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5mg3

EM fitted model of bacterial holo-translocon

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 124.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein translocase subunit SecY

Escherichia coli

UniProt P0AGA2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 Y； UniProt 1–443 未记录 Protein translocase subunit SecE × 1 （P0AG96） Protein-export membrane protein SecG × 1 （P0AG99） Protein translocase subunit SecD × 1 （P0AG90） Protein translocase subunit SecF × 1 （P0AG93） Membrane protein insertase YidC × 1 （P25714） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 14.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5MG3 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3J45 Structure of a non-translocating SecY protein channel with the 70S ribosome 提交 2013-06-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：undecameric
链 y 6–440（435 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM HEPES-KOH, 100 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 0.05% DDM；pH 7.5；50 mM HEPES-KOH, 100 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 0.05% DDM
cryo-EM玻璃化条件 90 K；冷冻剂 ETHANE；Blot 1 second before plunging into liquid ethane (HOMEMADE PLUNGER).
分辨率 9.50 Å
3J46 Structure of the SecY protein translocation channel in action 提交 2013-06-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：tetradecameric
链 y 6–440（435 aa）
突变：S68C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-acetate, 10 mM Mg(OAc)2, 80 mM KOAc, 0.06% DDM；pH 7.2；50 mM Tris-acetate, 10 mM Mg(OAc)2, 80 mM KOAc, 0.06% DDM
cryo-EM玻璃化条件 77 K；冷冻剂 ETHANE；Blot 1-2 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 10.10 Å
5GAE RNC in complex with a translocating SecYEG 提交 2015-11-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：36-meric
链 g 1–443（443 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 323 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
5NCO Quaternary complex between SRP, SR, and SecYEG bound to the translating ribosome 提交 2017-03-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：40-meric
链 g 14–429（416 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
6R7L Ribosome-bound SecYEG translocon in a nanodisc 提交 2019-03-29 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 Y 1–443（443 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.00 Å
9RBF Structure of a stalled E. coli 70S RNC-NuoK-86 in complex with the membrane protein insertase SecYEG-YidC 提交 2025-05-22 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：61-meric
链 6 1–443（443 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.44 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SECY_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 Y； PDB构建体 16–458； UniProt 1–443

Protein translocase subunit SecE

Escherichia coli

UniProt P0AG96

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 3–127 未记录 Protein translocase subunit SecY × 1 （P0AGA2） Protein-export membrane protein SecG × 1 （P0AG99） Protein translocase subunit SecD × 1 （P0AG90） Protein translocase subunit SecF × 1 （P0AG93） Membrane protein insertase YidC × 1 （P25714） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 14.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5MG3 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3J45 Structure of a non-translocating SecY protein channel with the 70S ribosome 提交 2013-06-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：undecameric
链 E 74–127（54 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM HEPES-KOH, 100 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 0.05% DDM；pH 7.5；50 mM HEPES-KOH, 100 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 0.05% DDM
cryo-EM玻璃化条件 90 K；冷冻剂 ETHANE；Blot 1 second before plunging into liquid ethane (HOMEMADE PLUNGER).
分辨率 9.50 Å
3J46 Structure of the SecY protein translocation channel in action 提交 2013-06-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：tetradecameric
链 E 74–127（54 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-acetate, 10 mM Mg(OAc)2, 80 mM KOAc, 0.06% DDM；pH 7.2；50 mM Tris-acetate, 10 mM Mg(OAc)2, 80 mM KOAc, 0.06% DDM
cryo-EM玻璃化条件 77 K；冷冻剂 ETHANE；Blot 1-2 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 10.10 Å
5GAE RNC in complex with a translocating SecYEG 提交 2015-11-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：36-meric
链 h 1–127（127 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 323 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
5NCO Quaternary complex between SRP, SR, and SecYEG bound to the translating ribosome 提交 2017-03-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：40-meric
链 h 67–122（56 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
9RBF Structure of a stalled E. coli 70S RNC-NuoK-86 in complex with the membrane protein insertase SecYEG-YidC 提交 2025-05-22 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：61-meric
链 7 1–127（127 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.44 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SECE_ECOLI
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 16–140； UniProt 3–127

Protein-export membrane protein SecG

Escherichia coli

UniProt P0AG99

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 G； UniProt 1–110 未记录 Protein translocase subunit SecY × 1 （P0AGA2） Protein translocase subunit SecE × 1 （P0AG96） Protein translocase subunit SecD × 1 （P0AG90） Protein translocase subunit SecF × 1 （P0AG93） Membrane protein insertase YidC × 1 （P25714） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 14.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5MG3 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3J45 Structure of a non-translocating SecY protein channel with the 70S ribosome 提交 2013-06-18 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：undecameric
链 G 9–73（65 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM HEPES-KOH, 100 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 0.05% DDM；pH 7.5；50 mM HEPES-KOH, 100 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 0.05% DDM
cryo-EM玻璃化条件 90 K；冷冻剂 ETHANE；Blot 1 second before plunging into liquid ethane (HOMEMADE PLUNGER).
分辨率 9.50 Å
3J46 Structure of the SecY protein translocation channel in action 提交 2013-06-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：tetradecameric
链 G 9–73（65 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-acetate, 10 mM Mg(OAc)2, 80 mM KOAc, 0.06% DDM；pH 7.2；50 mM Tris-acetate, 10 mM Mg(OAc)2, 80 mM KOAc, 0.06% DDM
cryo-EM玻璃化条件 77 K；冷冻剂 ETHANE；Blot 1-2 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 10.10 Å
5NCO Quaternary complex between SRP, SR, and SecYEG bound to the translating ribosome 提交 2017-03-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：40-meric
链 j 1–71（71 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
9RBF Structure of a stalled E. coli 70S RNC-NuoK-86 in complex with the membrane protein insertase SecYEG-YidC 提交 2025-05-22 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：61-meric
链 8 1–110（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.44 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SECG_ECOLI
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 G； PDB构建体 27–136； UniProt 1–110

Protein translocase subunit SecD

Escherichia coli

UniProt P0AG90

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 2–615 未记录 Protein translocase subunit SecY × 1 （P0AGA2） Protein translocase subunit SecE × 1 （P0AG96） Protein-export membrane protein SecG × 1 （P0AG99） Protein translocase subunit SecF × 1 （P0AG93） Membrane protein insertase YidC × 1 （P25714） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 14.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SECD_ECOLI
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 9–622； UniProt 2–615

Protein translocase subunit SecF

Escherichia coli

UniProt P0AG93

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 F； UniProt 1–323 未记录 Protein translocase subunit SecY × 1 （P0AGA2） Protein translocase subunit SecE × 1 （P0AG96） Protein-export membrane protein SecG × 1 （P0AG99） Protein translocase subunit SecD × 1 （P0AG90） Membrane protein insertase YidC × 1 （P25714） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 14.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SECF_ECOLI
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 F； PDB构建体 1–323； UniProt 1–323

Membrane protein insertase YidC

Escherichia coli

UniProt P25714

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 2–548 未记录 Protein translocase subunit SecY × 1 （P0AGA2） Protein translocase subunit SecE × 1 （P0AG96） Protein-export membrane protein SecG × 1 （P0AG99） Protein translocase subunit SecD × 1 （P0AG90） Protein translocase subunit SecF × 1 （P0AG93） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 14.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5MG3 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3BLC Crystal structure of the periplasmic domain of the Escherichia Coli YIDC 提交 2007-12-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–340（315 aa） 片段：UNP residues 26-340
突变：E228A, K229A, E231A, K232A, K234A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.1；295 K；0.1 M glycine, 0.2 M ammonium sulfate, 13% PEG3350, pH 3.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.50 Å R-free 0.249
3BLC Crystal structure of the periplasmic domain of the Escherichia Coli YIDC 提交 2007-12-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 26–340（315 aa） 片段：UNP residues 26-340
突变：E228A, K229A, E231A, K232A, K234A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.1；295 K；0.1 M glycine, 0.2 M ammonium sulfate, 13% PEG3350, pH 3.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.50 Å R-free 0.249
3BLC Crystal structure of the periplasmic domain of the Escherichia Coli YIDC 提交 2007-12-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 26–340（315 aa） 片段：UNP residues 26-340
链 B 26–340（315 aa） 片段：UNP residues 26-340
突变：E228A, K229A, E231A, K232A, K234A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：E228A, K229A, E231A, K232A, K234A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.1；295 K；0.1 M glycine, 0.2 M ammonium sulfate, 13% PEG3350, pH 3.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.50 Å R-free 0.249
3BS6 1.8 Angstrom crystal structure of the periplasmic domain of the membrane insertase YidC 提交 2007-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 56–329（274 aa） 片段：UNP residues 56-329
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 5 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；21% PEG3350, 0.2M calcium acetate, 10% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, pH7.5, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.213
3BS6 1.8 Angstrom crystal structure of the periplasmic domain of the membrane insertase YidC 提交 2007-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 56–329（274 aa） 片段：UNP residues 56-329
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；21% PEG3350, 0.2M calcium acetate, 10% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, pH7.5, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.213
3BS6 1.8 Angstrom crystal structure of the periplasmic domain of the membrane insertase YidC 提交 2007-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 56–329（274 aa） 片段：UNP residues 56-329
链 B 56–329（274 aa） 片段：UNP residues 56-329
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 10 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 14 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；21% PEG3350, 0.2M calcium acetate, 10% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, pH7.5, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.213
4UTQ A structural model of the active ribosome-bound membrane protein insertase YidC 提交 2014-07-22 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–548（548 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV,
分辨率 8.00 Å
9RBF Structure of a stalled E. coli 70S RNC-NuoK-86 in complex with the membrane protein insertase SecYEG-YidC 提交 2025-05-22 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：61-meric
链 9 1–548（548 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.44 Å

共 4 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 YIDC_ECOLI
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 7–553； UniProt 2–548

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5mg3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5mg3
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5mg3
沉积日期 deposition_date2016-11-20
结构标题 titleEM fitted model of bacterial holo-translocon
关键词 keywordsholotranslocon, membrane protein insertion machinery, chaperone, protein secretion; CHAPERONE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.07 Å
零角强度 I(0) i0459057000.00
分子量 molecular_weight185980.0 kDa
排除体积 excluded_volume237980 ų
包络体积 envelope_volume322940 ų
水化壳体积 shell_volume68529 ų
包络直径 envelope_diameter131.4 Å
壳层 Rg shell_rg45.61 Å
包络 Rg envelope_rg37.72 Å
形状 Rg shape_rg38.08 Å
总 Rg total_rg38.55 Å
总原子数 total_atoms26650
残基数 n_residues1698
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax124.1 Å
Rg (实空间) rg_real38.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real4.5910e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.1880e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal459100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8964
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary49.6 Å
偏度 Skewness skewness0.177
峰度 Kurtosis kurtosis-0.466
角度范围 angular_range— – 0.2000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha76980000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.911
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)