human CSF-1:CSF-1R complex 提交 2014-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 33–181（149 aa）片段：UNP residues 33-181 链 D 33–181（149 aa）片段：UNP residues 33-181	未记录	SIA N-acetyl-alpha-neuraminic acid × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.2 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M Tris pH 8.5 and 28% w/v PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.261
4WRM Structure of the human CSF-1:CSF-1R complex 提交 2014-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 33–181（149 aa）片段：UNP RESIDUES 33-181	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8.0 and 8% w/v PEG 20000	分辨率 6.85 Å R-free 0.359

共 7 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CSF1_HUMAN
Isoform	P09603-3
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 13–170； UniProt 33–190 作者链 B； PDB构建体 13–170； UniProt 33–190

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5lxf
沉积日期 deposition_date	2016-09-21
结构标题 title	Crystal structure of the human Macrophage Colony Stimulating Factor M- CSF_C31S variant
关键词 keywords	Drug design, rational protein engineering, receptor tyrosine kinase, osteoporosis, signaling protein; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.90 Å
零角强度 I(0) i0	21311300.00
分子量 molecular_weight	34375.0 kDa
排除体积 excluded_volume	42726 Å³
包络体积 envelope_volume	52175 Å³
水化壳体积 shell_volume	19328 Å³
包络直径 envelope_diameter	86.7 Å
壳层 Rg shell_rg	29.73 Å
包络 Rg envelope_rg	25.12 Å
形状 Rg shape_rg	24.91 Å
总 Rg total_rg	25.50 Å
总原子数 total_atoms	2407
残基数 n_residues	295
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.0 Å
Rg (实空间) rg_real	25.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1310e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1860e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21310000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8363
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	23.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.555
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.427
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2883000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.745; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.718; Smooth: 0.913

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d5lxfa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamily	a.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family family	a.26.1.2 — Short-chain cytokines

结构域编号 domain_id	d5lxfb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamily	a.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family family	a.26.1.2 — Short-chain cytokines

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5lxfA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	5lxfB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	33.271 Å
晶胞边长 b length_b	65.471 Å
晶胞边长 c length_c	158.632 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	39.660 Å
R 因子 r_factor	0.1917
R_work r_work	0.1885
R_free r_free	0.2531

描述 description	Macrophage colony-stimulating factor 1
分子量 formula_weight	21354.7 kDa
突变 mutation	C31S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2700

Crystal structure of the human Macrophage Colony Stimulating Factor M- CSF_C31S variant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Macrophage colony-stimulating factor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Komagataella phaffii GS115

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	261

fit	/app/data/saxs_computation/lx/5lxf/5lxf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lx/5lxf/5lxf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lx/5lxf/5lxf.dat