5mri

Crystal structure of the Vps10p domain of human sortilin/NTS3 in complex with Triazolone 18

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 94.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sortilin

Homo sapiens

UniProt Q99523

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 2 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 78–756 未记录 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 Q9Y ~{N}-methyl-3-(3-methylbutyl)-5-oxidanyl-1,2,3-triazole-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.3;292 K;0.1 M HEPES-Tris pH 7.3 0.4 M Sodium malonate 6 % (V/V) glycerol 26 % (w/V) PEG 3350 分辨率 2.00 Å R-free 0.219

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SORT_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–679; UniProt 78–756

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5mri

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5mri
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5mri
沉积日期 deposition_date2016-12-23
结构标题 titleCrystal structure of the Vps10p domain of human sortilin/NTS3 in complex with Triazolone 18
关键词 keywordsVps10p, Receptor, Sortilin, signaling protein; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.71
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.65
零角强度 I(0) i095205600.00
分子量 molecular_weight75431.0 kDa
排除体积 excluded_volume93788 ų
包络体积 envelope_volume121810 ų
水化壳体积 shell_volume35916 ų
包络直径 envelope_diameter102.1
壳层 Rg shell_rg35.89
包络 Rg envelope_rg27.44
形状 Rg shape_rg27.62
总 Rg total_rg28.56
总原子数 total_atoms5308
残基数 n_residues662
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax94.8
Rg (实空间) rg_real28.57
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.83
I(0) (实空间) i0_real9.5210e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6460e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.63
I(0) (倒空间) i0_reciprocal95210000.0000
解质量估计 total_estimate0.8877
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary93.1
偏度 Skewness skewness0.126
峰度 Kurtosis kurtosis-0.455
角度范围 angular_range— – 0.2750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha16520000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.849; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.990

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5mriA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Sortilin Vps10-D, 10CC-a domain
结构域编号 domain_id5mriA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily270

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)