5mp3

Crystal structure of DC8E8 Fab in the complex with a 30-mer tau peptide at pH 6.5

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 127.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Igh protein

物种未注明

UniProt Q99LC4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 21–239 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) ENSMUSG00000076577 protein × 1 (Q52L64) Microtubule-associated protein × 1 (A0A024R9Y0) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;295 K;20% PEG 8000, 0.1 M Na-cacodylate, 0.2 M Mg-acetate 分辨率 2.75 Å R-free 0.249
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 21–239 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) ENSMUSG00000076577 protein × 1 (Q52L64) Microtubule-associated protein × 1 (A0A024R9Y0) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;295 K;20% PEG 8000, 0.1 M Na-cacodylate, 0.2 M Mg-acetate 分辨率 2.75 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q99LC4_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–220; UniProt 21–239 作者链 H; PDB构建体 2–220; UniProt 21–239

ENSMUSG00000076577 protein

物种未注明

UniProt Q52L64

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 21–239 未记录 Igh protein × 1 (Q99LC4) Microtubule-associated protein × 1 (A0A024R9Y0) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;295 K;20% PEG 8000, 0.1 M Na-cacodylate, 0.2 M Mg-acetate 分辨率 2.75 Å R-free 0.249
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–239 未记录 Igh protein × 1 (Q99LC4) Microtubule-associated protein × 1 (A0A024R9Y0) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;295 K;20% PEG 8000, 0.1 M Na-cacodylate, 0.2 M Mg-acetate 分辨率 2.75 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q52L64_MOUSE
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–218; UniProt 21–239 作者链 L; PDB构建体 1–218; UniProt 21–239

Microtubule-associated protein

物种未注明

UniProt A0A024R9Y0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 234–263 片段:UNP Residues 615-628 Igh protein × 1 (Q99LC4) ENSMUSG00000076577 protein × 1 (Q52L64) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;295 K;20% PEG 8000, 0.1 M Na-cacodylate, 0.2 M Mg-acetate 分辨率 2.75 Å R-free 0.249
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 234–263 片段:UNP Residues 615-628 Igh protein × 1 (Q99LC4) ENSMUSG00000076577 protein × 1 (Q52L64) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;295 K;20% PEG 8000, 0.1 M Na-cacodylate, 0.2 M Mg-acetate 分辨率 2.75 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A024R9Y0_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–30; UniProt 234–263 作者链 D; PDB构建体 1–30; UniProt 234–263

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5mp3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5mp3
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5mp3
沉积日期 deposition_date2016-12-15
结构标题 titleCrystal structure of DC8E8 Fab in the complex with a 30-mer tau peptide at pH 6.5
关键词 keywordsAntibody Fab, complex, tau protein, immune system; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.05
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.06
零角强度 I(0) i0146814000.00
分子量 molecular_weight96220.0 kDa
排除体积 excluded_volume119830 ų
包络体积 envelope_volume159860 ų
水化壳体积 shell_volume39100 ų
包络直径 envelope_diameter135.2
壳层 Rg shell_rg39.53
包络 Rg envelope_rg36.80
形状 Rg shape_rg37.03
总 Rg total_rg37.31
总原子数 total_atoms6773
残基数 n_residues892
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax127.0
Rg (实空间) rg_real37.44
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.42
I(0) (实空间) i0_real1.4680e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6940e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.20
I(0) (倒空间) i0_reciprocal146800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8290
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary38.4
偏度 Skewness skewness0.564
峰度 Kurtosis kurtosis-0.242
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11280000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.778; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.743; Smooth: 0.696

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id5mp3A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5mp3B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5mp3B02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5mp3H02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5mp3L01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5mp3L02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)