5m96

Synthesis and biological evaluation of new triazolo and imidazolopyridine RORgt inverse agonists

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 77.9 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear receptor ROR-gamma

Homo sapiens

UniProt P51449

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 263–491 片段:C-terminal domain, ligand binding domain, UNP residues 263-491 突变:C455S Q6Y ~{N}-[8-[[(3~{S})-4-cyclopentylcarbonyl-3-methyl-piperazin-1-yl]methyl]-7-methyl-imidazo[1,2-a]pyridin-6-yl]-2-methyl-pyrimidine-5-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;1.75M NaFormate, 0.1M PIPES 分辨率 1.77 Å R-free 0.208
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 263–491 片段:C-terminal domain, ligand binding domain, UNP residues 263-491 突变:C455S Q6Y ~{N}-[8-[[(3~{S})-4-cyclopentylcarbonyl-3-methyl-piperazin-1-yl]methyl]-7-methyl-imidazo[1,2-a]pyridin-6-yl]-2-methyl-pyrimidine-5-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;1.75M NaFormate, 0.1M PIPES 分辨率 1.77 Å R-free 0.208

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 161 个其他 PDB 条目、266 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RORG_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–230; UniProt 263–491 作者链 B; PDB构建体 2–230; UniProt 263–491

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5m96

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5m96
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5m96
沉积日期 deposition_date2016-10-31
结构标题 titleSynthesis and biological evaluation of new triazolo and imidazolopyridine RORgt inverse agonists
关键词 keywordsnuclear hormone receptor, ligand-binding domain, inverse agonist, transcription; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.73
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.42
零角强度 I(0) i047986500.00
分子量 molecular_weight53569.0 kDa
排除体积 excluded_volume67106 ų
包络体积 envelope_volume81438 ų
水化壳体积 shell_volume28514 ų
包络直径 envelope_diameter81.6
壳层 Rg shell_rg30.95
包络 Rg envelope_rg23.49
形状 Rg shape_rg23.42
总 Rg total_rg24.30
总原子数 total_atoms3767
残基数 n_residues448
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax77.9
Rg (实空间) rg_real24.56
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.41
I(0) (实空间) i0_real4.7990e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.8550e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.60
I(0) (倒空间) i0_reciprocal47990000.0000
解质量估计 total_estimate0.7142
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary76.6
偏度 Skewness skewness0.138
峰度 Kurtosis kurtosis-0.518
角度范围 angular_range— – 0.3200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9939000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.915; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.184; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.987

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd5m96a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamilya.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family familya.123.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5m96b_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamilya.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family familya.123.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5m96A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor
结构域编号 domain_id5m96B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)