SAXSdb — 5m02

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） Protein Trav14-1,T-cell receptor alpha chain C region × 1 （A0A0G2JF94,P01849） T-cell receptor beta chain V region C5,T-cell receptor beta-2 chain C region × 1 （P01851,P04213） LCMV-DERIVED GP33 ALTERED PEPTIDE LIGAND PF × 1 GLYCEROL × 3 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HA11_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–276； UniProt 25–300

Beta-2-microglobulin

Mus musculus

UniProt P01887

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain × 1 （P01899） Protein Trav14-1,T-cell receptor alpha chain C region × 1 （A0A0G2JF94,P01849） T-cell receptor beta chain V region C5,T-cell receptor beta-2 chain C region × 1 （P01851,P04213） LCMV-DERIVED GP33 ALTERED PEPTIDE LIGAND PF × 1 GLYCEROL × 3 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2MG_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 21–119； UniProt 21–119

Protein Trav14-1,T-cell receptor alpha chain C region

Mus musculus

UniProt A0A0G2JF94

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain × 1 （P01899） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） T-cell receptor beta chain V region C5,T-cell receptor beta-2 chain C region × 1 （P01851,P04213） LCMV-DERIVED GP33 ALTERED PEPTIDE LIGAND PF × 1 GLYCEROL × 3 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0G2JF94_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–99； UniProt 22–120

Protein Trav14-1,T-cell receptor alpha chain C region

Mus musculus

UniProt P01849

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain × 1 （P01899） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） T-cell receptor beta chain V region C5,T-cell receptor beta-2 chain C region × 1 （P01851,P04213） LCMV-DERIVED GP33 ALTERED PEPTIDE LIGAND PF × 1 GLYCEROL × 3 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TCA_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 120–205； UniProt 3–88

T-cell receptor beta chain V region C5,T-cell receptor beta-2 chain C region

Mus musculus

UniProt P01851

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain × 1 （P01899） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） Protein Trav14-1,T-cell receptor alpha chain C region × 1 （A0A0G2JF94,P01849） LCMV-DERIVED GP33 ALTERED PEPTIDE LIGAND PF × 1 GLYCEROL × 3 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TCB2_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 112–238； UniProt 1–127

T-cell receptor beta chain V region C5,T-cell receptor beta-2 chain C region

Mus musculus

UniProt P04213

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain × 1 （P01899） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） Protein Trav14-1,T-cell receptor alpha chain C region × 1 （A0A0G2JF94,P01849） LCMV-DERIVED GP33 ALTERED PEPTIDE LIGAND PF × 1 GLYCEROL × 3 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TVB5_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–92； UniProt 11–102

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5m02
沉积日期 deposition_date	2016-10-03
结构标题 title	Crystal structure of murine P14 TCR / H-2Db with PF, modified gp33 peptide from LCMV
关键词 keywords	MHC class I, TCR, H-2Db, gp33, LCMV, immune system; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5m02__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5m02__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5m02__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.29 Å
Rg（电子密度）	37.80 Å
总 Rg	38.02 Å
原子数	6521
残基数	809
排除体积	114850 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5m02__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
分子量 formula_weight	32087.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6998

GPHSMRYFETAVSRPGLEEPRYISVGYVDNKEFVRFDSDAENPRYEPRAPWMEQEGPEYWERETQKAKGQEQWFRVSLRNLLGYYNQSAGGSHTLQQMSGCDLGSDWRLLRGYLQFAYEGRDYIALNEDLKTWTAADMAAQITRRKWEQSGAAEHYKAYLEGECVEWLHRYLKNGNATLLRTDSPKAHVTHHPRSKGEVTLRCWALGFYPADITLTWQLNGEELTQDMELVETRPAGDGTFQKWASVVVPLGKEQNYTCRVYHEGLPEPLTLRWEP

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	House Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	13795.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MARSVTLVFLVLVSLTGLMGIQKTPQIQVYSRHPPENGKPNILNCYVTQFHPPHIEIQMLKNGKKIPKVEMSDMSFSKDWSFYILAHTEFTPTETDTYACRVKHDSMAEPKTVYWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	House Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protein Trav14-1,T-cell receptor alpha chain C region
分子量 formula_weight	23072.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

QQKEKHDQQQVRQSPQSLTVWEGGTTVLTCSYEDSTFNYFPWYQQFPGEGPALLISILSVSDKKEDGRFTTFFNKREKKLSLHIIDSQPGDSATYFCAALYGNEKITFGAGTKLTIKPNIQNPEPAVYQLKDPRSQDSTLCLFTDFDSQINVPKTMESGTFITDKCVLDMKAMDSKSNGAIAWSNQTSFTCQDIFKETNATYPSS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	House Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	T-cell receptor beta chain V region C5,T-cell receptor beta-2 chain C region
分子量 formula_weight	26647.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

AVTQSPRSKVAVTGGKVTLSCHQTNNHDYMYWYRQDTGHGLRLIHYSYVADSTEKGDIPDGYKASRPSQENFSLILELASLSQTAVYFCASSDAGGRNTLYFGAGTRLSVLEDLRNVTPPKVSLFEPSKAEIANKQKATLVCLARGFFPDHVELSWWVNGKEVHSGVCTDPQAYKESNYSYSLSSRLRVSATFWHNPRNHFRCQVQFHGLSEEDKWPEGSPKPVTQNISAEAWGRADC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	House Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	LCMV-DERIVED GP33 ALTERED PEPTIDE LIGAND PF
分子量 formula_weight	1027.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

KAPFNFATM

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	392

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	5m02A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	5m02A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5m02B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5m02G01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5m02H01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5m02H02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	255.110 Å
晶胞边长 b length_b	46.500 Å
晶胞边长 c length_c	89.020 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.60 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	127.140 Å
R 因子 r_factor	0.1893
R_work r_work	0.1879
R_free r_free	0.2139

Crystal structure of murine P14 TCR / H-2Db with PF, modified gp33 peptide from LCMV

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beta-2-microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein Trav14-1,T-cell receptor alpha chain C region

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein Trav14-1,T-cell receptor alpha chain C region

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

T-cell receptor beta chain V region C5,T-cell receptor beta-2 chain C region

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

T-cell receptor beta chain V region C5,T-cell receptor beta-2 chain C region

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5m02__assembly_1__model_1

5m02__assembly_1__model_1 | I(q)

5m02__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)