5m5m

Pseudo-atomic model of microtubule-bound S.pombe kinesin-5 motor domain in the AMPPNP state (based on cryo-electron microscopy experiment): the N-terminus adopts multiple conformations.

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin alpha-1D chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Tubulin beta-2B chain × 1 （Q6B856） Kinesin-like protein cut7 × 1 （P24339） MAGNESIUM ION × 2 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 TAXOL × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TBA1D_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–452； UniProt 1–452

Tubulin beta-2B chain

物种未注明

UniProt Q6B856

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Tubulin alpha-1D chain × 1 （Q2HJ86） Kinesin-like protein cut7 × 1 （P24339） MAGNESIUM ION × 2 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 TAXOL × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TBB2B_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–445； UniProt 1–445

Kinesin-like protein cut7

Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)

UniProt P24339

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Tubulin alpha-1D chain × 1 （Q2HJ86） Tubulin beta-2B chain × 1 （Q6B856） MAGNESIUM ION × 2 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 TAXOL × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CUT7_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–369； UniProt 64–432

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5m5m
沉积日期 deposition_date	2016-10-21
结构标题 title	Pseudo-atomic model of microtubule-bound S.pombe kinesin-5 motor domain in the AMPPNP state (based on cryo-electron microscopy experiment): the N-terminus adopts multiple conformations.
关键词 keywords	microtubule-bound S.pombe kinesin-5, motor domain, AMPPNP bound state, MODELLER 9.10 2013-08 complex, motor protein; MOTOR PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5m5m__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5m5m__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5m5m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.62 Å
Rg（电子密度）	34.22 Å
总 Rg	34.46 Å
原子数	155
残基数	0
排除体积	165730 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5m5m__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tubulin alpha-1D chain
分子量 formula_weight	50236.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1362

MRECISIHVGQAGVQIGNACWELYCLEHGIQPDGQMPSDKTIGGGDDSFNTFFSETGAGKHVPRAVFVDLEPTVIDEVRTGTYRQLFHPEQLITGKEDAANNYARGHYTIGKEIIDLVLDRIRKLADQCTGLQGFSVFHSFGGGTGSGFTSLLMERLSVDYGKKSKLEFSIYPAPQVSTAVVEPYNSILTTHTTLEHSDCAFMVDNEAIYDICRRNLDIERPTYTNLNRLIGQIVSSITASLRFDGALNVDLTEFQTNLVPYPRGHFPLATYAPVISAEKAYHEQLSVAEITNACFEPANQMVKCDPRHGKYMACCLLYRGDVVPKDVNAAIATIKTKRTIQFVDWCPTGFKVGINYEPPTVVPGGDLAKVQRAVCMLSNTTAIAEAWARLDHKFDLMYAKRAFVHWYVGEGMEEGEFSEAREDMAALEKDYEEVGVDSVEGEGEEEEGEEY

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Tubulin beta-2B chain
分子量 formula_weight	49907.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MREIVHIQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGSYHGDSDLQLERINVYYNEAAGNKYVPRAILVDLEPGTMDSVRSGPFGQIFRPDNFVFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVLDVVRKESESCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRIMNTFSVVPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENTDETYCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGVTTCLRFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMFDAKNMMAACDPRHGRYLTVAAVFRGRMSMKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVKTAVCDIPPRGLKMSATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATADEQGEFEEEEGEDEA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Kinesin-like protein cut7
分子量 formula_weight	40737.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

ALHDENETNINVVVRVRGRTDQEVRDNSSLAVSTSGAMGAELAIQSDPSSMLVTKTYAFDKVFGPEADQLMLFENSVAPMLEQVLNGYNCTIFAYGQTGTGKTYTMSGDLSDSDGILSEGAGLIPRALYQLFSSLDNSNQEYAVKCSYYELYNEEIRDLLVSEELRKPARVFEDTSRRGNVVITGIEESYIKNAGDGLRLLREGSHRRQVAATKCNDLSSRSHSIFTITLHRKVSSGMTDETNSLTINNNSDDLLRASKLHMVDLAGSENIGRSGAENKRARETGMINQSLLTLGRVINALVEKAHHIPYRESKLTRLLQDSLGGKTKTSMIVTVSSTNTNLEETISTLEYAARAKSIRNKPQNNQLVF

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
通用名 common_name	Fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284812
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	TAXOL
分子量 formula_weight	853.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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分辨率 resolution	9.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	144300

Pseudo-atomic model of microtubule-bound S.pombe kinesin-5 motor domain in the AMPPNP state (based on cryo-electron microscopy experiment): the N-terminus adopts multiple conformations.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin alpha-1D chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Tubulin beta-2B chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Kinesin-like protein cut7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5m5m__assembly_1__model_1

5m5m__assembly_1__model_1 | I(q)

5m5m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Pseudo-atomic model of microtubule-bound S.pombe kinesin-5 motor domain in the AMPPNP state (based on cryo-electron microscopy experiment): the N-terminus adopts multiple conformations.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin alpha-1D chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Tubulin beta-2B chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Kinesin-like protein cut7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5m5m__assembly_1__model_1

5m5m__assembly_1__model_1 | I(q)

5m5m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)