5msg

Influenza B polymerase bound to vRNA promoter and capped RNA primer

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polymerase acidic protein

Influenza B virus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 3 RNA 3	RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit × 1 （Q5V8Y6） Polymerase basic protein 2 × 1 （Q5V8X3） ;RNA (5'-D((GDM))-R(PAPAPUPC)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(UPAPUPAPCPCPUPCPUPGPCPUPUPCPUPGPCPU)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(PAPGPUPAPGPUPAPAPCPAPAPGPAP*G)-3') ; × 1 PHOSPHATE ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5V8Z9_9INFB
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 15–740； UniProt 1–726

RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

Influenza B virus

UniProt Q5V8Y6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 3 RNA 3	Polymerase acidic protein × 1 （Q5V8Z9） Polymerase basic protein 2 × 1 （Q5V8X3） ;RNA (5'-D((GDM))-R(PAPAPUPC)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(UPAPUPAPCPCPUPCPUPGPCPUPUPCPUPGPCPU)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(PAPGPUPAPGPUPAPAPCPAPAPGPAP*G)-3') ; × 1 PHOSPHATE ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5V8Y6_9INFB
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 10–761； UniProt 1–752

Polymerase basic protein 2

Influenza B virus

UniProt Q5V8X3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 3 RNA 3	Polymerase acidic protein × 1 （Q5V8Z9） RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit × 1 （Q5V8Y6） ;RNA (5'-D((GDM))-R(PAPAPUPC)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(UPAPUPAPCPCPUPCPUPGPCPUPUPCPUPGPCPU)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(PAPGPUPAPGPUPAPAPCPAPAPGPAP*G)-3') ; × 1 PHOSPHATE ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5V8X3_9INFB
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 10–779； UniProt 1–770

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5msg
沉积日期 deposition_date	2017-01-04
结构标题 title	Influenza B polymerase bound to vRNA promoter and capped RNA primer
关键词 keywords	influenza B virus RNA-dependent RNA polymerase, vRNA promoter, capped RNA primer, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5msg__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5msg__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5msg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.92 Å
Rg（电子密度）	40.46 Å
总 Rg	40.81 Å
原子数	18236
残基数	2230
排除体积	323710 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5msg__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Polymerase acidic protein
分子量 formula_weight	85822.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	18236

GSHHHHHHHHGSGSMDTFITRNFQTTIIQKAKNTMAEFSEDPELQPAMLFNICVHLEVCYVISDMNFLDEEGKAYTALEGQGKEQNLRPQYEVIEGMPRTIAWMVQRSLAQEHGIETPKYLADLFDYKTKRFIEVGITKGLADDYFWKKKEKLGNSMELMIFSYNQDYSLSNESSLDEEGKGRVLSRLTELQAELSLKNLWQVLIGEEDVEKGIDFKLGQTISRLRDISVPAGFSNFEGMRSYIDNIDPKGAIERNLARMSPLVSVTPKKLTWEDLRPIGPHIYNHELPEVPYNAFLLMSDELGLANMTEGKSKKPKTLAKECLEKYSTLRDQTDPILIMKSEKANENFLWKLWRDCVNTISNEEMSNELQKTNYAKWATGDGLTYQKIMKEVAIDDETMCQEEPKIPNKCRVAAWVQTEMNLLSTLTSKRALDLPEIGPDVAPVEHVGSERRKYFVNEINYCKASTVMMKYVLFHTSLLNESNASMGKYKVIPITNRVVNEKGESFDMLYGLAVKGQSHLRGDTDVVTVVTFEFSSTDPRVDSGKWPKYTVFRIGSLFVSGREKSVYLYCRVNGTNKIQMKWGMEARRCLLQSMQQMEAIVEQESSIQGYDMTKACFKGDRVNSPKTFSIGTQEGKLVKGSFGKALRVIFTKCLMHYVFGNAQLEGFSAESRRLLLLIQALKDRKGPWVFDLEGMYSGIEECISNNPWVIQSAYWFNEWLGFEKEGSKVLESVDEIMDEGSGSGENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Influenza B virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11520
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
分子量 formula_weight	86207.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSGSGSGSGMNINPYFLFIDVPIQAAISTTFPYTGVPPYSHGTGTGYTIDTVIRTHEYSNKGKQYISDVTGCTMVDPTNGPLPEDNEPSAYAQLDCVLEALDRMDEEHPGLFQAASQNAMETLMVTTVDKLTQGRQTFDWTVCRNQPAATALNTTITSFRLNDLNGADKGGLIPFCQDIIDSLDRPEMTFFSVKNIKKKLPAKNRKGFLIKRIPMKVKDKITKVEYIKRALSLNTMTKDAERGKLKRRAIATAGIQIRGFVLVVENLAKNICENLEQSGLPVGGNEKKAKLSNAVAKMLSNCPPGGISMTVTGDNTKWNECLNPRIFLAMTERITRDSPIWFRDFCSIAPVLFSNKIARLGKGFMITSKTKRLKAQIPCPDLFSIPLERYNEETRAKLKKLKPFFNEEGTASLSPGMMMGMFNMLSTVLGVAALGIKNIGNKEYLWDGLQSSDDFALFVNAKDEETCMEGINDFYRTCKLLGINMSKKKSYCNETGMFEFTSMFYRDGFVSNFAMELPSFGVAGVNESADMAIGMTIIKNNMINNGMGPATAQTAIQLFIADYRYTYKCHRGDSKVEGKRMKIIKELWENTKGRDGLLVADGGPNIYNLRNLHIPEIVLKYNLMDPEYKGRLLHPQNPFVGHLSIEGIKEADITPAHGPVKKMDYDAVSGTHSWRTKRNRSILNTDQRNMILEEQCYAKCCNLFEACFNSASYRKPVGQHSMLEAMAHRLRMDARLDYESGRMSKDDFEKAMAHLGEIGYIGSGSGENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Influenza B virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11520
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Polymerase basic protein 2
分子量 formula_weight	90844.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GSGSGSGSGMTLAKIELLKQLLRDNEAKTVLKQTTVDQYNIIRKFNTSRIEKNPSLRMKWAMCSNFPLALTKGDMANRIPLEYKGIQLKTNAEDIGTKGQMCSIAAVTWWNTYGPIGDTEGFERVYESFFLRKMRLDNATWGRITFGPVERVRKRVLLNPLTKEMPPDEASNVIMEILFPKEAGIPRESTWIHRELIKEKREKLKGTMITPIVLAYMLERELVARRRFLPVAGATSAEFIEMLHCLQGENWRQIYHPGGNKLTESRSQSMIVACRKIIRRSIVASNPLELAVEIANKTVIDTEPLKSCLAAIDGGDVACDIIRAALGLKIRQRQRFGRLELKRISGRGFKNDEEILIGNGTIQKIGIWDGEEEFHVRCGECRGILKKSKMKLEKLLINSAKKEDMRDLIILCMVFSQDTRMFQGVRGEINFLNRAGQLLSPMYQLQRYFLNRSNDLFDQWGYEESPKASELHGINESMNASDYTLKGVVVTRNVIDDFSSTETEKVSITKNLSLIKRTGEVIMGANDVSELESQAQLMITYDTPKMWEMGTTKELVQNTYQWVLKNLVTLKAQFLLGKEDMFQWDAFEAFESIIPQKMAGQYSGFARAVLKQMRDQEVMKTDQFIKLLPFCFSPPKLRSNGEPYQFLKLVLKGGGENFIEVRKGSPLFSYNPQTEVLTICGRMMSLKGKIEDEERNRSMGNAVLAGFLVSGKYDPDLGDFKTIEELEKLKPGEKANILLYQGKPVKVVKRKRYSALSNDISQGIKRQRMTVESMGWALSGWSHPQFEKGSGSENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Influenza B virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11520
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;RNA (5'-D((GDM))-R(PAPAPUP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	4550.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	M

XAAUCUAUAAUAGC

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(UPAPUPAPCPCPUPCPUPGPCPUPUPCPUPGPCPU)-3') ;
分子量 formula_weight	5584.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R

UAUACCUCUGCUUCUGCU

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PAPGPUPAPGPUPAPAPCPAPAPGPAPG)-3') ;
分子量 formula_weight	4557.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	V

AGUAGUAACAAGAG

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▶

晶胞边长 a length_a	200.410 Å
晶胞边长 b length_b	200.410 Å
晶胞边长 c length_c	254.610 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.800 Å
最低分辨率 resolution_low	173.560 Å
R 因子 r_factor	0.2363
R_work r_work	0.2347
R_free r_free	0.2675

Influenza B polymerase bound to vRNA promoter and capped RNA primer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polymerase acidic protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Polymerase basic protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5msg__assembly_1__model_1

5msg__assembly_1__model_1 | I(q)

5msg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Influenza B polymerase bound to vRNA promoter and capped RNA primer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polymerase acidic protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polymerase basic protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5msg__assembly_1__model_1

5msg__assembly_1__model_1 | I(q)

5msg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)