5m7j

Blastochloris viridis photosynthetic reaction center structure using best crystal approach

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Reaction center protein L chain × 1 （P06009） Reaction center protein M chain × 1 （P06010） Reaction center protein H chain × 1 （P06008） HEME C × 4 DIACYL GLYCEROL × 1 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 4 BACTERIOPHEOPHYTIN B × 2 [(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate × 3 FE (II) ION × 1 MENAQUINONE-7 × 1 15-cis-1,2-dihydroneurosporene × 1 (2E,6E,10E,14E,18E,22E,26E)-3,7,11,15,19,23,27,31-OCTAMETHYLDOTRIACONTA-2,6,10,14,18,22,26,30-OCTAENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 1 PHOSPHATE ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYCR_BLAVI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–356； UniProt 1–356

Reaction center protein L chain

物种未注明

UniProt P06009

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit × 1 （P07173） Reaction center protein M chain × 1 （P06010） Reaction center protein H chain × 1 （P06008） HEME C × 4 DIACYL GLYCEROL × 1 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 4 BACTERIOPHEOPHYTIN B × 2 [(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate × 3 FE (II) ION × 1 MENAQUINONE-7 × 1 15-cis-1,2-dihydroneurosporene × 1 (2E,6E,10E,14E,18E,22E,26E)-3,7,11,15,19,23,27,31-OCTAMETHYLDOTRIACONTA-2,6,10,14,18,22,26,30-OCTAENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 1 PHOSPHATE ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RCEL_BLAVI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–274； UniProt 1–274

Reaction center protein M chain

物种未注明

UniProt P06010

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit × 1 （P07173） Reaction center protein L chain × 1 （P06009） Reaction center protein H chain × 1 （P06008） HEME C × 4 DIACYL GLYCEROL × 1 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 4 BACTERIOPHEOPHYTIN B × 2 [(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate × 3 FE (II) ION × 1 MENAQUINONE-7 × 1 15-cis-1,2-dihydroneurosporene × 1 (2E,6E,10E,14E,18E,22E,26E)-3,7,11,15,19,23,27,31-OCTAMETHYLDOTRIACONTA-2,6,10,14,18,22,26,30-OCTAENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 1 PHOSPHATE ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RCEM_BLAVI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–324； UniProt 1–324

Reaction center protein H chain

物种未注明

UniProt P06008

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit × 1 （P07173） Reaction center protein L chain × 1 （P06009） Reaction center protein M chain × 1 （P06010） HEME C × 4 DIACYL GLYCEROL × 1 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 4 BACTERIOPHEOPHYTIN B × 2 [(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate × 3 FE (II) ION × 1 MENAQUINONE-7 × 1 15-cis-1,2-dihydroneurosporene × 1 (2E,6E,10E,14E,18E,22E,26E)-3,7,11,15,19,23,27,31-OCTAMETHYLDOTRIACONTA-2,6,10,14,18,22,26,30-OCTAENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 1 PHOSPHATE ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RCEH_BLAVI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 2–258； UniProt 2–258

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5m7j
沉积日期 deposition_date	2016-10-28
结构标题 title	Blastochloris viridis photosynthetic reaction center structure using best crystal approach
关键词 keywords	Photosynthetic, Reaction Center, photosynthesis; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5m7j__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5m7j__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5m7j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.78 Å
Rg（电子密度）	35.68 Å
总 Rg	36.25 Å
原子数	9881
残基数	1170
排除体积	179080 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5m7j__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
分子量 formula_weight	39419.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9890

MKQLIVNSVATVALASLVAGCFEPPPATTTQTGFRGLSMGEVLHPATVKAKKERDAQYPPALAAVKAEGPPVSQVYKNVKVLGNLTEAEFLRTMTAITEWVSPQEGCTYCHDENNLASEAKYPYVVARRMLEMTRAINTNWTQHVAQTGVTCYTCHRGTPLPPYVRYLEPTLPLNNRETPTHVERVETRSGYVVRLAKYTAYSALNYDPFTMFLANDKRQVRVVPQTALPLVGVSRGKERRPLSDAYATFALMMSISDSLGTNCTFCHNAQTFESWGKKSTPQRAIAWWGIRMVRDLNMNYLAPLNASLPASRLGRQGEAPQADCRTCHQGVTKPLFGASRLKDYPELGPIKAAAK

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Reaction center protein L chain
分子量 formula_weight	30600.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MALLSFERKYRVRGGTLIGGDLFDFWVGPYFVGFFGVSAIFFIFLGVSLIGYAASQGPTWDPFAISINPPDLKYGLGAAPLLEGGFWQAITVCALGAFISWMLREVEISRKLGIGWHVPLAFCVPIFMFCVLQVFRPLLLGSWGHAFPYGILSHLDWVNNFGYQYLNWHYNPGHMSSVSFLFVNAMALGLHGGLILSVANPGDGDKVKTAEHENQYFRDVVGYSIGALSIHRLGLFLASNIFLTGAFGTIASGPFWTRGWPEWWGWWLDIPFWS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Reaction center protein M chain
分子量 formula_weight	36063.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MADYQTIYTQIQARGPHITVSGEWGDNDRVGKPFYSYWLGKIGDAQIGPIYLGASGIAAFAFGSTAILIILFNMAAEVHFDPLQFFRQFFWLGLYPPKAQYGMGIPPLHDGGWWLMAGLFMTLSLGSWWIRVYSRARALGLGTHIAWNFAAAIFFVLCIGCIHPTLVGSWSEGVPFGIWPHIDWLTAFSIRYGNFYYCPWHGFSIGFAYGCGLLFAAHGATILAVARFGGDREIEQITDRGTAVERAALFWRWTIGFNATIESVHRWGWFFSLMVMVSASVGILLTGTFVDNWYLWCVKHGAAPDYPAYLPATPDPASLPGAPK

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Reaction center protein H chain
分子量 formula_weight	28557.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MYHGALAQHLDIAQLVWYAQWLVIWTVVLLYLRREDRREGYPLVEPLGLVKLAPEDGQVYELPYPKTFVLPHGGTVTVPRRRPETRELKLAQTDGFEGAPLQPTGNPLVDAVGPASYAERAEVVDATVDGKAKIVPLRVATDFSIAEGDVDPRGLPVVAADGVEAGTVTDLWVDRSEHYFRYLELSVAGSARTALIPLGFCDVKKDKIVVTSILSEQFANVPRLQSRDQITLREEDKVSAYYAGGLLYATPERAESLL

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	DIACYL GLYCEROL
分子量 formula_weight	625.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	BACTERIOPHEOPHYTIN B
分子量 formula_weight	887.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	[(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate
分子量 formula_weight	356.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	MENAQUINONE-7
分子量 formula_weight	649.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	15-cis-1,2-dihydroneurosporene
分子量 formula_weight	540.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	(2E,6E,10E,14E,18E,22E,26E)-3,7,11,15,19,23,27,31-OCTAMETHYLDOTRIACONTA-2,6,10,14,18,22,26,30-OCTAENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	722.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5m7jA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	468 — Photosynthetic Reaction Center, subunit C; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosynthetic Reaction Center, subunit C, domain 2

结构域编号 domain_id	5m7jA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	468 — Photosynthetic Reaction Center, subunit C; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosynthetic Reaction Center, subunit C, domain 2

结构域编号 domain_id	5m7jB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	85 — Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem II protein D1-like

结构域编号 domain_id	5m7jB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	85 — Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem II protein D1-like

结构域编号 domain_id	5m7jC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	85 — Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem II protein D1-like

结构域编号 domain_id	5m7jC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	85 — Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem II protein D1-like

结构域编号 domain_id	5m7jD01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	540 — Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	5m7jD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	50 — Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2

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晶胞边长 a length_a	57.900 Å
晶胞边长 b length_b	84.800 Å
晶胞边长 c length_c	384.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	52.761 Å
R 因子 r_factor	0.2542
R_work r_work	0.2531
R_free r_free	0.2731

Blastochloris viridis photosynthetic reaction center structure using best crystal approach

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Reaction center protein L chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Reaction center protein M chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Reaction center protein H chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5m7j__assembly_1__model_1

5m7j__assembly_1__model_1 | I(q)

5m7j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)